Thaumarchaeota

Thaumarchaeota
clasificare stiintifica
Domeniu:ArchaeaTip de:Thaumarchaeota
Denumire științifică internațională
Thaumarchaeota Brochier -Armanet et al. 2008
Sinonime
Aigarchaeota Nunoura și colab. 2011 [1] Nitrososphaeraeota Oren și colab. 2015 [1]
Sistematică la Wikispecies Căutare de imagini pe Wikimedia Commons ESTE   951425 NCBI   651137 EOL   10594366

Thaumarchaeota ( latina , din greaca thaumas  - miracol) este un tip de arhee care contine doar 3 specii cultivate si aproximativ 20 de candidati (Candidatus). Toți reprezentanții descoperiți în prezent sunt chimiolitotrofe și oxidează amoniacul . Ele pot juca un rol important în ciclul biochimic, în special în ciclul azotului .

Istoria studiului

Filul a fost izolat în 2008 pe baza datelor filogenetice , cum ar fi secvențele genei ARNr ale acestor organisme , precum și producția lor de topoizomerază de tip I , despre care se credea anterior că este unică pentru eucariote [2] [3] . Aceste ipoteze au fost confirmate de analize suplimentare, ale căror rezultate au fost publicate în 2010. Ei au testat genomul arheei Nitrosopumilus maritimus și Candidatus Nitrosophaera gargensis, care oxida amoniacul . Pe baza rezultatelor acestor studii, s-a constatat că aceste două specii au o origine separată împreună cu o altă specie, Cenarchaeum symbiosum , care a fost prima specie descrisă de Thaumarchaeota [4] .

Clasificare

Clasificarea actuală se bazează pe Lista numelor procariote cu statut în nomenclatură (LPSN) și Centrul Național pentru Informații Biotehnologice (NCBI). Dacă din iulie 2017 în prima sursă tipul este reprezentat de singura specie Nitrosophaera viennensis [5] din clasa Nitrosophaeria [6] , atunci a doua include un număr mai mare de taxoni de la specie la ordin, majoritatea fiind candidați. Clasificarea de mai jos arată toți taxonii până la și inclusiv genul și toate speciile cultivate [7] , taxonii ai căror reprezentanți sunt cunoscuți în cultura pură ocupând primul loc:

• Clasa Nitrosophaeria Stieglmeier et al. 2014
  • Ordinul Nitrososphaerales Stieglmeier et al. 2014
    • Familia Nitrosophaeraceae Stieglmeier et al. 2014
      • Genul Nitrososphaera Stieglmeier și colab. 2014
        • Nitrososphaera viennensis Stieglmeier et al. 2014 [8] și încă 2 candidați
      • Genul Candidatus Nitrosocosmicus  Lehtovirta-Morley et al. 2016 (3 candidați)
  • Ordinul Candidatus Nitrosocaldales  Qin et al. 2017
    • Familia Candidatus Nitroscaldaceae  Qin și colab. 2016
      • Genul Candidatus Nitrosocaldus  de la Torre et al. 2008 (1 candidat)
• Orders incertae sedis
  • Ordinul Cenarchaeales DeLong și Preston 1996 - clasificat ca Crenarchaeota în LPSN
    • Familia Cenarchaeaceae DeLong și Preston 1996
      • Genul Cenarchaeum DeLong și Preston 1996
        • Cenarchaeum symbiosum DeLong și Preston 1996
  • Ordinul Nitrosopumilales Konneke și colab. 2005
    • Familia Nitrosopumilaceae Konneke și colab. 2005
      • Genul Nitrosopumilus Konneke și colab. 2005
        • Nitrosopumilus maritimus Konneke și colab. 2006 și încă 5 candidați
      • Genul Candidatus Nitrosoarchaeum  Blainey et al. 2011 (2 candidați)
      • Genul Candidatus Nitrosomarinus (1 candidat)
  • genera incertae sedis
    • Genul Candidatus Caldiarchaeum  Nunoura et al. 2011 (1 candidat)
    • Genul Candidatus Giganthauma  Muller et al. 2010 (2 candidați)
    • Genul Candidatus Nitrosopelagicus  Santoro et al. 2014 (1 candidat)
    • Genul Candidatus Nitrosotalea  Lehtovirta et al. 2011 (1 candidat)
    • Genul Candidatus Nitrosotenuis  Li et al. 2016 (2 candidați)

Note

1. ↑ 1 2 Thaumarchaeota  (engleză) pe site-ul Centrului Național pentru Informații în Biotehnologie (NCBI). (Accesat: 5 august 2017) .
2. ↑ Brochier-Armanet C., Boussau B., Gribaldo S., Forterre P. Mesophilic crenarchaeota: Proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota  // Nature Reviews Microbiology  : journal  . - 2008. - Vol. 6 , nr. 3 . - P. 245-252 . - doi : 10.1038/nrmicro1852 . — PMID 18274537 .
3. ↑ Brochier-Armanet C., Gribaldo S., Forterre P. A DNA topoisomerase IB in Thaumarchaeota mărturisește pentru prezența acestei enzime în ultimul strămoș comun al Archaea și Eucarya   // Biology Direct : jurnal. - 2008. - Vol. 3 . — P. 54 . - doi : 10.1186/1745-6150-3-54 . — PMID 19105819 .
4. ↑ Spang A., Hatzenpichler R., Brochier-Armanet C., Rattei T.,. Set de gene distincte în două linii diferite de arhei care oxida amoniacul susține phylumul Thaumarchaeota  //  Tendințe în microbiologie : jurnal. - Cell Press , 2010. - Vol. 18 , nr. 8 . - P. 331-340 . - doi : 10.1016/j.tim.2010.06.003 . — PMID 20598889 .
5. ↑ Genul Nitrososphaera  : [ ing. ]  // LPSN.  (Accesat: 5 august 2017) .
6. ↑ Clasificarea domeniilor și phyla - Clasificarea ierarhică a procariotelor (bacterii) : Versiunea 2.0  : [ ing. ]  // LPSN. - 2016. - 2 octombrie.
7. ↑ Browser taxonomie: Thaumarchaeota  : [ ing. ]  // NCBI.  (Accesat: 5 august 2017) .
8. ↑ Tourna M., Stieglmeier M., Spang A., Könneke M., Schintlmeister A., ​​​​Urich T., Engel M., Schloter M., Wagner M. Nitrososphaera viennensis, an amoniac oxidizing archaeon din sol  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2011. - Vol. 108 , nr. 20 . - P. 8420-8425 . - doi : 10.1073/pnas.1013488108 . — PMID 21525411 .