Microbiomul uman

Versiunea actuală a paginii nu a fost încă examinată de colaboratori experimentați și poate diferi semnificativ de versiunea revizuită la 3 septembrie 2022; verificarea necesită 1 editare .

Microbiomul uman este totalitatea tuturor microbilor care locuiesc în corpul uman [1] , incluzând zone precum pielea, glandele mamare, organele genitale, plămânii, membranele mucoase, fluidele corporale, tractul biliar și tractul gastrointestinal .

Microbiomul uman include bacterii , arhee , ciuperci , protisti și viruși [2] . În contextul genomicii , termenul „microbiom uman” este uneori folosit pentru a se referi la genomurile colective ale microorganismelor rezidente; [3] Cu toate acestea, termenul metagenom uman are același sens.

Prima estimare a numărului de microorganisme care locuiesc în oameni sugerează că numărul de celule microbiene este de zece ori mai mare decât numărul de celule umane, totuși, estimările ulterioare au redus acest raport la 3:1 sau chiar aproximativ același număr. [4] [5] [6] [7] O parte din microorganismele din corpul uman sunt comensale , adică ele coexistă fără a dăuna oamenilor; alții au relații mutaliste (de beneficii reciproce) cu stăpânii lor. [3] [8] În schimb, unele microorganisme nepatogene pot dăuna organismului uman prin metaboliții pe care îi produc, cum ar fi trimetilamina , pe care corpul uman o transformă în N-oxid de trimetilamină prin intermediul complexului oxidant FMO3 . [9] [10] Anumite microorganisme îndeplinesc o serie de sarcini foarte importante despre care se știe că sunt benefice pentru gazda umană, dar rolul celor mai multe dintre ele nu este bine înțeles. O microbiotă normală este uneori considerată a fi una care ar trebui să fie prezentă în circumstanțe normale, fără a provoca boală. [3]

Pentru analiza microbiotei umane a fost derulat proiectul Human Microbiome , soluționând o serie de probleme precum secvențierea și analiza genomului microbiotei umane, concentrându-se pe microbiota care locuiește pe piele, gura, nas, tractul digestiv și vagin. [3] El a atins o piatră de hotar în 2012 când și-a publicat rezultatele inițiale. [unsprezece]

Terminologie

Deși termeni precum floră sau microfloră sunt adesea folosiți în literatură, în termeni tehnici aceasta este o denumire greșită, deoarece cuvântul rădăcină flora se referă la plante, în timp ce termenul biotă se referă la totalitatea organismelor dintr-un anumit ecosistem. Termenul mai adecvat microbiotă este în prezent utilizat  , deși utilizarea sa nu a umbrit utilizarea și recunoașterea consacrate a florei în relație cu bacteriile și alte microorganisme. Ambii termeni sunt folosiți în diferite literaturi. [opt]

Numere relative

Începând cu 2014, s-a raportat frecvent în diverse surse că numărul de celule microbiene din corpul uman este de aproximativ 10 ori mai mare decât numărul de celule umane. Această cifră se bazează pe estimări conform cărora microbiomul uman conține aproximativ 100 de trilioane de celule bacteriene și 10 trilioane de celule proprii unui adult. [4] În 2014, Academia Americană de Microbiologie a publicat un Întrebări frecvente subliniind că numărul de celule microbiene și numărul de celule umane sunt aproximative. Ei au remarcat, de asemenea, că studiile recente au dat o nouă estimare a numărului de celule umane de aproximativ 37,2 trilioane, ceea ce înseamnă că raportul dintre celulele microbiene și cele umane din estimarea inițială de 100 de trilioane de celule bacteriene este corect, mai aproape de 3:1 . 4] [5 ] În 2016, o nouă estimare a fost făcută de un alt grup științific, care arată că raportul este de aproximativ 1:1. [7] [6]

Cercetare

Problema definirii microbiomului este legată de identificarea membrilor comunității microbiene, care include bacterii, eucariote și viruși. [12] ADN-ul este folosit în principal pentru a identifica aceste comunități, deși se știe că ARN-ul, proteinele și metaboliții sunt, de asemenea, folosiți. [12] [13] Studiile microbiomului bazate pe ADN pot fi de obicei atribuite unor studii metagenomice recente folosind metoda de secvențiere cu pușcă . Această metodă este o întreagă abordare metagenomică care poate fi folosită și pentru a studia potențialul funcțional al diferitelor comunități. [12] Una dintre problemele care sunt prezente în cercetarea asupra microbiomului uman este că ADN-ul uman nu este implicat în cercetare. [paisprezece]

Una dintre principalele întrebări, dincolo de simpla analiză a microbiomului uman, este dacă există un „schelet” comun sau dacă există un grup comun de microorganisme care sporește diversitatea speciilor la oameni. [15] [16] Dacă un astfel de schelet există, atunci ar fi posibil să se identifice bolile emergente în funcție de modificarea compoziției speciilor, care este unul dintre obiectivele Proiectului Microbiomul Uman. Microbiomul uman (microbiomul intestinal) este cunoscut a fi foarte variabil și unic pentru toți oamenii, ceea ce a fost observat și în grupurile de testare de șoareci. [opt]

Pe 13 iunie 2012, directorul NIH Francis Collins a făcut o declarație despre importanța Proiectului Microbiomului Uman (HMP). [11] Anunțul a fost însoțit de o serie de lucrări științifice publicate în Nature [17] [18] și Public Library of Science (PLoS) în aceeași zi. Analizând harta microbiomului indivizilor sănătoși folosind tehnici de secvențiere a genomului, oamenii de știință au creat o bază de date de referință pentru variațiile normale ale comunităților microbiene. Peste 5.000 de probe biologice au fost recoltate de la 242 de voluntari sănătoși, prelevate din diferite părți ale corpului. Ca urmare, s-a făcut o analiză a ADN-ului complet al unei persoane și a microbiotei care o locuiește. Astfel de date ar putea fi interpretate prin identificarea genelor pentru ARN-ul ribozomal bacterian, ARNr 16S . Cercetătorii au identificat că peste 10.000 de specii de microorganisme alcătuiesc un ecosistem complex la oameni, identificând 81-99% din genurile dintr-un astfel de ecosistem.

Metoda pușcă

Adesea, nu este posibil să se cultive o mare varietate de bacterii , arhee sau viruși într-un mediu de laborator. Soluția problemei este introducerea tehnologiilor de secvențiere utilizate în tehnologia metagenomică . Analiza tabloului complet al funcționării și caracterizarea tulpinilor microbiene specifice dețin un mare potențial pentru descoperiri în terapie și diagnosticarea stărilor de sănătate. [19]

Colectarea probelor și izolarea ADN-ului

Principala provocare este de a colecta suficient ADN microbian pentru analiză, menținând în același timp puritatea probei; din acest motiv se folosesc diverse metode de îmbogăţire. În special, metoda de extracție a ADN -ului este un instrument universal atunci când se lucrează cu fiecare tulpină bacteriană , unde este important să se izoleze regiuni stabile ale genomului care nu sunt susceptibile de liză rapidă . Distrugerea mecanică este în general preferată decât distrugerea chimică. [19]

Pregătirea și secvențierea bibliotecii de date

Cele mai utilizate platforme pentru secvențierea reacțiilor sunt Illumina , Ion Torrent , Oxford Nanopore MinION și Pacific Bioscience Sequel. Nu există nicio indicație cu privire la cantitatea corectă de probă de utilizat. [19]

