| Sortase A | |
|---|---|
| Identificatori | |
| Cod KF | 3.4.22.70 |
| Baze de date de enzime | |
| IntEnz | Vedere IntEnz |
| BRENDA | intrare BRENDA |
| ExPASy | Vedere NiceZyme |
| MetaCyc | cale metabolică |
| KEGG | intrare KEGG |
| PRIAM | profil |
| Structuri PDB | RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum |
| Căutare | |
| PMC | articole |
| PubMed | articole |
| NCBI | proteine NCBI |
Sortaza A (EC 3.4.22.70, SrtA , SrtA proteina , SrtA sortază ) este o enzimă . [1] [2] [3] Această enzimă catalizează următoarea reacție chimică
Enzima catalizează reacția de sortare a peretelui celular , în care o proteină de suprafață semnal de sortare care conține motivul LXTG este scindată între resturile Thr și Gly.Această enzimă aparține familiei peptidazei C60 .
Sortaza A are un pliu β-buton cu opt catene, cu o despicatură hidrofobă formată din lanțuri β7-β8. Acest decalaj este înconjurat de bucle β3-β4, β2-β3, β6-β7 și β7-β8. Reziduul catalitic de cisteină se află în acest gol și acceptă legarea ulterioară a agentului nucleofil. Bucla β3-β4 conține un situs de legare a calciului care leagă calciul prin coordonare cu un reziduu din bucla β6-β7. Această legare încetinește mișcarea buclei β6-β7, permițând substratului sortază să se lege și să-și mărească activitatea de opt ori. [patru]
Sortaza A este utilizată pe scară largă ca instrument in vitro pentru modificarea post-translațională a proteinelor la capătul N- și C-terminal cu o etichetă atașată. Aceste etichete includ biotină, fluorofori, agenți de reticulare și sonde multifuncționale. [5]
În ambele cazuri, o moleculă este proiectată să conţină motivul LXTTG la un capăt, iar cealaltă moleculă este proiectată să conţină motivul (Gly) n la celălalt capăt. La scindarea motivului LPXTG, Sortaza formează un intermediar tioester cu molecula modificată. Acest intermediar este apoi rezolvat prin atac nucleofil de la molecula care conține (Gly) n pentru a forma o fuziune a două molecule cu un motiv intermediar LPXT (Gly)n.
Pentru a obține etichetarea N-terminală a proteinei, a fost proiectat motivul LXTTG, care este situat la capătul C-terminal al etichetei. Proteina este construită cu capătul N-terminal (Gly)n. Pentru a ajunge la capătul C-terminal al aceleiași proteine, este proiectat motivul LPWTG, care este situat la capătul C-terminal al proteinei. Molecula (Gly)n este concepută pentru a conține o etichetă la capătul său C-terminal.
În cele din urmă, ambele capete N și C ale proteinelor pot fi marcate cu sortaze cu specificități diferite de substrat. De exemplu, Sortaza A din Streptococcus pyogenes recunoaște și scindează motivul LPXTA și acceptă nucleofilii pe bază de Ala. Acest SrtA, de asemenea, recunoaște și scindează motivul LPWTG cu mai puțină eficiență. Cu toate acestea, Staph. A. Sortaza A nu recunoaște substraturile LPXTA și, prin urmare, este ortogonală cu secvențele LPXTA.
În plus, Sortaza A a fost folosită și pentru a crea pe bucăți proteine, domenii proteice și peptide. [6]