Secvențierea nanoporilor

Versiunea actuală a paginii nu a fost încă examinată de colaboratori experimentați și poate diferi semnificativ de versiunea revizuită pe 17 decembrie 2020; verificările necesită 7 modificări .

Secvențierea nanoporilor  este o familie de metode de secvențiere a ADN -ului sau ARN -ului de generația a treia extrem de eficiente [1] . Metoda se bazează pe utilizarea proteinelor, în stare solidă sau a altor pori cu un diametru de câțiva nanometri care sunt sensibili la acizii nucleici.

Secvențierea nanoporilor evită etapele PCR - amplificare și etichetare chimică a unei probe de ADN sau ARN [2] . Acesta este un avantaj semnificativ față de alte metode de secvențiere care utilizează cel puțin unul dintre acești pași. Capacitățile metodei includ genotipare relativ ieftină , mobilitate ridicată, analiză rapidă și afișarea în timp real a rezultatelor. Utilizarea metodei în detectarea rapidă a agenților patogeni virali [3] , urmărirea rezistenței bacteriene [4] , secvențierea genomului uman [5] [6] și plantelor [7] , haplotiparea [8] , urmărirea virusului Ebola [9] și altele câmpurile au fost descrise.

Istorie

În 1989, a fost demonstrată crearea de canale ( nanopori ) într-o membrană fosfolipidă artificială de către alfa-toxina sintetizată de Staphylococcus aureus [10] [11] . În 1995, a fost propusă pentru prima dată ideea secvențierii nanoporilor - determinarea proprietăților unui polimer liniar atunci când este tras printr-un por dintr-o membrană. La trecerea printr-un por, polimerul interacționează cu acesta într-un anumit mod, ceea ce face posibilă determinarea proprietăților acestuia [12] . Un an mai târziu, în 1996, a apărut prima lucrare care descrie posibilitatea utilizării nanoporilor ( alfa-hemolizină a fost folosită ca nanopor ) pentru a caracteriza acizii nucleici [13] .

În 1999-2000, s-a demonstrat că, folosind stafilococ alfa-hemolizina ca nanopor , este posibil să se distingă ARN monocatenar de ADN monocatenar [14] [15] .

În anul 2001, pentru prima dată, s-au efectuat lucrări în care s-a determinat prezența unor secvențe scurte de ADN folosind nanopori [16] . Abia până în 2009 a fost posibilă demonstrarea capacității de a distinge toate bazele din secvența ADN cu nanopori, ceea ce este necesar pentru crearea metodelor de secvențiere [17] .

În 2012, Oxford Nanopore Technologies a demonstrat primele secvențiere nanopore : GridION și MinION [18] .

În același timp, s-a arătat și posibilitatea fundamentală de utilizare a acestei metode - genomul bacteriofagului phiX a fost secvențiat cu o lungime de 5,4 mii de perechi de baze (bp) [19] .

Cum funcționează

Un sistem de nanopori este o cameră de reacție împărțită în două părți de o membrană care conține o gaură de dimensiuni nanometrice, un nanopor. Pe părțile camerei se aplică o tensiune , în urma căreia moleculele studiate trec prin por în direcția câmpului electric . Când o moleculă de acid nucleic trece printr-un por, nucleotidele individuale afectează unul sau altul parametru măsurat al sistemului, ceea ce face posibilă determinarea secvenței de nucleotide [2] . Într-o versiune folosită practic a secvențierii nanoporilor, camera este umplută cu o soluție electrolitică și se măsoară puterea curentului ionilor care curge prin por sub acțiunea câmpului; când nucleotidele trec prin por, reduc secțiunea transversală disponibilă pentru ioni, iar curentul scade [20] .

Opțiuni de secvențiere Nanopore

În funcție de faptul dacă moleculele de acid nucleic secvenționate își păstrează integritatea chimică, există două opțiuni - secvențierea întregii catene și secvențierea exonucleazei [ 21] .

