ARNr 28S

Versiunea actuală a paginii nu a fost încă examinată de colaboratori experimentați și poate diferi semnificativ de versiunea revizuită la 9 iunie 2021; verificările necesită 4 modificări .

ARN-ul ribozomal 28S este ARN-ul ribozomal structural (ARNr) al subunității mari a ribozomilor citoplasmatici eucarioți și, prin urmare, una dintre componentele principale ale tuturor celulelor eucariote. Este 25S la plante și 28S la mamifere, de unde și denumirea de ARNr 25S-28S [1] .

Combinat cu ARNr 5,8S pe partea 5’, este un omolog nuclear eucariotic al ARN -ului ribozomal 23S procariotic și 16S mitocondrial [2] [3] [4] .

Utilizare în filogenie

Genele care codifică 28S ARNr se numesc 28S rDNA. Compararea secvenței acestor gene este uneori folosită în analiza moleculară pentru a construi arbori filogenetici , cum ar fi protozoare , [5] ciuperci , [6] insecte , [7] tardigrade [ 8] și vertebrate [9] [10] .

Compoziție

ARNr 28S are de obicei 4000–5000 nt lungime [11] .

La unele eucariote, ARNr-ul 28S din ribozom este împărțit în două părți, care pot [11] să apară atât înainte, cât și după asamblarea ribozomului. Acesta din urmă este indicat de localizarea superficială a locului de incizie într-unul dintre studii [11] [12] . Fenomenul se numește „ruptură ascunsă” (ruptură ascunsă) [11] .

Baze de date

Mai multe baze de date oferă aliniamente și adnotări ale secvențelor de ARNr LSU în scopuri comparative :

Note

  1. ↑ Lodish, Harvey F. Molecular cell biology  / Harvey F. Lodish, James E. Darnell. - Scientific American Books, 1995-01-01. - ISBN 978-0-7167-2380-6 .
  2. ↑ Eperon, IC (31.07.1980). „Secvența distinctivă a genelor de ARN ribozomal mitocondrial uman”. natura _ _ ]. 286 (5772): 460-467. DOI : 10.1038/286460a0 . PMID  6157106 .
  3. ↑ Doris, Stephen M. (octombrie 2015). „Secvențe universale și specifice domeniului în ARN-ul ribozomal 23S–28S identificate prin filogenetică computațională.” ARN . 21 (10): 1719-1730. DOI : 10.1261/rna.051144.115 .
  4. ↑ Lafontaine, DLJ (2001). „Funcția și sinteza ribozomilor”. Nature Reviews Biologie celulară moleculară . 2 (7): 514-520. DOI : 10.1038/35080045 . PMID  11433365 .
  5. ↑ Baroin, A. (1988-05-01). „Filogenia parțială a eucariotelor unicelulare bazată pe secvențierea rapidă a unei porțiuni de ARN ribozomal 28S”. Proceedings of the National Academy of Sciences ]. 85 (10): 3474-3478. DOI : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN 0027-8424 . PMID 3368456 .  
  6. ↑ James, Timothy Y. (2006). „Reconstruirea evoluției timpurii a ciupercilor folosind o filogenie cu șase gene”. natura . 443 (7113): 818-822. DOI : 10.1038/nature05110 . PMID  17051209 .
  7. ^ Whiting, Michael F. (1997-03-01) . „Problema Strepsiptera: Filogeneza ordinelor de insecte Holometabolous deduse din secvențele și morfologia ADN-ului ribozomal 18S și 28S.” Biologie sistematică _ ]. 46 (1):1-68. DOI : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN 1063-5157 . PMID 11975347 .  
  8. ↑ Jørgensen, Aslak (01.03.2010). „Filogenia moleculară a Arthrotardigrada (Tardigrada)”. Filogenetica moleculara si evolutie . 54 (3): 1006-1015. DOI : 10.1016/j.ympev.2009.10.006 . PMID  19822216 .
  9. ↑ Le, Hoc Lanh Vân (01.03.1993). „O filogenie bazată pe ARNr 28S a gnatozomilor: primii pași în analiza conflictului și a congruenței cu cladogramele bazate pe morfologie.” Filogenetica moleculara si evolutie . 2 (1): 31-51. DOI : 10.1006/mpev.1993.1005 . PMID  8081546 .
  10. ↑ Mallatt, Jon (decembrie 1998). „Secvențele de ADNr 28S și 18S susțin monofilia lamprei și peștilor de migură” . Biologie moleculară și evoluție . 15 (12): 1706-1718. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 . PMID  9866205 .
  11. ↑ 1 2 3 4 Natsidis, Paschalis (decembrie 2019). „Descoperirea computațională a pauzelor ascunse în ARN-urile ribozomale 28S la nivelul eucariotelor și consecințele pentru numerele de integritate a ARN.” rapoarte stiintifice . 9 (1):19477. doi : 10.1038 /s41598-019-55573-1 .
  12. ↑ Ben-Shem, A. și colab. Structura ribozomului eucariot la rezoluție de 3,0 Å. Ştiinţă. 334, 1524–1529 (2011).
  13. ↑ Proiectul bazei de date ribozomale . RDP Release 11, Update 5 (30 septembrie 2016). Consultat la 31 decembrie 2016. Arhivat din original la 19 august 2020.
  14. ↑ Olsen, GJ (11.05.1992). „Proiectul bazei de date ribozomale”. Cercetarea acizilor nucleici . 20 (suppl): 2199-2200. DOI : 10.1093/nar/20.suppl.2199 . ISSN  0305-1048 . PMID  1598241 .
  15. ↑ Cole, James R. (01.01.2014). „Proiectul bazei de date ribozomale: date și instrumente pentru analiza ARNr de mare capacitate.” Cercetarea acizilor nucleici . 42 (D1): D633-D642. doi : 10.1093/nar/ gkt1244 . ISSN 0305-1048 . PMID24288368 . _  
  16. ↑ Quast, C. (01.01.2013). „Proiectul bazei de date a genelor ARN ribozomal SILVA: procesare îmbunătățită a datelor și instrumente bazate pe web.” Cercetarea acizilor nucleici . 41 (D1): D590-D596. doi : 10.1093/nar/ gks1219 . ISSN 0305-1048 . PMID 23193283 .