ImagineJ
Versiunea actuală a paginii nu a fost încă examinată de colaboratori experimentați și poate diferi semnificativ de
versiunea revizuită la 9 aprilie 2015; verificările necesită
24 de modificări .
ImageJ este un program open source de analiză și procesare a imaginilor . Scris în Java de personalul National Institutes of Health [2] și distribuit fără restricții de licență în domeniul public . Un API deschis vă permite să creșteți în mod flexibil funcționalitatea prin plug-in-uri, iar un limbaj macro încorporat automatizează acțiuni repetitive complexe [3] . ImageJ este utilizat pe scară largă în cercetarea biomedicală , astronomie , geografie și alte discipline de analiză a imaginii ca alternativă la software-ul proprietar .
Plug-in-urile de la terți acoperă o gamă largă de sarcini de analiză și procesare a imaginilor: permit vizualizarea 3D , de la celule la imagini radiologice [4] , comparații automate [5] până la crearea de sisteme automate de studiu, de exemplu, în hematologie [6] . Arhitectura plug-in ImageJ și sistemul de dezvoltare încorporat fac această platformă foarte populară pentru lucrul și predarea analizei și procesării imaginilor [7] [8] .
Puteți utiliza ImageJ printr-un applet online sau prin descărcarea aplicației. Aplicația funcționează pe toate sistemele de operare pentru care există o versiune Java Virtual Machine de la 1.4: Microsoft Windows , Mac OS , Mac OS X , Linux și Sharp Zaurus PDA . Codul sursă ImageJ este disponibil gratuit [9] .
Ideologul și dezvoltatorul proiectului este Wayne Rasband (Sucursala Servicii de Cercetare a Institutului Național de Sănătate Mintală).
Caracteristici
ImageJ vă permite să afișați, editați, analizați, procesați, salvați și imprimați imagini pe 8 biți, 16 biți și 32 biți. Programul poate citi multe formate de imagine, în special, TIFF , PNG , GIF , JPEG , BMP , DICOM , FITS , precum și formate de date brute. ImageJ acceptă stive - o serie de imagini combinate într-o singură fereastră, iar operațiunile cu mai multe fire de muncă intensive pot fi efectuate pe sisteme multiprocesor în paralel. În ImageJ, puteți calcula suprafața și statisticile valorilor pixelilor zonelor imaginii selectate manual sau folosind funcții de prag, măsurați distanțe și unghiuri. construiți histograme de densitate și desenați profile de linii. ImageJ acceptă funcții de bază de procesare a imaginii, cum ar fi operații logice și aritmetice între imagini, manipularea contrastului, convoluțiile , analiza Fourier , clarificarea, netezirea , detectarea marginilor și un filtru median . Programul vă permite să efectuați transformări geometrice : scalare , rotație, reflexie etc. Numărul de imagini utilizate simultan este limitat doar de cantitatea de memorie disponibilă.
Istorie
Înainte de ImageJ în 1997, o analiză similară a imaginii a fost posibilă cu programul gratuit NIH Image pentru computere Macintosh și sisteme de operare până la Mac OS X. Dezvoltarea sa a fost programul Image SXM pentru lucrul cu imagini obținute pe microscoape de scanare utilizate pentru cercetarea fizică. A fost dezvoltată și o versiune pentru Windows , întreținută de Scion Corporation. Ambele versiuni sunt încă disponibile [10] .
Note
- ↑ Proiectul image_j Open Source pe Open Hub: Pagina de limbi - 2006.
- ↑ Collins TJ ImageJ pentru microscopie // BioTechniques : jurnal. - 2007. - iulie ( vol. 43 , nr. 1 Suppl ). - P. 25-30 . - doi : 10.2144/000112517 . — PMID 17936939 .
- ↑ Girish V., Vijayalakshmi A. Analiză de imagine accesibilă folosind NIH Image/ImageJ // Indian J Cancer : jurnal. - 2004. - Vol. 41 , nr. 1 . — P. 47 . — PMID 15105580 . Arhivat din original pe 11 aprilie 2011.