Asamblarea metagenomului

Deși abordarea este utilizată în mod activ, există unele dificultăți care trebuie depășite. Acoperirea depinde de abundența fiecărui genom în comunitatea sa particulară; genomii cu abundență scăzută pot fi fragmentați dacă profunzimea secvențierii este insuficientă (utilizate pentru a evita golurile). Din fericire, există asamblatori care facilitează găsirea de corelații pentru metagenom, deoarece dacă sunt prezente sute de tulpini, adâncimea de secvențiere ar trebui să fie maximizată. [19]

contig binning

Nu se știe a priori din ce genom provine fiecare contig și nici numărul de genomi prezenți în probă. Scopul principal al acestui pas este separarea contig-urilor în diferite tipuri. Metodele de bază pentru efectuarea acestei analize pot fi supravegheate (de exemplu baze de date cu secvențe cunoscute) sau nesupravegheate (căutare directă a grupurilor contig în datele colectate). Cu toate acestea, ambele metode necesită o metrică pentru a determina scorul de similaritate între un anumit contig și grupul în care ar trebui să fie plasat și un algoritm pentru a transforma similaritatea în distribuția grupului. [19]

Analiza rezultatelor după prelucrare

Ar trebui efectuate o serie de analize statistice, cum ar fi ANOVA , pentru a confirma rezultatele. Astfel de teste pot evalua și determina gradul de diferență între diferitele grupuri. Dacă testele sunt legate de instrumente grafice, atunci rezultatele pot fi interpretate cu ușurință pentru o prezentare și o înțelegere mai ușoară. [19]

Odată ce metagenomul rezultat este asamblat în secvența corectă, se poate obține potențialul funcțional al microbiomului. Există o serie de probleme în calcularea unor astfel de sisteme, deoarece sistemele de asamblare a metagenomului sunt de o calitate mai scăzută din cauza complexității unor astfel de sisteme și multe gene pot fi incomplete sau fragmentate. După etapa de identificare a genei, datele pot fi utilizate pentru a efectua adnotări funcționale prin alinierea multiplă a genelor țintă cu bazele de date ortologice. [douăzeci]

Analiza markerului genelor

Aceasta este o tehnică în care primerii sunt utilizați pentru a viza o anumită regiune genetică pentru a stabili o serie filogenetică . Domeniul genetic este caracterizat de o regiune foarte variabilă care poate oferi o identificare detaliată. Alături de aceasta, există și regiuni conservate care funcționează ca situsuri de legare pentru primerii utilizați în PCR . Principala genă care caracterizează bacteriile și arheile este gena ARNr 16S , în timp ce identificarea fungică se bazează pe Distanțiarul Transcris Intern (ITS). Această metodă este rapidă și suficientă pentru a obține o clasificare a comunității microbiene. De asemenea, metoda este potrivită pentru ADN contaminat (contaminare de la gazdă). Afinitatea primerului variază între toate secvențele de ADN, ceea ce poate duce la părtinire în timpul reacției de amplificare. Prin urmare, optimizarea selecției primerului poate ajuta la reducerea acestor erori, având în vedere cunoștințele complete despre microorganismele prezente în probă și abundența relativă a acestora. [21]

Analiza markerului genetic poate depinde de alegerea primerului; în acest tip de analiză, este de dorit să se desfășoare în cadrul unui protocol bine validat (de exemplu, cel folosit în Proiectul Microbiomul Pământului ). Primul pas în această analiză este eliminarea erorilor de secvențiere. Multe platforme de secvențiere sunt foarte fiabile, dar o mare parte din diversitatea aparentă a secvenței se datorează încă erorilor în procesul de secvențiere. Pentru a reduce numărul acestor erori, puteți utiliza combinația de secvențe într-o unitate taxonomică operațională (OTU), care este deja utilizată în pasul următor. Dar această metodă elimină SNP -urile pe măsură ce sunt îmbinate într-un singur OTU. O altă abordare se bazează pe oligotipizare , care include informații specifice despre secvențierea ARNr 16s pentru a detecta variații mici de nucleotide și pentru a distinge taxoni distincti strâns înrudiți. Aceste metode oferă ca rezultat un tabel de secvențe ADN și numărul de secvențe diferite per probă. [21]

Un alt pas important în analiză este atribuirea unui nume taxonomic secvențelor microbiene. Acest lucru se realizează folosind abordări de învățare automată care realizează o precizie la nivel de gen de aproximativ 80%. Alte pachete de analiză populare oferă suport pentru clasificarea taxonomică folosind potriviri exacte cu bazele de date de referință și ar trebui să ofere mai multă specificitate, dar au o sensibilitate mai slabă. [21]

Analiza filogenetică

Multe metode bazate pe ipoteze filogenetice folosesc gene ARN 16Sp pentru arhee și bacterii și gene 18SRNA pentru celulele eucariote. Metodele comparative filogenetice se bazează pe compararea multor caractere din microorganisme; principiul este acesta: cu cât sunt mai apropiate, cu atât au mai multe în comun. De obicei, aceste metode sunt utilizate cu cele mai mici pătrate filogenetice generalizate sau alte analize statistice pentru a obține rezultate mai semnificative. Acest lucru se face de obicei prin aplicația PICRUSt folosind baze de date existente. [22]

Conștientizarea filogenetică a distanței este de obicei realizată cu UniFrac sau instrumente similare, cum ar fi indicele Sorezen sau indicele Rao, pentru a cuantifica diferențele dintre diferitele comunități. Toate aceste metode sunt afectate negativ de transferul orizontal al genelor (HGT), deoarece poate introduce erori și poate duce la corelații între speciile îndepărtate. Există diferite modalități de a reduce impactul negativ al HGT: utilizarea mai multor gene sau instrumente de calcul pentru a estima probabilitatea unor evenimente presupuse de HGT.

Tipuri de microbi

Bacterii

Bacteriile și ciupercile locuiesc pe piele și membranele mucoase din diferite părți ale corpului. Rolul lor face parte din construirea unei fiziologie umane normale și sănătoase, totuși, dacă populațiile microbiene se încadrează în afara intervalului lor tipic (adesea din cauza unui sistem imunitar compromis) sau dacă microbii colonizează (de exemplu, din cauza igienei proaste sau a rănilor) zone ale organismul, de obicei necolonizat sau steril (de exemplu, sânge sau căile respiratorii inferioare sau cavitatea abdominală) poate duce la boli grave (care provoacă, respectiv, bacteriemie/sepsis, pneumonie și peritonită). [23]

Rezultatele lucrărilor din cadrul proiectului Human Microbiome au arătat că oamenii conțin mii de specii de bacterii cu propriile caracteristici în diferite părți ale corpului. Zone precum pielea și vaginul au o diversitate mai mică de specii decât gura și intestinele, unde diversitatea este extrem de mare. De asemenea, bacteriile din aceeași specie găsite în cavitatea bucală au mai multe subtipuri care trăiesc în locuri diferite în cavitatea bucală. [24] [25]

S-a estimat că cele 500 până la 1.000 de specii de bacterii care trăiesc în intestinul uman aparțin mai multor grupe: predomină Firmicutes și Bacteroidetes , dar apar și Proteobacteria , Verrumicrobia , Actinobacteria , Fusobacteria și Cyanobacteria . [26]

O serie de bacterii, cum ar fi Actinomyces viscosus și A. naeslundii , trăiesc în gură și fac parte dintr-o substanță lipicioasă numită placă . Dacă nu sunt îndepărtate în timpul periajului, întreaga masă se întărește și formează tartru . Unele bacterii secretă o serie de acizi care dizolvă smalțul dinților , provocând carii dentare .

