Poliadenilare

Poliadenilarea  este procesul de atașare a unui număr mare de resturi de adenozin monofosfat (coada poli(A)) la capătul 3’ al ARNm primar (pre-ARNm). Cu alte cuvinte, o coadă poli(A) este un fragment al unei molecule de ARNm ale cărei baze azotate sunt reprezentate doar de adenină . La eucariote, poliadenilarea face parte din procesarea ARNm  , procesul de maturare a unui transcript primar într-un ARNm matur gata de traducere . Procesarea, la rândul său, este unul dintre pașii în expresia genelor .

Poliadenilarea începe atunci când transcrierea genei este finalizată , adică formarea transcriptului primar. Înainte de poliadenilare, un complex specific de proteine ​​cu mai multe subunități scindează capătul 3’ al transcriptului primar. Locul de clivaj este determinat de poziția secvențelor semnal universale în transcriptul primar; în unele cazuri, clivajul poate apărea în mai multe locuri alternative. Astfel, poliadenilarea permite formarea de ARNm diferite ale aceleiași gene (poliadenilare alternativă), similar cu ceea ce se întâmplă cu splicing alternativ . După formarea unui nou capăt 3’ al transcriptului, componenta complexului proteic poli(A)-polimeraza sintetizează coada poli(A) folosind nucleotida 3’-terminală ca primer [1] .

Coada poli(A) joacă un rol important în transportul ARNm din nucleu , translația și stabilitatea acestuia. În timp, coada poli(A) se scurtează, iar când lungimea sa devine suficient de mică, ARNm este distrus de enzime speciale [2] . Cu toate acestea, în anumite tipuri de celule , ARNm-urile cu cozi scurte de poli(A) sunt stocate în citosol pentru activare ulterioară prin repoliadenilare [3] . La bacterii , prin contrast, poliadenilarea declanșează degradarea transcriptului [4] . Un efect similar al poliadenilării a fost observat și pentru unii ARN-uri eucariote necodificatori [5] .

Poliadenilarea nucleară

Funcții

În poliadenilarea nucleară, coada poli(A) este atașată la ARNm la sfârșitul transcripției. Poliadenilarea protejează ARNm de distrugerea enzimatică în citoplasmă , promovează terminarea transcripției și este implicată în exportul ARNm din nucleu și în traducere [2] . Aproape toate ARNm-urile eucariote sunt poliadenilate [6] , cu excepția ARNm-urilor histonelor , a căror formare depinde de ciclurile de replicare ale ADN-ului original [7] . Ele sunt singurele ARNm eucariote care nu au o coadă poli(A); în schimb, un ac de păr este situat la capătul 3’ al transcrierii , urmat de o secvență bogată în purine ( elementul din aval de histonă ), marcând locul în care o tăietură. din stenograma originală a fost făcută [8] .  

Multe ARN-uri eucariote necodificatoare sunt, de asemenea, poliadenilate la sfârșitul translației. Printre aceștia, există ARN-uri mici care au o coadă poli(A) doar într-un stadiu intermediar, dar sunt îndepărtați în timpul procesării și sunt absenți în moleculele mature (de exemplu, miARN -uri ) [9] [10] . Cu toate acestea, în multe ARN-uri lungi necodificatoare , care par a fi un grup mare de ARN reglatori (de exemplu, în ARN-ul Xist implicat în inactivarea cromozomului X ), coada poli(A) face parte din ARN-ul matur. [11] .

Mecanism

Proteine ​​implicate: [6]

CPSF : factor de specificitate pentru tăierea ARN și poliadenilare
CstF : factor de stimulare a tăierii
Poly(A) polimeraza : poliadenilat polimerază
PABPN1 : proteina de legare a poliadenilatului 2
CFI : factor de tăiere I
CFII : factor de tăiere II

În nucleu, aparatul de poliadenilare funcționează cu produse ale activității ARN polimerazei II , cum ar fi precursorii ARNm . În acest caz, complexul multiproteic (vezi dreapta) taie partea din transcript cea mai apropiată de capătul 3’ și poliadenilează capătul format ca urmare a tăieturii. Această tăietură este catalizată de enzima CPSF [7] și are loc la 10-30 de nucleotide în aval de locul său de legare [12] . De obicei, locul de legare a CPSF este secvența AAUAAA, dar sunt posibile și alte secvențe, cu care CPSF se leagă mai slab [13] . Specificitatea de legare a ARN este asigurată de alte două proteine: CstF și CFI. CstF se leagă de regiunea ARN bogată în GU în aval de situsul de legare a CPSF [14] . CFI se leagă la un site specific pe ARN (la mamifere, acesta este un set de secvențe UGUAA [15] [16] [17] ) și poate asigura legarea CPSF la transcript chiar și în absența semnalului AAUAAA [18] [19] . Semnalul de poliadenilare, o secvență specifică recunoscută de complexul proteic de tăiere a ARN, variază între diferitele grupuri de eucariote. La om, semnalul de poliadenilare este în majoritatea cazurilor secvența AAUAAA [14] , dar la plante și ciuperci este mai puțin frecvent ca semnal de poliadenilare [20] .

De obicei, scindarea ARN are loc înainte ca transcripția să fie completă deoarece CstF se leagă și de ARN polimeraza II [21] . CstF servește ca semnal de disociere de catena pentru ARN polimeraza II, dar mecanismul acestui semnal este puțin înțeles [22] . Proteina CFII este, de asemenea, implicată în tăiere, dar rolul său nu este încă clar [23] . Locul de clivaj este asociat cu un semnal de poliadenilare și poate avea o lungime de până la 50 de nucleotide [24] .

După scindarea ARN, începe poliadenilarea, catalizată de enzima poliadenilat polimerază (poli(A) polimerază). Poli(A) polimeraza extinde coada poli(A) prin adăugarea la ARN AMP obținut din ATP cu eliberarea de pirofosfat [25] . O altă proteină, PAB2, se leagă de coada poli(A) nouă, încă scurtă și crește afinitatea polimerazei poli(A) pentru ARN. Când lungimea cozii poli(A) atinge aproximativ 250 de nucleotide, polimeraza poli(A) nu mai poate fi asociată cu CPSF și poliadenilarea se oprește, determinând astfel lungimea cozii poli(A) [26] [27] . Deoarece CPSF este asociat și cu ARN polimeraza II, îi trimite un semnal pentru a opri transcripția [28] [29] . Când ARN polimeraza II atinge secvența de terminare (TTATT pe matrița ADN și AAUAAA pe transcriptul primar), transcripția este terminată [30] . Aparatul de poliadenilare este, de asemenea, conectat fizic la spliceosome  , un complex care elimină intronii din ARN [19] .

