Histon deacetilaza 3

Histon deacetilaza 3
Structuri disponibile
PDB Căutare ortolog: PDBe , RCSB
Identificatori
SimbolHDAC3  ; HD3; RPD3; RPD3-2
ID-uri externeOMIM:  605166 MGI :  1343091 HomoloGene :  48250 IUPHAR : ChEMBL : 1829 GeneCards : HDAC3 Gene
numărul CE3.5.1.98
Profilul expresiei ARN
Mai multe informatii
ortologii
VedereUmanMouse
Entrez884115183
AnsambluENSG00000171720ENMUSG00000024454
UniProtO15379Q3UM33
RefSeq (ARNm)NM_003883NM_010411
RefSeq (proteină)NP_003874NP_034541
Locus (UCSC)Chr 5:
141 – 141,02 Mb		Chr 18:
37,94 – 37,95 Mb
Căutați în PubMed[unu][2]

Histone deacetilaza 3 ( Histone  deacetilaza 3 ) este o enzimă codificată la om de gena HDAC3 [1] [2] .

Funcția

Histonele joacă un rol critic în reglarea transcripției , a ciclului celular și a proceselor de dezvoltare. Acetilarea/dezacetilarea histonelor modifică structura cromozomilor și afectează accesul factorilor de transcripție la ADN . Proteina codificată de această genă aparține familiei histon deacetilază/acuc/APHA. Are funcționalitatea unei histon deacetilaze și reprimă transcripția atunci când este legat de un promotor . Poate fi implicat în reglarea transcripției prin legarea de factorul de transcripție zinc finger YY1 . Această proteină poate, de asemenea, regla negativ funcția p53 și astfel poate modula creșterea și apoptoza celulară . Această genă este considerată ca o potențială genă supresoare tumorală [3] .

Această enzimă este implicată în coordonarea homeostaziei intestinale dependente de bacterii sinantropice atunci când este exprimată în celulele epiteliale intestinale.

Funcții alternative

Histone deacetilazele pot fi reglate de factori endogeni, componente biologic active, inhibitori sintetici și semnale derivate din bacterii. Studiile la șoareci cu o deleție definitivă a HDAC3 în celulele epiteliale intestinale (IEC) au arătat o expresie dereglată a genei IEC. În aceste ștergeri ale șoarecilor mutanți, s-au observat pierderea celulelor Paneth , afectarea funcției IEC și modificări în compoziția bacteriilor comensale intestinale. Faptul că aceste efecte negative nu au fost observate la șoarecii sterili indică faptul că efectele deleției sunt observate doar în prezența colonizării microbiene intestinale. Dar efectele negative ale delețiilor HDAC3 nu se datorează prezenței unei microbiote alterate, deoarece coloniile de șoareci normali sterili cu microfloră alterată nu au prezentat efectele negative observate la mutanții cu ștergere.

Deși mecanismul exact și specificul semnalelor nu sunt bine înțelese, este clar că HDAC3 interacționează cu semnalele primite ale bacteriilor comensale ale microflorei intestinale . Aceste interacțiuni sunt responsabile de calibrarea răspunsurilor celulelor epiteliale în ceea ce privește necesitatea stabilirii unor relații normale între celulele gazdă și comensale, precum și menținerea homeostaziei intestinale [4] [5] [6] [7] .

Organisme model

Au fost folosite organisme model pentru a studia funcțiile HDAC3. O descendență tentativă de șoareci knockout numită Hdac3 tm1a(EUCOMM)Wtsi [8] [9] a fost înființată în cadrul programului International Knockout Mice Consortium , un proiect de mutageneză de mare performanță pentru a genera și propaga modele de boli animale la oameni de știință interesați [ 10] [11] [12] .

Masculii și femelele au fost supuși unui screening fenotipic standardizat pentru a determina consecințele deleției [13] [14] .

Douăzeci și șase de teste au fost efectuate pe șoareci mutanți și au fost observate două anomalii semnificative [13] . Nu au fost identificați embrioni mutanți homozigoți în timpul sarcinii și, în studii separate, niciunul nu a supraviețuit până la sfârșitul lactației. Restul testelor au fost efectuate pe șoareci adulți mutanți heterozigoți; nu au fost observate anomalii semnificative la aceste animale [13] .

