Pigmenții auxiliari sunt compuși absorbanți de lumină ai organismelor fotosintetice care lucrează în combinație cu clorofila a , efectuând o funcție de captare a luminii sau de protecție a luminii. Acestea includ diferite forme de clorofilă, cum ar fi clorofila b în algele verzi și antenele de recoltare a luminii ale plantelor superioare sau clorofilele c sau d în alte alge. În plus, există mulți alți pigmenți accesorii precum carotenoizii sau ficobiliproteinele care, de asemenea, absorb lumina și transferă energia acesteia către pigmentul principal al fotosistemului. Unii dintre acești pigmenți accesorii, în special carotenoizii, servesc la absorbția și disiparea excesului de energie luminoasă și sunt antioxidanți .
Clorofilele și pigmenții asociați cu fotosistemele au spectre de absorbție diferite , deoarece spectrele diferitelor clorofile sunt modificate de mediul lor proteic local sau deoarece pigmenții accesorii au diferențe structurale semnificative. Ca rezultat, în condiții naturale , spectrul de absorbție combinat al tuturor pigmenților este mai larg decât spectrul de absorbție al fiecăruia dintre ei separat. Acest lucru permite plantelor și algelor să absoarbă o gamă mai mare de radiații vizibile și infraroșii . Majoritatea organismelor fotosintetice nu absorb lumina verde, așa că sub un baldachin de frunze dintr-o pădure sau sub un strat de apă bogată în plancton predomină lumina verde. Acest efect spectral se numește „fereastra verde”. Unele organisme, cum ar fi cianobacteriile și algele roșii , conțin pigmenți accesorii numiți ficobiliproteine , care le permit să absoarbă lumina verde care pătrunde adânc în habitatul lor.
În ecosistemele acvatice, principala influență asupra spectrului este absorbția apei împreună cu materia organică dizolvată în aceasta. Aceasta determină principalele nișe ecologice pentru organismele fototrofe . Șase umeri (decaderi ale absorbției) din spectrul de absorbție al apei la lungimi de undă între 400 și 1100 nm corespund a cel puțin douăzeci de specii diferite de bacterii fototrofe. Un alt efect se datorează tendinței generale a apei de a absorbi lumina de joasă frecvență , în timp ce substanțele organice absorb lumina de înaltă frecvență. Acesta este motivul pentru care oceanul deschis apare albastru și este bogat în specii fototrofe de culoare galbenă, cum ar fi Prochlorococcus , care conține divinil-clorofila a și b . Synechococcus este colorat în roșu de ficoeritrina și adaptat la condițiile de coastă, în timp ce ficocianina permite acestor cianobacteriilor să prospere în apele mai întunecate [1] .