After effects

Coada poli(A) acționează ca un loc de legare pentru proteina de legare poli(A) (PABP). PABP promovează exportul de ARN din nucleu și translația în timp ce inhibă degradarea acestuia [31] . Legarea acestei proteine ​​de coada poli(A) are loc înainte de exportul ARN din nucleu. În drojdie, PABP recrutează poli(A) nucleaza  , o enzimă care scurtează coada poli(A) și, prin urmare, permite transportul ARN de la nucleu la transcript. Împreună cu ARN, PABP se deplasează și în citoplasmă. ARNm-urile care nu sunt exportate în citoplasmă sunt distruse de un complex special, exozomul [32] [33] . PABP este, de asemenea, capabil să lege și să recruteze la transcript o serie de proteine ​​care afectează translația [32] , de exemplu, factorul de inițiere 4G, care, la rândul său, este implicat în recrutarea subunității ribozomale 40S la ARNm [34] ] . În plus, PABP, prin legarea la factorii de inițiere a translației asociați cu capătul 5’ al ARNm, asigură formarea unei bucle închise din ARNm liniar (circularizarea ARNm). Aparent, circularizarea ARNm asigură o traducere „circulară” eficientă, în care, datorită apropierii capetelor 5’ și 3’, ribozomul care s-a apropiat de capătul 3’ al ARNm nu se disociază de acesta, dar trece imediat la capătul 5’ și începe o nouă rundă de difuzare [35] . În cele din urmă, pe lângă mecanismele generale ale efectului PABP asupra translației, acestea pot afecta în mod specific traducerea ARNm-urilor individuale [36] . Cu toate acestea, o coadă poli(A) nu este necesară pentru traducerea tuturor ARNm [37] .

Deadenylation

În celulele eucariote somatice , coada poli(A) din citoplasmă este scurtată, iar ARNm cu codițe poli(A) scurtate sunt mai puțin translatate și degradate mai rapid [38] . Cu toate acestea, degradarea completă a ARNm poate dura câteva ore [39] . Această deadenilare și degradarea ARNm pot fi accelerate de miARN care se leagă de regiunea 3’-netradusă (3’-UTR) a transcriptului [40] . În ovocite , ARNm-urile cu cozi trunchiate de poli(A) nu sunt distruse, ci sunt stocate într-o formă inactivă fără translație și sunt ulterior activate prin poliadenilarea citoplasmatică care are loc după fertilizare în timpul activării ovulelor [41] . Acest fenomen a fost numit „ mRNA masking ” [42] .

La animale, poli(A)-ribonucleaza se poate lega de capac și poate îndepărta nucleotidele din coada poli(A). Disponibilitatea legării la capac și coada poli(A) este importantă în reglarea cât de curând este degradat ARNm. PARN are o activitate de deadenilare mai mică dacă factorii de inițiere a translației 4E la capac și 4G la coada poli(A) sunt legați de ARN, astfel încât translația reduce deadenilația. Viteza de deadenilare poate fi, de asemenea, reglată de proteinele de legare a ARN . După îndepărtarea cozii poli(A) din transcript, complexul de decapsulare îndepărtează capacul, ceea ce duce la degradarea ARN-ului. Mai multe alte enzime implicate în deadenilare au fost identificate și în drojdie [43] .

Poliadenilare alternativă

Multe gene care codifică proteine ​​pot avea mai mult de un situs de poliadenilare; prin urmare, mai multe ARN care diferă în capetele lor 3’ pot fi obținute din aceeași genă [20] [44] [45] . Acest fenomen a fost numit poliadenilare alternativă . Deoarece poliadenilarea alternativă modifică lungimea 3'-UTR, poate afecta care site-uri de legare a microARN rămân pe transcript [12] [46] . De obicei, miARN-urile suprimă translația și declanșează degradarea ARNm-urilor cu care sunt asociate, deși sunt cunoscute exemple când miARN-urile stabilizează transcriptul [47] [48] . Poliadenilarea alternativă poate modifica, de asemenea, lungimea regiunii de codificare , determinând ARNm-urile rezultate să codifice diferite proteine ​​[49] [50] , dar acest fenomen este mai puțin frecvent decât scurtarea 3'-UTR [20] .

Alegerea locului de poliadenilare poate depinde de stimulii extracelulari și de expresia anumitor proteine ​​implicate în poliadenilare [51] [52] . De exemplu, expresia proteinei CSTF2  , o subunitate a CstF, activează macrofagele ca răspuns la lipopolizaharide (un grup de compuși bacterieni care induc un răspuns imun ). Aceasta conduce la selectarea unui situs de poliadenilare mai slab și formarea de transcrieri mai scurte cu un 3'-UTR trunchiat în genele ai căror produse proteice sunt implicate în implementarea reacției de apărare (de exemplu, lizozima și TNF-α ). Ca rezultat, acestor transcrieri le lipsesc unele dintre elementele de reglare localizate în 3'-UTR, ceea ce le mărește durata de viață și permite formarea de proteine ​​​​mai protectoare [51] . Proteinele care nu sunt asociate direct cu mașina de poliadenilare [52] [53] [54] [55] pot juca, de asemenea, un rol în selectarea situsului de poliadenilare , de exemplu, ele îmbunătățesc metilarea ADN-ului în apropierea situsului de poliadenilare [56] .

Poliadenilare citoplasmatică

În unele celule animale, și anume în celulele germinale în timpul embriogenezei timpurii , precum și în zonele postsinaptice ale neuronilor , poliadenilarea are loc în citosol. În timpul poliadenilării citoplasmatice, coada poli(A) este alungită în ARNm inactivați cu o coadă poli(A) scurtată. Ca urmare a poliadenilării citoplasmatice, acestea sunt activate și translatate [38] [57] . Înainte de aceasta, lungimea cozii poli(A) a unor astfel de ARNm este de aproximativ 20 de nucleotide, iar în timpul poliadenilării citoplasmatice, se prelungește la 80–150 de nucleotide [3] .