Interacțiuni

S-a demonstrat că HDAC3 interacționează cu:

Vezi și

Note

  1. ↑ Emiliani S., Fischle W., Van Lint C., Al-Abed Y., Verdin E. Characterization of a human RPD3 ortholog, HDAC3   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1998. - Aprilie ( vol. 95 , nr. 6 ). - P. 2795-2800 . - doi : 10.1073/pnas.95.6.2795 . — PMID 9501169 .
  2. ↑ Dangond F., Hafler DA, Tong JK, Randall J., Kojima R., Utku N., Gullans SR Clonarea  diferențială a unui nou ADNc de histon deacetilază umană (HDAC3) din celulele imune activate de PHA  // Biochem Biophys Res Commun : jurnal. - 1998. - Martie ( vol. 242 , nr. 3 ). - P. 648-652 . - doi : 10.1006/bbrc.1997.8033 . — PMID 9464271 .
  3. ↑ Gena Entrez: HDAC3 histon deacetilaza 3 .
  4. ↑ Donohoe DR, Bultman SJ Metaboloepogenetics: interrelații între metabolismul energetic și controlul epigenetic al expresiei genelor  //  J. Cell. fiziol. : jurnal. - 2012. - Vol. 227 , nr. 9 . - P. 3169-3177 . - doi : 10.1002/jcp.24054 . — PMID 22261928 .
  5. ↑ Haberland M., Montgomery RL, Olson EN The many roles of histon deacetylazes in development and physiology: implications for disease and therapy   // Nat . Rev. Genet.  : jurnal. - 2009. - Vol. 10 , nr. 1 . - P. 32-42 . - doi : 10.1038/nrg2485 . — PMID 19065135 .
  6. ^ Kim GW, Gocevski G., Wu CJ, Yang XJ Modularea dietetică, metabolică și potențial de mediu a mașinilor de acetilare a lizinei  //  Int J Cell Biol: journal. - 2010. - Vol. 2010 . — P. 632739 . - doi : 10.1155/2010/632739 . — PMID 20976254 .
  7. ↑ Dashwood RH, Ho E. Inhibitori dietetici de histone deacetilază: de la celule la șoareci la om   // Semin . Cancer biol. : jurnal. - 2007. - Vol. 17 , nr. 5 . - P. 363-369 . - doi : 10.1016/j.semcancer.2007.04.001 . — PMID 17555985 .
  8. ↑ International Knockout Mouse Consortium (link nu este disponibil) . Preluat la 25 mai 2015. Arhivat din original la 20 martie 2012. 
  9. ↑ Mouse Genome Informatica . Preluat la 25 mai 2015. Arhivat din original la 24 septembrie 2015.
  10. ↑ Skarnes WC, Rosen B., West AP, Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica AO, Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A. O resursă knockout condiționată pentru studiul la nivelul întregului genom al funcției genei de șoarece  //  Nature: journal. - 2011. - Vol. 474 , nr. 7351 . - P. 337-342 . - doi : 10.1038/nature10163 . — PMID 21677750 .
  11. ↑ Biblioteca Dolgin E. Mouse setată să fie knockout   // Nature . - 2011. - iunie ( vol. 474 , nr. 7351 ). - P. 262-263 . - doi : 10.1038/474262a . — PMID 21677718 .
  12. ↑ Collins FS, Rossant J., Wurst W. A mouse for all reasons   // Cell . - Cell Press , 2007. - Ianuarie ( vol. 128 , nr. 1 ). - P. 9-13 . - doi : 10.1016/j.cell.2006.12.018 . — PMID 17218247 .
  13. ↑ 1 2 3 Gerdin AK Programul de genetică a șoarecilor Sanger: Caracterizarea cu randament ridicat a șoarecilor knockout  //  Acta Ophthalmologica : jurnal. - 2010. - Vol. 88 , nr. S248 . - doi : 10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x .
