Pangen

Pangenomul [1] , de asemenea supragenomul ( în engleză pan-genome [2] , pangenomul [3] , supragenomul [4] ) este totalitatea tuturor genelor grupului considerat de organisme (de obicei monofiletice ), pentru care diversitatea genetică este posibilă între tulpini sau ecotipuri strâns înrudite (Fig. 1). Un pangenom combină un set de gene din toate tulpinile care alcătuiesc o cladă [5] : o specie [2] , gen [6] sau un taxon de ordin superior [7] . În mod tradițional, conceptul de pangenom a fost aplicat speciilor bacteriene și arheale .

De obicei, un pangenom este caracterizat printr-o curbă în U, un grafic care arată relația dintre numărul de tulpini și numărul de grupuri de gene care sunt prezente în exact acest număr de tulpini [8] (Fig. 2).

Conceptul de pangenom

În sensul tradițional, termenul „pangenom” și definiția acestuia au fost introduse în 2005 de Herve Tettelin [2] . Până în acest moment, genomurile multor organisme model au fost descifrate , cum ar fi Haemophilus influenzae  (primul genom care a fost secvențial [9]  ) și E. coli (Escherichia coli). Succesul acestor studii a fost atât de semnificativ încât decodificarea unui genom de referință (referință) pentru fiecare specie a fost considerată de oamenii de știință a fi suficientă pentru a înțelege toate procesele biologice. Cu toate acestea, dezvoltarea tehnologiilor de secvențiere a făcut posibilă determinarea rapidă a secvențelor ADN pentru multe tulpini de bacterii din aceeași specie [10] .

Comparând genomul a opt tulpini ale unei specii de streptococ (Streptococcus agalactiae) , Tettelin a găsit o diferență semnificativă între genomul diferitelor tulpini: fiecare tulpină nouă diferă de restul cu o medie de 33 de gene. Astfel, a fost demonstrată existența unei diversități genetice semnificative în cadrul speciilor. Informațiile despre diversitatea intraspecifică pot fi folosite pentru a studia evoluția , precum și pentru a evalua capacitățile metabolice ale unei specii în scopuri medicale și biotehnologice , ceea ce a condus la ideea studierii pangenomurilor, adică a genelor tuturor tulpinilor disponibile ale unei specii. specii în agregat [2] .

Având în vedere ritmurile rapide de evoluție, problema diversității genetice intraspecifice este deosebit de acută pentru bacterii și arhei. Astfel, se știe că primele trei tulpini secvențiate de Escherichia coli au coincis în compoziția genelor cu doar 39% [11] .

Elemente structurale ale pangenomului

Pangenomul este împărțit în mod tradițional în trei părți [12] . Prima parte este genomul universal - gene prezente în toate tulpinile taxonului studiat. Această parte conține genele necesare existenței bacteriei, și anume proteinele codificatoare ale sistemelor de translație , replicare și producere de energie . Se folosește și conceptul de genom universal „moale”, inclusiv genele care sunt prezente în 92-95% dintre tulpini. Această corecție se face pe baza erorilor de construcție și adnotărilor [13] . Al doilea element structural sunt genele unice, care sunt prezente într-o singură copie doar într-una dintre tulpini și determină de fapt diferențele dintre tulpini și serotipuri de bacterii. Din nou, erorile în adnotarea genelor reprezintă o proporție semnificativă de gene unice, astfel încât acest element este exclus din luarea în considerare în multe studii. A treia parte este situată între primele două - este genomul periferic (genomul variabil) [5] [14] [15] . Este format din gene care nu sunt prezente în genomul tuturor tulpinilor taxonului considerat [2] [16] , și sunt responsabile de adaptarea tulpinilor pentru a supraviețui în anumite nișe ecologice (de exemplu, necesare pentru fotosinteză sau simbioză). Este convenabil să vizualizați pangenomul ca o diagramă Venn care arată gradul de similitudine al genomilor care au fost utilizați pentru a-l construi (Fig. 3).

Tipuri de pangenom după mărime

Un indicator important al diversității genetice în cadrul unui taxon este conceptul de pangenom deschis și închis [2] (Fig. 4).

• Dacă, odată cu adăugarea fiecărei tulpini noi, numărul total de gene din taxon continuă să crească, atunci un astfel de pangen se numește deschis.
• Dacă, pornind de la un anumit număr de tulpini, dimensiunea pangenomului ajunge la saturație, atunci un astfel de pangenom se numește închis.

