SIMAP@home

SIMAP  înseamnă „ Similitudine Matrix of Proteins ”, este o bază de date de calcul voluntară a asemănărilor proteinelor care este disponibilă gratuit în scopuri științifice. SIMAP folosește algoritmul FASTA pentru a prezice asemănarea proteinelor, în timp ce o altă aplicație folosește un model Markov ascuns pentru a căuta domenii proteice .

SIMAP este un proiect comun al Universității Tehnice din München și al Centrului Național de Cercetare pentru Mediu și Sănătate din Neuerberg .

În al patrulea trimestru al anului 2010, proiectul sa mutat la Universitatea din Viena .

Din 2011, datele SIMAP au fost folosite în baza de date de interacțiune proteină-proteină STRING (începând cu versiunea 9.0), în locul datelor BLAST efectuate pentru versiunile anterioare ale STRING [1] [2] .

De obicei, proiectul emite sarcini la începutul fiecărei luni.

Proiectul SIMAP sa încheiat în 2014 . Dezvoltatorii au anunțat SIMAP 2.

SIMAP 2

Proiectul calculează similaritatea folosind algoritmul Smith-Waterman [3] .

Note

1. ↑ STRING - Interacțiuni proteină-proteine ​​cunoscute și prezise . Preluat la 5 august 2011. Arhivat din original la 23 iulie 2010. (nedefinit)
2. ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. Baza de date STRING în 2011: rețele de interacțiune funcțională a proteinelor, integrate la nivel global și punctate.
3. ↑ Calculul alinierii secvenței în SIMAP 2.0. Arhivat din original pe 11 ianuarie 2015.

Literatură

• Arnold R., Rattei T, Tischler P., Truong MD, Stumpflen V., Mewes W. SIMAP — the similarity matrix of proteins, Bioinformatics (Oxford, Anglia), 01 septembrie 2005. Arhivat la 4 iulie 2008 la Wayback Machine
• Garcia MC, Sanz-Bobia MA, Picob J. SIMAP: Intelligent System for Predictive Maintenance: Application to the health condition monitoring of a windturbine gearbox, 2006.  (link indisponibil)
• Rattei T., Tischler P., Arnold R., Hamberger F., Krebs J., Krumsiek J., Wachinger B., Stümpflen V., Mewes W. SIMAP—structuring the network of protein similarities, 2007
• H. Werner Mewes, Andreas Ruepp, Fabian Theis, Thomas Rattei, Mathias Walter, Dmitrij Frishman, Karsten Suhre, Manuel Spannagl, Klaus FX Mayer, Volker Stumpflen și Alexey Antonov. MIPS: baze de date organizate și resurse de date secundare complete în 2010

Link -uri

• Site-ul oficial al proiectului
• Căutare în baza de date „SIMAP 1”