Microflora vaginului constă în principal din diferite specii de lactobacili . S-a crezut mult timp că cea mai comună dintre aceste specii a fost Lactobacillus acidophilus , dar s-a demonstrat mai târziu că L. iners era de fapt cea mai comună , urmată de L. crispatus . Alți lactobacili găsiți în vagin sunt L. jensenii , L. delbruekii și L. gasseri . Perturbarea microflorei vaginului poate duce la infecții precum vaginoza bacteriană sau candidoza .

Archaea

Arheele sunt prezente în intestinul uman, dar în număr mult mai mic decât bacteriile . [27] Grupul predominant este metanogene , în special Methanobrevibacter smithii și Methanosphaera stadtmanae . [28] Cu toate acestea, doar aproximativ 50% dintre oameni au soiuri ușor detectabile ale acestor arhee. [29]

Începând cu 2007, nu au fost găsite exemple clare de agenți patogeni [30] [31] în ciuda faptului că s-a propus o relație între prezența unor metanogene și parodontită . [32]

Ciuperci

Ciupercile, în special drojdia , sunt prezente în intestinul uman. [33] [34] [35] [36] Cele mai studiate tulpini de Candida se datorează capacității lor de a deveni patogene în imunodeficiență sau chiar de a provoca tulburări la o gazdă sănătoasă. [34] [35] [36] Unele ciuperci colonizează pielea, [33] cum ar fi tulpinile de Malassezia , unde consumă uleiuri produse din glandele sebacee . [37] [38]

Viruși

Virușii, în special virușii bacterieni ( bacteriofagi ), locuiesc în diferite zone ale corpului, inclusiv pielea, [39] intestinele, [40] plămânii, [41] cavitatea bucală. [42] Virusurile au fost legate de mai multe boli. Virușii reflectă complexitatea relațiilor cu comunitățile bacteriene. [43] [44] [45]

Zone anatomice

Piele

Un studiu pe 20 de plasturi de piele pe fiecare dintre zece indivizi sănătoși a evidențiat 205 genuri identificate în 19 fili bacteriene, majoritatea bacteriilor aparținând la patru fili: Actinobacteria (51,8%), Firmicutes (24,4%), Proteobacteria (16,5%) și Bacteroidete (6,3%). [46] Pe pielea umană sănătoasă, un număr mare de genuri fungice sunt prezente cu unele modificări în zone ale corpului; totuși, în condiții patologice, anumite genuri tind să domine zona afectată (de exemplu, în dermatita atopică predomină Malassezia ). [33]

Pielea servește ca o barieră pentru a împiedica pătrunderea microbilor patogeni, fiind habitatul lor permanent sau temporar. Tipurile de microorganisme rezidente diferă în funcție de tipul de piele de pe corpul uman. Majoritatea microbilor rezidă pe celulele de suprafață ale pielii sau preferă să se lege de glande (glande sebacee sau sudoripare), deoarece furnizează microbilor apă, aminoacizi, acizi grași și alți nutrienți. [3]

Membrana mucoasă a ochilor

Un număr mic de ciuperci și bacterii sunt prezente în mod obișnuit în conjunctivă [33] [47], inclusiv coci Gram-pozitivi ( Staphylococcus și Streptococcus ), bastonașe și coci Gram-negativi ( Haemophilus și Neisseria ) [47] și ciuperci ( Candida , Aspergillus , și Penicillium [ 33] Lacrimile conțin bactericide precum lizozima , astfel încât este dificil pentru microorganisme să supraviețuiască și să colonizeze suprafețele epiteliale .

Tractul gastrointestinal

Microbiomul uman apare la naștere și depinde de modul în care s-a născut copilul. [48] ​​​​De exemplu, a avea copii prin operație cezariană introduce mai multă microfloră patogenă, cum ar fi Escherichia coli și Staphylococcus și crește foarte mult timpul pentru dezvoltarea microbiotei nepatogene, benefice. [49] Sugarii născuți vaginal au o microbiotă benefică normală, nepatogenă, similară ca compoziție cu cea a mamei. [cincizeci]

Relația dintre microbiota intestinală și corpul uman nu este doar comensală (coexistență inofensivă), ci mai degrabă una mutualistă (benefică reciproc). [3] Unele microorganisme din intestin ajută gazda să transforme diverse fibre alimentare în acizi grași cu lanț scurt , cum ar fi acidul acetic sau acidul butiric , care sunt apoi absorbiți de corpul uman. [8] [51] Bacteriile intestinale joacă un rol important în sinteza vitaminei B și a vitaminei K , metabolizând și acizii biliari , sterolii și xenobioticele . [3] [51] Ca urmare a ciclurilor metabolice, bacteriile produc substanțe asemănătoare hormonilor și, aparent, microbiota funcționează ca o glandă endocrină . [51] Dereglarea microbiotei intestinale a fost corelată cu o varietate de afecțiuni inflamatorii și autoimune. [8] [52]

Compoziția florei intestinale a unei persoane se modifică în timp pe măsură ce dieta se schimbă și, de asemenea, pe măsură ce starea generală de sănătate se schimbă. [8] [52] O revizuire sistematică a 15 studii randomizate controlate pe oameni din iulie 2016 a constatat că unele tulpini de bacterii probiotice disponibile comercial din genurile Bifidobacterium și Lactobacillus ( B. longum , B. breve , B. infantis , L. helveticus ) , L. rhamnosus , L. plantarum și L. casei ) atunci când sunt administrate oral în doze zilnice de 10 9 -10 10 unități formatoare de colonii (CFU) timp de 1-2 luni, au efecte terapeutice (adică îmbunătățesc rezultatele comportamentale) în anumite tulburări ale sistemului nervos central  - inclusiv anxietatea , depresia , tulburările din spectrul autismului și tulburarea obsesiv-compulsivă  - și îmbunătățește anumite aspecte ale memoriei . [53] Cu toate acestea, modificările microbiomului pot provoca, de asemenea, condiții de sănătate dăunătoare. În munca lui Musso și colab., s-a descoperit că microbiota intestinală a persoanelor obeze are mai multe Firmicutes și mai puține Bacteroidetes decât indivizii sănătoși. [54] Un alt studiu al lui Gordon și colab. a confirmat că compoziția microbiotei este cea care provoacă obezitatea și nu invers. Acest lucru a fost realizat prin transplantarea microbiotei intestinale de la șoareci obezi sau șoareci care au o dietă specială la șoareci de control lipsiți de microbiom. Ei au descoperit că șoarecii transplantați cu microbiotă intestinală de la șoareci obezi au avut niveluri semnificativ mai mari de grăsime atunci când au fost hrăniți cu aceeași dietă decât șoarecii transplantați cu microbiomul de la animalele care au urmat dietă. [55]

Uretra și vezica urinară

Se pare că există o microbiotă în sistemul genito -urinar [56] [57] care este neașteptată din cauza lipsei de rezultate atunci când este analizată prin metodele clasice de cultură microbiologică de laborator pentru a detecta infecția tractului urinar ; . [58] Metodele clasice de cultură nu detectează multe tipuri de bacterii și alte microorganisme . [58] Cu toate acestea, pe baza metodelor de secvențiere , identificarea microorganismelor a fost efectuată pentru a determina dacă există diferențe în microbiota între indivizii sănătoși și cei cu probleme ale tractului urinar. [56] [57]