Secvențierea întregului caten

În această metodă, lanțurile de acid nucleic nu sunt scindate. Transferul moleculelor întregi de ADN și ARN prin por poate fi efectuat în următoarele moduri:

Secvențierea exonucleazei

În această metodă, lanțul de acid nucleic este tăiat în nucleotide individuale de către o exonuclează situată în imediata vecinătate a porului. Sub acțiunea câmpului, nucleotidele încărcate negativ intră independent în porul unde se determină bazele [21] .

Tipuri de nanopori

Nanoporii proteici și nanoporii sintetici în stare solidă sunt utilizați pentru secvențiere [21] .

Nanopori proteici

Alfa-hemolizină

Staphylococcus aureus alfa-hemolizina este un monomer  solubil în apă care formează spontan un heptamer în membrană . Domeniul transmembranar constă dintr-o tulpină și un cap de por. Capul porului conține o cavitate de aproximativ 4,5 nm în diametru . La joncțiunea butoiului și a capului, există o îngustare a canalului cu o lățime de 1,5 nm. Tulpina porilor este alcătuită din 14 fire beta antiparalele care formează un canal traversant de aproximativ 2 nm lățime. La pH neutru , multe resturi de aminoacizi din por sunt încărcate (de exemplu, restul de lizină încărcat pozitiv K147 și restul de glutamat încărcat negativ E111). Într-o soluție de KCl 1 M se menține un potențial de 120 mV pe por (de la tulpină la cap), ceea ce determină un curent de 120 pA [22] . Există trei locuri de recunoaștere a nucleotidelor în interiorul tulpinii , ceea ce face posibil, în teorie, ca mai mult de un loc să recunoască o singură nucleotidă (ceea ce mărește acuratețea citirii) [23] .

MSPA

Porina A Mycobacterium smegmatis  ( ing.  Mycobacterium smegmatis porin A, MspA ) este un nanopor cu un diametru de 1,2 nm. Are caracteristici structurale (forma porilor și diametrul) care îmbunătățesc raportul semnal-zgomot în secvențierea ADN-ului în comparație cu alfa-hemolizină [24] . Cu toate acestea, MspA are și un dezavantaj semnificativ: miezul încărcat negativ interferează cu avansarea ADN-ului monocatenar în interiorul porului. Prin urmare, pentru secvențierea în proteina originală, trei resturi de aspartat încărcate negativ au fost înlocuite cu resturi neutre de asparagină [25] .

Proteina de ambalare a ADN-ului motor al bacteriofagului phi29

Proteina motor de ambalare a ADN-ului bacteriofagului phi29 este implicată în împachetarea ADN-ului în capside virusurilor, precum și în eliberarea ADN-ului din capside la infecție. Diferența cheie față de proteinele menționate mai sus este că, având un diametru de canal mai mare (de la 3,6 nm la 6 nm), este capabil să treacă ADN-ul dublu catenar. Datorită naturii sale, proteina motorie phi29, spre deosebire de alți pori, nu se integrează în membrană în forma sa originală, dar această problemă este rezolvată prin modificarea proteinei [26] . Alte modificări permit proteinei să ignore ADN-ul monocatenar sau ARN-ul monocatenar [27] .

Nanopori în stare solidă

Pe lângă nanoporii proteici, sunt utilizați și nanoporii în stare solidă nebiologică. Pentru analiza acizilor nucleici, nanoporii sunt utilizați în substraturi din siliciu , nitrură de siliciu și polietilenimină [27] . Porii sunt de obicei arși de fasciculele de ioni sau electroni, ceea ce face ușoară variarea dimensiunii lor [28] . Separat, merită evidențiate materialele care formează pori „2D” foarte subțiri: grafen , disulfură de molibden și altele [27] . Grafenul are, de asemenea, o grosime extrem de mică, ceea ce contribuie la creșterea rezoluției spațiale de-a lungul ADN-ului și, în același timp, rezistență, inerție chimică și conductivitate electrică . Aceste proprietăți facilitează utilizarea acestor materiale în secvențierea nanoporilor [28] .

