| PHYLIP | |
|---|---|
| Tip de | bioinformatica |
| Autor | Felsenstein, Joseph |
| Dezvoltator | J. Felsenstein |
| Scris in | HTML [2] |
| Sistem de operare | Apple Macintosh , Microsoft Windows |
| Prima editie | 1980 [1] |
| ultima versiune | 3.697 (02.11.2014) |
| Licență | domeniu public |
| Site-ul web | evolution.genetics.washington.edu/… |
PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) este un software pentru construirea arborilor filogenetici. Pachetul constă din 35 de programe care nu au interfață grafică. Datele primite sunt în formatul proprietar PHYLIP. Fișierul outtree care conține arborele este în formatul universal Newick.
Din septembrie 1980, momentul în care programul a fost lansat pentru prima dată, are peste 28.000 de utilizatori înregistrați oficial.
Există o serie de produse software care oferă o interfață grafică pentru funcționalitatea PHYLIP . În limba rusă, sistemul UGENE este distribuit gratuit , ceea ce vă permite să construiți arbori folosind algoritmi PHYLIP , să le vizualizați și să le salvați în format Newick.
| Nume de programe | Descrierea programului |
|---|---|
| protpars | Estimează filogenia secvențelor de proteine folosind metoda parcimoniei maxime. |
| dnapars | Evaluează filogenia secvențelor de ADN folosind metoda parcimoniei maxime. |
| dnapenny | Metoda ramurilor și legăturii ADN. Caută secvențe de aminoacizi în toate cele mai parsimonioase filogenii. |
| dnamove | Construcția interactivă a unei filogenii din secvențe de aminoacizi, estimată folosind metoda parcimoniei maxime pentru ADN. |
| dnacomp | Estimarea filogeniei în funcție de secvențele de aminoacizi folosind criteriul de compatibilitate. |
| dnaml | Estimează filogenia din secvențele de nucleotide utilizând metoda probabilității maxime. |
| dnamlk | Metoda de maximă probabilitate ADN cu ceas molecular. |
| proml | Estimează filogenia din secvențele de aminoacizi utilizând metoda probabilității maxime. |
| promlk | Metoda de maximă probabilitate cu ceas molecular pentru secvențele de proteine. |
| restml | Estimarea filogeniei prin metoda probabilității maxime folosind informații despre site-ul de restricție (prezența sau absența site-urilor individuale). |
| dnainvar | Pentru datele secvenței de acid nucleic a patru specii, calculează invarianții filogenetici ai lui Lake și Cavender care testează o topologie alternativă de arbore. |
| dnadist | Metoda distanței pentru ADN, care numără 4 distanțe diferite între indivizi după secvențe de aminoacizi. Distanța poate fi apoi utilizată în programe cu matrice de distanță. |
| protdist | Estimarea distanței de probabilitate maximă. |
| restdist | Distanțele calculate din datele site-ului de restricție sau datele fragmentelor de restricție. |
| seqboot | Citește datele și returnează un set de date folosind un bootstrap statistic. |
| fitch | Metoda matricei distanțelor Fitch-Margoliash. Estimarea filogeniei din datele matricei de distanță folosind un „model de arbore cumulativ” în care distanțele sunt de așteptat să fie suma lungimii ramurilor dintre specii. |
| kitsch | Metoda matricei de distanță Fitch-Margoliash cu ceas molecular. Estimarea filogeniei din datele matricei de distanță folosind un model „ultrametric”, care este același cu modelul arborelui agregat, cu excepția faptului că se ia în considerare ceasul evolutiv. |
| vecin | Implementarea metodei Neighbor-Joining (metoda de îmbinare a vecinilor) și a metodei UPGMA (metoda de grupare neponderată în perechi cu mediere). |
| contml | Estimează filogenia din datele frecvenței genelor utilizând metoda probabilității maxime (toate diferențele datorate derivei genetice în absența unor noi mutații). Acest program poate efectua, de asemenea, o analiză de probabilitate maximă a caracteristicilor care evoluează ca model de mișcare brownian, presupunând că caracteristicile evoluează în același ritm. |
| contrast | Citește un arbore dintr-un fișier și returnează diferențe de caracteristici independente pentru a fi utilizate în statisticile multivariabile. |
| gendist | Un program de distanță genetică care calculează t utilizând una dintre cele trei formule de distanță genetică folosind date despre frecvența genetică. |
| alin | O metodă neordonată de economisire în mai multe stări care ia în considerare caracteristicile individuale. |
| amesteca | Estimarea filogeniei prin unele metode de parcimonie pentru caracteristici discrete cu două stări (0 și 1). Vă permite să utilizați Metoda Wagner Lean, Metoda Camin-Sokal Lean sau orice combinație a celor două. |
| penny | Separarea sau legarea metodelor mixte care găsesc parcimonie filogenetică în creștere pentru date cu o singură caracteristică cu două stări, pentru metoda lui Wagner, Camin-Sokal și criteriile de parcimonie mixte, este utilizată căutarea exactă ramificată și legată. |
| mutare | Construcția interactivă a unei filogenii din date despre trăsături individuale cu două stări (0 și 1). Evaluează criteriile de parcimonie și compatibilitate ale acelei filogenii și arată stările recuperate de-a lungul arborelui. |
| bucată | Estimarea filogeniei utilizând criteriile de polimorfism Dollo sau parsimonie pentru date cu o singură trăsătură cu două stări (0 și 1). |
| dolpenny | Găsește toate majoritățile filogeniei economice pentru anumite caracteristici cu 2 stări unice, pentru criteriile de economisire Dollo sau polimorfism, este utilizată căutarea exactă ramificată și legată. |
| dolmove | Construcția interactivă a unei filogenii din date cu o singură caracteristică cu două stări (0 și 1) folosind criteriile Dollo sau parcimonie polimorfism. Evaluează criteriile de compatibilitate cu parcimonie și filogenie și arată stările recuperate în arbore. |
| clică | Găsește cea mai mare clică de caractere compatibile reciproc și filogenia pe care o recomandă pentru datele cu un singur caracter cu două stări (0 și 1). Cea mai mare clică (sau toate clicurile dintr-un interval de dimensiuni mai mare dat) este o metodă foarte rapidă de a găsi ramuri și legături. |
| factor | Un transcoder de caracteristici care preia date discrete cu mai multe stări cu arbori de caracteristici de stare și produce un set de date corespunzător în două stări (0 și 1). |
| arborele desenat | Programul desenează un arbore fără rădăcină, cum ar fi drawgram. |
| sens | Un program de arbore de consens care calculează consensul unui arbore utilizând metoda arborelui de consens al regulii majorității, ceea ce facilitează, de asemenea, găsirea unui arbore de consens puternic. |
| treedist | Calculează diferențele simetrice de distanță Robinson-Foulds între arbori care permit diferențe în topologia arborelui. |
| retree | Un reconstructor interactiv de arbore care citește în arbore (cu lungimi de ramuri, dacă este necesar) și vă permite să rerădăcinați copacul, să faceți clic pe ramuri, să schimbați numele speciilor și lungimile ramurilor și apoi să scrieți rezultatul. Poate fi folosit pentru a converti copacii înrădăcinați și neînrădăcinați unul la altul. |