Oligonucleotide (din greacă ολιγος - mic, puțin, nesemnificativ și din lat. nucleus - core, engleză oligonucleotide ) - un fragment scurt de ADN sau ARN obținut fie prin sinteză chimică, fie prin scindarea polinucleotidelor mai lungi. Folosit ca sonde sau primeri .
O oligonucleotidă de lungime L este o secvență scurtă de nucleotide de lungime L cu o compoziție specifică de nucleotide . De exemplu, secvenţa "ATTAGGACA" conţine următoarele oligonucleotide de lungime 5 - "ATTAG", "TTAGG", "TAGGA", "AGGAC", "GGACA".
Sinteza chimică a oligonucleotidelor este cea mai eficientă în varianta în fază solidă bazată pe blocuri de construcție fosforamidite . Sinteza oligonucleotidelor este în mare măsură automatizată. Alte metode, cum ar fi metoda fosfodiesterului, metoda fosfotriesterului sau metoda H-fosfonatului, sunt în mare parte de interes istoric și sunt rareori utilizate. [unu]
Sinteza chimică a oligonucleotidelor este realizată pe un suport solid prin adăugarea treptată a blocurilor de construcţie a nucleozidelor activate şi protejate corespunzător până când este obţinută secvenţa dorită. Mai mult, toate grupările protectoare necesare în procesul de alungire a lanțului sunt îndepărtate simultan cu desprinderea oligonucleotidului de suportul solid. Lungimea și puritatea produsului este determinată de calitatea legăturii și deprotejării. [unu]