Prezența unui pangenom deschis într-o specie face posibilă aprecierea diversității genetice intraspecifice semnificative a speciei. Acest lucru tinde să se datoreze numărului mare de evenimente orizontale de transfer de gene care au loc într-o anumită specie. La majoritatea speciilor bacteriene, un pangenom deschis, în special, la Escherichia coli [17] .

În grupurile cu un pangenom închis, majoritatea genelor sunt universale pentru toate tulpinile luate în considerare; prin urmare, numărul total de gene dintr-un pangenom închis este, de regulă, mai mic decât într-unul deschis. Un exemplu de specie bacteriană cu un pangenom închis este agentul patogen al antraxului Bacillus anthracis . După ce s-au luat în considerare patru tulpini ale acestei specii, adăugarea ulterioară de noi tulpini nu duce la o creștere a dimensiunii pangenomului. Acest lucru se explică prin faptul că această specie a apărut relativ recent, iar diversitatea sa genetică se află în principal pe plasmida care conține genele de virulență [18] [19] .

Cu toate acestea, s-a observat că genetic Bacillus anthracis seamănă cu o clonă a unei alte specii, Bacillus cereus , mai degrabă decât să fie o specie independentă. Agentul cauzal al antraxului se distinge de ruda sa prin doar două plasmide, dintre care una codifică toxina [20] . Acest exemplu demonstrează inconsecvența criteriului de identificare a tipurilor de informații genetice reale [21] . Există o părere că doar o specie cu pangenom deschis este o specie adevărată [2] .

Factorii care determină dimensiunea pangenomului

Mărimea pangenomului poate reflecta interacțiunea grupului în cauză cu factorii de mediu. Această interacțiune constă în echilibrarea proceselor de pierdere și achiziție a genelor. De exemplu, o schimbare semnificativă a situației de mediu duce la faptul că multe funcții devin inutile, ducând la pierderea genelor proteice care îndeplinesc aceste funcții. Pierderea genelor a fost observată la endosimbioți (organisme care trăiesc în interiorul celulelor străine ) și alte specii alopatrice (care trăiesc în nișe geografice izolate), care sunt caracterizate prin pangenoame mici închise [22] . În schimb, grupurile care trăiesc într-o mare varietate de nișe ecologice interacționează cu vecinii lor, dobândind noi gene prin transfer orizontal. Printre regiunile dobândite ale genomului, o parte semnificativă este formată din elemente mobile „egoiste” . Bacteriofagii , integrazele , transpozazele și alte sisteme contribuie la acumularea de elemente egoiste în genom. Totalitatea lor din genom se numește mobilom Cu cât este mai mare numărul de specii învecinate, cu atât este mai probabil ca o specie să dobândească elemente mobile parazitare. Ca urmare , speciile bacteriene simpatrice care coexistă cu un număr mare de specii învecinate au pangenoame deschise. [23]

Construirea și analiza pangenomurilor

Crearea și analiza pangenomurilor este asociată cu o serie de dificultăți, nu în ultimul rând legate de cantitatea de date utilizate. Toate metodele de construire a pangenomului și de analiză ulterioară pot fi împărțite în două grupe conform definiției unui pangenom adoptată în ele: pe baza adnotărilor genelor și pe baza secvențelor [24] .

Metode de adnotare a genelor

În acest grup de metode, un pangen este luat ca un set de gene ca unități funcționale, iar munca este efectuată pe un set de adnotări genetice pentru grupul de organisme studiat. Există trei etape în fluxul de lucru [24] :

• construirea de serii ortologice ;
• identificarea pangenomului;
• analiza ulterioara.

Structura pangenomului construit depinde direct de precizia divizării genelor în grupuri ortologe. În majoritatea covârșitoare a cazurilor, pentru a găsi ortologi, se folosesc abordări bazate pe construcția de grafice [25] : secvențele sunt declarate vârfuri, marginile graficului sunt ponderate în funcție de asemănarea secvențelor pe perechi. Pentru a identifica grupurile ortologe cu mai multe specii, secvențele sunt grupate [25] , evaluând apariția unei gene într-un grup în funcție de un prag selectat. După aceea, pangenul în sine este construit. Metodele de analiză ulterioară pot include alinierea secvenței multiple a părții universale a pangenomului, reconstrucția filogeniei, diferite vizualizări [24] .