Grafen

Fiind o structură subțire și etanșă la ioni, grafenul este un bun material de secvențiere pe bază de nanopori. Astfel, s-a demonstrat că nanoporii de grafen pot fi folosiți ca electrod pentru măsurarea curentului care circulă prin nanopori între două camere care conțin soluții ionice [28] .

Detectare fluorescență

În 2010, a fost dezvoltată o metodă de nanosevențiere în stare solidă bazată pe detectarea semnalului fluorescent . În primul rând, ADN-ul dorit este convertit în ADN, în care fiecare bază originală corespunde unei secvențe scurte. Sondele fluorescente ( balize moleculare ) hibridizează pe aceste secvențe scurte , cu capătul unei sonde stingând fluorescența fluoroforului la începutul celeilalte sonde. În același timp, pentru a codifica patru baze, sunt necesare doar două tipuri de sonde: fiecare bază (mai precis, secvența scurtă care îi corespunde) corespunde la două semnale fluorescente (00, 01, 10 sau 11, unde 0 corespunde unuia). culoare, iar 1 la altul). Când trece prin por, ADN-ul dublu catenar rezultat se desfășoară, sonda este separată și, în consecință, fluoroforul de pe următoarea sondă începe să strălucească [29] [30] .

Avantajele metodei includ acuratețea semnalului - camerele înregistrează semnalul mult mai precis decât alte tehnici disponibile. Cu toate acestea, metoda necesită pretratarea probei: conversia fiecărei nucleotide în aproximativ 12 nucleotide (care prelungește și ADN-ul în sine) [29] .

Comparația dintre nanoporii în stare solidă și biologice

Nanoporii în stare solidă sunt lipsiți de unele dintre dezavantajele nanoporilor biologici: sensibilitate la pH , temperatură , concentrații de electroliți , stres mecanic etc. În plus, sunt mai stabili, durează mai mult, este mult mai ușor să obțineți o varietate de forme. și dimensiunile acestor pori, iar tehnologia de producție este similară cu producția de semiconductori , ceea ce facilitează foarte mult procesul de obținere a acestor pori și face posibilă combinarea cu alte nanodispozitive. Avantajele nanoporilor biologici includ posibilitatea modificării chimice sau genetice, specificitatea chimică pentru ADN sau ARN și o rată relativ scăzută de trecere a ADN-ului sau ARN prin por [28] [31] .

Alți nanopori

Pentru a obține nanopori, se poate folosi tehnologia ADN origami . Această posibilitate a fost demonstrată pentru prima dată în 2012, când a fost obținută o structură similară cu alfa hemolizină folosind origami ADN. Structura rezultată încorporată spontan în membrane [27] .

În 2010, s-a demonstrat că nanotuburile de carbon cu un singur perete pot fi, de asemenea, încorporate în membrane și permit trecerea ADN-ului [27] .

Din 2020, nanoporii în stare solidă nu au specificitatea chimică a proteinelor; prin urmare, posibilitatea integrării nanoporilor proteici în substraturi în stare solidă este studiată în mod activ [28] .

O altă direcție promițătoare este utilizarea nanoporilor în stare solidă cu senzori (senzori capacitivi, tunel electronic și alte detectoare) [28] .

Avantaje și dezavantaje

În comparație cu metodele de secvențiere existente, utilizarea acestei metode de secvențiere are avantaje [2] , precum costul redus și ușurința în utilizare (datorită absenței necesității de pregătire a probei și utilizarea de reactivi), sensibilitate ridicată (până la secvențiere). fără amplificare ADN din sânge și salivă ), lungime mare de citire (până la zeci de mii de baze), mobilitate ridicată, analiză rapidă și afișare a rezultatelor în timp real [2] .