Vagin

Microbiota vaginală include organisme care joacă un rol important în protejarea împotriva infecțiilor și menținerea sănătății vaginale. [59] Cele mai frecvente microorganisme găsite la femeile aflate în premenopauză aparțin genului Lactobacillus , care inhibă creșterea organismelor patogene prin producerea de peroxid de hidrogen și acid lactic. [60] [59] [61] Compoziția microbiotei este foarte dependentă de stadiul ciclului menstrual . [3] [62] S-a stabilit o asociere între actul sexual, utilizarea antibioticelor și pierderea lactobacililor la femei. [61] Mai mult, studiile au arătat că actul sexual cu un prezervativ pare să modifice nivelul de lactobacili și să crească nivelul de E. coli în vagin. [61] Toate modificările care apar în microbiota vaginală sănătoasă pot indica dezvoltarea diferitelor infecții, inclusiv candidoza sau vaginoza bacteriană . [33] [60] [36]

Placenta

Până de curând, placenta era considerată sterilă, dar în țesutul placentar au fost identificate mai multe bacterii nepatogene. [63] [64] [65]

Uter

Până de curând, tractul reproducător superior feminin era considerat un mediu steril. O varietate de microorganisme locuiește în uterul femeilor sănătoase, asimptomatice, de vârstă reproductivă. Microbiomul uterului este semnificativ diferit de microbiomul vaginului și al tractului gastrointestinal. [66]

Cavitatea bucală

Cavitatea bucală asigură condițiile necesare pentru creșterea microorganismelor, inclusiv apă, nutrienți și o temperatură adecvată. [3] Bacteriile anaerobe din cavitatea bucală includ : Actinomyces , Arachnia , Bacteroides , Bifidobacterium , Eubacterium , Fusobacterium , Lactobacillus , Leptotrichia , Peptococcus , Peptostreptococcus , Propionibacterium , Selenomonas , Veille . [67] Genurile fungice includ, printre altele: Candida , Cladosporium , Aspergillus , Fusarium , Glomus , Alternaria , Penicillium și Cryptococcus . [33]

Bacteriile se acumulează atât în ​​țesuturile dure, cât și în cele moi ale cavității bucale, într-un biofilm , permițându-le să adere. Drept urmare, ei beneficiază de protecție împotriva factorilor de mediu și a agenților antimicrobieni. [68] Saliva joacă un rol cheie în menținerea condițiilor pentru creșterea biofilmului și recolonizarea bacteriană prin furnizarea de nutrienți și reglarea temperaturii. De asemenea, controlează creșterea microorganismelor prin spălarea unei părți din biofilm. [69] [70]

Bacteriile din gură au dezvoltat mecanisme pentru a simți mediul lor și pentru a evita să facă modificări gazdei. Cu toate acestea, sistemul de apărare uman înnăscut extrem de eficient controlează constant colonizarea bacteriană și previne invazia bacteriană a țesuturilor locale. Există un echilibru dinamic între bacteriile din plăci și sistemul de apărare înnăscut al organismului. [71]

Un echilibru sănătos este un fel de simbioză, când microbii din cavitatea bucală limitează creșterea și atașarea agenților patogeni, iar corpul uman oferă condiții pentru creșterea și dezvoltarea lor. [72] [68] Schimbarea vieții unei persoane, inclusiv a sistemului imunitar, nutriția, transformarea compoziției speciilor, bulversează acest echilibru de la reciproc benefic la parazit. [68] S-a demonstrat că diabetul zaharat și bolile cardiovasculare sunt asociate cu sănătatea orală. [72]

Igiena orală regulată este principala metodă de prevenire a dezvoltării diferitelor boli. [72] Curățarea gurii reduce creșterea excesivă a potențialelor bacterii patogene. [70] Cu toate acestea, igiena orală adecvată poate să nu fie suficientă, deoarece este un sistem complex în care trebuie luate în considerare răspunsul imun, genetica și compoziția speciilor. [70] Antibioticele pot fi folosite pentru a combate infecțiile, dar pot să nu fie eficiente împotriva biofilmelor. [70]

Plămâni

Ca și în cazul cavității bucale, sistemele respiratorii superioare și inferioare au mijloace mecanice de îndepărtare a germenilor. Celulele caliciforme produc secreții care captează microbii și îi scot din sistemul respirator prin celulele epiteliale ciliate în mișcare continuă . Împreună cu aceasta, efectul bactericid este obținut prin conținutul de lizozim din mucus. [3] Microbiota pulmonară aparține a 9 genuri: Prevotella , Sphingomonas , Pseudomonas , Acinetobacter , Fusobacterium , Megasphaera , Veillonella , Staphylococcus și Streptococcus . Se crede că unele dintre aceste bacterii „normale” pot provoca boli foarte grave, în special la persoanele imunodeprimate. Bacteriile includ: Streptococcus pyogenes , Haemophilus influenzae , Streptococcus pneumoniae , Neisseria meningitidis și taphylococcus aureus . Genurile fungice care alcătuiesc micobiomul pulmonar includ Candida , Malassezia , Neosartorya , Saccharomyces , Aspergillus și altele. [33]

O distribuție neobișnuită a genurilor bacteriene și fungice în tractul respirator este observată la persoanele cu fibroză chistică . [33] [73] Mediul lor bacterian conține adesea bacterii rezistente la antibiotice și cu creștere lentă, iar frecvența acestor agenți patogeni variază în funcție de vârstă. [73]

Căile biliare

În mod tradițional, se crede că tractul biliar este de obicei steril, iar prezența microorganismelor în bilă este un marker al procesului patologic. Această presupunere a fost susținută de eșecul de a izola tulpinile bacteriene din ductul biliar normal. În 2013, s-a demonstrat că microbiota normală a tractului biliar este un strat funcțional separat care protejează tractul biliar de colonizarea de către microorganismele exogene.

Boală și moarte

Studiile metagenomice și epidemiologice arată un rol important pentru microbiomul uman în prevenirea unei game largi de boli, de la diabetul de tip 2, obezitatea, bolile inflamatorii intestinale până la boala Parkinson și chiar bolile psihiatrice precum depresia. [74] Relația simbiotică dintre microbiota intestinală și diferite bacterii poate influența răspunsul imun uman. [75] Unele studii sugerează că tratamentul de corectare a microbiomului poate fi eficient în tratamentul diabetului zaharat [76] .

Cancer

Deși cancerul este un amestec de boli genetice și factori de mediu, microbii sunt implicați în 20% din cazurile de cancer. [77] Unii factori ai cancerului de colon arată că există de un milion de ori mai multe bacterii în colon decât în ​​intestinul subțire și de aproximativ 12 ori mai multe cancere în colon decât în ​​intestinul subțire, stabilindu-se posibil un rol patogen. cancer , [78] Analiza microbiană poate fi utilizată ca instrument de prognostic în evaluarea cancerului colorectal. [78]

Microbiota poate influența carcinogeneza în trei moduri principale: (i) prin modificarea echilibrului proliferării și moartea celulelor tumorale, (ii) prin reglarea funcției sistemului imunitar și (iii) prin influențarea metabolismului prin modificarea digestibilității alimentelor și produselor farmaceutice ingerate. [78] Tumorile care se dezvoltă la diferite locuri implică de obicei microbiota. Microbii din aceste locuri se adaptează mai bine pe baza conținutului redus de oxigen sau a unei surse de nutriție suplimentară. Scăderea populațiilor de microbi specifici sau stresul oxidativ indus pot crește riscul de cancer. [77] [78] Din cei 1030 de microbi cunoscuți, 10 au fost identificați ca fiind cancerigeni de către Agenția Internațională pentru Cercetare a Cancerului . [77] [78] Bacteriile pot secreta proteine ​​sau alți factori care controlează direct proliferarea celulelor umane, ceea ce poate crește sau slăbi sistemul imunitar al gazdei, inclusiv provocând inflamație acută sau cronică.