• Programul Proteinortho [26]  este unul dintre instrumentele populare pentru construirea de serii ortologice.
• OrthoMCL, o altă metodă populară pentru construirea de serii ortologe, vă permite să grupați gene ortologe și paraloge.
• PGAT (The Prokaryotic-genome Analysis Tool) [27]  este un serviciu web bazat pe o bază de date a genomilor diferitelor procariote. Vă permite să identificați genele prezente sau absente într-un grup selectat de organisme, să obțineți informații despre SNP pentru fiecare astfel de genă, să construiți mai multe aliniamente, să accesați baza de date a căilor metabolice KEGG . Funcționalitatea serviciului este limitată de genomurile disponibile în baza de date; nu vă puteți încărca propriile informații.
• PGAP (The Pan-genome Analysis Pipeline) [28]  este un set de script-uri Perl pentru analiza pangenomurilor, constând din cinci module. Analiza grupului de gene funcționale, profilarea pangenomică și analiza variației genetice sunt printre caracteristicile disponibile. În 2018, a fost introdus PGAP-X [29]  , o versiune extinsă a PGAP care a adăugat module pentru analiză și vizualizare suplimentară. Noile componente analitice permit construirea alinierii secvenței și gruparea genelor în funcție de ortologie. Modulele de vizualizare fac posibilă compararea structurilor genomului și construirea distribuțiilor genelor în funcție de conservatorism și variabilitate.
• GET_HOMOLOGUES [30]  este un pachet pentru analiza pangenomurilor. Utilizatorul poate alege între trei algoritmi de grupare ortolog bazați pe utilizarea algoritmului BLAST . În plus, este posibil să căutați profiluri HMM în baza de date Pfam pentru a obține informații despre compoziția domeniului proteinelor. Pe lângă cele trei părți principale ale pangenomului, programul definește și un genom universal „moale”.
• PanCoreGen [31]  este un program GUI . Procedura de construcție a pangenomului se bazează pe utilizarea iterativă a BLASTN . Permite generarea de fișiere cu liste de gene pe tipuri în formatele FASTA și Excel , are acces la baza de date NCBI .
• Pan-Tetris [32]  este un program de vizualizare interactivă a pangenomurilor, care se găsesc prin construirea de aliniamente locale ale grupurilor ortologe de gene cu un „supergenom” pre-construit. Interacțiunea interactivă cu rezultatul are scopul de a ajuta utilizatorii să găsească erori de adnotare.

Metode bazate pe secvențe de genom

Termenul „pangenom” poate defini, de asemenea, un set de secvențe de genom ale organismelor studiate [33] . Spre deosebire de abordarea anterioară, atunci când se construiesc acest tip de pangenom, nu se folosesc serii ortologice, ci aliniamente de secvențe multiple sau grafice care combină regiuni similare. Această abordare face posibilă evitarea erorilor în marcarea genelor la construirea pangenomurilor eucariote, ale căror gene diferă mai des datorită polimorfismelor cu un singur nucleotide decât cele procariote.

• Panseq [34]  este un serviciu online bazat pe alinierea clădirilor. Vă permite să construiți mai multe aliniamente genice ale genomului universal și o matrice binară a prezenței genelor periferice.
• GenomeMapper [35]  este un program care implementează o metodă grafică pentru construirea unui pangenom. Fiecare genom este împărțit în blocuri de aceeași lungime, în timp ce un bloc comun mai multor genomi va fi stocat o singură dată. Blocurile învecinate sunt legate prin margini. După aceea, pentru toate secvențele de nucleotide de o anumită lungime din fiecare genom , este construit un tabel hash de blocuri în care apar aceste secvențe și pozițiile în care sunt situate în aceste blocuri. Pentru a comprima datele din program, se folosește o generalizare a BWT sub forma unui automat finit [24] .

Pangenomi în cercetarea evoluționistă

Construcția pangenomurilor este un instrument popular în studiul evoluției organismelor prin metode de genomică comparativă . Analiza pangenomului face posibilă determinarea nivelului diversității genetice în grupul considerat de organisme. Diversitatea genetică a unei specii bacteriene sau arheale este de obicei rezultatul transferului orizontal al genelor. Evenimentele de transport orizontal permit adesea tragerea de concluzii despre evoluția grupurilor de organisme.