Dezavantajele includ proprietăți precum calitatea scăzută a citirilor în comparație cu tehnologiile de secvențiere cu citire scurtă (cu toate acestea, această situație se schimbă în bine odată cu apariția de noi algoritmi), pierderea proprietăților funcționale ale porilor biologici în timp (porii funcționează în mod fiabil numai pentru o anumită perioadă de timp).rulări) și influența factorilor de mediu asupra vitezei de citire a secvenței și, în consecință, asupra calității acesteia (o proteină motorie poate funcționa doar la o viteză suficientă într-un anumit interval de pH, deși nu lucrând suficient de rapid în afara intervalului) [32] .

Utilizare comercială

Oxford Nanopore Technologies

În februarie 2012, la conferința AGBT din Florida , Oxford Nanopore Technologies a prezentat prototipuri a două platforme pentru secvențierea de înaltă performanță a fragmentelor lungi bazate pe secvențierea nanoporilor întregi catene: GridION și MinION. Ca demonstrație, genomul bacteriofag PhiX de 5386 bp a fost secvențiat. [19] Pentru 2020, compania lansează mai multe dispozitive. Toate permit analiza datelor în timp real [33]

Minion

MinION este un secvențior de celule de unică folosință de dimensiuni mici, conceput pentru uz casnic, cu un preț țintă de aproximativ 900 USD. Sequencerul are un conector USB 3.0 pentru conectarea la un computer. Conține 512 nanopori cu caracteristici similare [2] . Celula vă permite să secvențați până la 30 de milioane de bp. ADN (în aproximativ două zile se pot digitaliza 10-20 milioane bp de ADN) [34] . În 2019, compania a început să lanseze Flongle, un adaptor pentru MinION sau GridION care vă permite să lucrați cu celule mai puțin productive (~1 Gb, 126 nanopori în loc de 512), dar mult mai ieftine (90 USD) [35] .

GridION

GridION este un dispozitiv proiectat pentru secvențierea întregului genom (în esență un MinION cu debit crescut). Prototipul avea 2000 de nanopori individuali, fiecare capabil să primească citiri de până la 5100 bp lungime. cu o rată de 150 milioane bp/h timp de 6 ore [2] . GridION Mk1 costă 49.955 USD și conține 5 celule independente. Cu ajutorul acestuia, până la 150 de milioane de bp pot fi secvențiate într-un experiment. ADN [36] .

Promethion

Sequencerul de cea mai înaltă performanță al companiei permite secvențierea mai multor trilioane de bp într-un singur experiment. ADN. PromethION 24 conține 24 de celule și este capabil să digitalizeze 3,8 trilioane bp în trei zile. ADN, PromethION 48 conține 48 de celule și este capabil să digitalizeze 7,6 trilioane bp în trei zile. ADN. Celulele secvențiale conțin 3000 de nanopori [37] . Un flux de date dintr-un astfel de număr de nanopori nu poate fi analizat de un computer convențional, așa că este necesar un supercomputer pentru a utiliza acest secvențior (cu toate acestea, dacă rulați o singură celulă, atunci un computer convențional o poate gestiona) [37] [38] .

Alte evoluții

Compania intenționează să lanseze încă două dispozitive: SmidgION, un secvențietor care se conectează la un smartphone și Plongle, un secvențietor care conține 96 de celule independente, dar cu debit redus și, în consecință, este conceput pentru secvențierea frecventă a unor cantități mari de ADN scurt. [39] .

