5'-Regiune netradusă

5' - Regiunea netradusă (5'-UTR , pronunțată ca regiune netradusă în cinci timpi , ing.  5'-regiune netradusă, 5'-UTR ) sau secvență lider [1]  - regiune necodificatoare a ARNm , situată imediat după capac , dar înainte de regiunea de codificare. Regiunea ADN corespunzătoare 5’-UTR a transcriptului are același nume [2] . 5′-UTR conține diverse elemente implicate în reglarea eficienței translației [3] .

Structura

Lungimea și compoziția nucleotidelor

Lungimea totală a 5′-UTR este, cel mai adesea, aproximativ aceeași pentru toate grupurile taxonomice de eucariote și este de aproximativ 100–200 de nucleotide , dar poate ajunge la câteva mii [4] [5] . Astfel, în drojdia Schizosaccharomyces pombe , lungimea 5’-UTR din transcriptul ste11 este de 2273 nucleotide [6] [7] . Lungimea medie a unui 5’-UTR la om este de aproximativ 210 nucleotide (în același timp, lungimea medie a unui 3’-UTR  este de 800 nucleotide [8] ). Cel mai lung 5'-UTR uman cunoscut este în oncogena Tre , lungimea sa este de 2858 de nucleotide, iar cel mai scurt 5'-UTR uman este de 18 nucleotide [1] .

Compoziția bazelor diferă și în 3’- și 5’-UTR. Astfel, conținutul de G + C este mai mare în 5'-UTR decât în ​​3'-UTR. Această diferență este vizibilă în special în ARNm al vertebratelor cu sânge cald , în care conținutul de G+C în 5’-UTR este de 60%, iar în 3’-UTR este de 45% [9] .

Introni

În interiorul regiunilor ADN corespunzătoare 5’-UTR al transcriptului, există introni , precum și în regiunile ADN corespunzătoare regiunii de codificare a ARNm. Aproximativ 30% din genele Metazoa au regiuni corespunzătoare 5′-UTR, constând doar din exoni [4] . La oameni, aproximativ 35% dintre gene au introni în 5′-UTR. Intronii din 5’-UTR diferă de cei din regiunea de codificare și din 3’-UTR în ceea ce privește compoziția, lungimea și densitatea nucleotidelor [10] . Se știe că raportul dintre lungimea totală a intronilor și lungimea exonilor în 5'-UTR este mai mic decât în ​​regiunea de codificare; cu toate acestea, densitatea intronilor în 5'-UTR este mai mare (conform altor date, dimpotrivă, este mai mic [11] ), -UTR este de aproximativ de două ori mai lung decât intronii din regiunea de codificare. Intronii sunt mult mai rari în 3'-UTR decât în ​​5'-UTR [12] .

Evoluția și funcțiile intronilor în 5'-UTR rămân în mare parte neexplorate. Cu toate acestea, s-a descoperit că genele exprimate activ au mai des introni scurti în 5′-UTR decât intronii lungi sau sunt absenți cu totul. Deși relația dintre lungimea și numărul de introni și țesut nu a fost încă stabilită, s-a găsit o anumită corelație între numărul de introni din gene și funcțiile acestora. Astfel, în special mulți introni au fost găsiți în genele care îndeplinesc funcții de reglare [10] . În general, prezența a cel puțin unui intron în 5’-UTR îmbunătățește expresia genei prin sporirea transcripției (în acest caz, vorbim despre regiunea ADN corespunzătoare 5’-UTR-ului transcriptului) sau prin stabilizarea maturității. ARNm. De exemplu, expresia genei ubiquitinei C ( UbC ) depinde de prezența unui intron în 5'-UTR. Odată cu pierderea unui intron, activitatea promotorului scade brusc, iar studiile ulterioare au arătat că factorii de transcripție Sp1 și Sp3 se leagă în regiunea 5’-UTR a ADN-ului [11] .

