Zimografia este o tehnică electroforetică bazată pe SDS-PAGE care implică copolimerizarea substratului cu un gel de poliacrilamidă pentru a detecta activitatea enzimatică . Probele sunt preparate în tampon SDS-PAGE standard , dar fără fierbere și fără agent reducător. După electroforeză , SDS este îndepărtat din gel (sau zimogramă ) prin expunere la Triton X-100 netampon , urmată de expunere la un tampon de digestie adecvat, pentru o perioadă optimă de timp la 37°C. Apoi, zimograma este colorată (de obicei, Amide Black și Coomassie Brilliant Blue), iar acolo unde substratul a fost scindat de enzimă, zonele de clivaj apar ca dungi distincte pe un fundal de culoare închisă. Aceste protocoale, totuși, au nevoie de perfecționări puternice. De exemplu, glicozidaza digestivă D. melanogaster supraviețuiește în condiții reduse (adică, în prezența 2-mercaptoetanolului sau DTT) și încălzire volumetrică.
Într-adevăr, separarea prin încălzire suplimentară la 50°C duce la o creștere clară a rezoluției benzilor, fără pierderi semnificative de activități.
Gelatina este cel mai frecvent utilizat substrat și poate fi utilă pentru demonstrarea activității proteazelor de degradare a gelatinei, dar zimografia poate fi aplicată la o gamă largă de enzime, inclusiv xilanaze, proteaze, lipaze, chitanaze etc.
Protocolul general utilizat în trecut pentru zimografia activităților alfa-amilazei a fost numit protocolul stratului subțire de amidon WW Doane. Conform acestui protocol, a fost rulat un gel PAGE inițial pentru a separa proteinele din omogenat. După aceea, un gel subțire cu amidon dizolvat în el (sau mai precis, suspendat) a fost acoperit deasupra cu gelul original pentru o vreme. Amidonul a fost colorat cu soluția Lugol.
Zimografia inversă copolimerizează atât substratul cât și enzima cu acrilamidă și acest lucru este util în demonstrarea activității inhibitorului enzimatic . După colorarea ulterioară, locurile de inhibiție sunt vizualizate ca pete întunecate pe un fundal clar (sau de culoare deschisă).