Un dezechilibru între gazdă și microbiotă reduce rezistența la malignitate, provocând posibil inflamație și cancer. După depășirea barierelor de protecție, microbii induc programe proinflamatorii sau imunosupresoare în diferite moduri. [77] De exemplu, microbii asociați cancerului par să activeze semnalizarea NF-κΒ în micromediul tumoral. Alți receptori, cum ar fi receptorii Nod-like, pot juca un rol în mediarea cancerului colorectal. [77] În mod similar , Helicobacter pylori a pare să crească riscul de cancer gastric datorită răspunsului său inflamator cronic în stomac. [78]

Boala inflamatorie intestinală

Boala inflamatorie intestinală include colita ulcerativă și boala Crohn. Aceste boli sunt însoțite de o tulburare de compoziție în microbiota intestinală (cunoscută și sub denumirea de disbioză ) și se manifestă ca o scădere a diversității microbiene în intestin. [79] [80] S-a descoperit că disbioza se corelează cu defecte ale genei gazdă care modifică răspunsul imun înnăscut la om. [79]

Virusul imunodeficienței umane

Dezvoltarea bolii HIV afectează modificarea microbiotei intestinale. Virusul perturbă integritatea barierei epiteliale prin afectarea joncțiunilor strânse . Aceste tulburări duc la dezvoltarea inflamației la persoanele cu HIV. [81]

Microbiota vaginală joacă un rol în transmiterea HIV. Există un risc crescut de a face boala dacă o femeie are vaginoză bacteriană . Cu toate acestea, se observă o scădere a infecțiozității cu o creștere a nivelului de Lactobacillus vaginal , care contribuie la dezvoltarea unei stări antiinflamatorii. [81]

Migrație

Cercetările preliminare sugerează că pot apărea schimbări imediate în microbiomul unei persoane atunci când se mută în altă țară. [82] [83] S-a constatat că scăderea diversității speciilor a fost semnificativ mai mare la persoanele cu obezitate și la copiii emigranților. [82] [83]

Analiza microbiomului

În prezent, în întreaga lume sunt implementate soluții comerciale pentru analiza microbiomului uman. Companiile de biotehnologie oferă servicii de testare și analiză a microbiotei, în special flora intestinală, și oferă sfaturi nutriționale. Așadar, începând din 2012, a apărut primul produs comercial al companiei uBiome [84] (nu există în prezent) și dezvoltarea ulterioară a regiei de către companii precum Viome [85] , BIOHM [86] , Thryve [87] , iBIOM [88] , inclusiv Atlas intern [89] și altele.

Modificări ale microbiomului la pacienții cu COVID-19

Lucrările recente arată o posibilă dependență a modificărilor microbiotei unei persoane sănătoase după infectarea cu virusul SARS-CoV-2. [90] Pacienții cu COVID-19 au prezentat modificări semnificative în microbiota comparativ cu martorii, caracterizate prin îmbogățirea agenților patogeni oportuniști și epuizarea bacteriilor benefice în timpul bolii. Abundența inițială a Coprobacillus, Clostridium ramosum și Clostridium hathewayi s -a corelat cu severitatea COVID-19, în timp ce a fost observată o corelație inversă între abundența Faecalibacterium prausnitzii (bacteriile antiinflamatorii) și severitatea bolii. [91]