Structura secundară

Compoziția structurală și nucleotidică a 5'-UTR este importantă pentru reglarea expresiei genelor; în plus, s-au arătat diferențe în structura ARNm 5’-UTR al genelor „de menaj” și a genelor implicate în reglarea ontogenezei . Genele 5′-UTR, a căror expresie este însoțită de formarea unei cantități mari de proteine ​​, de regulă, au o lungime scurtă, sunt caracterizate printr-un conținut scăzut de G + C , absența elementelor pronunțate ale structura secundară și codonii AUG interni (codoni de start ) localizați înaintea codonului de start principal . În schimb, genele 5′-UTR care dau naștere la o cantitate mică de proteine ​​sunt mai lungi, au un conținut mai mare de GC și au un număr mai mare de elemente de structură secundară caracteristice. 5'-UTR-urile foarte structurate sunt adesea inerente în ARNm-urile genelor implicate în reglarea dezvoltării; în plus, această formare a acestor ARNm sunt adesea caracterizate de specificitatea tisulară și de vârstă [13] .

S-a stabilit că 5’-UTR-urile, care au un efect supresor asupra translației, au structuri compacte în jurul codonului de început . Deși mecanismele specifice ale unei astfel de represiuni sunt necunoscute, se crede că nucleotidele și caracteristicile structurale ale 5′-UTR determină legarea diferiților factori proteici de acesta, care activează sau suprimă translația [13] .

G-quadruplexurile sunt elemente de structură secundară importante și bine studiate ale 5'- UTR . Ele se formează atunci când secvențele îmbogățite cu guanină se pliază într-o structură cu patru catene necanonică extrem de stabilă; astfel de structuri au un efect strict supresor asupra traducerii. Analiza bioinformatică a arătat că G-quadruplexurile sunt adesea foarte conservate și prezente în aproximativ 3000 de ARNm umani [14] . Exemple de astfel de ARNm umani sunt ARNm ale receptorului de estrogen [15] , metaloproteinaza extracelulară [16] , proto-oncogena NRAS [14] . În plus față de 5'-UTR, s-au găsit G-quadruplexuri în promotori , telomeri și 3'-UTR. Există în special multe G-quadruplex-uri în ARNm al proteinelor implicate în reglarea translației și ontogenezei. Efectul supresor al G-quadruplex-urilor asupra translației ARNm pe care sunt localizați se poate datora atât structurii lor secundare în sine, cât și interacțiunii lor cu proteinele și alți factori [17] .

Modelul de scanare al inițierii translației presupune că subunitatea mică a ribozomului se mișcă de-a lungul ARNm („scanează”) în direcția de la capătul 5’ la capătul 3’ în căutarea unui codon de început AUG adecvat și începe translația de la acesta. În același timp, s-a crezut, de asemenea, că prezența elementelor stabile ale structurii secundare (de exemplu, ac de păr ) în 5'-UTR are un efect supresor asupra translației, deoarece ribozomul nu poate trece prin ele. Cu toate acestea, studii recente au arătat că acest lucru nu este întotdeauna cazul. Translația ARNm cu un 5'-UTR lung, înalt structurat poate avea loc la fel de bine ca ARNm cu un 5'-UTR scurt și nestructurat. Acest lucru se explică prin faptul că efectul inhibitor al structurii secundare în sine nu este adesea exprimat, deoarece este determinat în primul rând de proteinele care interacționează cu aceasta. Punctul de vedere eronat predominant anterior descris mai sus a apărut datorită faptului că cercetătorii anteriori au folosit sistemul lizat de reticulocite de iepure  (RRL ), iar acest sistem avea o serie de deficiențe și nu corespundea condițiilor in vivo [18] .

Alternative 5′-UTR

Există mai multe mecanisme pentru formarea de 5′-UTR alternative cu aceeași secvență de codificare:

Prezența diferitelor 5’-UTR în ARNm ale aceleiași gene oferă oportunități suplimentare pentru reglarea expresiei acesteia, deoarece chiar și mici diferențe în structura secundară a 5’-UTR pot afecta radical reglarea translației. O analiză a transcriptomilor mamiferelor a arătat că expresia alternativelor 5’-UTR este un fenomen comun și, potențial, majoritatea genelor pot folosi acest mecanism de reglare. Produsele proteice ale genelor care folosesc constant 5'-UTR alternative sunt implicate în mod obișnuit în procese precum transcripția și căile de semnalizare . De exemplu, gena receptorului de estrogen β (ERβ) are 3 ARNm cu 5’-UTR alternative care dau naștere la izoforme ale aceleiași proteine, iar eșecurile în activitatea lor sunt adesea observate în cancere [19] .

