Protein Data Bank, PDB - o bancă de date a structurilor tridimensionale ale proteinelor și acizilor nucleici . Informațiile obținute prin cristalografie cu raze X sau spectroscopie RMN și din ce în ce mai mult prin microscopie crioelectronică sunt introduse într-o bază de date de către biologi și biochimiști din întreaga lume și sunt disponibile gratuit prin intermediul site-urilor web ale organizațiilor membre (PDBe [1] , PDBj ). [2] , RCSB [3] ).
PDB este una dintre cele mai importante resurse pentru oamenii de știință care lucrează în domeniul biologiei structurale . Majoritatea revistelor științifice și unele fundații de finanțare a cercetării, cum ar fi NIH din SUA, solicită autorilor și beneficiarilor granturilor să trimită toate datele structurale către PDB. Banca de date de proteine conține în mare parte date primare despre structura moleculelor biologice, în timp ce există sute de alte bănci de date care clasifică datele primare sau identifică modele între structura moleculară și relația evolutivă. [patru]
Banca de date de proteine a fost creată de oameni de știință obișnuiți. [4] În 1971, Walter Hamilton de la Brookhaven National Laboratory a înființat o bancă de date Brookhaven. După moartea lui Hamilton în 1973, PDB a fost condus de Tom Ketztle ( născut Tom Koeztle ). În ianuarie 1994, Joel Sussman a devenit șeful Băncii de date de proteine .
În octombrie 1998 [5] Banca de date de proteine a fost transferată la Colaboratorul de cercetare pentru bioinformatică structurală (RCSB) ; transferul de informaţii a fost finalizat în iunie 1999 . Noul director este Helen M. Berman de la Universitatea Rutgers . [6] În 2003 , după formarea wwPDB (în engleză Worldwide Protein Data Bank ), Protein Data Bank a devenit o organizație internațională. Pe lângă RCSB, membrii fondatori ai wwPDB sunt Protein Data Bank din Europa (PDBe) , Protein Data Bank din Japonia (PDBj) și Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB) .
Banca de date de proteine este actualizată săptămânal ( miercurea, la 0:00 UTC ). Din 14 martie 2017, baza de date conține [7] :
| Metoda de cercetare |
Veverițe | Acizi nucleici | Complexe de proteine și acizi nucleici |
Alte | Total |
|---|---|---|---|---|---|
| difracție cu raze X | 106595 | 1820 | 5471 | patru | 113890 |
| RMN | 10296 | 1190 | 241 | opt | 11735 |
| microscopia electronică | 1021 | treizeci | 367 | 0 | 1418 |
| Amestecat | 99 | 3 | 2 | unu | 105 |
| Alte | 181 | patru | 6 | 13 | 204 |
| Total: | 118192 | 3047 | 6087 | 26 | 127352 |
Partea predominantă a structurilor a fost obținută prin metoda difracției cu raze X, aproximativ 15% - folosind RMN proteic și doar o mică parte - folosind microscopia crio-electronică.
Pentru o vreme, numărul structurilor din PPB a crescut exponențial, dar din 2007, creșterea a scăzut oarecum.
Fiecare structură publicată în PDB primește un identificator din patru cifre (o combinație de numere și litere ale alfabetului latin). Acest cod nu poate servi ca un identificator pentru biomolecule, deoarece adesea structuri diferite ale aceleiași molecule, de exemplu, într-un mediu diferit, pot avea ID-uri PDB diferite.
Structurile pot fi vizualizate folosind mai multe programe de calculator (atât gratuite, cât și cu licență open source și plătite non-open source) și plug - in-uri de browser web . [opt]