Endonucleazele sunt proteine din grupul de nucleaze care scindează legăturile fosfodiesterice din mijlocul lanțului polinucleotid . Endonucleazele de restricție , sau endonucleazele de restricție , scindează ADN-ul în locații specifice (numite locuri de restricție), ele sunt clasificate în trei tipuri (I, II și III) pe baza mecanismului lor de acțiune. Aceste proteine sunt adesea folosite în inginerie genetică pentru a crea ADN recombinant, care este apoi introdus în celulele bacteriene, vegetale sau animale.
Ca urmare a degradării enzimatice a endonucleazelor, are loc dizolvarea completă a cromatinei în nucleii cariolitici.
Nicaza ( endonucleaza cu crestături ) este o enzimă care taie doar o catenă de ADN dublu catenar la anumite secvențe de nucleotide (loturi de recunoaștere) numite situs de restricție . Rezultatul este mai degrabă crestat decât tăiat ADN-ul. Nicazele, împreună cu ADN polimeraza 1 , sunt folosite pentru a înlocui unele dintre nucleotidele din secvența ADN cu analogii lor marcați cu o etichetă fluorescentă sau radioactivă , ceea ce permite apoi ca acest ADN să fie utilizat ca sondă pentru hibridizarea fluorescentă in situ , blotting , și o serie de alte metode de biologie moleculară.