La începutul embrionului de șoarece , poliadenilarea citoplasmatică a ARNm matern inactivați conținute în ou înainte de fertilizare permite celulelor să supraviețuiască și să crească, deși transcripția în embrion însuși începe în stadiul de două celule (patru celule la om) [58] [59] . În creier, poliadenilarea citoplasmatică este activată în timpul învățării și poate juca un rol în potențarea pe termen lung [3] [60] .

Poliadenilarea citoplasmatică implică proteinele care leagă ARN CPSF și CPEB și pot fi implicate și alte proteine ​​care leagă ARN, cum ar fi PUM1 [61] . În funcție de tipul de celulă, poliadenilarea citoplasmatică poate fi realizată fie prin poli(A) polimerază, identică cu cea implicată în poliadenilarea nucleară, fie prin polimerază citoplasmatică GLD-2 [62] .

Rolul în degradarea ARN la eucariote

Pentru multe ARN-uri necodificatoare, inclusiv ARNt , ARNr , ARN-uri nucleare mici și ARN-uri nucleolare mici , poliadenilarea este o etichetă pentru degradarea lor, cel puțin în drojdie [63] . Poliadenilarea unor astfel de ARN-uri este efectuată de complexul TRAMP , care adaugă aproximativ 4 nucleotide la capătul lor 3’ [64] . ARN-ul marcat în acest fel este degradat de exozom [65] . De asemenea, s-a descoperit că ARNr-urile umane au cozi poli(A), incluzând atât cozi homopolimerice (constând numai din A) cât și heteropolimerice (constituind mai ales din A) [66] .

Poliadenilare la procariote și organite

În multe bacterii, atât ARNm, cât și ARN-ul necodant sunt poliadenilate. Cozile poli(A) în acest caz stimulează degradarea acestor ARN-uri de către un complex multi-proteic special - degradazom , care include două enzime de degradare a ARN: polinucleotidă fosforilază și RNază E . Polinucleotid fosforilaza se leagă de capătul 3’ al ARN-ului, iar coada poli(A), datorită situsului suplimentar pentru aterizarea enzimei, permite acestei enzime să se lege de ARN, a cărei structură secundară a făcut imposibilă aterizarea directă. la capătul 3'. Ciclurile ulterioare de poliadenilare și degradare a capătului 3’, efectuate de polinucleotidă fosforilază, permit degradozomului să depășească structura secundară incomodă a transcrierii. Coada poli(A) poate atrage, de asemenea, RNazele care taie ARN-ul în două fragmente [67] . Astfel de cozi poli(A) bacteriene au aproximativ 30 de nucleotide [68] .

În tripanozomi , exemple de poliadenilare au fost descoperite în mitocondrii , atât stabilizând, cât și destabilizand ARN-urile. Cozile poli(A) destabilizatoare sunt cunoscute atât pentru ARNm, cât și pentru ARN-ul necodant. Lungimea medie a cozilor poli(A) din mitocondriile tripanozomilor este de aproximativ 43 de nucleotide. Cozile de stabilizare poli(A) încep cu un codon stop , iar fără o coadă poli(A) nu există niciun codon stop UAA în ARNm, deoarece în ARNm fără coadă poli(A) apar U și o combinație de UA, dar nu UAA. Pentru mitocondriile de plante, se cunoaște doar poliadenilarea destabilizatoare, în timp ce nu există deloc poliadenilare în mitocondriile de drojdie [69] .

Deși bacteriile și mitocondriile au o poli(A) polimerază, ele au, de asemenea, un alt tip de poliadenilare efectuată de polinucleotidă fosforilază însăși. Această enzimă se găsește în bacterii [70] , mitocondrii [71] , plastide [72] și este, de asemenea, o parte a exozomilor arheali [ 73] . Este capabil să sintetizeze o extensie a capătului 3’, iar în această extensie marea majoritate a bazelor azotate sunt reprezentate de adenină. Ca și în cazul bacteriilor, poliadenilarea prin polinucleotidă fosforilază stimulează degradarea ARN-ului în plastide [74] și posibil arhee [69] .

Evoluție

Deși poliadenilarea are loc practic în toate organismele, mecanismele sale nu sunt universale [75] [76] . Cu toate acestea, prevalența poliadenilării și faptul că aceasta apare în organismele din toate cele trei domenii ale vieții sugerează că ultimul strămoș comun universal al tuturor organismelor a avut un sistem de poliadenilare într-o anumită formă [68] . Un număr mic de organisme nu își poliadenilează ARNm-ul, ceea ce indică faptul că și-au pierdut capacitatea de a se poliadenila pe parcursul evoluției . Deși sunt necunoscute exemple de eucariote lipsite de poliadenilare, bacteria Mycoplasma gallisepticum și arheile halofile Haloferax volcanii nu au această modificare [77] [78] .

Cea mai veche enzimă de poliadenilare este polinucleotid fosforilaza. Această enzimă este o componentă a degradozomilor bacterieni și a exozomilor arheali [79]  , două complexe strâns legate care scindează ARN-ul în nucleotide. Această enzimă degradează ARN-ul atacând legătura fosfat dintre cele două nucleotide cele mai apropiate de capătul 3’, eliminând o nucleotidă difosfat din ARN. Această reacție este reversibilă , astfel încât această enzimă poate prelungi și capătul 3’. Coada heteropolimerică adăugată de polinucleotidă fosforilază este extrem de saturată cu adenină. Alegerea adeninei în aceste scopuri din toate bazele azotate se datorează, aparent, unei concentrații mai mari de ADP în comparație cu alte nucleotide, deoarece ADP se formează în timpul descompunerii ATP-ului pentru energie; aparent, aceasta este ceea ce a cauzat formarea cozii poli(A) în formele timpurii de viață. Se presupune că participarea cozilor poli(A) la degradarea ARN a fost impulsul pentru evoluția ulterioară a polimerazelor poli(A), care asigură atașarea unei cozi poli(A), ale cărei baze azotate sunt reprezentate de adenină. [80] .