Funcții

Elementele funcționale importante implicate în inițierea translației și controlul expresiei genelor sunt localizate în 5'-UTR. Acest lucru este evidențiat, în primul rând, de faptul că rata de translație nu depinde de lungimea și structura 5′-UTR-ului atât în ​​ARNm cu cap și necapped, cât și de faptul că unele gene pot fi exprimate. în condiţii de stres [20] . Cele mai importante dintre aceste elemente funcționale includ locurile interne de intrare a ribozomilor ( IRES ), cadrele interne deschise de citire uORF , elementul dependent de fier ( IRE ) etc.

IRES

Locul de intrare intern al ribozomului ( IRES ) este un  motiv ARNm reglator care realizează un mecanism de inițiere a translației independent de capac, în care intrarea ribozomului are loc în interiorul 5’-UTR, dar în apropierea site-ului de început al translației. Mecanismul IRES este utilizat atât de ARNm-uri cu plafon, cât și de către ARNm-uri fără acoperire, în condițiile în care inițierea translației dependentă de capac este suprimată din cauza stresului , la o anumită etapă a ciclului celular și în timpul apoptozei , oferind expresia pe termen lung a proteinelor necesare. Un număr de gene care utilizează IRES , cum ar fi genele c-Myc , APAF1 , Bcl-2 , sunt slab exprimate în condiții normale și sunt activate de IRES în condiții de stres. Se presupune că IRES poate fi, de asemenea, implicat în menținerea unui nivel scăzut de exprimare a unui număr de proteine ​​în condiții normale, preluând ribozomi și împiedicându-i să înceapă translația de la locul principal de inițiere. Mecanismul de inițiere a translației interne este încă puțin înțeles, deși este bine cunoscut faptul că eficiența IRES este în mare măsură influențată de factorii proteici reglatori trans , ceea ce face posibilă utilizarea specifică celulei a IRES în traducere [20] .

Structura IRES eucariote este foarte variabilă și până acum nu au fost stabilite motive conservate caracteristice acestora . Pentru unele gene, IRES necesită elemente specifice stabile ale structurii secundare a ARNm; în alte gene, dimpotrivă, au un efect supresor asupra traducerii. S-a sugerat că IRES nu sunt structuri statice și sunt supuse mișcării, modificându-și semnificativ activitatea. Elementele IRES pot da, de asemenea, naștere la diferite izoforme de proteine , ceea ce oferă oportunități suplimentare pentru obținerea de produse proteice diferite din aceeași genă [21] .

uORF

Cadrele scurte de citire deschise ( eng.  upstream open reading frames, uORF ) sunt situate în 5′-UTR și se caracterizează prin faptul că codonul lor de oprire intracadru este situat după codonul intern de pornire ( ing.  upstream AUG, uAUG ), dar înainte de codonul de pornire principal care este deja în regiunea tradusă (codificare). uORF-urile se găsesc în aproximativ 50% dintre ARNm 5′-UTR umani , iar prezența lor determină o scădere a expresiei genelor, reducând cantitatea de ARNm funcțional cu 30% și formarea de proteine ​​cu 30-80%. Ribozomii care se leagă de uAUG încep traducerea uORF, ceea ce poate afecta negativ eficiența translației cadrului principal de citire (adică regiunea de codificare). Dacă nu există o legare eficientă a ribozomului la codonul de început în regiunea de codificare (adică inițierea translației), atunci rezultatul este o scădere a formării proteinei și, prin urmare, a nivelului de expresie al genei corespunzătoare. Poate apărea și situația inversă: translația uORF va continua în translația regiunii de codificare și, ca urmare, se formează o proteină prea lungă, care poate fi dăunătoare organismului. Reducerea eficienței translației datorită prezenței uORF în 5’-UTR este un efect bine studiat; un exemplu care o ilustrează este gena pentru poli(A)-polimeraza a ( de exemplu , poli(A)-polimeraza a, PAPOLA )  , al cărei ARNm conţine două uORF-uri foarte conservate în 5'-UTR. Mutația uAUG proximală determină o creștere a eficienței de traducere a acestui ARNm, sugerând că uORF reduce semnificativ expresia acestei gene . Un alt exemplu este receptorul hormonilor tiroidieni, care are un efect activator sau represiv asupra transcripției unui număr de gene țintă; reprimarea puternică a translației sale este efectuată de un uORF lung de 15 nucleotide în 5’-UTR al ARNm-ului său [22] .