Astfel, pangenomul, construit pe 44 de tulpini de Streptococcus pneumoniae , s-a dovedit a fi deschis, adică adăugarea fiecărui genom nou a mărit dimensiunea pangenomului. Cu toate acestea, modelul a prezis că, după ce a luat în considerare mai mult de 50 de tulpini, noi gene ar înceta să fie adăugate (Fig. 5). Principala sursă de noi gene la periferia pangenomului, construită pe 44 de tulpini, s-a dovedit a fi un alt tip de streptococ, Streptococcus mitis, ale cărui gene au fost obținute prin transfer orizontal. [36]

Istoria evolutivă a genelor care sunt transferate orizontal nu este aceeași cu cea a genelor care sunt transmise de la strămoși la descendenți, adică prin transfer vertical. Așadar, a apărut ideea că evoluția, în primul rând a microorganismelor și a unor organisme superioare [37] , este mai natural să o reprezinte nu sub forma unui arbore filogenetic, ci sub forma unei rețele filogenetice [38] . Informațiile necesare pentru a construi astfel de rețele filogenetice sunt extrase tocmai din pangenome [33] .

Sunt cunoscute exemple de utilizare a pangenomurilor pentru a clarifica relațiile evolutive dintre organisme. Astfel, la construirea unui pangenom comun de E. coli și bacterii din genul Shigella s-a demonstrat că aceste bacterii au aceeași compoziție de gene, adică Shigella nu prezintă diferențe genetice semnificative față de E. coli [8] . Acest lucru a fost confirmat de un studiu anterior, care, pe baza analizei arborilor filogenetici , a concluzionat că Shigella nu este un gen separat [39] . Motivul izolării Shigella într-un gen separat de Escherichia coli este efectul lor patogen , care este determinat de genele de virulență localizate pe cromozom [40] . Cu toate acestea, aceste diferențe genetice dintre Shigella și E. coli nu sunt mai semnificative decât cele dintre tulpinile patogene și inofensive de E. coli [8] .

Pangenome în metagenomică

Pangenomii sunt adesea folosiți în studiile metagenomice , în care secvențierea determină speciile și compoziția cantitativă a organismelor dintr-un anumit habitat. În acest caz, se folosește o definiție neobișnuită a unui pangenom: este construit pentru organisme unite nu printr-o origine comună, ci prin coexistență în aceeași nișă ecologică în același timp. Utilizarea pangenomului face posibilă identificarea adaptărilor comune la factorii de mediu într-un anumit habitat [33] . Astfel de studii sunt limitate de dificultatea asamblarii genomilor în studiile metagenomice.

Pangenomi în medicină

Deoarece microorganismele patogene dobândesc de obicei gene infecțioase și de rezistență la antibiotice prin transfer orizontal, construcția unui pangenom poate fi aplicată în studiile epidemiologice. De exemplu, este foarte important ca o specie patogenă să cunoască dimensiunea genomului variabil, deoarece cu cât acesta este mai mare, cu atât agentul patogen este mai înclinat să dobândească gene prin transfer orizontal și, prin urmare, cu atât este mai periculos patogenul. Mărimea periferiei este de obicei estimată folosind proporția genomului universal în întregul pangenom. Este deosebit de util să se calculeze această caracteristică pentru agenții patogeni care pot supraviețui în mediul extern. În acest caz, există riscul ca agentul patogen să dobândească gene de rezistență la antibiotice atunci când interacționează cu specii din habitatele naturale [23] .

De exemplu, agentul patogen al antraxului ( Bacillus anthracis ) rămâne viabil în sol [41] , dar în același timp are un pangenom închis și proporția genomului său universal este de 99%. Acest lucru poate fi explicat prin faptul că Bacillus anthracis se află în sol sub formă de spori inactivi și nu poate face schimb de gene cu alte organisme din sol în această stare.