Polimerazele poli(A) nu sunt la fel de vechi ca polinucleotid fosforilaza. La bacterii și eucariote, acestea au apărut independent de enzima aditivă CAA  , o enzimă responsabilă de maturarea capetelor 3’ ale ARNt. Domeniul său catalitic nu este omolog cu cel al altor polimeraze [65] . Se presupune că transferul orizontal al enzimei bacteriene care adaugă CAA la eucariote a permis enzimei care adaugă CAA asemănătoare arheilor să-și schimbe funcția în poli(A)-polimerază [68] . În unele grupuri de organisme, de exemplu, arheea și cianobacteriile , poli(A) polimeraza nu a apărut niciodată în cursul evoluției [80] .

Istoria studiului

Poliadenilarea a fost identificată pentru prima dată în anii 1960 ca o activitate enzimatică în extractele de nuclee celulare care polimerizau ADP, dar nu ATP, la poliadenină [81] [82] . Deși această activitate enzimatică a fost găsită mai târziu în multe tipuri de celule, funcțiile sale nu au fost cunoscute până în 1971, când secvențele poli(A) au fost identificate în ARNm [83] [84] . Inițial, singura funcție a acestor secvențe a fost considerată a fi protejarea ARNm de acțiunea nucleazelor; ulterior, s-au stabilit rolurile poliadenilației în transportul ARNm din nucleu și translație. Polimerazele implicate în poliadenilare au fost izolate și caracterizate în anii 1960 și 1970, dar un număr mare de proteine ​​suplimentare implicate în acest proces au fost descoperite abia la începutul anilor 1990 [83] .

