Biserica Iezuiților este una dintre cele mai vechi biserici din Valletta , precum și una dintre cele mai mari din dieceza locală. Pe teritoriul bisericii, pe lângă templul în sine, există și un colegiu. Sfântul Ignatie de Loyola , fondatorul ordinului iezuit , a decis să întemeieze un colegiu în Malta încă din 1553 , dar apariția sa a fost realizată abia în 1592 , când Papa Clement al VIII-lea a dat instrucțiunile corespunzătoare. La 4 septembrie 1595, Marele Maestru al Ordinului Ospitalierilor Martin Garzez a pus prima piatră în temelia sa. Colegiul iezuit a fost inițial ecleziastic, nu științific, unde erau pregătiți candidații la preoție.
În septembrie 1634, a avut loc o explozie majoră pe terenul bisericii, care a provocat daune grave atât templului, cât și colegiului. Inginerul militar si arhitectul Ordinului Ospitalierilor , Francesco Buonamici din Lucca , a preluat reconstructia noii biserici . Biserica a fost prima clădire din Malta , a cărei construcție a fost supravegheată de un arhitect cu renume mondial la acea vreme. Fațada bisericii este realizată în stil baroc , în timp ce interiorul este de ordin doric .
Iezuiții au condus colegiul până în 1798 , când Marele Maestru Manuel Pinto da Fronseca a trebuit să părăsească insula din cauza ocupației franceze. De-a lungul anilor, colegiul și-a reluat activitățile și a devenit cunoscut sub numele de Universitatea din Malta.