Contig

Un contig (din engleză.  contiguous ) este un set de segmente de ADN suprapuse, care împreună reprezintă o regiune de consens ADN [1] .

În sarcina de asamblare a genomului , contig-urile sunt întinderi lungi de ADN (șiruri de nucleotide ) produse în timpul procesului de asamblare.

Secvențe

Secvențierea contig este un proces continuu (necontiguu) rezultat din reasamblarea fragmentelor mici de ADN produse prin metoda pușcă . Sensul cuvântului „contig” este în concordanță cu definiția originală a lui Roger Staden din 1979. Strategia de secvențiere a ADN-ului de jos în sus implică împărțirea genomului în multe fragmente mici ("de jos"), secvențierea și asamblarea lor înapoi în centiguri și, în cele din urmă, întregul genom ("în sus"). Deoarece tehnologiile actuale permit secvențierea directă doar a fragmentelor de ADN relativ scurte (300-1000 de nucleotide), ADN-ul genomic trebuie fragmentat în bucăți mici înainte de secvențiere.

Astăzi, este utilizată pe scară largă tehnologia de „secvențiere la capăt perechi”, în care sunt secvențiate fragmente de ADN mai lungi, de dimensiuni uniforme .

Note

  1. Grigore, S. Adunarea Contig . Enciclopedia Științelor Vieții, 2005