Bacteroidetes

Versiunea actuală a paginii nu a fost încă examinată de colaboratori experimentați și poate diferi semnificativ de versiunea revizuită pe 4 mai 2022; verificarea necesită 1 editare .
Bacteroidetes

Bacteroides biacutis
clasificare stiintifica
Domeniu:bacteriiTip de:Bacteroidetes
Denumire științifică internațională
Bacteroidetes Krieg şi colab. 2012
Clasele [1]
  • bacterii
  • Citofagie
  • Flavobacterii
  • Sfingobacteriile

Bacteroidetes  (latină) este un departament de bacterii Gram -negative, care nu formează spori , anaerobe , în formă de bastonaș , larg distribuite în mediu, inclusiv sol , nămol , apă de mare , precum și tractul gastrointestinal și pielea animalelor .

În prezent, cele mai studiate bacterii aparțin clasei Bacteroidia , care include genul Bacteroides (organisme numeroase în excrementele animalelor cu sânge cald, inclusiv oameni) și Porphyromonas (organisme care trăiesc în cavitatea bucală umană).

Bacteriile aparținând genului Bacteroides sunt agenți patogeni oportuniști . Membrii celorlalte două clase cauzează rareori boli la oameni.

Sistematică

diviziunea Bacteroidetes este uneori grupată împreună cu Chlorobi , Fibrobacteres , Gemmatimonadates , Caldithrix , și grupul Marin A în grupul FCB sau supradiviziunea [2] . Un sistem alternativ de clasificare propus de Cavalier-Smith plasează acest taxon în clasa Sphingobacteria .

Afinități ale diviziunilor Bacteroidetes , Chlorobi și Fibrobacteres

Speciile din diviziunile Bacteroidetes și Chlorobi sunt situate foarte strâns pe arborii filogenetici, indicând o relație strânsă. Folosind analiza genetică comparativă, au fost identificate trei proteine ​​care se găsesc doar în diviziile Bacteroidetes și Chlorobi [2] . Au fost găsite și indel-uri specifice taxonului conservate , susținând o origine comună pentru cele două diviziuni [2] [3] . În plus, divizia Fibrobacteres s-a dovedit a fi legată de aceste două divizii. Existența unei clade constând din aceste trei diviziuni este bine susținută de analize filogenetice bazate pe secvența mai multor proteine ​​diferite [3] . Aceste departamente se ramifică din arborele filogenetic în aproximativ aceeași poziție [4] . Și, în sfârșit, cele mai importante argumente în favoarea legăturilor de familie sunt două indel-uri conservatoare specifice taxonului: în RpoC (subunitatea beta a ARN polimerazei ) și serin hidroximetiltransferaza, precum și o proteină specifică PG00081, care separă toate bacteriile din aceste trei diviziuni. [2] [3] .

Familii

Din mai 2015, diviziunea Bacteroidetes include următorii taxoni până la și inclusiv familia [1] :

Genomica

Analiza genetică comparativă a condus la identificarea a 27 de proteine ​​prezente în majoritatea organismelor din divizia Bacteroidetes . Dintre acestea, o proteină a fost găsită în toți genomii sechestrați, în timp ce încă două au fost găsite în toate, cu excepția bacteriilor din genul Bacteroides . Absența acestor două proteine ​​în acest gen este cel mai probabil rezultatul pierderii selective [2] . În plus, s-au găsit alte patru proteine ​​care sunt prezente în toate speciile de Bacteroidetes , cu excepția Cytophaga hutchinsonii (din nou din cauza pierderii selective a genelor). Încă opt proteine ​​sunt prezente în toți genomurile sechestrate ale Bacteroidetes secvențiate, cu excepția Salinibacter ruber . Absența acestor proteine ​​se poate datora fie, din nou, pierderii selective, fie, deoarece S. ruber s-a ramificat de la restul arborelui genealogic al grupului foarte devreme, aceste proteine ​​ar fi putut apărea după ce S. ruber s-a ramificat . O semnătură indel conservată (CSI) a fost găsită și pentru acest grup de bacterii: o ștergere a trei aminoacizi în chaperona ClpB este prezentă la toate speciile din divizia Bacteroidetes , cu excepția S. ruber . Această ștergere se găsește și la una dintre speciile Chlorobi și una dintre arhee , cel mai probabil din cauza transferului orizontal al genelor . Aceste 27 de proteine ​​și ștergerea a trei aminoacizi servesc ca markeri moleculari pentru Bacteroidetes [2] .

Filogenie

Taxonomia acceptată în prezent se bazează pe Lista denumirilor procariote cu statut în nomenclatură [5] și datele de la Centrul Național pentru Informații Biotehnologice (NCBI) [6] . Filogenia se bazează pe analiza secvențelor de ARNr 16S din proiectul „The All-Species Living Tree” [7] .

Note de cladogramă:
♠ Tulpini găsite la Centrul Național pentru Informații Biotehnologice , dar nu sunt enumerate în Lista denumirilor de procariote cu statut în nomenclatură
♪ Procariote din care nu au fost izolate culturi pure, adică de ex. necultivat sau nu poate fi menţinut în cultură mai mult de câteva transferuri

Vezi și

Note

  1. 1 2 Clasificarea domeniilor și phyla - Clasificarea ierarhică a procariotelor (bacterii) : Versiunea 2.0  : [ ing. ]  // LPSN. - 2016. - 2 octombrie.
  2. 1 2 3 4 5 6 Gupta RS și Lorenzini E. (2007). Filogenie și semnături moleculare (proteine ​​conservate și indels) care sunt specifice speciilor Bacteroidetes și Chlorobi" BMC Evolutionary Biology 7:71. doi : 10.1186/1471-2148-7-71
  3. 1 2 3 Gupta, RS (2004). Caracteristicile filogeniei și secvențelor de semnătură ale Fibrobacteres, Chlorobi și Bacteroidetes. Recenzii critice în microbiologie. 30:123-140. doi : 10.1080/10408410490435133 .
  4. Griffiths E, Gupta RS. (2001) Utilizarea secvențelor de semnătură în diferite proteine ​​pentru a determina ordinea relativă de ramificare a diviziunilor bacteriene: dovezi că Fibrobacter s-a separat la un moment similar cu Chlamydia și diviziunea Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides" Microbiology 147:2611-22.
  5. JP Euzeby. Bacteroidetes (link indisponibil) . Lista numelor procariote cu statut în nomenclatură [1] . Preluat la 20 martie 2013. Arhivat din original la 13 iunie 2011. 
  6. Sayers și colab. Bacteroidetes . Baza de date taxonomie a Centrului Național pentru Informații Biotehnologice (NCBI) [2] . Preluat la 20 martie 2013. Arhivat din original la 22 mai 2018.
  7. Proiectul „Arborele viu pentru toate speciile” . Eliberarea 111 de LTP pe bază de ARNr 16S (arborele complet) . Silva Comprehensive Ribozomal ARN Database [3] . Preluat la 20 martie 2013. Arhivat din original la 23 septembrie 2015.

Link -uri