Ontologiile biomedicale deschise (OBO, English Open Biomedical Ontologies , folosit anterior termenul English Open Biological Ontologies - Open Biological Ontologies ) este o inițiativă a comunității științifice de a dezvolta un aparat conceptual unificat în diferite ramuri ale biologiei și medicinei .
Nucleul bibliotecii de ontologie biomedicală este OBO Foundry [1] , un experiment de colaborare care implică un grup de dezvoltatori de ontologie care au convenit asupra unui set de principii care rezumă cele mai bune practici pentru dezvoltarea ontologiei. Aceste principii sunt menite să promoveze interoperabilitatea ontologiilor în cadrul mai larg al ontologiilor biomedicale, precum și să asigure o creștere treptată a calității și rigoare formală în dezvoltarea ulterioară a ontologiilor.
Ontology Lookup Service [2] este un spin-off al proiectului PRIDE care necesită o interfață centralizată pentru interogarea ontologiei și căutarea cuvintelor cheie. Deși multe ontologii sunt disponibile în serviciile online, fiecare dintre aceste servicii are propriul său format de interogare și de ieșire. Ontology Lookup Service oferă o interfață de serviciu web pentru interogarea mai multor ontologii dintr-o singură locație cu un format unificat de ieșire a datelor.
Scopul Gene Ontology Consortium este de a crea o bază de termeni care să poată fi aplicați tuturor organismelor, cu condiția ca cunoștințele despre gene și rolul proteinelor în celule să se acumuleze și să se schimbe în mod constant. Ontologia genetică acceptă trei rețele structurate de termeni pentru a descrie atributele produselor genetice.
Sequencing Ontologies [3] face parte din proiectul Gene Ontology, care își propune să dezvolte o ontologie adecvată pentru descrierea secvențelor biologice. Acesta este rezultatul unui efort de colaborare între un număr de centre de cercetare genetică, cum ar fi WormBase, Berkeley Drosophila Genome Project, FlyBase, Mouse Genome Informatics grup și Sanger Institute.
Baza de date Generic Model Organism (GMOD) este rezultatul unui efort colaborativ de modelare a bazei de date a corpului de către WormBase, FlyBase, MGI, SGD, Gramene, Rat Genome Database, EcoCyc și TAIR pentru a dezvolta componente reutilizabile pentru a crea noi baze de date biomedicale.
SOFG [4] este un site web și o platformă de comunicare pentru a reuni biologi, bioinformaticieni și informaticieni pentru a dezvolta și utiliza standarde și ontologii, cu accent pe descrierea experimentelor de înaltă tehnologie în domeniul genomicii.
Comunitatea Functional Genomics Data ( FGED ) este o organizație internațională de biologi, informaticieni și analiști care își propune să promoveze schimbul de date generate din experimente de genomică funcțională.
Ontology for Biomedical Investigations (OBI) este o resursă deschisă care reunește ontologii pentru descrierea cercetării biologice și clinice. OBI oferă formate de studiu, protocoale, formate de date și materiale utilizate. Proiectul este dezvoltat în cadrul OBO Foundry și astfel aderă la toate principiile sale, în special acoperirea ortogonală (adică o distincție clară între ontologiile utilizate) și utilizarea limbajelor formale comune. Limbajul formal comun în OBI este Web Ontology Language (OWL).
Consorțiul Plant ontology [5] se concentrează pe crearea, dezvoltarea și schimbul de date în domeniul ontologiilor care descriu plantele și structurile vii în stadiul de creștere/dezvoltare. Proiectul facilitează achiziția de date bazată pe interogări din baze de date multidimensionale, facilitând utilizarea consecventă a acestor ontologii în descrierea țesuturilor, genelor, proteinelor și fenotipurilor în stadiul de creștere a organismelor.
Phenoscape este un proiect de creare a unei baze de date cu privire la fenotipul speciei Osteriophysi (un grup mare de pești osoși). Datele sunt derivate folosind descrieri care combină termeni din Ontologia anatomiei, Ontologia taxonomică și termeni calitativi din ontologia PATO a calităților fenotipului [6] . De asemenea, sunt utilizate o serie de alte ontologii OBO. Ontologia anatomiei a fost dezvoltată pe baza ontologiilor rețelei de informații Zebrafish. [7]
Datorită eforturilor comunității, a fost dezvoltat un standard de afișare comun care permite conversia datelor din formatul OBO în OWL fără pierderi semnificative. [opt]