SMART (bază de date)

INTELIGENT
Conţinut
Descriere Resursa bioinformatica pentru identificarea domeniilor proteice.
organisme Toate
Contacte
Centru de cercetare Laboratorul European de Biologie Moleculară
Laborator EMBL
Publicare originală PMID 18978020
Disponibilitate
Site-ul web smart.embl-heidelberg.de
Alte
Licență Gratuit pentru academicieni, dar nu pentru utilizatorii comerciali
Versiune 7
Curația da

SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) este o bază de date utilizată în identificarea și analiza domeniilor proteice din secvențele de proteine ​​[1] [2] . SMART folosește un algoritm bazat pe aplicarea modelelor Markov ascunse la mai multe aliniamente pentru a detecta domenii în secvențele de proteine . În ianuarie 2012, SMART conținea 1009 modele de domenii [3] . Datele SMART au fost folosite pentru a crea Baza de date pentru domenii conservate ( CDD , Baza de date pentru domenii conservate) și sunt, de asemenea, prezentate ca parte a bazei de date InterPro . [patru]

Baza de date este organizată de Laboratorul European de Biologie Moleculară din Heidelberg .

Vezi și

Link -uri

Note

  1. ↑ Schultz J., Milpetz F., Bork P., Ponting CP SMART, un instrument simplu de cercetare a arhitecturii modulare: identificarea domeniilor de semnalizare   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1998. - Mai ( vol. 95 , nr. 11 ). - P. 5857-5864 . - doi : 10.1073/pnas.95.11.5857 . — PMID 9600884 .
  2. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 6: actualizări recente și dezvoltări noi  // Nucleic Acids Res  . : jurnal. - 2009. - Ianuarie ( vol. 37 , nr. Problema bazei de date ). - P.D229-32 . doi : 10.1093 / nar/gkn808 . — PMID 18978020 .
  3. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 7: actualizări recente ale resursei de adnotare a domeniului proteic  // Nucleic Acids Res  . : jurnal. - 2012. - Ianuarie ( vol. 40 , nr. Problema bazei de date ). - P.D302-5 . doi : 10.1093 / nar/gkr931 . — PMID 22053084 .
  4. ↑ Mulder NJ, Apweiler R., Attwood TK, et al. InterPro: o resursă de documentare integrată pentru familii de proteine, domenii și site-uri funcționale   // Brief . Bioinformatica: jurnal. - 2002. - Septembrie ( vol. 3 , nr. 3 ). - P. 225-235 . - doi : 10.1093/bib/3.3.225 . — PMID 12230031 .