Confuzia este un factor care amenință valabilitatea internă , constând în faptul că variabila dependentă este de obicei influențată de diverși stimuli irelevanți , de care este fundamental imposibil să scapi. Sarcina cercetătorului este de a determina gradul de influență a acestor stimuli asupra variabilei dependente pentru a fi sigur de efectul asupra acesteia al unei modificări a variabilei independente de interes pentru experimentator .
Atunci când se studiază influența diferitelor părți ale creierului asupra comportamentului animalelor , însuși faptul de a suferi o operație de îndepărtare a părții corespunzătoare poate schimba comportamentul animalului de experiment (de exemplu, experimentul Gaffan ).