Bacteroidetes
Versiunea actuală a paginii nu a fost încă examinată de colaboratori experimentați și poate diferi semnificativ de
versiunea revizuită pe 4 mai 2022; verificarea necesită
1 editare .
Bacteroidetes |
---|
Bacteroides biacutis |
Domeniu:bacteriiTip de:Bacteroidetes |
Bacteroidetes Krieg şi colab. 2012 |
- bacterii
- Citofagie
- Flavobacterii
- Sfingobacteriile
|
|
Bacteroidetes (latină) este un departament de bacterii Gram -negative, care nu formează spori , anaerobe , în formă de bastonaș , larg distribuite în mediu, inclusiv sol , nămol , apă de mare , precum și tractul gastrointestinal și pielea animalelor .
În prezent, cele mai studiate bacterii aparțin clasei Bacteroidia , care include genul Bacteroides (organisme numeroase în excrementele animalelor cu sânge cald, inclusiv oameni) și Porphyromonas (organisme care trăiesc în cavitatea bucală umană).
Bacteriile aparținând genului Bacteroides sunt agenți patogeni oportuniști . Membrii celorlalte două clase cauzează rareori boli la oameni.
Sistematică
diviziunea Bacteroidetes este uneori grupată împreună cu Chlorobi , Fibrobacteres , Gemmatimonadates , Caldithrix , și grupul Marin A în grupul FCB sau supradiviziunea [2] . Un sistem alternativ de clasificare propus de Cavalier-Smith plasează acest taxon în clasa Sphingobacteria .
Afinități ale diviziunilor Bacteroidetes , Chlorobi și Fibrobacteres
Speciile din diviziunile Bacteroidetes și Chlorobi sunt situate foarte strâns pe arborii filogenetici, indicând o relație strânsă. Folosind analiza genetică comparativă, au fost identificate trei proteine care se găsesc doar în diviziile Bacteroidetes și Chlorobi [2] . Au fost găsite și indel-uri specifice taxonului conservate , susținând o origine comună pentru cele două diviziuni [2] [3] . În plus, divizia Fibrobacteres s-a dovedit a fi legată de aceste două divizii. Existența unei clade constând din aceste trei diviziuni este bine susținută de analize filogenetice bazate pe secvența mai multor proteine diferite [3] . Aceste departamente se ramifică din arborele filogenetic în aproximativ aceeași poziție [4] . Și, în sfârșit, cele mai importante argumente în favoarea legăturilor de familie sunt două indel-uri conservatoare specifice taxonului: în RpoC (subunitatea beta a ARN polimerazei ) și serin hidroximetiltransferaza, precum și o proteină specifică PG00081, care separă toate bacteriile din aceste trei diviziuni. [2] [3] .
Familii
Din mai 2015, diviziunea Bacteroidetes include următorii taxoni până la și inclusiv familia [1] :
- Clasa Bacteroidia Krieg 2012
- Comanda Bacteroidales Krieg 2012
- Familia Bacteroidaceae Pribram 1933
- Familia Marinilabiliaceae Ludwig et al. 2012
- Familia Porphyromonadaceae Krieg 2012
- Familia Prevotellaceae Krieg 2012
- Familia Rikenellaceae Krieg și colab. 2012
- Clasa Cytophagia Nakagawa 2012
- Comanda Cytophagales Leadbetter 1974
- Familia Catalimonadaceae Choi et al. 2013
- Familia Cyclobacteriaceae Nedashkovskaya și Ludwig 2012
- Familia Cytophagaceae Stanier 1940
- Familia Flammeovirgaceae Yoon și colab. 2011
- Familia Mooreiaceae Choi și colab. 2013
- Familia Rhodothermaceae Ludwig et al. 2012
- Clasa Flavobacterii Bernardet 2012
- Ordinul Cytophagales Bernardet 2012