Un alt exemplu este Legionella pneumophila  , un agent patogen uman care este capabil să trăiască în interiorul celulelor amibe și nu supraviețuiește în afara acestora [42] . Cu toate acestea, schimbă informații genetice cu alte microorganisme care trăiesc în interiorul celulelor amibei, ceea ce este motivul pentru pangenul său deschis. [23]

Noua definiție a genomului de referință

Genomii de referință sunt de mare importanță în bioinformatica modernă. Ele servesc drept bază pentru cercetarea în genomica funcțională și în studiul diversității genetice prin resecvențiere. Paradigma genomului de referință unic a devenit foarte populară datorită ușurinței sale de operare și vizualizare: în majoritatea browserelor genomice, genomurile de referință sunt prezentate ca secvențe liniare. Dezavantajul acestei abordări este că, în fața unui număr tot mai mare de genomi secvențiali, un singur genom de referință pentru o specie nu reflectă variabilitatea genomului intraspecific. Acest fapt a făcut posibilă regândirea conceptului de genom de referință al unei specii [33] .

O idee este de a folosi un pangenom în loc de o singură secvență de genom de referință, care ar conține informații despre întreaga diversitate genetică a speciei. Dezvoltarea acestui concept este asociată cu o serie de dificultăți tehnice, deoarece, în ciuda numărului mare de studii pan-genomice, analiza acestora a fost efectuată folosind abordări diferite. Mai mult decât atât, pentru multe sarcini biologice, încă nu este clar cum se poate extrage cel mai bine informații din pangenoame individuale. Pentru a rezolva probleme de această natură s-a format disciplina pangenomică computațională [33] .