Note

  1. Proudfoot NJ , Furger A. , ​​​​Dye MJ Integrarea procesării ARNm cu transcripție.  (engleză)  // Cell. - 2002. - Vol. 108, nr. 4 . - P. 501-512. — PMID 11909521 .
  2. 1 2 Guhaniyogi J. , Brewer G. Reglarea stabilității ARNm în celulele de mamifer.  (engleză)  // Gene. - 2001. - Vol. 265, nr. 1-2 . - P. 11-23. — PMID 11255003 .
  3. 1 2 3 Richter JD Poliadenilarea citoplasmatică în dezvoltare și nu numai.  (Engleză)  // Recenzii de microbiologie și biologie moleculară: MMBR. - 1999. - Vol. 63, nr. 2 . - P. 446-456. — PMID 10357857 .
  4. Steege DA Caracteristici emergente ale dezintegrarii ARNm în bacterii.  (engleză)  // RNA (New York, NY). - 2000. - Vol. 6, nr. 8 . - P. 1079-1090. — PMID 10943888 .
  5. ↑ Cifra de afaceri a ARN-ului Anderson JT : consecințe neașteptate ale faptului că sunteți cu coadă.  (Engleză)  // Biologie actuală : CB. - 2005. - Vol. 15, nr. 16 . - P. 635-638. - doi : 10.1016/j.cub.2005.08.002 . — PMID 16111937 .
  6. 1 2 Hunt AG , Xu R. , Addepalli B. , Rao S. , Forbes KP , Meeks LR , Xing D. , Mo M. , Zhao H. , Bandyopadhyay A. , Dampanaboina L. , Marion A. , Von Lanken C. , Li QQ Arabidopsis ARNm poliadenilare mașini: o analiză cuprinzătoare a interacțiunilor proteină-proteină și profilarea expresiei genelor.  (engleză)  // BMC genomics. - 2008. - Vol. 9. - P. 220. - doi : 10.1186/1471-2164-9-220 . — PMID 18479511 .
  7. 1 2 Dávila LM , Samuelsson T. Evoluția timpurie a procesării la capătul 3’ a mRNA histonelor.  (engleză)  // RNA (New York, NY). - 2008. - Vol. 14, nr. 1 . - P. 1-10. doi : 10.1261 /rna.782308 . — PMID 17998288 .
  8. ^ Marzluff WF , Gongidi P. , Woods KR , Jin J. , Maltais LJ Genele histonelor dependente de replicare la om și la șoarece.  (engleză)  // Genomica. - 2002. - Vol. 80, nr. 5 . - P. 487-498. — PMID 12408966 .
  9. ^ Saini HK , Griffiths-Jones S. , Enright AJ Analiza genomică a transcriptelor microARN umane.  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2007. - Vol. 104, nr. 45 . - P. 17719-17724. - doi : 10.1073/pnas.0703890104 . — PMID 17965236 .
  10. ^ Yoshikawa M. , Peragine A. , Park MY , Poethig RS O cale pentru biogeneza siRNA-urilor cu acțiune trans în Arabidopsis. (engleză)  // Gene și dezvoltare. - 2005. - Vol. 19, nr. 18 . - P. 2164-2175. - doi : 10.1101/gad.1352605 . PMID 16131612 .  
  11. Amaral PP , Mattick JS ARN noncoding în dezvoltare.  (engleză)  // Genomul mamiferelor : jurnalul oficial al Societății Internaționale de Genomul Mamiferelor. - 2008. - Vol. 19, nr. 7-8 . - P. 454-492. - doi : 10.1007/s00335-008-9136-7 . — PMID 18839252 .
  12. 1 2 Liu D. , Brockman JM , Dass B. , Hutchins LN , Singh P. , McCarrey JR , MacDonald CC , Graber JH Variație sistematică a semnalelor de procesare a ARNm 3' în timpul spermatogenezei la șoarece.  (engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2007. - Vol. 35, nr. 1 . - P. 234-246. doi : 10.1093 / nar/gkl919 . — PMID 17158511 .
  13. Lutz CS Poliadenilare alternativă: o răsucire a formării capătului 3' al ARNm.  (engleză)  // ACS biologie chimică. - 2008. - Vol. 3, nr. 10 . - P. 609-617. doi : 10.1021 / cb800138w . — PMID 18817380 .
  14. 1 2 Beaudoing E. , Freier S. , Wyatt JR , Claverie JM , Gautheret D. Patterns of variant polyadenylation signal usage in human genes.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2000. - Vol. 10, nr. 7 . - P. 1001-1010. — PMID 10899149 .
  15. Brown KM , Gilmartin GM Un mecanism pentru reglarea prelucrării pre-ARNm 3' de către factorul uman de clivaj Im.  (Engleză)  // Celulă moleculară. - 2003. - Vol. 12, nr. 6 . - P. 1467-1476. — PMID 14690600 .
  16. Yang Q. , Gilmartin GM , Doublié S. Baza structurală a recunoașterii UGUA de către proteina Nudix CFI(m)25 și implicațiile pentru un rol de reglementare în procesarea ARNm 3'.  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2010. - Vol. 107, nr. 22 . - P. 10062-10067. - doi : 10.1073/pnas.1000848107 . — PMID 20479262 .
  17. Yang Q. , Coseno M. , Gilmartin GM , Doublié S. Structura cristalină a unui complex de factor de clivaj uman CFI(m)25/CFI(m)68/ARN oferă o perspectivă asupra recunoașterii site-ului poli(A) și a buclei ARN.  (engleză)  // Structure (Londra, Anglia: 1993). - 2011. - Vol. 19, nr. 3 . - P. 368-377. - doi : 10.1016/j.str.2010.12.021 . — PMID 21295486 .
  18. Venkataraman K. , Brown KM , Gilmartin GM Analiza unui sit poli(A) noncanonic dezvăluie un mecanism tripartit pentru recunoașterea situsului poli(A) al vertebratelor.  (engleză)  // Gene și dezvoltare. - 2005. - Vol. 19, nr. 11 . - P. 1315-1327. - doi : 10.1101/gad.1298605 . — PMID 15937220 .
  19. 1 2 Millevoi S. , Loulergue C. , Dettwiler S. , Karaa SZ , Keller W. , Antoniou M. , Vagner S. O interacțiune între U2AF 65 și CF I(m) leagă mașinile de splicing și de prelucrare a capătului 3'.  (engleză)  // Jurnalul EMBO. - 2006. - Vol. 25, nr. 20 . - P. 4854-4864. - doi : 10.1038/sj.emboj.7601331 . — PMID 17024186 .
  20. 1 2 3 Shen Y. , Ji G. , Haas BJ , Wu X. , Zheng J. , Reese GJ , Li QQ Analiza la nivel de genom a semnalelor de procesare a ARNm de orez 3'-end și poliadenilare alternativă.  (engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2008. - Vol. 36, nr. 9 . - P. 3150-3161. doi : 10.1093 / nar/gkn158 . — PMID 18411206 .
  21. Glover-Cutter K. , Kim S. , Espinosa J. , Bentley DL ARN polimeraza II întrerupe și se asociază cu factori de procesare pre-ARNm la ambele capete ale genelor.  (Engleză)  // Nature structural & molecular biology. - 2008. - Vol. 15, nr. 1 . - P. 71-78. doi : 10.1038 / nsmb1352 . — PMID 18157150 .
