Bioconductor
Bioconductor este un proiect FLOSS masiv care oferă multe pachete de sine stătătoare pentru cercetarea bioinformatică. Include un set de instrumente pentru analizarea și înțelegerea datelor genomice , nume adnotate ale cipurilor, adnotări ale secvenței biologice etc., precum și datele experimentale în sine.
Folosește limbajul de programare R , datorită căruia acceptă multi-platformă ( Linux , majoritatea sistemelor asemănătoare UNIX , Mac OS X , Windows ). Dezvoltat și distribuit liber și deschis. Lansările sunt lansate de două ori pe an. Are o comunitate activă gratuită de dezvoltatori și oameni de știință, ceea ce este tipic pentru proiectele open source bune. Descrierile proiectului și modificările aduse acestuia sunt publicate sub forma unui raport anual [1] .
Contine in prezent peste 2000 de pachete.
Obiectivele proiectului
Principalele obiective ale bioconductorului sunt:
- Oferă acces deschis la o gamă largă de metode statistice și grafice puternice pentru analiza datelor genomice.
- Facilitarea includerii metadatelor biologice în analiza datelor genomice, de exemplu, date din literatură de la PubMed , date adnotate de la Entrez .
- Furnizarea unei platforme software comune care permite dezvoltarea și implementarea rapidă a programelor extensibile, scalabile și interoperabile.
- Informații științifice suplimentare, creând în același timp documentație de înaltă calitate pentru cercetare reproductibilă.
- Formarea cercetătorilor în metode computaționale și statistice pentru analiza datelor genomice.
Istoricul proiectului
Proiectul a început în 2001 la Institutul de Cancer Dana Farber . [2]
Semnificația proiectului
Pachete
Cele trei grupuri principale de pachete sunt pachetele statistice și grafice reale ( Software ), pachetele de adnotări ( AnnotationData ) și datele experimentale ( ExperimentData ).
Numărul de pachete din grup este indicat între paranteze.
Software (936)
Domeniu de testare (299)
- aCGH(12)
- Teste pe bază de celule (38)
- Chip Chip (7)
- CopyNumberVariation(43)
- CpGIsland (6)
- ADNmetilarea (38)
- ExonArray (6)
- Expresia genetică (131)
- Variabilitatea genetică (23)
- SNP-uri (40)
- Transcriere (47)
Întrebare biologică (261)
- Îmbinare alternativă (7)
- Acoperire (13)
- Expresie diferențială (164)
- Metilare diferențială (8)
- Apelare de vârf diferențială (1)
- Îmbinare diferențială (6)
- Predicție funcțională (1)
- GeneRegulation (21)
- Îmbogățire GeneSet (41)
- GeneTarget(1)
- GenomeAdnotation (10)
- GenomicVariation (6)
- Dezechilibru de legătură (1)
- MotivAdnotare (3)
- Motif Discovery (4)
- Îmbogățirea rețelei (13)
- NetworkInference(17)
- Potrivirea secvenței (17)
- Mutație somatică (4)
- VariantDetection (1)
Infrastructură (186)
- Import de date (82)
- Reprezentarea datelor(34)
- GUI (19)
- Client terță parte (9)
ResearchField (193)
- Informatica biomedicala (2)
- Biologie celulară (20)
- Chimieinformatica (3)
- Genomica funcțională (1)