Note

1. ↑ L. I. Patrushev, I. G. Minkevici. Problema mărimii genomilor eucariote  (rusă)  // Advances in Biological Chemistry. - 2007. - T. 47 . — S. 293–370 .
2. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 Hervé Tettelin, Vega Masignani, Michael J. Cieslewicz, Claudio Donati, Duccio Medini. Analiza genomului a mai multor izolate patogene de Streptococcus agalactiae: Implicații pentru „pan-genomul” microbian  // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 27-09-2005. - T. 102 , nr. 39 . — S. 13950–13955 . - doi : 10.1073/pnas.0506758102 .
3. ↑ Elisa Anastasi, Iain MacArthur, Mariela Scortti, Sonsiray Alvarez, Steeve Giguere. Analiza pangenomului și filogenomică a actinobacterii patogene Rhodococcus equi  (engleză)  // Biologia și evoluția genomului. — 16.09.2016. — Vol. 8 , iss. 10 . — P. 3140–3148 . — ISSN 1759-6653 . doi : 10.1093 / gbe/evw222 . Arhivat din original pe 26 mai 2018.
4. ↑ N. Luisa Hiller, Benjamin Janto, Justin S. Hogg, Robert Boissy, Susan Yu. Analize genomice comparative ale șaptesprezece tulpini de Streptococcus pneumoniae: Perspective asupra supranomului pneumococic  //  Journal of Bacteriology. — 15-11-2007. — Vol. 189 , al. 22 . — P. 8186–8195 . — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530 . - doi : 10.1128/JB.00690-07 . Arhivat din original pe 13 septembrie 2019.
5. ↑ 1 2 Duccio Medini, Claudio Donati, Hervé Tettelin, Vega Masignani, Rino Rappuoli. Pan-genomul microbian  // Opinia curentă în genetică și dezvoltare. - T. 15 , nr. 6 . — S. 589–594 . - doi : 10.1016/j.gde.2005.09.006 .
6. ↑ Lars Snipen, David W. Ussery. Procedura de operare standard pentru calcularea arborilor pangenom  (engleză)  // Standarde în științe genomice. - 2010/01. - T. 2 , nr. 1 . - S. 135 . — ISSN 1944-3277 . - doi : 10.4056/sigs.38923 . Arhivat din original pe 6 aprilie 2018.
7. ↑ Estimarea dimensiunii pan-genomului bacterian  //  Trends in Genetics. — 2009-03-01. — Vol. 25 , iss. 3 . — P. 107–110 . — ISSN 0168-9525 . - doi : 10.1016/j.tig.2008.12.004 .
8. ↑ 1 2 3 Evgeny N. Gordienko, Marat D. Kazanov, Mihail S. Gelfand. Evoluția pan-genomelor de Escherichia coli, Shigella spp. și Salmonella enterica  (engleză)  // Journal of Bacteriology. — 15-06-2013. — Vol. 195 , al. 12 . — P. 2786–2792 . — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530 . - doi : 10.1128/jb.02285-12 . Arhivat din original pe 2 iunie 2018.
9. ↑ R.D. Fleischmann, M.D. Adams, O. White, R.A. Clayton, E.F. Kirkness. Secvențierea aleatorie a întregului genom și asamblarea Haemophilus influenzae Rd   // Science . - 28-07-1995. — Vol. 269 , iss. 5223 . — P. 496–512 . — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203 . - doi : 10.1126/science.7542800 . Arhivat din original pe 29 martie 2018.
10. ↑ Pangenomul: sunt morți genomurile de referință unice? . Omul de știință. Consultat la 5 aprilie 2018. Arhivat din original la 9 decembrie 2016. (nedefinit)
11. ↑ R.A. Welch, V. Burland, G. Plunkett, P. Redford, P. Roesch. Structura mozaic extinsă dezvăluită de secvența completă a genomului Escherichia coli uropatogene  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 24-12-2002. — Vol. 99 , iss. 26 . — P. 17020–17024 . - ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490 . - doi : 10.1073/pnas.252529799 . Arhivat din original pe 6 aprilie 2018.
12. ↑ Pascal Lapierre, J. Peter Gogarten. Estimarea dimensiunii pan-genomului bacterian  // Tendințe în genetică: TIG. - martie 2009. - T. 25 , nr. 3 . — S. 107–110 . — ISSN 0168-9525 . - doi : 10.1016/j.tig.2008.12.004 . Arhivat din original pe 20 aprilie 2018.
13. ↑ Rolf S. Kaas, Carsten Friis, David W. Ussery, Frank M. Aarestrup. Estimarea variației în interiorul genelor și deducerea filogeniei a 186 de genomuri diverse de Escherichia coli secvențiate  // BMC Genomics. — 31.10.2012. - T. 13 . - S. 577 . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/1471-2164-13-577 .
14. ↑ Yuri I. Wolf, Kira S. Makarova, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin. Grupuri actualizate de gene ortologe pentru Archaea: un strămoș complex al Archaea și căile secundare ale transferului orizontal al genelor  // Biology Direct. — 14-12-2012. - T. 7 . - S. 46 . — ISSN 1745-6150 . - doi : 10.1186/1745-6150-7-46 .