Se crede pe scară largă că uORF-urile reduc eficiența translației , deoarece după terminarea translației uORF-urilor, ribozomul nu poate începe din nou traducerea și traduce secvența de codificare ( CDS ) .  Cu toate acestea, studii recente cu mai mult de 500 de loci genei 5'-UTR au arătat că nu există o relație definitivă între efectul uORF asupra expresiei genei în aval și distanța dintre uORF și secvența de codificare. În același timp, autorii studiului sugerează că, în genele care conțin un singur uORF, cel mai probabil, translația CDS are loc după scanarea uORF de către ribozom fără disocierea acestuia și nu prin reinițierea translației. Această ipoteză este foarte diferită de concluziile lui Kozak (1987) și, în general, de toate ideile despre uORF. Mai mult, experimentele cu celule lipsite de Rent1 (un factor implicat în distrugerea direcționată a ARNm-urilor defecte  - dezintegrare mediată de nonsens, NMD ) au arătat că, în absența NMD, transcrierile care conțin uORF au fost traduse cu succes. Acest lucru arată că NMD joacă, de asemenea, un rol important în reglarea funcționării acestor transcrieri. Cel mai probabil, există mai multe opțiuni pentru dezvoltarea evenimentelor după interacțiunea dintre uORF și ribozom: continuarea translației, continuarea scanării sau reinițialarea translației regiunii de codificare și care dintre ele va avea loc depinde de o serie de factori [22] .  

S-a stabilit că, în plus față de AUG, codonii care diferă de AUG printr-o singură nucleotidă pot fi folosiți și ca site de pornire a traducerii, iar eficiența inițierii în fiecare caz va fi determinată de mediul codonului de pornire nestandard [23] .

Deși majoritatea uORF-urilor afectează negativ expresia genelor, există cazuri în care prezența uORF-urilor îmbunătățește traducerea. Un exemplu este ARNm bicistronic vpu-env al virusului HIV -1 , care conține un uORF foarte mic conservat. Acest uORF este localizat cu doar 5 nucleotide înainte de AUG vpu și se termină în curând cu un codon stop care se suprapune cu AUG vpu. S-a descoperit că acest uORF are un efect benefic semnificativ asupra traducerii env fără a interfera cu traducerea vpu. Au fost obținuți mutanți în care distanța dintre uORF și AUG principal a fost mărită cu 5 nucleotide și s-a demonstrat că uORF nu este implicat în inițierea vpu. Pe baza acestui fapt, autorii studiului au sugerat că acest mic uORF poate servi ca un loc de întârziere a ribozomului, în timpul căruia ribozomul interacționează cu structurile ARN care facilitează promovarea acestuia, adică depășește fizic o parte din 5’-UTR pentru a ajunge. codonul principal de iniţiere [24 ] .

În plus față de cele de mai sus, sunt cunoscute și următoarele mecanisme de acțiune ale uORF:

Semnificația uORF-urilor ca elemente de reglare implicate în reglarea legării și translației ribozomului este bine studiată, cu toate acestea, funcția și chiar soarta peptidelor codificate cu uORF este adesea necunoscută, posibil din cauza dificultăților în analizarea nivelului de expresie și localizare a uORF. peptide [26] .

IRE

ARNm 5′-UTR al proteinelor asociate cu metabolismul fierului conține adesea un element de reglare specific, elementul dependent de fier . Este prezent în ARNm 5′-UTR al unor proteine ​​precum feritina , receptorul transferinei , aminolevulinat sintaza eritroid , aconitaza mitocondrială , ferroportin , transportor de metal divalent ( engleză divalent metal transporter 1 ( DMT1) ) [27] (cu toate acestea, se găsește și în ARNm al proteinelor care nu sunt asociate cu metabolismul fierului, de exemplu, în ARNm al produsului proteic al genei CDC42BPA, o kinază implicată în reorganizarea citoscheletului [28] ) . IRE este un ac de păr care interacționează cu proteine ​​​​de reglare specifice  - IRP1 și IRP2 ( proteine ​​de reglare a fierului ) . Când concentrația de fier este scăzută, IRP1 și IRP2 se leagă de IRE, creând bariere pentru ribozom și făcând imposibilă traducerea ARNm-ului țintă [29] . La concentrații mari de fier, nu există nicio legătură rigidă între aceste proteine ​​și ac de păr și are loc translația proteinelor implicate în metabolismul fierului. În plus, s-a descoperit că translația proteinei precursoare beta-amiloid este, de asemenea, controlată de IRE, iar IRE-ul său este, de asemenea, capabil să se lege de IRP1 și IRP2, deci este posibil ca IRE să joace un rol în dezvoltarea bolii Alzheimer. boala [30] .   

