Pacmanvirus A23

Pacmanvirus A23
clasificare stiintifica
Grup:Viruși [2]Tărâm:incertae sedis [1]Vedere:Pacmanvirus A23
Denumire științifică internațională
Pacmanvirus A23
Grupul Baltimore
I: virusuri dsDNA

Pacmanvirus A23  (lat.) , cunoscut și sub denumirea de Pacmanvirus , este un virus gigant care este apropiat din punct de vedere morfologic și genetic de alți doi viruși giganți , Faustovirus și Kaumoebavirus , precum și viruși din familia Asfarviridae . Acești viruși și-au primit numele de la forma capsidei observată atunci când sunt colorate negativ la un microscop electronic : arată ca protagonistul jocului video Pac-Man cu același nume [3] .

Virusul a fost descoperit în 2017 când amibe Acanthamoeba castellanii au fost co-cultivate cu diverse probe de mediu prelevate din Algeria [4] .

Din iulie 2021, Pacmanvirus A23 nu este înregistrat în baza de date a Comitetului Internațional pentru Taxonomia Virușilor (ICTV) [5] .

Descriere

Capsida Pacmanvirus are o formă icosaedrică , dar ușor neregulată (căreia îi datorează numele) și atinge o dimensiune de aproximativ 175 nm , membrana interioară a virusului repetând geometria capsidei. Genomul Pacmanvirus este reprezentat de o moleculă de ADN dublu catenară constând din 395405 perechi de baze (bp). Compoziția GC a genomului ajunge la aproximativ 33,6%, care este mai mică decât cea a virusurilor înrudite. Cel mai probabil, ADN-ul genomic nu este circular, ci liniar. Genomul Pacmanvirus îi lipsește complet repetări mari sau regiuni inversate . O genă ARNt , gena ARNt isoleucinei , a fost găsită în genom , deși virusurile înrudite nu conțin gene ARNt. Conform analizei bioinformatice , genomul Pacmanvirus conține 465 de gene prezise. 135 dintre ele sunt legate de genele altor virusuri, 45 - de gene de eucariote , 41 - de gene de procariote (38 de gene de bacterii și 3 gene de arhee ). Conform analizei repertoriului de gene, cea mai apropiată rudă a Pacmanvirus este virusul gigant Faustovirus : au 84 de gene în comun. Pacmanvirusul are 9 gene înrudite cu Kaumoebavirus , 11 gene cu viruși giganți din genul Marseillevirus , 9 gene cu mimivirusuri și doar 2 gene cu viruși din familia Asfarviridae . 3 gene sunt similare cu cele ale lui Acanthamoeba castellanii , iar 4 sunt similare cu cele ale mucegaiului slime Dictyostelium . 244 de gene nu au omologi cunoscuți și doar 155 de gene au o adnotare funcțională [4] .

Ciclul de viață

Comparativ cu Mimivirus , Pacmanvirus se replic extrem de rapid în celulele amibei Acanthamoeba castellanii . Primele celule deteriorate încep să apară la 6 ore de la infecție, iar după alte două ore, are loc liza completă a celulelor amibei. Deja la 15 minute după contactul virusului și amibei, particulele virale sunt detectate în vacuolele fagocitare și apoi în citoplasma celulei, iar deschiderea capsidei nu este observată. Cel mai probabil, în citoplasmă, virușii interacționează cu mitocondriile , dar fuziunea membranei nu are loc. Nu a fost posibil să se observe eliberarea de ADN din capside, deși au fost detectate capside goale în citoplasmă. La 3 ore după infecție, în celulele de amibe apar fabrici virale bine formate , cu toate acestea, virionii nou formați devin distinși la numai 4 ore după infecție. După 6 ore, celula amibei se umple cu particule virale, care uneori formează chiar grupuri de formă geometrică regulată în întreaga celulă sau în unele părți ale acesteia la periferia fabricii de virusuri. În final, la 8 ore de la pătrunderea virusului în celulă, aceasta din urmă este lizată [4] .

Filogenie și relații

Conform arborelui filogenetic construit pe baza secvenței genelor familiei ADN polimerazei B , , Kaumoebavirus , Faustovirus și Asfarviridae formează o cladă monofiletică . Aparent, acești viruși au avut un strămoș comun . Arhitectura capsidei Faustovirus este cea mai apropiată de Pacmanvirus [4] .

Note

  1. ↑ Taxonul nu este recunoscut de Comitetul Internațional pentru Taxonomia Virușilor (ICTV).
  2. ↑ Taxonomia Virușilor  pe site-ul web al Comitetului Internațional pentru Taxonomia Virușilor (ICTV) .
  3. ↑ Colson Philippe , La Scola Bernard , Raoult Didier. Virușii giganți de amibe: o călătorie prin cercetări inovatoare și schimbări de paradigmă  (engleză)  // Revizuirea anuală a virologiei. - 2017. - 29 septembrie ( vol. 4 , nr. 1 ). - P. 61-85 . — ISSN 2327-056X . - doi : 10.1146/annurev-virology-101416-041816 .
  4. ↑ 1 2 3 4 Andreani J. , Khalil JYB , Sevvana M. , Benamar S. , Di Pinto F. , Bitam I. , Colson P. , Klose T. , Rossmann MG , Raoult D. , La Scola B. Pacmanvirus, un nou virus icosaedric gigant la răscrucea dintre Asfarviridae și Faustoviruses.  (Engleză)  // Journal Of Virology. - 2017. - 15 iulie ( vol. 91 , nr. 14 ). - doi : 10.1128/JVI.00212-17 . — PMID 28446673 .
  5. ↑ Căutați Pacmanvirus în baza de date ICTV (downlink) . Preluat la 1 august 2021. Arhivat din original la 4 octombrie 2013. 

Link -uri