  22. Alberts B, Johnson A, Lewis J și colab. Capitolul 6: „De la ADN la ARN” // Biologia moleculară a celulei. — ediția a IV-a. — New York: Garland Science, 2002.
  23. Stumpf G. , Domdey H. Dependența prelucrării pre-mRNA 3'-end de drojdie de CFT1: un omolog de secvență al factorului de legare AAUAAAA la mamifer.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 1996. - Vol. 274, nr. 5292 . - P. 1517-1520. — PMID 8929410 .
  24. Iseli C. , Stevenson BJ , de Souza SJ , Samaia HB , Camargo AA , Buetow KH , Strausberg RL , Simpson AJ , Bucher P. , Jongeneel CV Long-range heterogeneity at the 3’ end of human mRNAs.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2002. - Vol. 12, nr. 7 . - P. 1068-1074. - doi : 10.1101/gr.62002 . — PMID 12097343 .
  25. Balbo PB , Bohm A. Mecanismul poli(A) polimerazei: structura complexului ternar enzima-MgATP-ARN și analiza cinetică.  (engleză)  // Structure (Londra, Anglia: 1993). - 2007. - Vol. 15, nr. 9 . - P. 1117-1131. - doi : 10.1016/j.str.2007.07.010 . — PMID 17850751 .
  26. Viphakone N. , Voisinet-Hakil F. , Minvielle-Sebastia L. Molecular dissection of mRNA poly(A) tail length control in yeast.  (engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2008. - Vol. 36, nr. 7 . - P. 2418-2433. - doi : 10.1093/nar/gkn080 . — PMID 18304944 .
  27. Wahle E. Controlul lungimii cozii Poly(A) este cauzat de terminarea sintezei procesive.  (Engleză)  // Jurnalul de chimie biologică. - 1995. - Vol. 270, nr. 6 . - P. 2800-2808. — PMID 7852352 .
  28. Dichtl B. ​​​​​, Blank D. , Sadowski M. , Hübner W. , Weiser S. , Keller W. Yhh1p/Cft1p leagă direct recunoașterea site-ului poli(A) și terminarea transcripției ARN polimerazei II.  (engleză)  // Jurnalul EMBO. - 2002. - Vol. 21, nr. 15 . - P. 4125-4135. — PMID 12145212 .
  29. Nag A. , Narsinh K. , Martinson HG Pauza transcripțională dependentă de poli(A) este mediată de CPSF care acționează asupra corpului polimerazei.  (Engleză)  // Nature structural & molecular biology. - 2007. - Vol. 14, nr. 7 . - P. 662-669. doi : 10.1038 / nsmb1253 . — PMID 17572685 .
  30. ^ Tefferi A. , Wieben ED , Dewald GW , Whiteman DA , Bernard ME , Spelsberg TC Primer on medical genomics part II: Background principles and methods in molecular genetics.  (Engleză)  // Procedurile Clinicii Mayo. - 2002. - Vol. 77, nr. 8 . - P. 785-808. - doi : 10.4065/77.8.785 . — PMID 12173714 .
  31. Coller JM , Gray NK , Wickens MP Stabilizarea ARNm de către proteina de legare a poli(A) este independentă de poli(A) și necesită translație.  (engleză)  // Gene și dezvoltare. - 1998. - Vol. 12, nr. 20 . - P. 3226-3235. — PMID 9784497 .
  32. 1 2 Siddiqui N. , Mangus DA , Chang TC , Palermino JM , Shyu AB , Gehring K. Nucleaza poli(A) interacționează cu domeniul C-terminal al domeniului proteinei care leagă poliadenilatul din proteina care se leagă poli(A).  (Engleză)  // Jurnalul de chimie biologică. - 2007. - Vol. 282, nr. 34 . - Str. 25067-25075. - doi : 10.1074/jbc.M701256200 . — PMID 17595167 .
  33. Vinciguerra P. , Stutz F. mRNA export: o linie de asamblare de la gene la pori nucleari.  (Engleză)  // Opinie actuală în biologia celulară. - 2004. - Vol. 16, nr. 3 . - P. 285-292. - doi : 10.1016/j.ceb.2004.03.013 . — PMID 15145353 .
  34. Gray NK , Coller JM , Dickson KS , Wickens M. Multiple portions of poly(A)-binding protein stimulează translația in vivo.  (engleză)  // Jurnalul EMBO. - 2000. - Vol. 19, nr. 17 . - P. 4723-4733. - doi : 10.1093/emboj/19.17.4723 . — PMID 10970864 .
  35. Spirin, 2011 , p. 352-353.
  36. Barrett et. al., 2013 , p. 29-30.
  37. Meaux S. , Van Hoof A. Transcrierile de drojdie scindate de o ribozimă internă oferă o nouă perspectivă asupra rolului capacului și al cozii poli(A) în translație și dezintegrarea ARNm.  (engleză)  // RNA (New York, NY). - 2006. - Vol. 12, nr. 7 . - P. 1323-1337. - doi : 10.1261/rna.46306 . — PMID 16714281 .
  38. 1 2 Meijer HA , Bushell M. , Hill K. , Gant TW , Willis AE , Jones P. , de Moor CH O nouă metodă de fracționare poli(A) dezvăluie o populație mare de ARNm cu o coadă poli(A) scurtă în celulele de mamifere.  (engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2007. - Vol. 35, nr. 19 . — P. e132. - doi : 10.1093/nar/gkm830 . — PMID 17933768 .
  39. Lehner B. , Sanderson CM Un cadru de interacțiune a proteinelor pentru degradarea mARN-ului uman.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2004. - Vol. 14, nr. 7 . - P. 1315-1323. - doi : 10.1101/gr.2122004 . — PMID 15231747 .
  40. Wu L. , Fan J. , Belasco JG MicroARNs direct deadenylation rapid of mRNA.  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2006. - Vol. 103, nr. 11 . - P. 4034-4039. - doi : 10.1073/pnas.0510928103 . — PMID 16495412 .
  41. Cui J. , Sackton KL , Horner VL , Kumar KE , Wolfner MF Wispy, omologul Drosophila al GLD-2, este necesar în timpul oogenezei și activării oului.  (engleză)  // Genetică. - 2008. - Vol. 178, nr. 4 . - P. 2017-2029. - doi : 10.1534/genetics.107.084558 . — PMID 18430932 .
  42. Spirin, 2011 , p. 416.
  43. ^ Wilusz CJ , Wormington M. , Peltz SW Ghidul cap-to-tail pentru turnover-ul ARNm.  (engleză)  // Recenzii de natură. Biologie celulară moleculară. - 2001. - Vol. 2, nr. 4 . - P. 237-246. - doi : 10.1038/35067025 . — PMID 11283721 .
  44. Tian B. , Hu J. , Zhang H. , Lutz CS O analiză la scară largă a poliadenilării ARNm a genelor umane și de șoarece.  (engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2005. - Vol. 33, nr. 1 . - P. 201-212. doi : 10.1093 / nar/gki158 . — PMID 15647503 .
  45. Danckwardt S. , Hentze MW , Kulozik AE 3' procesarea ARNm de capăt: mecanisme moleculare și implicații pentru sănătate și boală.  (engleză)  // Jurnalul EMBO. - 2008. - Vol. 27, nr. 3 . - P. 482-498. - doi : 10.1038/sj.emboj.7601932 . — PMID 18256699 .