- Genetica (96)
- Metabolomica (12)
- Metagenomica (5)
- Proteomica (65)
- Biologie sisteme (10)
Metodă statistică (261)
- Bayesian (15)
- clasificare (65)
- Clustering (89)
- Arborele de decizie (7)
- Reducere dimensiuni(2)
- Extragere caracteristică (2)
- Grafic și rețea (69)
- HiddenMarkovModel (4)
- Rețea neuronală (1)
- Componentă principală (2)
- Regresie (7)
- Modele de ecuații structurale (1)
- SupportVectorMachine(1)
- Supraviețuire (4)
- Curs de timp (29)
Tehnologie (591)
Spectrometrie de masă (44)
Micromatrice (328)
- cip pe cip (1)
- Matrice de metilare (7)
- Microarray ARNm (3)
- Multicanal (3)
- Un canal (68)
- Platforme proprietare (2)
- două canale (53)
- Analiza plăcilor de microtitrare (13)
- qPCR (9)
- SALVI (9)
Secvențiere (212)
- ChiPSeq(40)
- Secv. ADN (6)
- ExomeSeq (3)
- MetilSeq(10)
- Microbiom (3)
- miARN (4)
- RIPSeq (1)
- RNASeq (76)
- Resecvențiere direcționată (2)
- Întregul genom (3)
WorkflowStep (477)
- Aliniere (8)
- Adnotare (67)
- Efect de lot (5)
- Design experimental (2)
- Comparație multiplă (76)
- normalizare (15)
poteci (69)
- Preprocesare (128)
- Controlul calității (95)
- Scriere raport (25)
vizualizare (218)
Date Adnotare(895)
Producător de cipuri (374)
- AffymetrixChip (336)
- Cip Agilent (15)
- Cipul Illumina (19)
- INDACChip (1)
- Chip Qiagen (1)
- RNG_MRCCip(2)
Nume cip (195)
- adme16code (1)
- ag(3)
- ath1121501(3)
- celegans (3)
- drosgenom1 (3)
- drosophila2 (3)
- h10kcode(1)
- h20kcode(1)
- hcg110 (3)
- hgfocus(3)
- hgu133a (4)
- hgu133a2(4)
- hgu133b(3)
- hgu133plus2 (4)
- hgu95a(3)
- hgu95av2 (4)
- hgu95b (3)
- hgu95c (3)
- hgu95d (3)
- hgu95e (3)
- hguatlas13k (1)
- hgug4100a (1)
- hgug4101a (1)
- hgug4110b (1)
- hgug4111a (1)
- hgug4112a (1)
- hguqiagenv3 (1)
- hi16code(1)
- hs25cresogen(1)
- hu35ksuba (3)
- hu35ksubb (3)
- hu35ksubc (3)
- hu35ksubd(3)
- hu6800 (3)
- HuO22 (1)
- hwgcode(1)
- iluminaHumanv1 (1)
- illuminaHumanv2 (1)
- illuminaMousev1 (1)
- illuminaMousev1p1 (1)
- iluminaRatv1 (1)
- indac (1)
- cod m10k(1)
- m20kcode(1)
- mgu74a (3)
- mgu74av2 (3)
- mgu74b (3)
- mgu74bv2 (3)
- mgu74c (3)
- mgu74cv2 (3)
- mgatlas5k (1)
- mgug4121a (1)
- mgug4122a (1)
- mi16code(1)
- mm24cresogen(1)
- moe430a (3)
- moe430b (3)
- mouse4302 (4)
- mouse430a2 (4)
- mpedbarray(1)
- mu11ksuba (3)
- mu11ksubb (3)
- Mu15v1 (1)
- mu19ksuba (2)
- mu19ksubb (2)
- mu19ksubc (2)
- Mu22v3 (1)
- mwgcode(1)
- Norvegia 981 (1)
- OperonHumanV3 (1)
- PartheenMetaData (1)
- pedbarrayv10(1)
- pedbarrayv9 (1)
- r10kcode(1)
- rae230a (3)
- rae230b (3)
- rat2302(3)
- rgu34a(3)
- rgu34b(3)
- rgu34c(3)
- rgug4130a (1)
- ri16cod (1)
- rnu34(3)
- Roberts2005Adnotation (1)
- rtu34 (3)
- rwgcode(1)
- SHDZ (1)
- u133x3p (3)
- xenopuslaevis (2)
- drojdie 2 (3)
- ygs98 (4)
- peste zebra (3)
CustomCDF (16)
CustomDBSchema (11)
- GeneCardsCustomSchema (8)
- Adnotare funcțională (13)
Organism (532)
- Anopheles_gambiae (4)
- Apis_mellifera (3)