Alte interacțiuni cu proteine

La începutul translației la eucariote, complexul proteic eIF4F este asamblat la capătul 5’ al transcriptului în regiunea cap , iar cele două subunități ale sale, eIF4E și eIF4G  , sunt atașate la Regiunea 5’-UTR, limitând astfel rata, cu care poate avea loc inițierea translației [31] . Cu toate acestea, rolul 5’-UTR în formarea complexului preinițiator nu se limitează la aceasta. În unele cazuri, proteinele se leagă de 5’-UTR și împiedică asamblarea complexului inițiator. Ca exemplu, putem lua în considerare reglarea genei msl-2 ( în engleză  male-specific lethal 2  - male specific lethal 2), care este implicată în determinarea sexului la Drosophila . Produsul proteic al genei SXL ( sex lethal ) se leagă de intronul localizat în 5’-UTR al transcriptului primar msl-2  , drept urmare acest intron nu este îndepărtat în timpul splicing -ului [29] . Promovează legarea simultană la proteinele 5′-UTR și 3′ -UTR care nu permit asamblarea complexului de inițiere. Cu toate acestea, SXL poate suprima traducerea ARNm-urilor lipsite de o coadă poli(A) sau chiar de un 3′-UTR [32] . ARNm al ornitin decarboxilazei , care este implicat în metabolismul poliaminelor , și ARNm al c-myc din 5’-UTR conțin structuri ac de păr stabilizate de proteina represoare, care împiedică aterizarea ribozomului pe ele şi ansamblul complexului iniţiator. Variațiile numărului de proteine ​​represoare determină grade diferite de stabilizare a acestor ac de păr și, în consecință, disponibilitatea acestor 5’-UTR pentru proteinele inițiatoare și pentru ribozom poate fi diferită [33] .  

5′-UTR al unora poate lega nu numai o proteină represoare care împiedică asamblarea complexului inițiator și intrarea în ribozom, ci și proteinele represoare care stabilizează diferite bariere structurale pe calea complexului ribozom de scanare. De exemplu, reprimarea translațională a ARNm a timidilat sintetazei umane este efectuată de produsul său de translație, timidilat sintetaza, conform principiului feedback-ului negativ; timidilat sintaza interacționează cu ac de păr cu 30 de nucleotide din 5’-UTR, stabilizându-l și împiedicând avansarea ribozomului [34] .

Interacțiunea dintre 5'-UTR și 3'-UTR

Se știe că ARNm este capabil să se închidă într-un inel (circularizare) datorită interacțiunii proteinelor speciale care se leagă la coada poli(A) , facilitând legarea factorului eIF4F de capac . Ca rezultat, ARNm capătă o formă închisă, inițierea traducerii este stimulată și eficiența traducerii este crescută. Cu toate acestea, în unele cazuri, 5’-UTR-urile și 3’-UTR-urile aceluiași ARNm se pot lega între ele. Astfel, ARNm al genei p53 umană are regiuni în 5'-UTR și 3'-UTR care sunt complementare unele cu altele. Prin legarea unul de celălalt și de factorul de translație RPL26 , ei cresc astfel eficiența translației proteinei p53 ca răspuns la deteriorarea ADN -ului [35] .

Analiza ARNm a diferitelor gene umane a arătat că 5’-UTR conține motivul care interacționează în mod specific cu capetele 3’ ale miARN-urilor, în timp ce mulți dintre acești miARN au un situs complementar 3’-UTR la capătul 5’. . Alte studii au arătat că legarea 5’-UTR și 3’-UTR la același microARN facilitează legarea capătului 5’ al ARNm la capătul 3’, ca o punte, iar ARNm, activitatea de care este determinat în mod semnificativ de miARN, au site-uri de legare previzibile pe ambele NTO. Astfel de ARNm se numesc miBridge. S-a constatat, în plus, că pierderea acestor situsuri de legare a redus reprimarea transcriptului determinată de miARN. Astfel, s-a descoperit că situsurile de legare ale NTO între ele sunt necesare pentru suprimarea traducerii ARNm. Acest lucru indică faptul că interacțiunea complementară a 5’-UTR și 3’-UTR este necesară pentru reglarea precisă a expresiei genelor [36] .

