Genomica computațională folosește analiza computațională pentru a descifra secvențele genomului și datele aferente [1] , inclusiv secvențele ADN și ARN . De asemenea, genomica computațională poate fi definită ca o ramură a bioinformaticii , dar cu diferența că se acordă atenție analizei genomurilor complete (mai degrabă decât genelor individuale) pentru a înțelege principiile modului în care diferitele ADN-uri controlează un organism la nivel molecular. [2] .
Genomica computațională și-a început dezvoltarea simultan cu bioinformatica. În anii 1960, Margaret Dayhoff și alții de la Fundația Națională de Cercetare Biomedicală au creat baze de date cu diferite secvențe de proteine pentru cercetarea evolutivă [3] . Studiul lor a construit un arbore filogenetic care a determinat modificările necesare pentru ca o anumită proteină să evolueze într-o altă proteină. Acest lucru a condus la crearea unei matrice de substituție care evaluează probabilitatea ca o proteină să se conecteze la alta.
Începând cu anii 1980, au început să apară baze de date cu secvențe ale genomului, dar au apărut noi provocări în găsirea și compararea datelor despre gene individuale. Spre deosebire de algoritmii de căutare text care sunt utilizați pe site-uri web, atunci când se caută asemănarea genetică, este necesar să se identifice secvențe care nu sunt neapărat identice, ci pur și simplu similare. Acest lucru a condus la apariția algoritmului Needleman-Wunsch , care este un algoritm de programare dinamică pentru compararea seturi de secvențe de aminoacizi între ele folosind matrici de substituție obținute într-un studiu anterior de M. Deyhoff. Ulterior, a apărut algoritmul BLAST , care permite căutări rapide și optimizate în bazele de date cu secvențe de gene. BLAST și modificările sale sunt printre cei mai folosiți algoritmi în acest scop [4] .
Apariția expresiei „genomică computațională” coincide cu apariția genomurilor complete adnotate în a doua jumătate a anilor 1990. Prima conferință anuală despre genomica computațională a fost organizată de oamenii de știință de la Institutul de Cercetări Genomice (TIGR) în 1998, oferind un forum pentru această specialitate și distingând efectiv acest domeniu al științei de domeniile mai generale ale genomicii sau biologiei computaționale [5] [ 5] 6] . Pentru prima dată în literatura științifică, acest termen, conform MEDLINE , a fost folosit cu un an mai devreme (în revista Nucleic Acids Research [7] ).