A doua perioadă în dezvoltarea biogeografiei este caracterizată de dezvoltarea relațiilor socio-economice, ceea ce a dus la o căutare activă a rutelor maritime către India , ceea ce a dus la Marile Descoperiri Geografice. Acesta a fost un impuls semnificativ în studiul naturii, atât în ecumenă, cât și în țările nou descoperite. Grădinile botanice și zoologice au început să se completeze în mod activ cu noi specii de organisme și, în cele din urmă, s-au transformat în adevărate centre științifice. Aici s-au efectuat nu numai observații sistematice atente ale organismelor vii și aclimatizarea lor, ci și un schimb activ de exemplare. De la începutul secolului al XVI-lea a acumulat material factual despre botanică și zoologie , care trebuia generalizat și sistematizat pe o nouă bază teoretică.
Primul sistem din acea vreme al lumii plantelor a fost sistemul botanistului italian A. Cesalpino , publicat în 1583 sub titlul Sixteen Books on Plants in Florence . Cunoștea peste 1000 de specii de plante, dintre care 840 înfloresc. În ciuda artificialității acestui sistem, pentru prima dată s-a bazat pe caracteristicile obiective ale plantelor, iar cu ajutorul acestuia a fost posibilă determinarea anumitor legături de familie între plante.
Sistematizarea materialului colectat a necesitat scurte descrieri clare și nume ale plantelor și animalelor. Un merit deosebit în formarea unor astfel de descrieri îi aparține lui K. Baugin , care a caracterizat peste 6000 de specii de plante în 15-20 de cuvinte. Numele era format din două părți. Astfel a fost fondată specia și genericul[ ce? ] , adică un nume dublu.
Naturalistul englez D. Ray a explicat definițiile unei specii și a sugerat că speciile sunt foarte constante, dar se pot schimba. D. Rey a fost primul care a împărțit plantele cu flori în mono- și dicotiledonate.
Omul de știință suedez K. Liney finalizează crearea unor sisteme artificiale de clasificare a organismelor vii. În 1735 , a publicat lucrarea Sistemul naturii, care a jucat un rol incredibil de important în dezvoltarea întregii științe biologice. Omul de știință a descris și sistematizat circa 4,2 mii de specii zoologice și 10 mii de specii botanice, a introdus patru diviziuni taxonomice (clasă - ordine - gen - specie), stabilind în cele din urmă nomenclatura binară în numele organismelor vii, a introdus aproximativ o mie de termeni și concepte noi care știința folosește încă.
Datorită lucrărilor lui K. Linnaeus, o măsură semnificativă a reușit să pună lucrurile în ordine în uriașul material floristic și faunistic, să determine principalele cauze ale diversității și modelelor de distribuție, precum și modalități de așezare a ființelor vii în diferite regiuni ale Pământul conform condițiilor naturale. Geografia botanică la acea vreme era cu mult înaintea geografiei zoologice, deoarece plantele sunt mai ușor de studiat. În acele vremuri, atât plantele, cât și animalele erau studiate de aceiași cercetători. Împărțirea oamenilor de știință în profiluri a avut loc în prima jumătate a secolului al XIX-lea.
În această etapă, dezvoltarea biogeografiei a fost complet dominată de viziunea biblică asupra lumii. O încercare de a o combina cu propria sa viziune asupra lumii a fost realizată de K. Liney. El credea că toate ființele vii au fost create de o putere superioară pe muntele unei insule tropicale. Speciile tropicale au apărut la poalele muntelui, latitudinile temperate în partea de mijloc și latitudinile polare în apropierea vârfului. După aceea, marea s-a retras, insula s-a unit cu pământul și toate creaturile s-au așezat din acele locuri unde le era destinată de o putere superioară. Această ipoteză reflectă înțelegerea de către oamenii de știință a zonalității naturale și a zonei altitudinale.
Timp de 15 ani, teritoriul Siberiei de Vest a fost explorat de Yu. Krizhanich , care în 1661 - 1676 . a servit un link acolo. El a prezentat rezultatele cercetărilor sale în lucrarea Istoria Siberiei , care a fost publicată abia în 1890. Autorul concluzionează că există 3 zone ( clime ) - tundra, taiga și stepă cu trăsăturile lor caracteristice (clima, vegetația și viața sălbatică) .
Naturalistul francez Georges-Louis Buffon , autorul lucrării în 36 de volume Istoria naturală , este considerat unul dintre predecesorii lui Charles Darwin. Opera sa este dedicată nu numai descrierilor animalelor și plantelor, distribuției și relațiilor lor cu mediul înconjurător, ci și ideilor despre variabilitatea speciilor. El credea că organismele care au strămoși comuni se schimbă după o influență pe termen lung a mediului natural. Animalele domestice, precum plantele cultivate, sunt modificate prin selecție intenționată.
Aceasta înseamnă că a doua perioadă din istoria dezvoltării biogeografiei este caracterizată de o cantitate incredibil de mare de material colectat în diferite părți și regiuni ale lumii. Sistematizarea sa pe baza semnelor caracteristice organismelor vii și generalizarea teoretică au fost combinate cu absolutizarea viziunii biblice asupra lumii .