Post-procesarea datelor Oxford Nanopore

După utilizarea produselor Oxford Nanopore, rezultatele sunt date brute în format FAST5. Formatul FAST5 utilizat de Oxford Nanopore este o variantă a standardului HDF5 cu o structură internă ierarhică concepută pentru a stoca metadate și evenimente legate de secvența ADN (măsurători totale de curent total agregate) preprocesate de un dispozitiv de lucru. Rezultatele procesării sunt afișate în timp real în interfața grafică MinKNOW, iar datele sunt înregistrate în format de fișier FASTQ sau .fast5 [40] . Apoi, trebuie să efectuați recunoașterea nucleotidelor ( chemare de bază în limba engleză  ). Acest proces va procesa datele brute în format FAST5 în format FASTQ (în MinKNOW, acest proces poate fi pornit în timpul citirii citirilor). De asemenea, puteți utiliza programe precum poreTools [41] , Guppy [42] [43] .

Apoi, trebuie să curățați secvențele primite pentru a scăpa de datele cu prea mult zgomot. Pentru această sarcină, de exemplu, se folosește programul NanoFilt [44] [45] . Odată ce datele au fost curățate, datele rezultate pot fi apoi utilizate pentru colectarea și analiza ulterioară a datelor [43] .

Note

  1. Niedringhaus Thomas P. , Milanova Denitsa , Kerby Matthew B. , Snyder Michael P. , Barron Annelise E. Landscape of Next-Generation Sequencing Technologies  //  Analytical Chemistry. - 2011. - 15 iunie ( vol. 83 , nr. 12 ). - P. 4327-4341 . — ISSN 0003-2700 . - doi : 10.1021/ac2010857 .
  2. 1 2 3 4 5 6 Maitra RD , Kim J. , Dunbar WB Progrese recente în secvențierea nanoporilor.  (engleză)  // Electroforeză. - 2012. - Decembrie ( vol. 33 , nr. 23 ). - P. 3418-3428 . - doi : 10.1002/elps.201200272 . — PMID 23138639 .
  3. Greninger Alexander L. , Naccache Samia N. , Federman Scot , Yu Guixia , Mbala Placide , Bres Vanessa , Stryke Doug , Bouquet Jerome , Sobasekar Sneha , Linnen Jeffrey M. , Dodd Roger , Mulembakani Prime , Schneider Mulembakani S. Tamfum Jean-Jacques , Stramer Susan L. , Chiu Charles Y. Identificarea rapidă metagenomică a agenților patogeni virali în probele clinice prin analiză de secvențiere a nanoporilor în timp real  //  Genome Medicine. - 2015. - 29 septembrie ( vol. 7 , nr. 1 ). - ISSN 1756-994X . - doi : 10.1186/s13073-015-0220-9 .
  4. Cao Minh Duc , Ganesamoorthy Devika , Elliott Alysha G. , Zhang Huihui , Cooper Matthew A. , Coin Lachlan JM Algoritmi de streaming pentru identificarea agenților patogeni și potențialul de rezistență la antibiotice din secvențierea în timp real MinIONTM   // GigaScience . - 2016. - 26 iulie ( vol. 5 , nr. 1 ). — ISSN 2047-217X . - doi : 10.1186/s13742-016-0137-2 .
  5. nanopore-wgs-consortium/NA12878 . — 2020-03-01. Arhivat din original pe 8 martie 2021.
  6. ↑ Genomul uman pe un Minion  . Oxford Nanopore Technologies (20 octombrie 2016). Preluat la 12 martie 2020. Arhivat din original la 6 octombrie 2020.
  7. Solanum pennellii (acc. LA5240) - PlabiPD . www.plabipd.de. Preluat la 12 martie 2020. Arhivat din original la 28 ianuarie 2020.