- Familia Blattabacteriaceae Kambhampati 2012
- Familia Cryomorphaceae Bowman et al. 2003
- Familia Flavobacteriaceae Reichenbach et al. 1992 se modifică. Bernardet et al. 2002
- Familia Schleiferiaceae Albuquerque et al. 2011
- Clasa Sphingobacteriia Kämpfer 2012
- Comanda Sphingobacteriales Kämpfer 2012
- Familia Chitinophagaceae Kambhampati 2012
- Familia Saprospiraceae Krieg și colab. 2012
- Familia Sphingobacteriaceae Steyn et al. 1998
Genomica
Analiza genetică comparativă a condus la identificarea a 27 de proteine prezente în majoritatea organismelor din divizia Bacteroidetes . Dintre acestea, o proteină a fost găsită în toți genomii sechestrați, în timp ce încă două au fost găsite în toate, cu excepția bacteriilor din genul Bacteroides . Absența acestor două proteine în acest gen este cel mai probabil rezultatul pierderii selective [2] . În plus, s-au găsit alte patru proteine care sunt prezente în toate speciile de Bacteroidetes , cu excepția Cytophaga hutchinsonii (din nou din cauza pierderii selective a genelor). Încă opt proteine sunt prezente în toți genomurile sechestrate ale Bacteroidetes secvențiate, cu excepția Salinibacter ruber . Absența acestor proteine se poate datora fie, din nou, pierderii selective, fie, deoarece S. ruber s-a ramificat de la restul arborelui genealogic al grupului foarte devreme, aceste proteine ar fi putut apărea după ce S. ruber s-a ramificat . O semnătură indel conservată (CSI) a fost găsită și pentru acest grup de bacterii: o ștergere a trei aminoacizi în chaperona ClpB este prezentă la toate speciile din divizia Bacteroidetes , cu excepția S. ruber . Această ștergere se găsește și la una dintre speciile Chlorobi și una dintre arhee , cel mai probabil din cauza transferului orizontal al genelor . Aceste 27 de proteine și ștergerea a trei aminoacizi servesc ca markeri moleculari pentru Bacteroidetes [2] .
Filogenie
Taxonomia acceptată în prezent se bazează pe Lista denumirilor procariote cu statut în nomenclatură [5] și datele de la Centrul Național pentru Informații Biotehnologice (NCBI) [6] . Filogenia se bazează pe analiza secvențelor de ARNr 16S din proiectul „The All-Species Living Tree” [7] .
|
|
? Bifissio spartinae ♠ Xin & Zhou 2001
|
|
|
?' Candidatus Amoebophilus asiaticus ' Horn et al. 2001
|
|
|
?' Candidatus Cardinium hertigii ' Zchori-Fein et al. 2004
|
|
|
?' Candidatus Paenicardinium endonii ' Noel și Atibalentja 2006
|
|
|
? Toxothrix trichogenes ♪ (Cholodny 1924) Beger 1953
|
|
|
? Venteria marina ♠ Bae 2005
|
|
|
rhodothermaceae
|
|
|
|
Clada Balneola- Gracilimonas
|
|
|
Citofagale
|
|
Cytophagaceae 2
|
|
|
|
|
Bacteroidetes Ordinul III incertae sedis [incl. Specii Flexibacter grupa 2]
|
|
|
Flamevirgaceae 1
|
|
|
|
|
|
Clada Microscilla [incl. Specii Flexibacter grupa 3]
|
|
|
|
Flammeovirgaceae 2 [incl. Ekhidna lutea ]
|
|
|
|
Fulvivirga -Clada
Reichenbachiella
|
|
|
|
Cesiribacter -Clada
Marivirga
|
|
|
|
Cytophagaceae 1
|
|
|
|
Cytophagaceae 3
|
|
|
|
Cytophagaceae 4
|
|
|
Cyclobacteriaceae [incl. Litoribacter ruber și Rhodonellum psychrophilum ]
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Sphingobacteriaceae [incl. Flavobacterium mizutaii ]
|
|
|
|
|
Saprospiraceae
|
|
|
