Creștinismul din Kârgâzstan își are originea în Evul Mediu, dar mai târziu a fost în mare măsură înlocuit de islam, care s-a intensificat mai ales în prima jumătate a secolului al XIX-lea. Odată cu includerea Kârgâzstanului de astăzi în Rusia, doctrinele creștine - ortodoxia, catolicismul și luteranismul au început să se răspândească activ pe teritoriul său. Acest lucru a fost facilitat de o migrație semnificativă a creștinilor din Rusia Centrală atât către orașele recent recuperate, cât și către mediul rural și o mare parte a populației ruse. În perioada sovietică, creștinismul din Kârgâzstan, precum și din URSS în ansamblu, a fost persecutat: multe biserici au fost închise, iar clerul a fost reprimat. De la sfârșitul anilor 1980, deschiderea bisericilor a început din nou, persecuția credincioșilor a încetat, dar numărul creștinilor este în scădere în ultimii ani, în principal din cauza exodului în masă al vorbitorilor de limbă rusă în Rusia.
Datele arheologice și cronice arată că istoria creștinismului din Kârgâzstan poate fi urmărită încă din Evul Mediu. Mahmud Kashgari , citează o mărturie personală că în sud-estul Deshti-Kipchak (Marea Stepă), regatul Uzgen și Khaganatul Uighur , au existat și au înflorit comunități cu un centru în Sogd (Samarkand). Potrivit lui Kashgari, „în Isfijab și Taraz, în Kashgar și Uzgend până la Quba (Kuva) locuia poporul Sogdak, care mărturisea Masih (Iisus Hristos) și vorbea două limbi: sogdiană și turcă).
Istoria modernă a creștinismului începe cu intrarea Kârgâzstanului în Rusia în secolul al XIX-lea . În 1828, Sfântul Sinod a ordonat mitropolitului de Tobolsk să trimită misionari în stepa Kirghizului, dar guvernatorul general I.A. Velyaminov a refuzat să coopereze și misiunea nu a fost trimisă [1] . Abia în 1881 a fost deschisă o misiune specială anti-musulmană pentru kirghizi, iar preotul Altai Filaret (Sinkovsky) a devenit primul ei șef [2] . Până în 1893, Misiunea a tradus întreaga Evanghelie în kârgâză [3] . Kirghizii care s-au convertit la ortodoxie au primit pământ - de exemplu, în 1885, guvernatorul general al stepei G.A. Kolpakovski le-a dat 600 de acri lângă satul Bukon [4] . Numărul anual de kârgâzi care s-au convertit la ortodoxie a fost mic - de exemplu, în 1889, au fost botezați 23 de persoane [3] . Misiunea s-a angajat activ în educație: în 1899, 207 băieți și 65 fete învățau în 9 școli la misiune [5] . În 1899, misiunea avea 9 lagăre și 28 de oameni în stat (și nu numai pe teritoriul actualului Kârgâzstan): Central ( Semipalatinsk , Bukonsky, Dolonsky, Bolshe-Narymsky, Shulbinsky și Cernoyarsky, precum și trei în Regiunea Akmola (Tatarsky, Aleksandrovsky și Akbasarsky) [5] . În 1899, trei păgâni și 63 de musulmani au fost botezați de misiune [5] . Au fost construite și biserici ortodoxe în așezările militare pentru a servi nevoile spirituale ale populației de limbă rusă, care s-au mutat masiv în mediul rural.Coloniștii germani au adus cu ei catolicismul în Kârgâzstan , precum și luteranismul ( Biserica Evanghelică Luterană din Republica Kârgâză ).
În perioada sovietică, multe biserici au fost închise. În 1921, activitatea Misiunii Spirituale Kârgâzești [4] a fost oprită . În anii sovietici au apărut aici și comunități de Martori ai lui Iehova [6] , baptiști , penticostali și adventişti [7] . În ciuda unor relaxări din perioada Perestroika din 1991, în întreaga republică existau doar 20 de biserici ortodoxe [8] .
Ortodocșii moderni din Kârgâzstan sunt uniți în dieceza Bishkek a Bisericii Ortodoxe Ruse , care are 46 de parohii, 25 de biserici, 6 protopopiate și 1 mănăstire. În Bishkek însuși, există un templu al Sfântului Prinț Vladimir, egal cu apostolii [9] . La începutul anilor 2010, în republică mai existau 2 biserici Old Believer și 4 comunități catolice [8] . Uniunea Creștinilor Baptiști Evanghelici din Kârgâzstan are 2.800 de membri, care sunt uniți în jur de 50 de biserici [10] . Tot în Kârgâzstan, din 1991, există o biserică înregistrată oficial a Evangheliei depline (direcția protestantă) - Biserica lui Isus Hristos. Are mii de enoriași. Ea are grijă de mai multe orfelinate și organizații caritabile.