5′-UTR de procariote și virusuri

Bacterii

ARNm bacterian conține, de asemenea, regiuni 5’ și 3’ netraduse [38] [39] . Lungimea 5’-UTR a bacteriilor este mult mai scurtă decât cea a eucariotelor și este de obicei de 3-10 nucleotide. De exemplu, lungimea transcriptului 5’-UTR a operonului de lactoză Escherichia coli este de numai 7 nucleotide [40] . În 5’-UTR al bacteriilor, este localizată secvența Shine-Dalgarno ( AGGAGG) [41] , care servește la legarea ribozomului și este separată printr-un distanțier de codonul de start AUG. Deși 5′-UTR-urile bacteriilor și eucariotelor sunt diferite, s-a demonstrat că adăugarea de nucleotid CC la distanțierul ARNm al genei Ner a bacteriofagului Mu , care este bine exprimată în celulele Escherichia coli și Streptomyces , a condus la exprimarea cu succes a această genă în celulele reticulocitelor de iepure [42] .

Elementele structurii secundare localizate în 5′-UTR au, de regulă, un efect supresor asupra translației [43] . În special, în 5'-UTR se află de obicei atenuatoarele  - elemente ale operonilor care provoacă terminarea prematură a translației [44] (cel mai faimos exemplu de atenuare este opera operonului triptofan ).

În plus, majoritatea riboswitch -urilor [45]  sunt localizate în 5’-UTR al bacteriilor, adică elemente de reglare a ARNm capabile să se lege de molecule mici , ceea ce duce la o schimbare în formarea proteinei codificate de acest ARNm [46]. ] .

Archaea

Regiunile netraduse există și în ARNm al multor arhee . În special, elementul SECIS responsabil pentru inserarea aminoacidului selenocisteină în lanțul polipeptidic este localizat în 5’- și 3’-UTR-urile ARNm ale arheei metanogenice Methanococcus jannaschii (ca și în alți membri ). din ordinele Methanopyrales și Methanococcales ) [47] .

S-a stabilit că ARNm-urile majorității haloarheilor , precum și cele ale Pyrobaculum și Sulfolobus , nu au un 5’-UTR pronunțat, dar ARNm-urilor metanogenilor arheali au 5’-UTR lungi. În acest sens, se presupune că mecanismul de inițiere a translației în arheile metanogene poate fi diferit de cel al altor reprezentanți ai acestui domeniu [43] [48] .

5’-UTR al arheei conține TPP-riboswitch , care se leagă de tiamină pirofosfat (TPP) (astfel de riboswitch se găsesc și în bacterii și eucariote) [49] .

Viruși

În mulți viruși , inițierea translației are loc printr-un mecanism independent de capac și se realizează prin elementele IRES deja menționate localizate în 5’-UTR [50] . De exemplu, acest lucru se întâmplă în virusurile HIV , hepatitei A și C [51] . Acest mecanism de inițiere a translației este convenabil deoarece în cazul lui nu este necesară scanarea unui fragment lung 5′-UTR [40] .

Semnificație clinică

Mutațiile care afectează 5′-UTR duc adesea la apariția diferitelor boli, deoarece perturbă activitatea sistemului de reglare fină a anumitor gene. Schema de mai jos rezumă informații despre mutațiile care afectează diferite elemente de reglare ale 5’-UTR și bolile care se dezvoltă în acest caz [1] (trebuie clarificat că sindromul de hiperferitinemie/cataractă ereditară se dezvoltă cu o mutație în IRE [1] ] [52] ).