  14. ↑ van der Weyden L., White JK, Adams DJ, Logan DW Setul de instrumente pentru genetica mouse-ului: dezvăluirea funcției și mecanismului. (engleză)  // Genome Biol : jurnal. - 2011. - Vol. 12 , nr. 6 . — P. 224 . - doi : 10.1186/gb-2011-12-6-224 . — PMID 21722353 .
  15. ↑ Hoogeveen AT, Rossetti S., Stoyanova V., Schonkeren J., Fenaroli A., Schiaffonati L., van Unen L., Sacchi N. Corepresorul transcripțional MTG16a conține o nouă secvență de țintire nucleolară deranjată în t (16; 21) -malignități mieloide pozitive  (engleză)  // Oncogene : jurnal. - 2002. - Septembrie ( vol. 21 , nr. 43 ). - P. 6703-6712 . - doi : 10.1038/sj.onc.1205882 . — PMID 12242670 .
  16. ↑ Amann JM, Nip J., Strom DK, Lutterbach B., Harada H., Lenny N., Downing JR, Meyers S., Hiebert SW ETO, o țintă a t(8;21) în leucemia acută, face contacte distincte cu multiple histon deacetilaze și leagă mSin3A prin domeniul său de oligomerizare   // Mol . celulă. Biol. : jurnal. - 2001. - octombrie ( vol. 21 , nr. 19 ). - P. 6470-6483 . - doi : 10.1128/MCB.21.19.6470-6483.2001 . — PMID 11533236 .
  17. ↑ Petre-Draviam CE, Williams EB, Burd CJ, Gladden A., Moghadam H., Meller J., Diehl JA, Knudsen KE Un domeniu central al ciclinei D1 mediază  activitatea corepresorului receptorului nuclear //  Oncogene : jurnal. - 2005. - ianuarie ( vol. 24 , nr. 3 ). - P. 431-444 . - doi : 10.1038/sj.onc.1208200 . — PMID 15558026 .
  18. ↑ Lin HM, Zhao L., Cheng SY Ciclina D1 este un co-represor independent de ligand pentru receptorii hormonilor tiroidieni  //  J. Biol. Chim.  : jurnal. - 2002. - august ( vol. 277 , nr. 32 ). - P. 28733-28741 . - doi : 10.1074/jbc.M203380200 . — PMID 12048199 .
  19. ↑ Watamoto K., Towatari M., Ozawa Y., Miyata Y., Okamoto M., Abe A., Naoe T., Saito H. Interacțiunea alterată a HDAC5 cu GATA-1 în timpul   diferențierii celulelor MEL // Oncogene : jurnal. - 2003. - Decembrie ( vol. 22 , nr. 57 ). - P. 9176-9184 . - doi : 10.1038/sj.onc.1206902 . — PMID 14668799 .
  20. ↑ Ozawa Y., Towatari M., Tsuzuki S., Hayakawa F., Maeda T., Miyata Y., Tanimoto M., Saito H. Histone deacetylase 3 se asociază cu și reprimă factorul de transcripție GATA-   2 / Blood : jurnal. — Societatea Americană de Hematologie, 2001. - octombrie ( vol. 98 , nr. 7 ). - P. 2116-2123 . - doi : 10.1182/sânge.V98.7.2116 . — PMID 11567998 .
  21. ↑ 1 2 3 4 Zhang J., Kalkum M., Chait BT, Roeder RG Complexul corepresor al receptorului nuclear N-CoR-HDAC3 inhibă calea JNK prin subunitatea integrală GPS2   // Mol . celulă : jurnal. - 2002. - Martie ( vol. 9 , nr. 3 ). - P. 611-623 . - doi : 10.1016/S1097-2765(02)00468-9 . — PMID 11931768 .
  22. ↑ Wen YD, Cress WD, Roy AL, Seto E. Histone deacetilaza 3 se leagă și reglează factorul de transcripție multifuncțional TFII-I  //  J. Biol. Chim.  : jurnal. - 2003. - ianuarie ( vol. 278 , nr. 3 ). - P. 1841-1847 . - doi : 10.1074/jbc.M206528200 . — PMID 12393887 .