  46. ^ Sandberg R. , Neilson JR , Sarma A. , Sharp PA , Burge CB Celulele proliferante exprimă ARNm cu regiuni 3’ netraduse scurtate și mai puține site-uri țintă de microARN.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2008. - Vol. 320, nr. 5883 . - P. 1643-1647. - doi : 10.1126/science.1155390 . — PMID 18566288 .
  47. Tili E. , Michael JJ , Calin GA Expresia și funcția micro-ARN-urilor în celulele imune în timpul stării normale sau a bolii.  (engleză)  // Jurnal internațional de științe medicale. - 2008. - Vol. 5, nr. 2 . - P. 73-79. — PMID 18392144 .
  48. Ghosh T. , Soni K. , Scaria V. , Halimani M. , Bhattacharjee C. , Pillai B. Reglarea în sus mediată de microARN a unei variante poliadenilate alternativ a genei {beta}-actinei citoplasmatice de șoarece.  (engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2008. - Vol. 36, nr. 19 . - P. 6318-6332. - doi : 10.1093/nar/gkn624 . — PMID 18835850 .
  49. Alt FW , Bothwell AL , Knapp M. , Siden E. , Mather E. , Koshland M. , Baltimore D. Sinteza lanțurilor grele mu de imunoglobuline secretate și legate de membrană este direcționată de ARNm care diferă la capetele lor 3'.  (engleză)  // Cell. - 1980. - Vol. 20, nr. 2 . - P. 293-301. — PMID 6771018 .
  50. Tian B. , Pan Z. , Lee JY Evenimentele larg răspândite de poliadenilare ARNm în introni indică interacțiunea dinamică între poliadenilare și splicing.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2007. - Vol. 17, nr. 2 . - P. 156-165. - doi : 10.1101/gr.5532707 . — PMID 17210931 .
  51. 1 2 Shell SA , Hesse C. , Morris SM Jr. , Milcarek C. Niveluri crescute ale factorului de stimulare a clivajului de 64 kDa (CstF-64) în macrofagele stimulate de lipopolizaharide influențează expresia genelor și induc selecția alternativă a situsului poli(A).  (Engleză)  // Jurnalul de chimie biologică. - 2005. - Vol. 280, nr. 48 . - P. 39950-39961. - doi : 10.1074/jbc.M508848200 . — PMID 16207706 .
  52. 1 2 Danckwardt S. , Gantzert AS , Macher-Goeppinger S. , Probst HC , Gentzel M. , Wilm M. , Gröne HJ , Schirmacher P. , Hentze MW , Kulozik AE p38 MAPK controlează expresia protrombinei prin sfârșitul reglat prelucrare.  (Engleză)  // Celulă moleculară. - 2011. - Vol. 41, nr. 3 . - P. 298-310. - doi : 10.1016/j.molcel.2010.12.032 . — PMID 21292162 .
  53. Licatalosi DD , Mele A. , Fak JJ , Ule J. , Kayikci M. , Chi SW , Clark TA , Schweitzer AC , Blume JE , Wang X. , Darnell JC , Darnell RB HITS-CLIP oferă perspective la nivelul genomului procesarea ARN alternativă a creierului.  (engleză)  // Natură. - 2008. - Vol. 456, nr. 7221 . - P. 464-469. - doi : 10.1038/nature07488 . — PMID 18978773 .
  54. Hall-Pogar T. , Liang S. , Hague LK , Lutz CS Proteinele specifice cu acțiune trans interacționează cu elementele auxiliare de poliadenilare a ARN din COX-2 3'-UTR.  (engleză)  // RNA (New York, NY). - 2007. - Vol. 13, nr. 7 . - P. 1103-1115. doi : 10.1261 /rna.577707 . — PMID 17507659 .
  55. ^ Danckwardt S. , Kaufmann I. , Gentzel M. , Foerstner KU , Gantzert AS , Gehring NH , Neu-Yilik G. , Bork P. , Keller W. , Wilm M. , Hentze MW , Kulozik AE Factorii de îmbinare stimulează poliadenilarea UTILIZĂRI la semnale non-canonice de formare a capătului 3'.  (engleză)  // Jurnalul EMBO. - 2007. - Vol. 26, nr. 11 . - P. 2658-2669. - doi : 10.1038/sj.emboj.7601699 . — PMID 17464285 .
  56. Wood AJ , Schulz R. , Woodfine K. , Koltowska K. , Beechey CV , Peters J. , Bourc'his D. , Oakey RJ Regulament of alternative polyadenylation by genomic imprinting.  (engleză)  // Gene și dezvoltare. - 2008. - Vol. 22, nr. 9 . - P. 1141-1146. - doi : 10.1101/gad.473408 . — PMID 18451104 .
  57. Jung MY , Lorenz L. , Richter JD .  (Engleză)  // Biologie moleculară și celulară. - 2006. - Vol. 26, nr. 11 . - P. 4277-4287. - doi : 10.1128/MCB.02470-05 . — PMID 16705177 .
  58. Sakurai T. , Sato M. , Kimura M. Diverse modele de alungire a cozii poli(A) și scurtare a mARN-urilor materne murine de la ovocitul complet crescut la stadiile de embrion cu 2 celule.  (engleză)  // Comunicații de cercetare biochimică și biofizică. - 2005. - Vol. 336, nr. 4 . - P. 1181-1189. doi : 10.1016/ j.bbrc.2005.08.250 . — PMID 16169522 .
  59. Taft RA Virtuți și limitări ale embrionului de șoarece preimplantare ca sistem model.  (engleză)  // Terogenologie. - 2008. - Vol. 69, nr. 1 . - P. 10-16. - doi : 10.1016/j.theriogenology.2007.09.032 . — PMID 18023855 .
  60. Richter JD CPEB: o viață în traducere.  (engleză)  // Tendințe în științe biochimice. - 2007. - Vol. 32, nr. 6 . - P. 279-285. - doi : 10.1016/j.tibs.2007.04.004 . — PMID 17481902 .
  61. Piqué M. , López JM , Foissac S. , Guigó R. , Méndez R. A combinatorial code for CPE-mediated translational control.  (engleză)  // Cell. - 2008. - Vol. 132, nr. 3 . - P. 434-448. - doi : 10.1016/j.cell.2007.12.038 . — PMID 18267074 .
  62. Benoit P. , Papin C. , Kwak JE , Wickens M. , Simonelig M. Polimerazele poli(A) de tip PAP și GLD-2 sunt necesare secvenţial în poliadenilarea citoplasmatică și oogeneză la Drosophila.  (engleză)  // Dezvoltare (Cambridge, Anglia). - 2008. - Vol. 135, nr. 11 . - P. 1969-1979. - doi : 10.1242/dev.021444 . — PMID 18434412 .
  63. Reinisch KM , Wolin SL Teme emergente în controlul calității ARN non-coding.  (Engleză)  // Opinie actuală în biologia structurală. - 2007. - Vol. 17, nr. 2 . - P. 209-214. - doi : 10.1016/j.sbi.2007.03.012 . — PMID 17395456 .
  64. ^ Jia H. , Wang X. , Liu F. , Guenther UP , Srinivasan S. , Anderson JT , Jankowsky E. The ARN helicase Mtr4p modulates polyadenylation in the TRAMP complex.  (engleză)  // Cell. - 2011. - Vol. 145, nr. 6 . - P. 890-901. — doi : 10.1016/j.cell.2011.05.010 . — PMID 21663793 .
