LĂMPĂRI

Versiunea actuală a paginii nu a fost încă revizuită de colaboratori experimentați și poate diferi semnificativ de versiunea revizuită la 14 ianuarie 2018; verificările necesită 6 modificări .
LĂMPĂRI
Tip de Dinamica moleculară
Dezvoltator Laboratoarele Naționale Sandia
Scris in C++
Sistem de operare Platformă transversală
ultima versiune Eliberare rulanta
Licență GPL
Site-ul web lampps.sandia.gov

LAMMPS ( L arge-scale A  tomic / Molecular Massively Parallel Simulator ) este un pachet gratuit pentru dinamica moleculară clasică scris de un grup de la Sandia National Laboratories . Pachetul poate fi folosit pentru calcule mari (până la zeci de milioane de atomi [1] ). Pentru a lucra pe sisteme multiprocesor se foloseste interfata MPI . Pachetul este distribuit sub licență GPL și este disponibil ca coduri sursă, precum și pachete compilate pentru Microsoft Windowsși diverse distribuții Linux.

Caracteristici

Este posibil să compilați atât o versiune paralelă de LAMMPS (folosește MPI ), cât și o versiune care să ruleze în modul cu un singur procesor.

LAMMPS acceptă majoritatea potențialelor cu rază scurtă de acțiune cu două și mai multe particule ( potențiale Lennard-Jones , Morse, Yukawa , EAM, AI-REBO).

Metodele Ewald și PPPM (Particle-particle particle-mesh) sunt implementate pentru a calcula forțele în sistemele cu interacțiune Coulomb.

În plus față de MD, LAMMPS poate fi utilizat pentru a efectua calcule ale sistemelor mezoscopice și soluțiilor coloidale. Pentru aceasta sunt implementate metodele de peridinamică, DPD (dinamica particulelor disipative), SRD (dinamica rotațională stocastică).

Utilizarea listelor de vecini în calculul forțelor cu rază scurtă de acțiune.

Utilizarea descompunerii spațiale în calcule pe sisteme multiprocesor.

Este posibil să scrieți configurații atomice într-un fișier text sau binar. Configurația inițială a atomilor pentru calcul poate fi fie generată în program, fie citită dintr-un fișier binar/text.

Există capabilități încorporate pentru analiza configurației atomice „din mers”: construirea unei funcții de corelare a perechii, determinarea numărului de coordonare, a parametrului de simetrie centrală etc.

Termostate încorporate, barostate, metode de adăugare a forțelor externe și a pereților potențiali.

Capacitatea de a ieși într-un format nativ pentru vizualizatorul AtomEye.

Utilizarea GPU-urilor pentru calcul ( tehnologia CUDA ). GPU-urile pot fi utilizate numai pentru potențialele Lennard-Jones și Coulomb.

Aplicații

Pachetul LAMMPS are benchmark-uri încorporate care pot fi utilizate, în special, pentru testarea independentă și determinarea performanței computerelor personale și a componentelor acestora. [2] , [3]

Note

  1. A. V. Yanilkin, P. A. Zhilyaev, A. Yu. Kuksin, G. E. Norman, V. V. Pisarev, V. V. Stegailov. Application of Supercomputers for Molecular Dynamics Simulation of Processes in Condensed Matters Arhivat 20 decembrie 2016 la Wayback Machine // Metode de calcul și programare. 2010. V.11. pp.111-116
  2. Serghei Pakhomov. Aplicații de dinamică moleculară LAMMPS și NAMD ca test al procesoarelor și computerelor Arhivat 21 martie 2018 la Wayback Machine - iXBT
  3. Serghei Pakhomov. Aplicații de inginerie și calcul științific ca instrumente de testare a performanței PC -ului Arhivat 21 martie 2018 la Wayback Machine - iXBT

Vezi și

Link -uri