- Arabidopsis_thaliana (12)
- Bacillus_subtilis (2)
- Bos_taur (11)
- Caenorhabditis_elegans (10)
- canis_familiaris (12)
- Danio_rerio (12)
- Drosophila_melanogaster (15)
- Escherichia_coli (12)
- Gallus_gallus (9)
- Gasterosteus_aculeatus (2)
- Homo_sapiens (201)
- Hordeum_vulgare (2)
- Macaca_mulatta (7)
- Mus_musculus (103)
- Oryza_sativa (1)
- Pan_troglodite (6)
- Plasmodium_falciparum (4)
- Pseudomonas_aeruginosa (2)
- Rattus_norvegicus (65)
- Saccharomyces_cerevisiae (18)
- Saccharum_officinarum (2)
- Staphylococcus_aureus (2)
- Sus_scrofa (7)
- Taeniopygia_guttata (2)
- Vitis_vinifera (2)
- Xenopus_laevis (3)
- Xenopus_tropicalis (1)
- Zea_mays (2)
Tip pachet (524)
- BSgenom (69)
- CDF (126)
- ChipDb (155)
- db0 (19)
- InparanoidDb (8)
- MeSHDb (3)
- OrganismDb (3)
- OrgDb (19)
- sondă(104)
- SNPlocs (1)
- txdb (17)
SequenceAdnotation (3)
Date despre experiment (223)
cancer (35)
- piept (2)
- colon (2)
- rinichi (1)
- leucemie (6)
- Plămân (1)
- ovarian (1)
- ChipchipData(1)
- ChIPseqData(4)
- EcoliData (1)
- ExpressionData(4)
- hapmap (7)
- HighThroughputSequencingData(9)
- HIV(1)
- Date de spectrometrie de masă (7)
- țesut normal (3)
- RNAExpressionData (16)
- RNAseqData(19)
- Celule stem (1)
- Drojdie (10)
Lansări
Lansările apar de două ori pe an - primăvara și toamna. Fiecare nouă lansare necesită cea mai recentă versiune a distribuției R ca dependență .
| Versiune
|
data eliberarii
|
Numărul de pachete
(sub „Software”)
|
Dependenta
|
| 1.0
|
1 mai 2001
|
cincisprezece
|
R1.5
|
| 1.1
|
19 noiembrie 2002
|
douăzeci
|
R1.6
|
| 1.2
|
29 mai 2003
|
treizeci
|
R 1,7
|
| 1.3
|
30 octombrie 2003
|
49
|
R1.8
|
| 1.4
|
17 mai 2004
|
81
|
R 1,9
|
| 1.5
|
25 octombrie 2004
|
100
|
R2.0
|
| 1.6
|
18 mai 2005
|
123
|
R2.1
|
| 1.7
|
14 octombrie 2005
|
141
|
R2.2
|
| 1.8
|
27 aprilie 2006
|
172
|
R2.3
|
| 1.9
|
4 octombrie 2006
|
188
|
R2.4
|
| 2.0
|
26 aprilie 2007
|
214
|
R2.5
|
| 2.1
|
8 octombrie 2007
|
233
|
R2.6
|
| 2.2
|
1 mai 2008
|
260
|
R2.7
|
| 2.3
|
22 octombrie 2008
|
294
|
R2.8
|
| 2.4
|
21 aprilie 2009
|
320
|
R2.9
|
| 2.5
|
28 octombrie 2009
|
352
|
R2.10
|
| 2.6
|
23 aprilie 2010
|
389
|
R2.11
|
| 2.7
|
18 octombrie 2010
|
418
|
R2.12
|
| 2.8
|
14 aprilie 2011
|
466
|
R2.13
|
| 2.9
|
1 noiembrie 2011
|
517
|
R2.14
|
| 2.10
|
2 noiembrie 2012
|
554
|
R2.15
|
| 2.11
|
3 octombrie 2012
|
610
|
R2.15
|
| 2.12
|
4 aprilie 2013
|
671
|
R3.0
|
| 2.13
|
15 octombrie 2013
|
749
|
R3.0
|
| 2.14
|
14 aprilie 2014
|
824
|
R3.1
|
| 3.0
|
14 octombrie 2014
|
934
|
R3.1
|
Exemple de utilizare
Vezi și
Note
- ↑ Rapoarte anuale ale proiectului pe site-ul oficial . Consultat la 7 februarie 2015. Arhivat din original pe 7 februarie 2015. (nedefinit)
- ↑ R. Domn. [ http://www.bioconductor.org/about/annual-reports/AnnRep2002.pdf Raport anual 2002 pentru bioconductor. Proiect, DFCI]. — 29 mai 2008. Arhivat din original la 23 septembrie 2015.
Link -uri
Site oficial - http://www.bioconductor.org/