15. ↑ George Vernikos, Duccio Medini, David R Riley, Hervé Tettelin. Zece ani de analize pan-genomului  // Opinia curentă în microbiologie. - T. 23 . — S. 148–154 . - doi : 10.1016/j.mib.2014.11.016 . Arhivat din original pe 17 februarie 2019.
16. ↑ Duccio Medini, Davide Serruto, Julian Parkhill, David A. Relman, Claudio Donati. Microbiologie în era post-genomică  //  Nature Reviews Microbiology. - 2008/06. - T. 6 , nr. 6 . - ISSN 1740-1534 . - doi : 10.1038/nrmicro1901 .
17. ↑ David A. Rasko, MJ Rosovitz, Garry SA Myers, Emmanuel F. Mongodin, W. Florian Fricke. Structura pangenomului Escherichia coli: Analiza genomică comparativă a Izolatelor comensale și patogene de E. coli  //  Journal of Bacteriology. — 15-10-2008. — Vol. 190 , iss. 20 . — P. 6881–6893 . — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530 . - doi : 10.1128/JB.00619-08 . Arhivat din original pe 11 aprilie 2018.
18. ↑ P. Keim, LB Price, A. M. Klevytska, K. L. Smith, J. M. Schupp. Analiza repetă în tandem cu numere variabile cu locații multiple dezvăluie relații genetice în Bacillus anthracis  //  Journal of Bacteriology. - 15-05-2000. — Vol. 182 , iss. 10 . — P. 2928–2936 . — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530 . - doi : 10.1128/JB.182.10.2928-2936.2000 . Arhivat din original pe 3 iunie 2018.
19. ↑ Claudio T. Sacchi, Anne M. Whitney, Leonard W. Mayer, Roger Morey, Arnold Steigerwalt. Secvențierea genei ARNr 16S: un instrument rapid pentru identificarea Bacillus anthracis  // Boli infecțioase emergente. — 2002-10. - T. 8 , nr. 10 . — S. 1117–1123 . — ISSN 1080-6040 . - doi : 10.3201/eid0810.020391 . Arhivat din original pe 17 decembrie 2020.
20. ↑ Genomica grupului de organisme Bacillus cereus  //  FEMS Microbiology Reviews. — 01-04-2005. — Vol. 29 , iss. 2 . — P. 303–329 . — ISSN 0168-6445 . - doi : 10.1016/j.femsre.2004.12.005 . Arhivat din original pe 9 mai 2012.
21. ↑ Pan-genomul microbian  //  Opinia curentă în genetică și dezvoltare. - 2005-12-01. — Vol. 15 , iss. 6 . — P. 589–594 . — ISSN 0959-437X . - doi : 10.1016/j.gde.2005.09.006 . Arhivat 26 mai 2020.
22. ↑ Samuel K. Sheppard, Xavier Didelot, Keith A. Jolley, Aaron E. Darling, Ben Pascoe. Introgresiune progresivă la nivelul genomului în Campylobacter coli agricol  (engleză)  // Ecologie moleculară. — 2013-02-01. — Vol. 22 , iss. 4 . — P. 1051–1064 . — ISSN 1365-294X . - doi : 10.1111/mec.12162 .
23. ↑ 1 2 3 L. Rouli, V. Merhej, P.-E. Fournier, D. Raoult. Pangenomul bacterian ca un nou instrument pentru analiza bacteriilor patogene  //  Noi microbi și noi infecții. — 01-09-2015. - T. 7 . — S. 72–85 . — ISSN 2052-2975 . - doi : 10.1016/j.nmni.2015.06.005 .
24. ↑ 1 2 3 4 Tina Zekic, Guillaume Holley, Jens Stoye. Tehnici de stocare și analiză pan-genome  (engleză)  // Genomică comparativă. - Humana Press, New York, NY, 2018. - P. 29–53 . — ISBN 9781493974610 , 9781493974634 . - doi : 10.1007/978-1-4939-7463-4_2 . Arhivat din original pe 2 aprilie 2018.
25. ↑ 1 2 Arnold Kuzniar, Roeland CHJ van Ham, Sandor Pongor, Jack A. M. Leunissen. Căutarea ortologilor: găsirea genei corespunzătoare în genomuri  // Trends in Genetics. - T. 24 , nr. 11 . — S. 539–551 . - doi : 10.1016/j.tig.2008.08.009 . Arhivat din original pe 6 aprilie 2018.
26. ↑ Marcus Lechner, Sven Findeiß, Lydia Steiner, Manja Marz, Peter F. Stadler. Proteinortho: Detectarea (Co-)orthologilor în analiză la scară largă  // BMC Bioinformatics. — 28-04-2011. - T. 12 . - S. 124 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-12-124 .
27. ↑ MJ Brittnacher, C. Fong, H.S. Hayden, M.A. Jacobs, Matthew Radey. PGAT: o resursă de analiză multistraină pentru genomi microbieni   // Bioinformatică . — 01-09-2011. — Vol. 27 , iss. 17 . — P. 2429–2430 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btr418 . Arhivat din original pe 7 aprilie 2018.
28. ↑ Yongbing Zhao, Jiayan Wu, Junhui Yang, Shixiang Sun, Jingfa Xiao. PGAP: conductă de analiză pan-genome  (engleză)  // Bioinformatică. — 01-02-2012. — Vol. 28 , iss. 3 . — P. 416–418 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btr655 . Arhivat din original pe 19 iunie 2018.