Note

  1. 1 2 3 4 Sangeeta Chatterjee, Jayanta K. Pal. Rolul regiunilor 5- și 3-netraduse ale ARNm-urilor în bolile umane  // Biol. celulă. - 2009. - S. 251-262 . - doi : 10.1042/BC20080104 .  (link indisponibil)
  2. Barrett et. al., 2013 , p. 9.
  3. Glosar de biologie moleculară: ​​5′ Regiunea netradusă (5′ UTR) . Consultat la 1 iunie 2014. Arhivat din original pe 5 iunie 2014.
  4. 1 2 Flavio Mignone, Carmela Gissi, Sabino Liuni, Graziano Pesole. Regiunile netraduse ale mARN-urilor  // Genome Biol .. - 2002. - V. 3 , No. 3 . Arhivat din original pe 19 iunie 2020.
  5. Lodish, Havery. Biologie  celulară moleculară . — New York, New York: W. H. Freeman and Company, 2004. - P. 113. - ISBN 0-7167-4366-3 .
  6. Rhind, Nicolae; Chen, Zehua; Yasour, Moran; Thompson, Dawn A.; Haas, Brian J.; Habib, Naomi; Wapinski, Ilan; Roy, Sushmita; Lin, Michael F.; Heiman, David I.; Young, Sarah K.; Furuya, Kanji; Guo, Yabin; Pidoux, Alison; Chen, Huei Mei; Robertse, Barbara; Goldberg, Jonathan M.; Aoki, Keita; Bayne, Elizabeth H.; Berlin, Aaron M.; Desjardins, Christopher A.; Dobbs, Edward; Dukaj, Livio; Fan, Lin; Fitzgerald, Michael G.; francez, Courtney; Gujja, Sharvari; Hansen, Klavs; Keifenheim, Dan; Levin, Joshua Z. Comparative Functional Genomics of the Fission Yeasts  (engleză)  // Science : journal. - 2011. - Vol. 332 , nr. 6032 . - P. 930-936 . - doi : 10.1126/science.1203357 . — PMID 21511999 .
  7. În continuare, în secțiunile „Structură” și „Funcții”, sunt furnizate informații despre 5’-UTR-urile celulare eucariote. Datele despre 5’-UTR ale bacteriilor, arheilor și virușilor sunt discutate în secțiunea corespunzătoare.
  8. Mignone, Flavio; Graziano Pesole. Regiunile ARNm netraduse (UTRs  ) . - 2011. - 15 august. - doi : 10.1002/9780470015902.a0005009.pub2 .
  9. Pesole G, Liuni S, Grillo G, Saccone C. Structural and compositional features of untranslated regions of eucariotic   mRNAs // Gene. - Elsevier , 1997. - Vol. 205 , nr. 1-2 . - P. 95-102 .
  10. 1 2 Cenik C., Derti A., Mellor JC, Berriz GF, Roth FP Analiza funcțională la nivel de genom a intronilor din regiunea umană 5’ netradusă . - 2010. - T. 11 , nr 3 . - doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r29 . Arhivat din original la 30 octombrie 2013.
  11. 1 2 Barrett et. al., 2013 , p. 21.
  12. Xin Hong, Douglas G. Scofield, Michael Lynch. Dimensiunea, abundența și distribuția intronului în regiunile netraduse ale genelor  // Biologie moleculară și evoluție. - Oxford University Press , 2006. - V. 23 , No. 12 . - S. 2392-2404 . - doi : 10.1093/molbev/msl11 . Arhivat din original pe 7 iunie 2014.
  13. 1 2 Barrett et. al., 2013 , p. zece.
  14. 1 2 Kumari S. , Bugaut A. , Huppert JL , Balasubramanian S. An ARN G-quadruplex in the 5' UTR of the NRAS proto-oncogene modulates translation.  (Engleză)  // Biologie chimică a naturii. - 2007. - Vol. 3, nr. 4 . - P. 218-221. - doi : 10.1038/nchambio864 . — PMID 17322877 .
  15. Balkwill GD , Derecka K. , Garner TP , Hodgman C. , Flint AP , Searle MS Reprimarea traducerii receptorului uman de estrogen alfa prin formarea G-quadruplex.  (engleză)  // Biochimie. - 2009. - Vol. 48, nr. 48 . - P. 11487-11495. doi : 10.1021 / bi901420k . — PMID 19860473 .