- ↑ Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (indefinite) // J Digit Imaging. - 2005. - T. 18 , nr 2 . - S. 91-9 . - doi : 10.1007/s10278-004-1879-4 . — PMID 15827831 .
- ↑ Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. Vizualizarea și compararea datelor AFM/CLSM folosind un set de instrumente open-source // Microsc Res Tech : jurnal. - 2004. - Vol. 64 , nr. 2 . - P. 176-184 . - doi : 10.1002/jemt.20067 . — PMID 15352089 .
- ↑ Gering E., Atkinson C. O metodă rapidă de numărare a eritrocitelor nucleate pe frotiuri de sânge colorate prin analiza digitală a imaginilor // J Parasitol : jurnal. - 2004. - Vol. 90 , nr. 4 . - P. 879-881 . - doi : 10.1645/GE-222R . — PMID 15357090 .
- ↑ Burger W., Burge M. Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java . - Springer , 2007. - ISBN 1846283795 . Arhivat pe 17 mai 2014 la Wayback Machine
- ^ Dougherty , G. Digital Image Processing for Medical Applications . - Cambridge University Press , 2009. - ISBN 9780521860857 .
- ↑ Rueden CT, Eliceiri KW Abordări de vizualizare pentru date de imagini biologice multidimensionale (italiană) // BioTechniques : diario. - 2007. - Luglio ( v. 43 , n. 1 Suppl ). - P. 31, 33-6 . - doi : 10.2144/000112511 . — PMID 17936940 .
- ↑ Imagine NIH: Despre . Consultat la 18 noiembrie 2008. Arhivat din original la 20 aprilie 2012. (nedefinit)
Literatură
- Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Procesarea imaginii cu ImageJ. - editia a 2-a. - Editura Packt, 2015. - 256 p. — ISBN 978-1-78588-983-7 .
- Boris Shilov, Nikolay Englevsky. ImageJ Program pentru studiul imaginilor biomedicale. Ghid pentru cercetător. - Editura Academică LAP Lambert, 2013. - 312 p. — ISBN 978-3-659-37594-1 .
Link -uri
Distribuții
Pentru a facilita implementarea software-ului, ImageJ este distribuit și ca parte a distribuțiilor.
- Fiji (un acronim recursiv pentru Fiji este Just ImageJ): distribuția se concentrează pe lucrul cu imagini din știința vieții. Furnizat în formă binară (x86, x86_64) pentru sistemele de operare majore (Windows, Linux, MacOS). Conține pluginuri preinstalate, instrument de actualizare automată, interfețe pentru limbaje de scripting (vezi Scripting ).
- MBF ImageJ , dezvoltat de McMaster Biophotonics Facility. Doar pentru Windows x86.
Pluginuri
- Pagina principală a pluginului ImageJ
- Proiectul Plugin ImageJ @ Sourceforge.net
- Plugins pentru imagistica bio-medicală Arhivat 15 ianuarie 2020 la Wayback Machine
- Plugin stabilizator de imagine pentru ImageJ
- Set de pluginuri OptiNav: aeroacustică, histograme în timp real, deconvoluție.
- Set mare de pluginuri de Gabriel Landini
- Pluginuri de editare 3D de la Albert Cardona.
- Pluginuri de evaluare a suprafeței de la GCSCA
- TrakEM2: un plug-in pentru extragerea datelor morfologice, modelarea 3D și îmbinare, înregistrare, editare și adnotare imagini.
- Diverse pluginuri de la Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
- Implementarea SIFT de către Stephan Saalfeld: Implementarea SIFT ușoară sub GPL, vedeți mai multe despre algoritmul SIFT
- bUnwarpJ de Ignacio Arganda-Carreras: Plugin pentru înregistrarea rigidă și flexibilă a imaginii.
- Plugin -uri de la Biomedical Imaging Group (EPFL)
- Teaching Image Processing and Java Programming Arhivat 6 iulie 2011 la Wayback Machine cu pluginuri ImageJ
- Reconstrucție de proiecție tomografică ca plugin ImageJ, Universitatea Paris-Sud XI , Orsay
Programul NIH Image