Consiliul Separatist (cunoscut și sub numele de Alianța Separatistă și Consiliul Liderilor ) a fost organul de conducere al Confederației Sistemelor Independente în timpul Războaielor Clonelor .
Consiliul separatist a fost creat de contele Dooku chiar înainte de bătălia de la Geonosis . El a condus armata în timpul Războaielor Clonelor După atacul asupra Coruscantului și moartea contelui Dooku , Darth Sidious ia ordonat generalului Grievous , care se afla pe Utapau în acel moment , să trimită toți membrii Consiliului Separatist la Mustafar , unde a spus că vor fii în siguranță. Nava pentru Mustafar a plecat cu puțin timp înainte ca Republica să asedieze Utapau.
După moartea generalului Grievous în mâinile lui Obi-Wan Kenobi , Consiliul a devenit oficial șeful CSI, cu Nute Gunray ca reprezentant principal . Consiliul sa stabilit pe Mustafar la sediul corporației Clegger Corp Mining Facility și acolo Darth Sidious și-a trimis noul ucenic , Darth Vader , pentru a pune capăt mișcării separatiste. Practic toți liderii separatiști (cu excepția lui Rogua Vodrata) și cei mai apropiați locotenenți ai lor au fost uciși de Vader. Moartea lor a marcat sfârșitul oficial al Războaielor Clonelor. Timp de cel puțin două luni, asasinarea membrilor Consiliului a rămas neraportată. Amenințarea percepută din partea lor i-a permis împăratului să-și continue expansiunea militară.
Consiliul Separatist a fost cel mai înalt organ de conducere al Confederației. Toți liderii separatiști aveau aceleași drepturi de vot. În cazul decesului atât a șefului statului, cât și a comandantului suprem suprem, unul dintre membrii Consiliului urma să conducă CNS.