Perșii , arabii și hunii au luptat pentru teritoriul actualului Daghestan . În această luptă, așezarea Tarki , care era situată în apropierea modernului Makhachkala , a jucat un rol semnificativ . În secolul al XV-lea , orașul era un centru comercial prin care rulotele treceau în Derbent . De-a lungul timpului, a devenit cunoscut sub numele de Inji.
În 1844, fortificațiile lui Petru au fost întemeiate pe un deal de deal, au fost numite după Petru I , care a fost acolo în timpul campaniei persane . În 1856 a primit statutul de oraș și a devenit cunoscut sub numele de Petrovsk .
În 1870, au fost construite un port și un port artificial.
Prima fabrică din oraș a fost o fabrică de bere, deschisă în 1896 . După 2 ani, în oraș s-a deschis o tipografie.
La sfârșitul secolului al XIX -lea și începutul secolului al XX-lea, orașul a primit un impuls de dezvoltare, deoarece calea ferată dintre Rostov-pe-Don și Baku trecea prin el .
Recensământul din 1897 a arătat că populația orașului aproape s-a dublat de patru ori și a ajuns la 8,7 mii de locuitori.
În 1900, cea mai mare fabrică din oraș la acea vreme, o fabrică de filat hârtie, a început producția, care a fost construită de acționarii Manufacturii Caspice.
În 1914 a fost pusă în funcțiune o mică rafinărie de petrol. Populația a crescut într-un ritm accelerat și până în 1914 se ridica la 24 de mii de oameni, Petrovsk a devenit primul oraș din Daghestan ca populație, depășind Temir-Khan-Shura , care era centrul administrativ al Daghestanului. La sfârșitul anului 1915 a fost pusă în funcțiune linia de cale ferată Petrovsk - Temir-Khan-Shura, care leagă orașul de Daghestanul muntos.
La sfârşitul secolului al XIX -lea şi începutul secolului al XX-lea , la Petrovsk au fost construite două fabrici (rafinărie de petrol şi tonerie) şi 2 fabrici (filarea hârtiei şi tutun) şi au fost deschise şi ateliere de cale ferată. În orașul Petrovsk erau doar 4 străzi. Străzile din centrul orașului erau acoperite cu pavaj și luminate de felinare cu kerosen. Erau case din piatră și cărămidă în care locuiau cetățeni înstăriți. Pe strada principală era un hotel „Gunib” pentru 25 de persoane, câteva magazine, un cinematograf „Progress”, o farmacie și mai era și un han. Restul străzilor erau murdare, vara locuitorii acestor străzi erau chinuiți de praf și roiuri de insecte. Orașul avea o singură bibliotecă cu trei mii de cărți, dar localurile de băut erau din belșug. Nu exista alimentare cu apă în oraș, oamenii transportau apă în butoaie.
La 18 noiembrie 1918 , în timpul războiului civil și al intervenției, din ordinul primarului Petrovsky, colonelul Abdusalam Magometov, orașul Petrovsk a fost redenumit Shamil-Kala.
În 1921, orașul a fost redenumit Makhachkala în onoarea revoluționarului daghestan Makhach Dakhadaev . Puțin mai târziu, orașul a fost declarat capitala DASSR .
La mijlocul anilor 1930, comuna Petrovsk-Kavkazsky a devenit parte a orașului . În epoca sovietică, capitala Daghestanului a crescut foarte rapid, din anii 1930 până în anii 1980 populația orașului a crescut de 10 ori, au fost create infrastructura socială de bază, un sistem modern de învățământ și industrii de bază. De asemenea, conducerea sovietică a rezolvat problema alimentării cu apă, a lipsei posturilor de prim ajutor și a instituțiilor de învățământ.
Până în 1952, Templul Marelui Duce Alexandru Nevski a stat lângă Piața Centrală a orașului . Templul a fost pus în funcțiune la 30 august 1891 . A fost demolat în 1953 .
Șapte locuitori din Makhachkala au primit titlul de Erou al Uniunii Sovietice pentru contribuția lor la victoria în Marele Război Patriotic .
Mari schimbări în toate sferele vieții orașului au avut loc după război. Deja în 1969, în Makhachkala existau 51 de școli, 4 universități, zeci de biblioteci cu un fond total de peste 1,4 milioane de cărți, peste 20 de cinematografe (majoritatea au fost ulterior demontate). Construcția fabricilor s-a dezvoltat rapid.
La sfârșitul anilor 1960, s- a planificat instalarea unui funicular pe versantul Muntelui Tarki-Tau , dar ulterior proiectul a fost închis.
Pe 14 mai 1970, în oraș a avut loc un cutremur puternic , din care Makhachkala a fost grav avariat.
Din cauza reformelor economice rapide și a tranziției la economia de piață, economia din Makhachkala a căzut într-o criză severă, deoarece principalul venit al orașului era comenzile de la complexul militar-industrial . În anii 1990, a avut loc o scădere puternică a producției. Multe fabrici au dat faliment și au fost supuse dese concedieri. La sfârșitul anilor 1990, situația a început să se îmbunătățească. La începutul secolului XXI , a avut loc o redresare a producției.
În anii 90, orașul a suferit foarte mult din cauza activităților teroriștilor.
La 21 mai 1998, la Makhachkala, frații Khachilaev și susținătorii lor au confiscat clădirea guvernului și a Consiliului de Stat din Makhachkala, cerând realegerea șefului Daghestanului.
În iunie 2013, șeful administrației din Makhachkala , Said Amirov , a fost demis din funcție și arestat. Îndatoririle sale au fost date lui Murtazali Rabadanov . În aprilie 2014, Rabadanov a demisionat din proprie voință, iar în locul său, șeful Daghestanului, Ramazan Abdulatipov , l-a numit pe Magomed Suleimanov . În iulie 2015, postul a fost transferat lui Musa Musaev . În ianuarie 2018, șeful administrației din Makhachkala, Musa Musaev, a fost demis din funcție și arestat. Din ianuarie până în noiembrie, Abusupyan Gasanov a fost primarul interimar al orașului Makhachkala . La 7 noiembrie 2018, Abusupyan Gasanov a fost arestat sub suspiciunea că a deturnat 40 de milioane de ruble în calitate de primar interimar al orașului Makhachkala. În urma demiterii primarului Abusupyan Gasanov pe 8 noiembrie 2018, Murad Aliyev a fost numit primar interimar al orașului Makhachkala. La 31 ianuarie 2019, deputații adunării orașului Makhachkala l-au aprobat pe Salman Dadaev ca primar al capitalei Daghestanului.
În 2001 , 2002 , 2003 și 2011, Makhachkala a fost unul dintre primii trei în competiția „Cel mai confortabil oraș din Rusia” organizată de Rosstroy . Anunțând rezultatele concursului pentru 2011 , premierul rus Dmitri Medvedev a subliniat că locul premiat din Makhachkala este „deosebit de important”
De asemenea, în ultimii ani, alei, bulevarde și terasamentul orașului, piețele centrale și universitare au fost reconstruite în oraș, s-a deschis un nou parc Ak-Gol cu parc de distracții pentru copii. În 2002 a fost construit și dat în exploatare un pasaj suprateran de 514 metri lungime.
Astăzi Makhachkala este cel mai mare oraș din Caucazul de Nord rus și districtul federal cu același nume (deși nu este centrul său), centrul economic, cultural și științific al sudului Rusiei .