29. ↑ Yongbing Zhao, Chen Sun, Dongyu Zhao, Yadong Zhang, Yang You. PGAP-X: extindere a conductei de analiză pan-genom  // BMC Genomics. — 19-01-2018. - T. 19 , nr. 1 . - S. 36 . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/s12864-017-4337-7 .
30. ↑ Bruno Contreras-Moreira, Pablo Vinuesa. GET_HOMOLOGUES, un pachet software versatil pentru analiza pangenomului microbian scalabil și robust  //  Microbiologie aplicată și de mediu. — 15-12-2013. — Vol. 79 , iss. 24 . - P. 7696-7701 . — ISSN 1098-5336 0099-2240, 1098-5336 . - doi : 10.1128/aem.02411-13 . Arhivat din original la 1 iunie 2018.
31. ↑ Sandip Paul, Archana Bhardwaj, Sumit K. Bag, Evgeni V. Sokurenko, Sujay Chattopadhyay. PanCoreGen - Profilarea, detectarea, adnotarea genelor care codifică proteine ​​în genomi microbieni  // Genomics. - T. 106 , nr. 6 . — S. 367–372 . - doi : 10.1016/j.ygeno.2015.10.001 . Arhivat din original pe 7 aprilie 2018.
32. ↑ André Hennig, Jörg Bernhardt, Kay Nieselt. Pan-Tetris: o vizualizare interactivă pentru Pan-genoms  // BMC Bioinformatics. — 13-08-2015. - T. 16 , nr. 11 . - C. S3 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-16-S11-S3 .
33. ↑ 1 2 3 4 5 Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh. Pangenomica computațională: statut, promisiuni și provocări  //  Briefings in Bioinformatics. — 01-01-2018. — Vol. 19 , iss. 1 . — P. 118–135 . — ISSN 1467-5463 . - doi : 10.1093/bib/bbw089 . Arhivat din original pe 6 aprilie 2018.
34. ↑ Chad Laing, Cody Buchanan, Eduardo N. Taboada, Yongxiang Zhang, Andrew Kropinski. Analiza secvenței pan-genomului folosind Panseq: un instrument online pentru analiza rapidă a regiunilor genomice de bază și accesorii  // BMC Bioinformatics. — 15-09-2010. - T. 11 . - S. 461 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-11-461 .
35. ↑ Korbinian Schneeberger, Jörg Hagmann, Stephan Ossowski, Norman Warthmann, Sandra Gesing. Alinierea simultană a citirilor scurte împotriva mai multor genomi  // Biologia genomului. — 17.09.2009. - T. 10 . - S. R98 . — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/gb-2009-10-9-r98 .
36. ↑ 1 2 Claudio Donati, N Luisa Hiller, Hervé Tettelin, Alessandro Muzzi, Nicholas J Croucher. Structura și dinamica pan-genomului Streptococcus pneumoniae și specii strâns înrudite  // Biologia genomului. - 2010. - T. 11 , nr. 10 . - S. R107 . — ISSN 1465-6906 . - doi : 10.1186/gb-2010-11-10-r107 . Arhivat din original pe 22 iunie 2016.
37. ↑ Alastair Crisp, Chiara Boschetti, Malcolm Perry, Alan Tunnacliffe, Gos Micklem. Expresia mai multor gene dobândite orizontal este un semn distinctiv atât al genomului vertebratelor, cât și al nevertebratelor  // Biologia genomului. — 13-03-2015. - T. 16 . - S. 50 . — ISSN 1465-6906 . - doi : 10.1186/s13059-015-0607-3 .
38. ↑ Daniel H. Huson, Celine Scornavacca. Un studiu al metodelor combinatorii pentru rețele filogenetice  //  Biologia și evoluția genomului. — 01-01-2011. — Vol. 3 . — P. 23–35 . - doi : 10.1093/gbe/evq077 . Arhivat din original pe 8 aprilie 2018.
39. ↑ Gulietta M. Pupo, Ruiting Lan, Peter R. Reeves. Origini multiple independente ale clonelor Shigella de Escherichia coli și evoluția convergentă a multor caracteristici ale acestora  // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 12-09-2000. - T. 97 , nr. 19 . — S. 10567–10572 . - doi : 10.1073/pnas.180094797 .
40. ↑ Localizarea genei toxinei Shiga în regiunea cromozomului Shigella dysenteriae 1 care specifică funcțiile de virulență  //  FEMS Microbiology Letters. - 1985-12-01. — Vol. 30 , iss. 3 . — P. 301–305 . — ISSN 0378-1097 .
41. ↑ Detectarea rapidă a sporilor de Bacillus anthracis folosind un sistem de detectare imunologic cu flux lateral super-paramagnetic  //  Biosenzori și bioelectronică. — 15-04-2013. — Vol. 42 . — P. 661–667 . — ISSN 0956-5663 . - doi : 10.1016/j.bios.2012.10.088 .
42. ↑ Gregory Gimenez, Claire Bertelli, Claire Moliner, Catherine Robert, Didier Raoult. Perspectivă asupra dialogului încrucișat între agenții patogeni intra-amoebali  // BMC Genomics. — 2011-11-02. - T. 12 . - S. 542 . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/1471-2164-12-542 .