Note

  1. ↑ Vocabularul cercetării microbiomului: o propunere  (neopr.)  // Microbiom. - 2015. - T. 3 . - S. 31 . - doi : 10.1186/s40168-015-0094-5 . — PMID 26229597 .
  2. ↑ Stoma I.O. Microbiomul în medicină: un ghid pentru clinicieni . - Moscova: GEOTAR-Media, 2020. - 320 p. — ISBN 978-5-9704-5844-0 . Arhivat pe 27 februarie 2022 la Wayback Machine
  3. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Sherwood, Linda; Willey, Joanne; Woolverton, Christopher. [ [1]  în Prescott's Microbiology  Google Books ] (neopr.) . — al 9-lea. - New York: McGraw-Hill Education , 2013. - pp. 713-721. — ISBN 9780073402406 .
  4. ↑ 1 2 3 Întrebări frecvente ale Academiei Americane de Microbiologie : Microbiomul uman [{{{1}}} Arhivat] {{{2}}}. Ianuarie 2014
  5. ↑ 1 2 Judah L. Rosner pentru Microbe Magazine, februarie 2014. De zece ori mai multe celule microbiene decât celulele corporale la oameni? Arhivat pe 17 septembrie 2020 la Wayback Machine
  6. ↑ 1 2 Alison Abbott pentru Nature News. 8 ianuarie 2016 Oamenii de știință scapă mitul potrivit căruia corpurile noastre au mai multe bacterii decât celulele umane Arhivat 17 ianuarie 2021 la Wayback Machine
  7. ↑ 1 2 Sender, R. Suntem cu adevărat depășiți numeric? Revizuirea raportului dintre celulele bacteriene și gazdă la oameni  (engleză)  // Cell  : jurnal. - Cell Press , 2016. - Ianuarie ( vol. 164 , nr. 3 ). - P. 337-340 . - doi : 10.1016/j.cell.2016.01.013 . — PMID 26824647 .
  8. ↑ 1 2 3 4 5 6 Quigley, EM Bacteriile intestinale în sănătate și boli  (neopr.)  // Gastroenterol Hepatol (NY). - 2013. - T. 9 , Nr. 9 . - S. 560-569 . — PMID 24729765 .
  9. ↑ Microbiology Meets Big Data: The Case of Gut Microbiota-Derived Trimethylamine   // Annu . Rev. microbiol.  : jurnal. - 2015. - Vol. 69 . - P. 305-321 . - doi : 10.1146/annurev-micro-091014-104422 . — PMID 26274026 .
  10. ↑ Archaea și intestinul uman: un nou început al unei vechi povești  // World J. Gastroenterol  . : jurnal. - 2014. - noiembrie ( vol. 20 , nr. 43 ). - P. 16062-16078 . doi : 10.3748 / wjg.v20.i43.16062 . — PMID 25473158 .
  11. ↑ 1 2 Proiectul NIH Human Microbiome definește structura bacteriană normală a corpului . NIH News (13 iunie 2012). Preluat la 3 februarie 2020. Arhivat din original la 17 iunie 2012.
  12. ↑ 1 2 3 NIH Human Microbiome Working Group.  Proiectul NIH Human Microbiome  // Genome Res : jurnal. - 2009. - Vol. 19 , nr. 12 . - P. 2317-2323 . - doi : 10.1101/gr.096651.109 . — PMID 19819907 .
  13. ↑ Kuczynski, J. și colab. Instrumente experimentale și analitice pentru studiul microbiomului uman  (engleză)  // Nature Reviews Genetics  : journal. - 2011. - Vol. 13 , nr. 1 . - P. 47-58 . - doi : 10.1038/nrg3129 . — PMID 22179717 .
  14. ↑ Vestheim, H. Primerii de blocare pentru a îmbunătăți amplificarea PCR a secvențelor rare în probe mixte – un studiu de caz asupra ADN-ului pradă în stomacurile de krill antarctic  //  BioMed Central : jurnal. - 2008. - Vol. 5 . — P. 12 . - doi : 10.1186/1742-9994-5-12 . — PMID 18638418 .
  15. ↑ Atingeți; Julien; Mondot et al. Spre nucleul filogenetic al microbiotei intestinale umane  (engleză)  // Environmental Microbiology : journal. - 2009. - Vol. 11 , nr. 102 . - P. 2574-2584 . - doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.01982.x . — PMID 19601958 .
  16. ↑ Hamady, M.; Knight, R. Profilarea comunității microbiene pentru proiectele de microbiom uman  : instrumente, tehnici și provocări  // Cercetarea genomului : jurnal. - 2009. - Vol. 19 , nr. 7 . - P. 1141-1152 . - doi : 10.1101/gr.085464.108 . — PMID 19383763 .
  17. ↑ Human Microbiome Project Consortium. Un cadru pentru cercetarea microbiomului uman  (engleză)  // Natură. - 2012. - Vol. 486 , nr. 7402 . - P. 215-221 . - doi : 10.1038/nature11209 . — . — PMID 22699610 .
  18. ↑ The Human Microbiome Project Consortium. Structura, funcția și diversitatea microbiomului uman sănătos  (engleză)  // Nature : journal. - 2012. - Vol. 486 , nr. 7402 . - P. 207-214 . - doi : 10.1038/nature11234 . — . — PMID 22699609 .
  19. ↑ 1 2 3 4 5 6 Gutui, Christopher. Metagenomica puștilor, de la prelevare la analiză  (engleză)  // Nature Biotechnology  : journal. - Nature Publishing Group , 2017. - 12 septembrie ( vol. 35 , nr. 9 ). - P. 833-844 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt.3935 . — PMID 28898207 .
  20. ↑ Claesson, Marcus J. Ghidul unui clinician pentru analiza microbiomului  // Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology  : journal  . - 2017. - 9 august ( vol. 14 , nr. 10 ). - P. 585-595 . — ISSN 1759-5045 . - doi : 10.1038/nrgastro.2017.97 . — PMID 28790452 .
  21. ↑ 1 2 3 Knight, Rob. Cele mai bune practici pentru analiza microbiomilor  (engleză)  // Nature Reviews Microbiology  : journal. - 2018. - 23 mai ( vol. 16 , nr. 7 ). - P. 410-422 . — ISSN 1740-1526 . - doi : 10.1038/s41579-018-0029-9 . — PMID 29795328 .
  22. ↑ Washburne, Alex D. Metode pentru analiza filogenetică a datelor microbiomului  // Nature  Microbiology : jurnal. - 2018. - 24 mai ( vol. 3 , nr. 6 ). - P. 652-661 . — ISSN 2058-5276 . - doi : 10.1038/s41564-018-0156-0 . — PMID 29795540 .
  23. ↑ ES Van Amersfoort, TJC Van Berkel, J. Kuiper. Receptori, mediatori și mecanisme implicate în sepsisul bacterian și șocul septic  //  Clinical Microbiology Reviews. - 2003-07-01. — Vol. 16 , iss. 3 . - P. 379-414 . — ISSN 0893-8512 . - doi : 10.1128/CMR.16.3.379-414.2003 .
  24. ↑ PLoS Human Microbiome Project Collection Manuscris Rezumate Arhivat 4 martie 2014 la Wayback Machine 13 iunie 2012
  25. ↑ Consorțiul Oamenilor de Știință Hartă ecosistemul bacterian al corpului uman . ucsf.edu . Preluat la 3 februarie 2020. Arhivat din original la 30 iulie 2019.
  26. ↑ Sommer, F. Microbiota intestinală—maeștri ai dezvoltării și fiziologiei gazdei  (ing.)  // Nat Rev Microbiol  : journal. - 2013. - Aprilie ( vol. 11 , nr. 4 ). - P. 227-238 . - doi : 10.1038/nrmicro2974 . — PMID 23435359 .
  27. ↑ Diversitatea florei microbiene intestinale umane   // Știință . - 2005. - Vol. 308 , nr. 5728 . - P. 1635-1638 . - doi : 10.1126/science.1110591 . - Cod biblic . — PMID 15831718 .
  28. ↑ Diversitate bacteriană cultivabilă din colonul uman   // Lett . Appl. microbiol. : jurnal. - 2007. - Vol. 44 , nr. 4 . - P. 343-350 . - doi : 10.1111/j.1472-765X.2007.02129.x . — PMID 17397470 .
  29. ↑ Factorii de mediu comun și unici determină ecologia metanogenilor la oameni și șobolani   // Am . J. Gastroenterol. : jurnal. - 2000. - Vol. 95 , nr. 10 . - P. 2872-2879 . - doi : 10.1111/j.1572-0241.2000.02319.x . — PMID 11051362 .
  30. ↑ Archaea și rolul lor potențial în boala umană  //  Infecție și imunitate : jurnal. - 2003. - Vol. 71 , nr. 2 . - P. 591-596 . - doi : 10.1128/IAI.71.2.591-596.2003 . — PMID 12540534 .
