După ce Burundi a devenit un stat independent, Organizația Mondială a Sănătății (OMS) a început să ofere asistență țării în domeniul sănătății. Asistența a inclus formarea lucrătorilor din domeniul sănătății, organizarea serviciilor de sănătate și formarea asistenților medicali. Studenții din Burundi au studiat medicina în Franța și Republica Democratică Congo . De asemenea, OMS a ajutat la combaterea variolei , tuberculozei și malariei .
Burundi a primit asistență de la OMS, Organizația pentru Alimentație și Agricultură a Națiunilor Unite și UNICEF . Această asistență a avut ca scop îmbunătățirea sănătății mamei și copilului.
După asasinarea președintelui în 1993, oamenii din Burundi au început să se miște. Aproximativ 683.000 de oameni au fugit în țările vecine, sate rurale sau orașe cu salubritate precară.
În 2004, erau aproximativ 5 medici, 28 de asistente și 1 farmacist la 100.000 de oameni. Cheltuielile totale pentru sănătate au fost estimate la 3,7% din PIB . Burundi, conform statisticilor, are cel mai mic consum de antibiotice dintre toate țările lumii în 2015: 4,4 doze zilnice la 1000 de locuitori pe zi [1] .
Speranța medie de viață în 2005 era de 50 de ani, în 2000 era estimată la 42 de ani.
În Burundi au loc focare de meningită de grup A. Au fost raportate peste 2.500 de cazuri de meningită. Tripanosomiaza (boala somnului), purtată de musca tsetse , este comună în valea râului Rurubu Malaria și schistosomiaza sunt boli comune în apropierea râului Ruzizi .
În 2003, rata de prevalență HIV/SIDA a fost de 6,00 la 100 de adulți. În 2004, în Burundi erau aproximativ 250.000 de persoane care trăiau cu HIV. Se estimează că 25.000 de oameni au murit de SIDA în 2003.
Consumul de proteine și grăsimi animale nu este în conformitate cu recomandările, bolile asociate cu malnutriția sunt frecvente în Burundi .
În 2010, rata mortalității la naștere a fost de 970 de decese la 100.000 de nașteri. Pentru comparație, această cifră a fost de 569,6 în 2008 și 711,6 în 1990. Rata mortalității la copiii cu vârsta sub 5 ani a fost de 168 de decese la 1.000 de persoane. 26% dintre aceste decese sunt sugari. În Burundi, există 4 obstetricieni la 1.000 de nașteri, iar riscul pe viață pentru femeile însărcinate este de 1/25 [2] .
9% dintre femeile căsătorite (cu vârste între 15 și 49 de ani) au folosit contracepție .
În 1999, copiii cu vârsta sub un an au fost vaccinați împotriva difteriei , tusei convulsive și tetanosului (74 la sută) și împotriva rujeolei (75 la sută). Malnutriția a fost raportată la 38% dintre copiii cu vârsta sub 5 ani.