  8. ^ Ammar Ron , Paton Tara A. , Torti Dax , Shlien Adam , Bader Gary D. Secvențierea nanoporilor de citire lungă pentru detectarea variantelor și haplotipurilor HLA și CYP2D6  // F1000Research . - 2015. - 20 mai ( vol. 4 ). P. 17 . ISSN 2046-1402 . - doi : 10.12688/f1000research.6037.2 .  
  9. Nick Loman. Cum un rucsac mic pentru secvențierea genomică rapidă ajută la combaterea Ebola  . Conversia. Preluat la 12 martie 2020. Arhivat din original la 22 februarie 2020.
  10. O. V. Krasilnikov . Canalele proteice din stratul dublu lipidic. Rezumatul tezei pentru gradul de Doctor în Științe Biologice: 03.00.02. Universitatea de Stat din Moscova. M. : 1989, 30 p.
  11. K. G. Rodriguez, L. Yuldasheva. Nano-contor pentru „nano-oaie” // Știință și viață . - 2021. - Nr. 3 . - S. 68 .
  12. ↑ Caracterizarea moleculelor individuale de polimer pe baza interacțiunilor monomer-interfață  . Preluat la 12 martie 2020. Arhivat din original la 4 septembrie 2021.
  13. ^ Kasianowicz JJ , Brandin E. , Branton D. , Deamer DW Caracterizarea moleculelor de polinucleotide individuale folosind un canal membranar  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1996. - 26 noiembrie ( vol. 93 , nr. 24 ). - P. 13770-13773 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.93.24.13770 .
  14. Akeson M. , Branton D. , Kasianowicz JJ , Brandin E. , Deamer DW Discriminarea la scară de timp la microsecunde între acidul policitidilic, acidul poliadenilic și acidul poliuridilic ca homopolimeri sau ca segmente în moleculele de ARN unice.  (engleză)  // Biophysical Journal. - 1999. - Decembrie ( vol. 77 , nr. 6 ). - P. 3227-3233 . - doi : 10.1016/S0006-3495(99)77153-5 . — PMID 10585944 .
  15. Meller A. , ​​Nivon L. , Brandin E. , Golovchenko J. , Branton D. Discriminare rapidă de nanopori între moleculele de polinucleotide singulare.  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States Of America. - 2000. - 1 februarie ( vol. 97 , nr. 3 ). - P. 1079-1084 . - doi : 10.1073/pnas.97.3.1079 . — PMID 10655487 .
  16. Howorka Stefan , Cheley Stephen , Bayley Hagan. Detectarea specifică secvenței a catenelor individuale de ADN folosind nanopori modificați  //  Nature Biotechnology. - 2001. - iulie ( vol. 19 , nr. 7 ). - P. 636-639 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/90236 .
  17. Stoddart D. , Heron AJ , Mikhailova E. , Maglia G. , Bayley H. Single-nucleotide discrimination in immobilized DNA oligonucleotides with a biological nanopore  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2009. - 20 aprilie ( vol. 106 , nr. 19 ). - P. 7702-7707 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.0901054106 .
  18. Oxford Nanopore introduce „secvențierea catenelor” ADN pe platforma GridION de mare capacitate și prezintă MinION, un secvențior de dimensiunea unui stick de memorie  USB . Oxford Nanopore Technologies (17 februarie 2012). Preluat la 12 martie 2020. Arhivat din original la 19 ianuarie 2021.
  19. 1 2 Eisenstein Michael. Anunțul Oxford Nanopore pune în evidență sectorul de secvențiere  //  Nature Biotechnology. - 2012. - Aprilie ( vol. 30 , nr. 4 ). - P. 295-296 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt0412-295 .