  31. ↑ Arheile patogene: există ele? (engleză)  // BioEssays : jurnal. - 2003. - Vol. 25 , nr. 11 . - P. 1119-1128 . doi : 10.1002 / bies.10354 . — PMID 14579252 .
  32. ↑ Arhea metanogenică și boala parodontală umană  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2004. - Vol. 101 , nr. 16 . - P. 6176-6181 . - doi : 10.1073/pnas.0308766101 . - Cod . — PMID 15067114 .
  33. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Micobiomul uman în sănătate și boală   // Genome Med : jurnal. - 2013. - iulie ( vol. 5 , nr. 7 ). — P. 63 . - doi : 10.1186/gm467 . — PMID 23899327 .
  34. ↑ 1 2 Candidoza: factori predispozanți, prevenire, diagnostic și tratament alternativ  (engleză)  // Mycopathologia : jurnal. - 2014. - iunie ( vol. 177 , nr. 5-6 ). - P. 223-240 . - doi : 10.1007/s11046-014-9749-1 . — PMID 24789109 .
  35. ↑ 1 2 Articol de recenzie: microbiota fungică și boli digestive   // ​​Aliment . Pharmacol. Acolo. : jurnal. - 2014. - Aprilie ( vol. 39 , nr. 8 ). - P. 751-766 . - doi : 10.1111/apt.12665 ​​​​. — PMID 24612332 .
  36. ↑ 1 2 3 Creșterea excesivă a ciupercilor intestinale subțiri  (neopr.)  // Curr Gastroenterol Rep. - 2015. - Aprilie ( vol. 17 , nr. 4 ). - S. 16 . - doi : 10.1007/s11894-015-0436-2 . — PMID 25786900 .
  37. ↑ Infecții umane cauzate de Malassezia spp   // Microbiology and Molecular Biology Reviews : jurnal. — Societatea Americană pentru Microbiologie, 1992. - 1 aprilie ( vol. 5 , nr. 2 ). - P. 101-119 . - doi : 10.1128/CMR.5.2.101 . — PMID 1576583 .
  38. ↑ Ecologia microbiană a pielii   // Annu . Rev. microbiol. . - 1988. - Vol. 42 , nr. 1 . - P. 441-464 . - doi : 10.1146/annurev.mi.42.100188.002301 . — PMID 3144238 .
  39. ↑ Hannigan, Geoffrey D. The Human Skin Double-Stranded DNA Virome: Topographical and Temporal Diversity, Genetic Enrichment, and Dynamic Associations with the Host  Microbiome //  mBio : jurnal. - 2015. - 30 octombrie ( vol. 6 , nr. 5 ). - P.e01578-15 . - doi : 10.1128/mBio.01578-15 . — PMID 26489866 .
  40. ↑ Minot, Samuel. Viromul intestinal uman: variație inter-individuală și răspuns dinamic la dietă   // Cercetarea genomului : jurnal. - 2011. - 1 octombrie ( vol. 21 , nr. 10 ). - P. 1616-1625 . - doi : 10.1101/gr.122705.111 . — PMID 21880779 .
  41. ↑ Young, JC Metagenomica virală dezvăluie flori de anelovirusuri în tractul respirator al primitorilor de transplant pulmonar  // American  Journal of Transplantation : jurnal. - 2015. - 1 ianuarie ( vol. 15 , nr. 1 ). - P. 200-209 . - doi : 10.1111/ajt.13031 . — PMID 25403800 .
  42. ↑ Abeles, Shira R. Virusurile orale umane sunt personale, persistente și consistente în funcție de gen  //  The ISME Journal : jurnal. - 2014. - 1 septembrie ( vol. 8 , nr. 9 ). - P. 1753-1767 . - doi : 10.1038/ismej.2014.31 . — PMID 24646696 .
  43. ↑ Ly, Melissa. Ecologie virală orală alterată în asociere cu  boala parodontală //  mBio : jurnal. - 2014. - 1 iulie ( vol. 5 , nr. 3 ). - P.e01133-14 . - doi : 10.1128/mBio.01133-14 . — PMID 24846382 .
  44. ↑ Monaco, Cynthia L. Altered Virome and Bacterial Microbiome in Human Imunodeficiency Virus-Associated Acquired Imunodeficiency Syndrome   // Cell Host & Microbe : jurnal. - 2016. - 9 martie ( vol. 19 , nr. 3 ). - P. 311-322 . - doi : 10.1016/j.chom.2016.02.011 . — PMID 26962942 .
  45. ↑ Norman, Jason M. Disease-specific alterations in the enteric virome in inflammatory bowel disease  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2015. - 29 ianuarie ( vol. 160 , nr. 3 ). - P. 447-460 . - doi : 10.1016/j.cell.2015.01.002 . — PMID 25619688 .
  46. ↑ Grice, Elizabeth A. Topographical and Temporal Diversity of the Human Skin Microbiome  //  Science : journal. - 2006. - Vol. 324 , nr. 5931 . - P. 1190-1192 . - doi : 10.1126/science.1171700 . - . — PMID 19478181 .
  47. ↑ 1 2 Flora bacteriană normală a oamenilor . manual de bacteriologie.net . Preluat la 3 februarie 2020. Arhivat din original la 18 decembrie 2017.
  48. ↑ Yang, Irene. Microbiomul sugarului  //  Cercetare în îngrijire : jurnal. - 2016. - Vol. 65 , nr. 1 . - P. 76-88 . - doi : 10.1097/NNR.0000000000000133 . — PMID 26657483 .
  49. ↑ Wall, R. Role of Gut Microbiota in Early Infant Development  (nespecificat)  // Clinical Medicine. Pediatrie. - 2009. - 4 martie ( vol. 3 ). - S. 45-54 . — ISSN 1178-220X . - doi : 10.4137/cmped.s2008 . — PMID 23818794 .
  50. ↑ Mueller, Noel T. Dezvoltarea microbiomului infantil: mama contează   // Trends in Molecular Medicine : jurnal. - Cell Press , 2015. - Februarie ( vol. 21 , nr. 2 ). - P. 109-117 . - doi : 10.1016/j.molmed.2014.12.002 . — PMID 25578246 .
  51. ↑ 1 2 3 Clarke, G. și colab. Minireview: Microbiota intestinală: organul endocrin neglijat   // Mol Endocrinol : jurnal. - 2014. - august ( vol. 28 , nr. 8 ). - P. 1221-1238 . — doi : 10.1210/me.2014-1108 . — PMID 24892638 .
  52. ↑ 1 2 Shen, S. Bugging inflammation: role of the gut microbiota  (nespecificated)  // Clin Transl Immunology. - 2016. - V. 5 , Nr. 4 . - doi : 10.1038/cti.2016.12 . — PMID 27195115 .
  53. ↑ Efectul probioticelor asupra funcțiilor sistemului nervos central la animale și la oameni - o revizuire sistematică  //  J. Neurogastroenterol Motil. : jurnal. - 2016. - iulie ( vol. 22 , nr. 4 ). - P. 589-605 . - doi : 10.5056/jnm16018 . — PMID 27413138 .
  54. ↑ Musso, G. Obesity, Diabetes, and Gut Microbiota: The hygiene hypothesis expanded? (Engleză)  // Îngrijirea diabetului : jurnal. - 2010. - 28 septembrie ( vol. 33 , nr. 10 ). - P. 2277-2284 . doi : 10.2337 /dc10-0556 . — PMID 20876708 .
  55. ↑ Turnbaugh, Peter J. Obezitatea indusă de dietă este legată de modificări marcate, dar reversibile ale microbiului intestinal distal al șoarecelui   // Gazdă celulară și microbi : jurnal. - 2008. - Aprilie ( vol. 3 , nr. 4 ). - P. 213-223 . - doi : 10.1016/j.chom.2008.02.015 . — PMID 18407065 .
  56. ↑ 1 2 Drake, MJ Microbiomul urinar și contribuția sa la simptomele tractului urinar inferior  //  Neurourology and Urodynamics : journal. - 2017. - Aprilie ( vol. 36 , nr. 4 ). - P. 850-853 . - doi : 10.1002/nau.23006 . — PMID 28444712 ​​​​.
  57. ↑ 1 2 Aragón, IM The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease  //  European Urology Focus : jurnal. - 2018. - ianuarie ( vol. 4 , nr. 1 ). - P. 128-138 . - doi : 10.1016/j.euf.2016.11.001 . — PMID 28753805 .
  58. ↑ 1 2 Schmiemann, G. Diagnostic of Urinary Tract Infection: A Systematic Review  //  Deutsches Aerzteblatt Online: jurnal. - 2010. - Vol. 107 , nr. 21 . - P. 361-367 . - doi : 10.3238/arztebl.2010.0361 . — PMID 20539810 .
  59. ↑ 1 2 Petrova, Mariya I. Speciile de Lactobacillus ca biomarkeri și agenți care pot promova diferite aspecte ale sănătății vaginale  //  Frontiers in Physiology : journal. - 2015. - Vol. 6 . — P. 81 . - doi : 10.3389/fphys.2015.00081 . — PMID 25859220 .
