| UGENE | |
|---|---|
| Tip de | Programul de bioinformatică |
| Dezvoltator | Unipro |
| Scris in | C++ , Qt |
| Sistem de operare | Software multiplatformă |
| Limbi de interfață | rusă , engleză |
| ultima versiune | 43 (21 august 2022) |
| Formate de fișiere care pot fi citite | Banca de date de proteine |
| Licență | GPL |
| Site-ul web | ugene.net |
UGENE este un software de bioinformatică gratuit . [unu]
UGENE poate rula pe un computer personal care rulează Windows , Mac OS X sau Linux .
UGENE oferă o interfață grafică pentru lucrul cu secvențe, adnotări, aliniamente multiple , arbori filogenetici , date de secvențiere ( NGS ) și multe altele. Datele pot fi stocate atât local (pe un computer personal), cât și într-o stocare partajată (într-o bază de date de laborator).
UGENE include zeci de algoritmi și instrumente bioinformatice populare, precum și propriile dezvoltări pentru lucrul cu aceste date în contextul genomicii , biologiei evoluționiste , virologiei și altor discipline. O interfață grafică este , de asemenea, furnizată pentru toate instrumentele , facilitând analiza acestor date de către biologii fără experiență de programare.
UGENE oferă capacitatea de a analiza în flux cantități mari de date folosind „Computational Circuit Designer”. Circuitul de calcul în acest caz este compus din diverse blocuri: citirea datelor, aplicarea algoritmilor/instrumentelor încorporate, înregistrarea datelor. Dacă este necesar, la schemă pot fi adăugate blocuri de instrumente arbitrare de linie de comandă, blocuri de script etc.. Designerul are exemple gata făcute de scheme (pentru adnotarea secvențelor, conversia formatelor, analiza datelor de secvențiere și altele).
În plus față de GUI, UGENE oferă o interfață de linie de comandă . În special, o schemă de calcul compilată în designer poate fi lansată și din linia de comandă.
Pentru a asigura performanță maximă de calcul, UGENE folosește puterea procesoarelor și a GPU -urilor multi-core pentru a optimiza anumite sarcini de calcul.
Mai jos sunt principalele caracteristici ale produsului:
Editorul de secvențe („Sequence View”) vă permite să afișați, să analizați și să editați secvențe de nucleotide sau aminoacizi . De asemenea, pentru diferite tipuri de date, opțiunile suplimentare de vizualizare sunt acceptate în fereastra editorului de secvențe:
Multiple Alignment Editor („Alignment Editor”) vă permite să lucrați cu mai multe nucleotide sau aminoacizi - aliniați-le, editați manual, analizați, salvați consensul, construiți arbori filogenetici etc.
Phylogenetic Tree Viewer vă permite să afișați și să editați arbori filogenetici. Este posibilă sincronizarea arborelui și a aliniamentului multiplu pe care este construit.
Designerul de scheme de calcul vă permite să creați și să rulați scheme de calcul în mai mulți pași. O caracteristică distinctivă a designerului de scheme de calcul UGENE este că schemele sunt executate pe computerul local al utilizatorului, ceea ce elimină suprasarcina de încărcare a datelor pe server.
Fiecare circuit este format din elemente de calcul. Designerul conține elemente pentru majoritatea algoritmilor integrați în UGENE. De asemenea, este posibil să vă creați propriile elemente, de exemplu pe baza unui program arbitrar lansat din linia de comandă. Schema de calcul poate fi salvată pentru reutilizare ulterioară sau pentru transferă către alt utilizator.
Schema de calcul creată poate fi lansată folosind o interfață grafică de utilizator sau o interfață de linie de comandă . Interfața grafică oferă funcții de monitorizare a execuției circuitului: afișarea rezultatelor, salvarea parametrilor, afișarea erorilor etc.
Biblioteca încorporată conține scheme gata făcute pentru conversia, filtrarea și adnotarea datelor. În colaborare cu NIH NIAID , au fost dezvoltate scheme de analiză a datelor NGS (căutare mutații, ChIP-seq , ARN-seq ).
Assembly Browser a început în 2010 ca o intrare în 2011 Illumina iDEA Challenge . Assembly Browser vă permite să vizualizați și să explorați date mari de secvențiere a genomului întreg (până la sute de milioane de citiri scurte) . Formate acceptate: ACE, SAM și versiunea sa binară BAM. Pentru a vizualiza datele în UGENE, fișierul de intrare trebuie convertit în formatul nativ UGENE. Această abordare are atât avantaje, cât și dezavantaje. Dezavantajele sunt timpul de conversie, care poate fi semnificativ pentru fișierele mari, și dimensiunea bazelor de date. Pe de altă parte, conversia vă permite să vizualizați în mod convenabil întregul ansamblu, să navigați prin ansamblu și să săriți rapid în regiunile acoperite dens.
Proiectul este dezvoltat de Unipro, cu sediul în Akademgorodok, Novosibirsk . Fiecare iterație durează aproximativ 1 până la 2 luni, după care este lansată următoarea versiune. Build -urile intermediare sunt, de asemenea, disponibile pentru utilizatori .
Caracteristicile care vor fi incluse în versiunile viitoare sunt în mare măsură determinate de solicitările utilizatorilor.
În 2010, UGENE [3] a fost recunoscut drept „Cel mai bun proiect gratuit din Rusia - 2010” la categoria „Proiect de grup” în competiția revistei Linux Format .
De asemenea, în 2010, UGENE a ocupat locul al treilea la „Competiția anuală a proiectelor din întreaga Rusie în domeniul calculului de înaltă performanță (High Performance Computing)” , susținută de corporațiile Rosnano și Intel .
În 2008, Proiectul de optimizare a algoritmului HMMER de la UGENE a fost premiat cu primul loc în Concursul de dezvoltare software pentru procesoare PowerXCell 8i (link indisponibil) susținut de T-Platforms .