  20. Stephanie J. Heerema, Cees Dekker. Nanodispozitive de grafen pentru secvențierea ADN-ului  //  Nature Nanotechnology. — 2016-02. — Vol. 11 , iss. 2 . — P. 127–136 . — ISSN 1748-3395 1748-3387, 1748-3395 . - doi : 10.1038/nnano.2015.307 . Arhivat 17 noiembrie 2020.
  21. 1 2 3 4 5 6 Wanunu Meni. Nanopori: O călătorie către secvențierea ADN-ului  //  Physics of Life Reviews. - 2012. - iunie ( vol. 9 , nr. 2 ). - P. 125-158 . — ISSN 1571-0645 . - doi : 10.1016/j.plrev.2012.05.010 .
  22. Nakane Jonathan J , Akeson Mark , Marziali Andre. Senzori nanopori pentru analiza acidului nucleic  (engleză)  // Journal of Physics: Condensed Matter. - 2003. - 1 august ( vol. 15 , nr. 32 ). - P.R1365-R1393 . — ISSN 0953-8984 . - doi : 10.1088/0953-8984/15/32/203 .
  23. Stoddart David , Maglia Giovanni , Mikhailova Ellina , Heron Andrew J. , Bayley Hagan. Site-uri multiple de recunoaștere a bazelor într-un nanopor biologic: două capete sunt mai bune decât unul  //  Angewandte Chemie International Edition. - 2009. - 11 decembrie ( vol. 49 , nr. 3 ). - P. 556-559 . — ISSN 1433-7851 . - doi : 10.1002/anie.200905483 .
  24. Manrao Elizabeth A. , Derrington Ian M. , Pavlenok Mikhail , Niederweis Michael , Gundlach Jens H. Nucleotide Discrimination with DNA Immobilized in the MspA Nanopore  //  PLoS ONE. - 2011. - 4 octombrie ( vol. 6 , nr. 10 ). — P. e25723 . — ISSN 1932-6203 . - doi : 10.1371/journal.pone.0025723 .
  25. Butler TZ , Pavlenok M. , Derrington IM , Niederweis M. , Gundlach JH Detectarea ADN-ului cu o singură moleculă cu un nanopor al proteinei MspA proiectat  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2008. - 19 decembrie ( vol. 105 , nr. 52 ). - P. 20647-20652 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.0807514106 .
  26. Wendell David , Jing Peng , Geng Jia , Subramaniam Varuni , Lee Tae Jin , Montemagno Carlo , Guo Peixuan. Translocarea ADN-ului dublu catenar prin nanopori proteici motor phi29 adaptați la membrană   // Nature Nanotechnology . - 2009. - 27 septembrie ( vol. 4 , nr. 11 ). - P. 765-772 . — ISSN 1748-3387 . - doi : 10.1038/nnano.2009.259 .
  27. ↑ 1 2 3 4 5 Guo Bing-Yuan , Zeng Tao , Wu Hai-Chen. Progrese recente ale secvențierii ADN-ului prin tehnologii bazate pe nanopori  //  Science Bulletin. - 2015. - Februarie ( vol. 60 , nr. 3 ). - P. 287-295 . — ISSN 2095-9273 . - doi : 10.1007/s11434-014-0707-6 .
  28. ↑ 1 2 3 4 5 6 Tipuri de  nanopori . Tehnologii Oxford Nanopore. Preluat la 12 martie 2020. Arhivat din original la 21 ianuarie 2020.
  29. ↑ 1 2 McNally Ben , cântărețul Alon , Yu Zhiliang , Sun Yingjie , Weng Zhiping , Meller Amit. Recunoașterea optică a nucleotidelor ADN convertite pentru secvențierea ADN-ului cu o singură moleculă folosind matrice Nanopore  //  Nano Letters. - 2010. - 9 iunie ( vol. 10 , nr. 6 ). - P. 2237-2244 . — ISSN 1530-6984 . - doi : 10.1021/nl1012147 .
  30. Soni Gautam V. , Cântărețul Alon , Yu Zhiliang , Sun Yingjie , McNally Ben , Meller Amit. Detectarea optică și electrică sincronă a biomoleculelor care traversează nanopori în stare solidă  //  Review of Scientific Instruments. - 2010. - ianuarie ( vol. 81 , nr. 1 ). — P. 014301 . — ISSN 0034-6748 . - doi : 10.1063/1.3277116 .