  60. ↑ 1 2 Articol de recenzie: microbiota fungică și boli digestive   // ​​Aliment . Pharmacol. Acolo. : jurnal. - 2014. - Aprilie ( vol. 39 , nr. 8 ). - P. 751-766 . - doi : 10.1111/apt.12665 ​​​​. — PMID 24612332 .
  61. ↑ 1 2 3 Witkin, SS Flora bacteriană a tractului genital feminin: Funcția și reglarea imunității  (engleză)  // Best Practice & Research Clinical Obstetrics & Gynecology: journal. - 2007. - Vol. 21 , nr. 3 . - P. 347-354 . - doi : 10.1016/j.bpobgyn.2006.12.004 . — PMID 17215167 .
  62. ↑ Onderdonk, AB Metode pentru evaluarea cantitativă și calitativă a microflorei vaginale în timpul menstruației   // Microbiologie aplicată și de mediu : jurnal. - 1986. - Vol. 51 , nr. 2 . - P. 333-339 . — PMID 3954346 .
  63. ↑ Fox, Chelsea. Microbiomul matern și rezultatele sarcinii  (neopr.)  // Fertilitatea și Sterilitatea. - 2015. - T. 104 , Nr. 6 . - S. 1358-1363 . - doi : 10.1016/j.fertnstert.2015.09.037 . — PMID 26493119 .
  64. ↑ Wassenaar, T.M. Se dezvoltă un făt într-un mediu steril? (neopr.)  // Scrisori în microbiologie aplicată. - 2014. - T. 59 , Nr. 6 . - S. 572-579 . - doi : 10.1111/lam.12334 . — PMID 25273890 .
  65. ↑ Schwiertz, Andreas. Microbiota corpului uman: implicații în sănătate și  boală . - 2016. - ISBN 978-3-319-31248-4 .
  66. ↑ Franasiak, Jason M. Reproductive tract microbiome in assisted reproductive technologies  //  Fertility and Sterility : journal. - 2015. - Vol. 104 , nr. 6 . - P. 1364-1371 . - doi : 10.1016/j.fertnstert.2015.10.012 . — PMID 26597628 .
  67. ↑ Sutter, VL Anaerobii ca floră orală normală  //  Reviews of Infectious Diseases : jurnal. - 1984. - Vol. 6 suple 1 . -P.S62- S66 . - doi : 10.1093/clinids/6.Supplement_1.S62 . — PMID 6372039 .
  68. ↑ 1 2 3 Purnima, Kumar. Microbiota orală și boli sistemice  (neopr.)  // Anaerob. - 2013. - Decembrie ( vol. 24 ). - S. 90-93 . - doi : 10.1016/j.anaerobe.2013.09.010 . — PMID 24128801 .
  69. ↑ Arweiler, Nicole B.; Netuschil, Lutz. Microbiota corpului uman: implicații în sănătate și  boală . — Springer, Cham . - P. 45-60. — ISBN 978-3-319-31248-4 .
  70. ↑ 1 2 3 4 Avila, Maria.  Microbiota orală : trăirea cu un oaspete permanent  // ADN și biologie celulară : jurnal. - 2009. - Vol. 28 , nr. 8 . - P. 405-411 . — ISSN 1044-5498 . - doi : 10.1089/dna.2009.0874 . — PMID 19485767 .
  71. ↑ Rogers AH (editor). Microbiologie orală moleculară  (neopr.) . – Caister Academic Press, 2008. - ISBN 978-1-904455-24-0 .
  72. ↑ 1 2 3 Zarco, MF Microbiomul oral în sănătate și boală și impactul potențial asupra medicinii dentare personalizate  //  Oral Diseases : journal. - 2012. - Vol. 18 , nr. 2 . - P. 109-120 . — ISSN 1354-523X . - doi : 10.1111/j.1601-0825.2011.01851.x . — PMID 21902769 .
  73. ↑ 1 2 Beringer, P M. Flora bacteriană respiratorie neobișnuită în fibroza chistică: caracteristici microbiologice și clinice  //  Current Opinion in Pulmonary Medicine : journal. Lippincott Williams & Wilkins, 2000. — Noiembrie ( vol. 6 , nr. 6 ). - P. 545-550 . - doi : 10.1097/00063198-200011000-00015 . — PMID 11100967 . Arhivat din original pe 16 octombrie 2013.
  74. ↑ Copeland CS. Lumea din noi: sănătatea și microbiomul uman. Arhivat pe 7 decembrie 2019 la Wayback Machine Healthcare Journal of New Orleans, septembrie-oct. 2017.
  75. ↑ Honda, Kenya. Microbiota în homeostazia imună adaptivă și boli  (engleză)  // Nature : journal. - 2016. - 7 iulie ( vol. 535 , nr. 7610 ). - P. 75-84 . - doi : 10.1038/nature18848 . — . — PMID 27383982 .
  76. ↑ Burton, JH Adăugarea unui modulator al microbiomului gastrointestinal la metformin îmbunătățește toleranța la metformină și nivelurile de glucoză a jeun  //  Journal of Diabetes Science and Technology : jurnal. - 2015. - Vol. 9 , nr. 4 . - P. 808-814 . doi : 10.1177 / 1932296815577425 . — PMID 25802471 .
  77. ↑ 1 2 3 4 5 Garrett, W. S. Cancer and the microbiota   // Science . - 2015. - 3 aprilie ( vol. 348 , nr. 6230 ). - P. 80-6 . - doi : 10.1126/science.aaa4972 . — . — PMID 25838377 .
  78. ↑ 1 2 3 4 5 6 Gagnière, J. Dezechilibrul microbiotei intestinale și cancerul colorectal  // Jurnalul Mondial de  Gastroenterologie : jurnal. - 2016. - Vol. 22 , nr. 2 . - P. 501-518 . - doi : 10.3748/wjg.v22.i2.501 . — PMID 26811603 .
  79. ↑ 1 2 Sartor, R. Balfour. Microbii intestinali în bolile inflamatorii intestinale  (neopr.)  // The American Journal of Gastroenterology Supplements. - 2012. - iulie ( vol. 1 , nr. 1 ). - S. 15-21 . - doi : 10.1038/ajgsup.2012.4 .
  80. ↑ Hold, Georgina L. Rolul microbiotei intestinale în patogeneza bolii inflamatorii intestinale: Ce am învățat în ultimii 10 ani? (Engleză)  // Jurnalul Mondial de Gastroenterologie : jurnal. - 2014. - 7 februarie ( vol. 20 , nr. 5 ). - P. 1192-1210 . - doi : 10.3748/wjg.v20.i5.1192 . — PMID 24574795 .
  81. ↑ 1 2 Zilberman-Schapira, Gili. Microbiomul intestinal în infecția cu virusul imunodeficienței umane  (engleză)  // BMC Medicine : jurnal. - 2016. - Vol. 14 , nr. 1 . — P. 83 . - doi : 10.1186/s12916-016-0625-3 . — PMID 27256449 .
  82. ↑ 1 2 Vanagay, Pajau et al. Imigrația din SUA occidentalizează microbiomul intestinal uman  (engleză)  // Cell  : journal. - Cell Press , 2018. - 1 noiembrie ( vol. 175 , nr. 4 ). - P. 962-972 . — doi : 10.1016/j.cell.2018.10.029 . — PMID 30388453 .
  83. ↑ 1 2 Kaplan, Robert C. Compoziția microbiomului intestinal în Studiul/Studiul asupra sănătății comunității hispanice asupra latinilor este modelată de relocarea geografică, factori de mediu și obezitate  //  BioMed Central : jurnal. - 2019. - 1 noiembrie ( vol. 20 , nr. 1 ). — P. 219 . — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/s13059-019-1831-z . — PMID 31672155 .
  84. ↑ uBiome  //  Wikipedia. — 25.08.2020.
  85. ↑ Profilul companiei Viome și conducerea . Viome . Preluat la 20 octombrie 2020. Arhivat din original la 21 octombrie 2020.
  86. ↑ De ce Biohm Health |  Bunăstarea generală prin optimizarea sănătății intestinale . BIOHM Sănătate . Preluat la 20 octombrie 2020. Arhivat din original la 23 octombrie 2020.
  87. ↑ Știința noastră  . Programul Thryve-Gut Health . Preluat la 20 octombrie 2020. Arhivat din original la 21 octombrie 2020.
  88. ↑ Blog  (slovenă) . iBIOM . Preluat la 20 octombrie 2020. Arhivat din original la 23 octombrie 2020.
  89. ↑ Microbiota . Blog Atlas . Preluat la 20 octombrie 2020. Arhivat din original la 22 octombrie 2020.
  90. ↑ Microbiota intestinală și Covid-19-posibilă legătură și implicații  //  Virus Research. — 2020-08-01. — Vol. 285 . — P. 198018 . — ISSN 0168-1702 . - doi : 10.1016/j.virusres.2020.198018 . Arhivat 21 octombrie 2020.
  91. ↑ Lung microbiome and coronavirus disease 2019 (COVID-19): Possible link and implications  //  Human Microbiome Journal. — 2020-08-01. — Vol. 17 . - str. 100073 . — ISSN 2452-2317 . doi : 10.1016 / j.humic.2020.100073 . Arhivat 21 octombrie 2020.
  Accesați articolul Wikidata  Dicționare și enciclopedii