  23. ↑ Tussié-Luna MI, Bayarsaihan D., Seto E., Ruddle FH, Roy AL Interacțiunile fizice și funcționale ale histonei deacetilază 3 cu proteinele familiei TFII-I și PIASxbeta  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : jurnal. - 2002. - octombrie ( vol. 99 , nr. 20 ). - P. 12807-12812 . - doi : 10.1073/pnas.192464499 . — PMID 12239342 .
  24. ↑ 1 2 3 Fischle W., Dequiedt F., Fillion M., Hendzel MJ, Voelter W., Verdin E. Activitatea histonei deacetilazei HDAC7 umană este asociată cu HDAC3 in vivo  //  J. Biol. Chim.  : jurnal. - 2001. - Septembrie ( vol. 276 , nr. 38 ). - P. 35826-35835 . - doi : 10.1074/jbc.M104935200 . — PMID 11466315 .
  25. ↑ 1 2 Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL Trei proteine ​​definesc o clasă de histon deacetilaze umane înrudite cu drojdia Hda1p  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1999. - Aprilie ( vol. 96 , nr. 9 ). - P. 4868-4873 . - doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . — PMID 10220385 .
  26. ↑ 1 2 3 4 Fischle W., Dequiedt F., Hendzel MJ, Guenther MG, Lazar MA, Voelter W., Verdin E. Activitatea enzimatică asociată cu HDAC de clasa II este dependentă de un complex multiproteic care conține HDAC3 și SMRT/N-CoR  (engleză)  // Mol. celulă : jurnal. - 2002. - ianuarie ( vol. 9 , nr. 1 ). - P. 45-57 . - doi : 10.1016/S1097-2765(01)00429-4 . — PMID 11804585 .
  27. ↑ 1 2 Grozinger CM, Schreiber SL Reglarea histonei deacetilazei 4 și 5 și a activității transcripționale prin localizare celulară dependentă de 14-3-3  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2000. - iulie ( vol. 97 , nr. 14 ). - P. 7835-7840 . - doi : 10.1073/pnas.140199597 . — PMID 10869435 .
  28. ↑ Petrie K., Guidez F., Howell L., Healy L., Waxman S., Greaves M., Zelent A. The histone deacetylase 9 gene codes multiple protein izoformes  //  J. Biol. Chim.  : jurnal. - 2003. - Mai ( vol. 278 , nr. 18 ). - P. 16059-16072 . - doi : 10.1074/jbc.M212935200 . — PMID 12590135 .
  29. ^ Zhou X., Richon VM, Rifkind RA, Marks PA Identificarea unui represor transcripțional legat de domeniul necatalitic al histone deacetilazelor 4 și 5  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  :  journal . - 2000. - Februarie ( vol. 97 , nr. 3 ). - P. 1056-1061 . - doi : 10.1073/pnas.97.3.1056 . — PMID 10655483 .
  30. ↑ Baek SH, Ohgi KA, Rose DW, Koo EH, Glass CK, Rosenfeld MG Schimbul de complexe corepresor N-CoR și coactivator Tip60 leagă expresia genelor prin NF-kappaB și proteina precursor beta-amiloid  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2002. - Iulie ( vol. 110 , nr. 1 ). - P. 55-67 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)00809-7 . — PMID 12150997 .
  31. ↑ Mahlknecht U., Will J., Varin A., Hoelzer D., Herbein G. Histone deacetylase 3, o histon deacetylase clasa I, suprimă activarea factorului de transcripție activator-2 mediată de MAPK11 și reprimă   expresia genei TNF / J. Immunol . : jurnal. - 2004. - Septembrie ( vol. 173 , nr. 6 ). - P. 3979-3990 . - doi : 10.4049/jimmunol.173.6.3979 . — PMID 15356147 .