  65. 1 2 Martin G. , Keller W. ribonucleotidil transferaze specifice ARN.  (engleză)  // RNA (New York, NY). - 2007. - Vol. 13, nr. 11 . - P. 1834-1849. - doi : 10.1261/rna.652807 . — PMID 17872511 .
  66. Slomovic S. , Laufer D. , Geiger D. , Schuster G. Polyadenylation of ribosomal ARN in human cells.  (engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2006. - Vol. 34, nr. 10 . - P. 2966-2975. doi : 10.1093 / nar/gkl357 . — PMID 16738135 .
  67. Régnier P. , Arraiano CM Degradarea ARNm în bacterii: apariția caracteristicilor omniprezente.  (engleză)  // BioEssays: știri și recenzii în biologie moleculară, celulară și de dezvoltare. - 2000. - Vol. 22, nr. 3 . - P. 235-244. - doi : 10.1002/(SICI)1521-1878(200003)22:3<235::AID-BIES5>3.0.CO;2-2 . — PMID 10684583 .
  68. 1 2 3 Anantharaman V. , Koonin EV , Aravind L. Genomica comparativă și evoluția proteinelor implicate în metabolismul ARN.  (engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2002. - Vol. 30, nr. 7 . - P. 1427-1464. — PMID 11917006 .
  69. 1 2 Shimyn Slomovic, Victoria Portnoy, Varda Liveanu & Gadi Schuster. Poliadenilare ARN în procariote și organite; Different Tails Tell Different Tales  //  Critical Reviews in Plant Sciences. - 2006. - T. 25 , nr 1 . - S. 65-77 . - doi : 10.1080/07352680500391337 .
  70. Chang SA , Cozad M. , Mackie GA , Jones GH Cinetica polinucleotid fosforilazei: compararea enzimelor din Streptomyces și Escherichia coli și efectele difosfaților nucleozidici.  (engleză)  // Jurnal de bacteriologie. - 2008. - Vol. 190, nr. 1 . - P. 98-106. - doi : 10.1128/JB.00327-07 . — PMID 17965156 .
  71. Nagaike T. , Suzuki T. , Ueda T. Polyadenylation in mammalian mitochondria: Insights from recent studies.  (engleză)  // Biochimica et biophysica acta. - 2008. - Vol. 1779, nr. 4 . - P. 266-269. - doi : 10.1016/j.bbagrm.2008.02.001 . — PMID 18312863 .
  72. Walter M. , Kilian J. , Kudla J. Activitatea PNPazei determină eficiența procesării ARNm 3’-end, degradarea ARNt și gradul de poliadenilare în cloroplaste.  (engleză)  // Jurnalul EMBO. - 2002. - Vol. 21, nr. 24 . - P. 6905-6914. — PMID 12486011 .
  73. Portnoy V. , Schuster G. Poliadenilarea și degradarea ARN-ului în diferite Archaea; rolurile exozomului și RNazei R.  //  Acizii de cercetare nucleici. - 2006. - Vol. 34, nr. 20 . - P. 5923-5931. doi : 10.1093 / nar/gkl763 . — PMID 17065466 .
  74. ^ Yehudai -Resheff S. , Portnoy V. , Yogev S. , Adir N. , Schuster G. Analiza de domeniu a polinucleotid fosforilazei cloroplastei dezvăluie funcții discrete în degradarea ARN, poliadenilarea și omologia secvenței cu proteinele exozomale.  (Engleză)  // Celula vegetală. - 2003. - Vol. 15, nr. 9 . - P. 2003-2019. — PMID 12953107 .
  75. Sarkar N. Poliadenilarea ARNm la procariote.  (engleză)  // Revizuirea anuală a biochimiei. - 1997. - Vol. 66. - P. 173-197. - doi : 10.1146/annurev.biochem.66.1.173 . — PMID 9242905 .
  76. ^ Slomovic S. , Portnoy V. , Schuster G. Detectarea și caracterizarea ARN-ului poliadenilat în Eukarya, Bacteria, Archaea și organele.  (engleză)  // Metode în enzimologie. - 2008. - Vol. 447.-P. 501-520. - doi : 10.1016/S0076-6879(08)02224-6 . — PMID 19161858 .
  77. Portnoy V. , Evguenieva-Hackenberg E. , Klein F. , Walter P. , Lorentzen E. , Klug G. , Schuster G. Poliadenilarea ARN în Archaea: nu a fost observată în Haloferax în timp ce exozomul polinucleotidilează ARN în Sulfolobus.  (Engleză)  // Rapoarte EMBO. - 2005. - Vol. 6, nr. 12 . - P. 1188-1193. - doi : 10.1038/sj.embor.7400571 . — PMID 16282984 .
  78. Portnoy V. , Schuster G. Mycoplasma gallisepticum ca prima bacterie analizată în care ARN-ul nu este poliadenilat.  (Engleză)  // Scrisori de microbiologie FEMS. - 2008. - Vol. 283, nr. 1 . - P. 97-103. - doi : 10.1111/j.1574-6968.2008.01157.x . — PMID 18399989 .
  79. Evguenieva-Hackenberg E. , Roppelt V. , Finsterseifer P. , Klug G. Rrp4 și Csl4 sunt necesare pentru degradarea eficientă, dar nu pentru poliadenilarea ARN-ului sintetic și natural de către exozomul arheal.  (engleză)  // Biochimie. - 2008. - Vol. 47, nr. 50 . - P. 13158-13168. - doi : 10.1021/bi8012214 . — PMID 19053279 .
  80. 1 2 Shimyn Slomovic, Victoria Portnoy, Shlomit Yehudai-Resheff, Ela Bronshtein, Gadi Schuster. Polinucleotid fosforilaza și exozomul arheal ca poli(A)-polimeraze. (Engleză)  // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Mecanisme de reglementare a genelor. - 2008. - T. 1179 , nr 4 . - S. 247-55 . - doi : 10.1016/j.bbagrm.2007.12.004 .
  81. EDMONDS M. , ABRAMS R. Biosinteza polinucleotidelor: formarea unei secvențe de unități de adenilat din adenozin trifosfat de către o enzimă din nucleii timusului.  (Engleză)  // Jurnalul de chimie biologică. - 1960. - Vol. 235. - P. 1142-1149. — PMID 13819354 .
  82. Colgan DF , Manley JL Mecanismul și reglarea poliadenilării ARNm.  (engleză)  // Gene și dezvoltare. - 1997. - Vol. 11, nr. 21 . - P. 2755-2766. — PMID 9353246 .
  83. 1 2 Mary Edmonds. O istorie a secvențelor poli A: de la formare la factori până la funcționare. (Engleză)  // Progrese în cercetarea acidului nucleic și biologia moleculară. - 2002. - T. 71 . - S. 285-389 . - doi : 10.1016/S0079-6603(02)71046-5 .
  84. Mary Edmonds, Maurice H. Vaughan, Jr., Hiroshi Nakazato. Secvenţe de acid poliadenilic în ARN nuclear heterogen şi ARN poliribosomal marcat rapid al celulelor HeLa: Dovezi posibile pentru o relaţie cu precursor  (engleză)  // Proc Natl Acad Sci US A.. - 1971. - V. 68 , No. 6 . - S. 1336-1340 .

Literatură

Link -uri