Ascalaph Designer

Ascalaph Designer  este un program de modelare moleculară de uz general. Oferă un mediu grafic pentru programele de consolă de mecanică cuantică și clasică Firefly , CP2K și MDynaMix [1] [2] și are capabilități pentru construirea de modele moleculare, optimizare conformațională și dinamică moleculară. Firefly/PC GAMESS [3] [4] [5] oferă o gamă largă de metode chimice cuantice.

Caracteristici cheie

• Construirea unui model molecular ( polimeri , nanostructuri, proteine , acizi nucleici )
• Câmpuri de forță AMBER/OPLS
• Optimizarea conformatiei
• Dinamica moleculară
• chimie cuantică
• Model de apă SPC flexibil [6]

Domeniul de aplicare

• Acizi nucleici [7]
• Veverițe
• Modelarea membranelor lipidice [8]
• Polielectroliți [9]
• Lichide ionice [10] [11]
• Proprietățile termodinamice ale lichidelor [12]
• Dezvoltarea câmpurilor de forțe mecanice moleculare [13]

Note

1. ↑ APLyubartsev, A.Laaksonen. MDynaMix - Un pachet portabil de simulare MD paralel, scalabil, pentru amestecuri moleculare arbitrare   // Computer Physics Communications : jurnal. - 2000. - Vol. 128 . - P. 565-589 .
2. ↑ APLyubartsev, A.Laaksonen. Simulări de dinamică moleculară paralelă a sistemelor biomoleculare // Applied Parallel Computing Probleme științifice și industriale la scară largă  (engleză) . - Heidelberg: Springer Berlin , 1998. - Vol. 1541. - P. 296-303. — (Note de curs în Informatică). — ISBN 978-3-540-65414-8 . - doi : 10.1007/BFb0095310 .
3. ↑ Computational Chemistry , David Young, Wiley-Interscience, 2001. Anexa AA2.3 pag. 334, GAMESS
4. ↑ M. W. Schmidt și colab. Sistem general de structură electronică atomică și moleculară  (engleză)  // J. Comput. Chim. : jurnal. - 1993. - Vol. 14 . - P. 1347-1363 . - doi : 10.1002/jcc.540141112 .
5. ↑ MS Gordon și MW Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later , în Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim și GE Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
6. ↑ Toukan K și Rahman A. Molecular-dynamics study of atomic motions in water  // Physical Review B  : journal  . - 1985. - Vol. 31 . - P. 2643-2648 .
7. ↑ Y. Cheng, N. Korolev și L. Nordenskiöld. Asemănări și diferențe în interacțiunea K + și Na + cu ADN-ul condensat ordonat. Un studiu de simulare pe computer de dinamică moleculară  // Cercetarea acizilor  nucleici : jurnal. - 2006. - Vol. 34 . - P. 686-696 .
8. ↑ C.-J. Högberg, AMNikitin și A. P. Lyubartsev. Modificarea câmpului de forță CHARMM pentru stratul dublu lipidic DMPC  //  Journal of Computational Chemistry : jurnal. - 2008. - Vol. 29 . - P. 2359-2369 .
9. ↑ A. Vishnyakov și A.V. Neimark. Specificații de solvatare a polielectroliților sulfonați în apă, dimetilmetilfosfonat și amestecul lor: un studiu de simulare moleculară  (engleză)  // Journal of Chemical Physics  : journal. - 2008. - Vol. 128 . — P. 164902 .
10. ↑ G. Raabe și J. Köhler. Proprietățile termodinamice și structurale ale lichidelor ionice pe bază de imidazoliu din simularea moleculară  (engleză)  // Journal of Chemical Physics  : journal. - 2008. - Vol. 128 . — P. 154509 .
11. ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang și W. Wang. Simularea dinamicii moleculare a amestecului lichid ionic la temperatura camerei de [bmim][BF 4 ] și acetonitril printr-un câmp de forță rafinat   // Phys . Chim. Chim. Fiz. : jurnal. - 2005. - Vol. 7 . - P. 2771-2779 .
12. ↑ T. Kuznetsova și B. Kvamme. Proprietăți termodinamice și tensiune interfacială a unui sistem model apă-dioxid de carbon  (engleză)  // Fiz. Chim. Chim. Fiz. : jurnal. - 2002. - Vol. 4 . - P. 937-941 .
13. ↑ A. M. Nikitin și A. P. Lyubartsev. Un nou model de acetonitril cu șase locații pentru simulări de acetonitril lichid și amestecul său apos  //  J. Comp. Chim. : jurnal. - 2007. - Vol. 28 . - P. 2020-2026 .

Link -uri

• Pagina principala