  32. ↑ 1 2 3 Yoon HG, Chan DW, Reynolds AB, Qin J., Wong J. N-CoR mediază reprimarea dependentă de metilarea ADN printr-o proteină de legare a metilului CpG Kaiso   // Mol . celulă : jurnal. - 2003. - Septembrie ( vol. 12 , nr. 3 ). - P. 723-734 . - doi : 10.1016/j.molcel.2003.08.008 . — PMID 14527417 .
  33. ↑ 1 2 Yoon HG, Chan DW, Huang ZQ, Li J., Fondell JD, Qin J., Wong J. Purificarea și caracterizarea funcțională a complexului N-CoR uman: rolurile HDAC3, TBL1 și  TBLR1  // EMBO J . : jurnal. - 2003. - Martie ( vol. 22 , nr. 6 ). - P. 1336-1346 . - doi : 10.1093/emboj/cdg120 . — PMID 12628926 .
  34. ↑ 1 2 Li J., Wang J., Wang J., Nawaz Z., Liu JM, Qin J., Wong J. Ambele proteine ​​corepresoare SMRT și N-CoR există în complexe mari de proteine ​​care conțin   HDAC3 // EMBO J. : jurnal. - 2000. - august ( vol. 19 , nr. 16 ). - P. 4342-4350 . - doi : 10.1093/emboj/19.16.4342 . — PMID 10944117 .
  35. ↑ 1 2 Underhill C., Qutob MS, Yee SP, Torchia J. Un  J.//nou complex corepresor de receptor nuclear, N-CoR, conține componente ale complexului SWI/SNF de mamifer și corepresorul KAP-1 Chim.  : jurnal. - 2000. - Decembrie ( vol. 275 , nr. 51 ). - P. 40463-40470 . - doi : 10.1074/jbc.M007864200 . — PMID 11013263 .
  36. ↑ 1 2 Guenther MG, Lane WS, Fischle W., Verdin E., Lazar MA, Shiekhattar R. Un complex corepresor SMRT de bază care conține HDAC3 și TBL1, o proteină WD40-repeat legată de surditate  // Genes Dev  .  : jurnal. - 2000. - Mai ( vol. 14 , nr. 9 ). - P. 1048-1057 . — PMID 10809664 .
  37. ↑ 1 2 Guenther MG, Yu J., Kao GD, Yen TJ, Lazar MA Asamblarea complexului de represiune SMRT-histone deacetilază 3 necesită complexul inel TCP-1  // Genes Dev  .  : jurnal. - 2002. - Decembrie ( vol. 16 , nr. 24 ). - P. 3130-3135 . - doi : 10.1101/gad.1037502 . — PMID 12502735 .
  38. ↑ 1 2 Franco PJ, Li G., Wei LN Interacțiunea domeniilor de legare a ADN-ului degetului de zinc al receptorului nuclear cu histone deacetilază   // Mol . celulă. Endocrinol. : jurnal. - 2003. - august ( vol. 206 , nr. 1-2 ). - P. 1-12 . - doi : 10.1016/S0303-7207(03)00254-5 . — PMID 12943985 .
  39. ^ Shi Y., Hon M., Evans RM The peroxisome proliferator-activated receptor delta, an integrator of transcriptional repression and nuclear receptor signaling  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2002. - Martie ( vol. 99 , nr. 5 ). - P. 2613-2618 . - doi : 10.1073/pnas.052707099 . — PMID 11867749 .
  40. ^ Wu WS, Vallian S., Seto E., Yang WM, Edmondson D., Roth S., Chang KS Supresorul de creștere PML reprimă transcripția interacționând funcțional și fizic cu histon deacetilaze   // Mol . celulă. Biol. : jurnal. - 2001. - Aprilie ( vol. 21 , nr. 7 ). - P. 2259-2268 . - doi : 10.1128/MCB.21.7.2259-2268.2001 . — PMID 11259576 .
  41. ↑ Nicolas E., Ait-Si-Ali S., Trouche D. The histone deacetylase HDAC3 targets RbAp48 to the retinoblastom protein  // Nucleic Acids Res  . : jurnal. - 2001. - august ( vol. 29 , nr. 15 ). - P. 3131-3136 . doi : 10.1093 / nar/29.15.3131 . — PMID 11470869 .