Chitinophagaceae
|
|
|
|
|
|
Cryomorphaceae 1 [incl. Schleiferia thermophila ]
|
|
|
Flavobacteriale
|
|
?' Candidatus Sulcia muelleri ' Moran et al. 2005
|
|
|
?' Candidatus Uzinura diaspidicola ' Gruwell et al. 2007
|
|
|
? Phaeocystidibacter luteus
|
|
|
? Salinirepens amamiensis
|
|
|
? Blattabacteriaceae
|
|
|
Cryomorphaceae 2
|
|
|
Flavobacteriaceae
|
|
|
|
Bacteroidales
|
|
?' Candidatus Armantifilum devescovinae ' Desai et al. 2010
|
|
|
?' Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae '
|
|
|
?' Candidatus Symbiothrix dinenymphae ' Hongoh et al. 2007
|
|
|
?' Candidatus Vestibaculum illigatum ' Stingl et al. 2004
|
|
|
? Alkalitalea saponilacus ♣
|
|
|
? Thermophagus xiamenensis ♣
|
|
|
Rikenellaceae
|
|
|
|
|
Cytophaga fermentans Bachmann 1955
|
|
|
Marinifilum fragil Na et al. 2009
|
|
|
|
|
|
|
Sunxiuqinia elliptica Qu și colab. 2011
|
|
|
|
|
Meniscus glaucopis Irgens 1977
|
|
|
Prolixibacter bellariavorans Holmes et al. 2007
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Alkaliflexus imshenetskii Zhilina et al. 2005
|
|
|
|
Marinilabiliaceae 1
|
|
|
|
Marinilabiliaceae 2 [incl. Cytophaga xylanolitica ]
|
|
|
|
Porphyromonadaceae 2
|
|
|
|
Porphyromonadaceae 1
|
|
|
Bacteroidaceae [incl. Prevotellaceae ]
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Note de cladogramă:
♠ Tulpini găsite la Centrul Național pentru Informații Biotehnologice , dar nu sunt enumerate în Lista denumirilor de procariote cu statut în nomenclatură
♪ Procariote din care nu au fost izolate culturi pure, adică de ex. necultivat sau nu poate fi menţinut în cultură mai mult de câteva transferuri
Vezi și
Note
- ↑ 1 2 Clasificarea domeniilor și phyla - Clasificarea ierarhică a procariotelor (bacterii) : Versiunea 2.0 : [ ing. ] // LPSN. - 2016. - 2 octombrie.
- ↑ 1 2 3 4 5 6 Gupta RS și Lorenzini E. (2007). Filogenie și semnături moleculare (proteine conservate și indels) care sunt specifice speciilor Bacteroidetes și Chlorobi" BMC Evolutionary Biology 7:71. doi : 10.1186/1471-2148-7-71
- ↑ 1 2 3 Gupta, RS (2004). Caracteristicile filogeniei și secvențelor de semnătură ale Fibrobacteres, Chlorobi și Bacteroidetes. Recenzii critice în microbiologie. 30:123-140. doi : 10.1080/10408410490435133 .
- ↑ Griffiths E, Gupta RS. (2001) Utilizarea secvențelor de semnătură în diferite proteine pentru a determina ordinea relativă de ramificare a diviziunilor bacteriene: dovezi că Fibrobacter s-a separat la un moment similar cu Chlamydia și diviziunea Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides" Microbiology 147:2611-22.
- ↑ JP Euzeby. Bacteroidetes (link indisponibil) . Lista numelor procariote cu statut în nomenclatură [1] . Preluat la 20 martie 2013. Arhivat din original la 13 iunie 2011. (nedefinit)
- ↑ Sayers și colab. Bacteroidetes . Baza de date taxonomie a Centrului Național pentru Informații Biotehnologice (NCBI) [2] . Preluat la 20 martie 2013. Arhivat din original la 22 mai 2018. (nedefinit)
- ↑ Proiectul „Arborele viu pentru toate speciile” . Eliberarea 111 de LTP pe bază de ARNr 16S (arborele complet) . Silva Comprehensive Ribozomal ARN Database [3] . Preluat la 20 martie 2013. Arhivat din original la 23 septembrie 2015. (nedefinit)
Link -uri