Farmacofor (din alt grecesc φάρμακον „medicament” și φορός „purtător”) este un set de caracteristici spațiale și electronice necesare pentru a asigura interacțiuni supramoleculare optime cu o țintă biologică specifică , care poate provoca (sau bloca) răspunsul biologic al acestuia [1] ] . Modelul farmacofor face posibilă explicarea de ce liganzii structural eterogene interacționează cu aceleași situsuri de receptor.
Caracteristicile (elementele) farmacoforice sunt de obicei înțelese ca centre farmacofor și aranjarea lor reciprocă în spațiu, necesară pentru manifestarea acestui tip de activitate biologică. Centrele farmacoforice tipice în acest caz sunt regiunile hidrofobe , inelele aromatice , donatorii și acceptorii de legături de hidrogen , centrii anionici și cationici. Pentru o descriere mai detaliată a farmacoforului, se folosesc adesea volumele hidrofobe și excluse, precum și intervalele admisibile de orientare spațială a vectorilor de legături de hidrogen și a planurilor inelare aromatice.
Primul farmacofor a fost construit de Monty Kier în 1967 [2] , iar termenul în sine a fost propus de acesta în 1971 [3] [4] . Adesea acest termen este atribuit în mod eronat lui Paul Ehrlich , cu toate acestea, nici în sursa oferită în mod obișnuit [5] și nici în celelalte lucrări ale sale, acest concept nu este menționat sau folosit [4] .
Căutarea prin farmacofor este utilizată pe scară largă în screening-ul virtual al bibliotecilor de compuși chimici, în special în situațiile în care structura țintei biologice este necunoscută sau ținta în sine nu este definită. Căutarea farmacoforului caută o corespondență între descrierea farmacoforului și caracteristicile moleculelor din baza de date care sunt în conformații acceptabile .