  42. ↑ Fischle W., Verdin E., Greene WC Durata acțiunii nucleare NF-kappaB reglată prin acetilarea reversibilă  //  Science : journal. - 2001. - august ( vol. 293 , nr. 5535 ). - P. 1653-1657 . - doi : 10.1126/science.1062374 . — PMID 11533489 .
  43. ↑ Fajas L., Egler V., Reiter R., Hansen J., Kristiansen K., Debril MB, Miard S., Auwerx J. Complexul retinoblastom-histone deacetilază 3 inhibă PPARgamma și diferențierea adipocitelor  (Eng.)  // Dev . celulă : jurnal. - 2002. - Decembrie ( vol. 3 , nr. 6 ). - P. 903-910 . - doi : 10.1016/S1534-5807(02)00360-X . — PMID 12479814 .
  44. ↑ Lai A., Lee JM, Yang WM, DeCaprio JA, Kaelin WG, Seto E., Branton PE RBP1 recrutează atât activități de represiune dependente de histon deacetilază, cât și independente pentru proteinele familiei retinoblastom   // Mol . celulă. Biol. : jurnal. - 1999. - octombrie ( vol. 19 , nr. 10 ). - P. 6632-6641 . — PMID 10490602 .
  45. ↑ Schroeder TM, Kahler RA, Li X., Westendorf JJ Histone deacetilaza 3 interacționează cu runx2 pentru a reprima promotorul osteocalcinei și a regla diferențierea osteoblastelor  //  J. Biol. Chim.  : jurnal. - 2004. - octombrie ( vol. 279 , nr. 40 ). - P. 41998-42007 . - doi : 10.1074/jbc.M403702200 . — PMID 15292260 .
  46. ↑ Vaute O., Nicolas E., Vandel L., Trouche D. Interacțiunea funcțională și fizică între histone metil transferaza Suv39H1 și histone deacetilaze  // Nucleic Acids Res  . : jurnal. - 2002. - ianuarie ( vol. 30 , nr. 2 ). - P. 475-481 . doi : 10.1093 / nar/30.2.475 . — PMID 11788710 .
  47. ↑ Li G., Franco PJ, Wei LN Identificarea domeniilor histone deacetilază-3 care interacționează cu receptorul nuclear orfan TR2   // Biochem . Biophys. Res. comun. : jurnal. - 2003. - octombrie ( vol. 310 , nr. 2 ). - P. 384-390 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2003.08.145 . — PMID 14521922 .
  48. ↑ Franco PJ, Farooqui M., Seto E., Wei LN Receptorul nuclear orfan TR2 interacționează direct atât cu deacetilazele histonelor de clasă I, cât și de clasa II   // Mol . Endocrinol. : jurnal. - 2001. - august ( vol. 15 , nr. 8 ). - P. 1318-1328 . - doi : 10.1210/mend.15.8.0682 . — PMID 11463856 .
  49. ↑ Tan F., Lu L., Cai Y., Wang J., Xie Y., Wang L., Gong Y., Xu BE, Wu J., Luo Y., Qiang B., Yuan J., Sun X. ., Peng X. Analiza proteomică a proteinelor ubiquitinate în linia celulară normală a hepatocitelor Celulele ficatului Chang  (engleză)  // Proteomics : journal. - 2008. - iulie ( vol. 8 , nr. 14 ). - P. 2885-2896 . - doi : 10.1002/pmic.200700887 . — PMID 18655026 .
  50. ↑ Yang WM, Yao YL, Sun JM, Davie JR, Seto E. Izolarea și caracterizarea cADN-urilor care corespund unui membru suplimentar al familiei de gene a histonei deacetilaze umane  //  J. Biol. Chim.  : jurnal. - 1997. - octombrie ( vol. 272 ​​, nr. 44 ). - Str. 28001-28007 . doi : 10.1074 / jbc.272.44.28001 . — PMID 9346952 .
  51. ↑ Yao YL, Yang WM, Seto E. Reglarea factorului de transcripție YY1 prin acetilare și deacetilare   // Mol . celulă. Biol. : jurnal. - 2001. - Septembrie ( vol. 21 , nr. 17 ). - P. 5979-5991 . - doi : 10.1128/MCB.21.17.5979-5991.2001 . — PMID 11486036 .

Literatură

Link -uri