Cromatografia de afinitate este un tip de cromatografia cu liganzi. Acesta din urmă se bazează pe reacția interacțiunii impurităților separate cu un ligand asociat cu un purtător inert. În cazul cromatografiei de afinitate, substanțele biologic active ( proteine , enzime ) acționează ca impurități , intrând într-o interacțiune biochimică specifică cu ligandul (de asemenea, de regulă, organic ). De exemplu: anticorp - antigen , hormon - receptor etc. Specificitatea ridicată a unei astfel de interacțiuni este cea care determină eficiența ridicată a cromatografiei de afinitate și distribuția sa largă (comparativ cu alte tipuri de cromatografie cu ligand).