  31. Liu Zewen , Wang Yifan , Deng Tao , Chen Qi. Tehnologia de secvențiere a ADN-ului pe bază de nanopori în stare solidă  (engleză)  // Journal of Nanomaterials. - 2016. - Vol. 2016 . - P. 1-13 . — ISSN 1687-4110 . - doi : 10.1155/2016/5284786 .
  32. Zewen Liu, Yifan Wang, Tao Deng, Qi Chen. Tehnologia de secvențiere a ADN-ului pe bază de nanopori în stare solidă  (engleză)  // Journal of Nanomaterials. - 2016. - Vol. 2016 . — P. 1–13 . — ISSN 1687-4129 1687-4110, 1687-4129 . - doi : 10.1155/2016/5284786 . Arhivat din original pe 2 aprilie 2019.
  33. Produse  _ _ Tehnologii Oxford Nanopore. Preluat la 14 mai 2020. Arhivat din original la 13 mai 2020.
  34. Minion  . _ Tehnologii Oxford Nanopore. Preluat la 13 aprilie 2020. Arhivat din original la 14 aprilie 2020.
  35. Adaptor Flongle  . Tehnologii Oxford Nanopore. Preluat la 13 aprilie 2020. Arhivat din original la 13 mai 2020.
  36. GridION  Mk1 . Tehnologii Oxford Nanopore. Preluat la 13 aprilie 2020. Arhivat din original la 13 mai 2020.
  37. ↑ 1 2 PromethION  . _ Tehnologii Oxford Nanopore. Preluat la 13 aprilie 2020. Arhivat din original la 13 mai 2020.
  38. Arne De Roeck, Wouter De Coster, Liene Bossaerts, Rita Cacace, Tim De Pooter. NanoSatellite: caracterizarea precisă a lungimii și secvenței repetate în tandem extinse prin secvențierea de citire lungă a întregului genom pe PromethION  //  Biologia genomului. — 2019-12. — Vol. 20 , iss. 1 . — P. 239 . — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/s13059-019-1856-3 . Arhivat 4 mai 2020.
  39. Produse  _ _ Tehnologii Oxford Nanopore. Consultat la 13 aprilie 2020. Arhivat din original pe 8 aprilie 2020.
  40. Camilla LC Ip, Matthew Loose, John R. Tyson, Mariateresa de Cesare, Bonnie L. Brown. Consorțiul de analiză și referință MinION: eliberarea și analiza datelor de faza 1  (engleză)  // F1000Research. — 15-10-2015. — Vol. 4 . — P. 1075 . — ISSN 2046-1402 . - doi : 10.12688/f1000research.7201.1 . Arhivat din original pe 14 februarie 2020.
  41. arq5x/  poretools . GitHub. Preluat la 14 mai 2020. Arhivat din original la 19 septembrie 2020.
  42. nanoporetech/pyguppyclient . — 2020-05-07. Arhivat din original pe 28 decembrie 2020.
  43. ↑ 1 2 Goldstein Sarah , Beka Lidia , Graf Joerg , Klassen Jonathan L. Evaluarea strategiilor pentru asamblarea diverselor genomi bacterieni folosind secvențierea de citire lungă MinION  //  BMC Genomics. - 2019. - 9 ianuarie ( vol. 20 , nr. 1 ). — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/s12864-018-5381-7 .
  44. Wouter De Coster. NanoFilt: filtrarea și tăierea datelor Oxford Nanopore Sequencing . Arhivat 14 octombrie 2020.
  45. ^ Stein Maria , Brinks Erik , Rathje Jana , Cho Gyu-Sung , Franz Charles  . - 2020. - 7 mai ( vol. 9 , nr. 19 ). ISSN 2576-098X . - doi : 10.1128/MRA.00156-20 .  

Literatură

  • Kovaka, S., Fan, Y., Ni, B. şi colab. Secvențierea nanoporilor direcționată prin maparea în timp real a semnalului electric brut cu UNCALLED. Nat Biotechnol (2020). https://doi.org/10.1038/s41587-020-0731-9

Program ( https://github.com/skovaka/UNCALLED )