  16. Morris MJ , Basu S. Un G-quadruplex neobișnuit de stabil în 5'-UTR al ARNm al metaloproteinazei matricei MT3 reprimă translația în celulele eucariote.  (engleză)  // Biochimie. - 2009. - Vol. 48, nr. 23 . - P. 5313-5319. doi : 10.1021 / bi900498z . — PMID 19397366 .
  17. Barrett et. al., 2013 , p. unsprezece.
  18. Barrett et. al., 2013 , p. 12.
  19. 1 2 Barrett et. al., 2013 , p. 13.
  20. 1 2 Barrett et. al., 2013 , p. paisprezece.
  21. Barrett et. al., 2013 , p. cincisprezece.
  22. 1 2 Barrett et. al., 2013 , p. 16.
  23. Barrett et. al., 2013 , p. 17.
  24. Barrett et. al., 2013 , p. 17-18.
  25. Somers, Joanna; Poyry, Tuija; Willis, Anne E. O perspectivă asupra funcției cadru deschis de lectură a mamiferelor din amonte  //  Jurnalul Internațional de Biochimie și Biologie celulară : jurnal. - 2013. - Vol. 45 , nr. 8 . - P. 1690-1700 . - doi : 10.1016/j.biocel.2013.04.020 . — PMID 23624144 .
  26. Barrett et. al., 2013 , p. optsprezece.
  27. Paul Piccinelli, Tore Samuelsson. Evoluția elementului sensibil la fier  // ARN. - 2007. - T. 13 , nr 7 . - S. 952-966 . - doi : 10.1261/rna.464807 .
  28. T. Leung, XQ Chen, I. Tan, E. Manser & L. Lim. Kinaza de legare a Cdc42 legată de distrofia miotonică acționează ca un efector Cdc42 în promovarea reorganizării citoscheletice  //  Biologie moleculară și celulară : jurnal. - 1998. - ianuarie ( vol. 18 , nr. 1 ). - P. 130-140 . — PMID 9418861 .
  29. 1 2 Araujo, Patricia R.; Yoon, Kihoon; Ko, Daijin; Smith, Andrew D.; Qiao, Mei; Suresh, Uthra; Burns, Suzanne C.; Penalva, Luiz OF Înainte de a începe: Reglementarea traducerii la 5′ UTR  //  Genomica comparativă și funcțională : jurnal. - 2012. - Vol. 2012 . — P. 1 . - doi : 10.1155/2012/475731 .
  30. Rogers, Jack T.; Bush, Ashley I.; Cho, Hyan-Hee; Smith, Deborah H.; Thomson, Andrew M.; Friedlich, Avi L.; Lahiri, Debomoy K.; Leedman, Peter J.; Huang, Xudong; Cahill, Catherine M. Iron și traducerea proteinei precursoare de amiloid (APP) și a ARNm-ului feritinei: Riborregularea împotriva daunelor oxidative neuronale în boala Alzheimer  //  Tranzacții ale Societății Biochimice : jurnal. - 2008. - Vol. 36 , nr. 6 . - P. 1282-1287 . - doi : 10.1042/BST0361282 . — PMID 19021541 .
  31. Kang, Min-Kook; Han, Seung Jin. Reglarea post-transcripțională și post-translațională în timpul maturării ovocitelor de șoarece  (engleză)  // BMB Reports: journal. - 2011. - Vol. 44 , nr. 3 . - P. 147-157 . - doi : 10.5483/BMBRep.2011.44.3.147 . — PMID 21429291 .
  32. Penalva, LOF; Sanchez, L. Proteina de legare a ARN-ului Sex-Letal (Sxl) și controlul determinarii sexului cu Drosophila și compensarea dozei  //  Microbiologie și recenzii de biologie moleculară : jurnal. — Societatea Americană pentru Microbiologie, 2003. - Vol. 67 , nr. 3 . - P. 343-359 . - doi : 10.1128/MMBR.67.3.343-359.2003 . — PMID 12966139 .
  33. Spirin, 2011 , p. 414-415.
  34. Spirin, 2011 , p. 416.
  35. Barrett et. al., 2013 , p. 32.
  36. Barrett et. al., 2013 , p. 32-33.
  37. ^ Edwards TE, Ferré-D'Amaré AR Structurile cristaline ale riboswitch-ului thi-box legate de analogi de tiamină pirofosfat dezvăluie recunoașterea adaptivă a moleculelor mici de ARN  //  Structura : jurnal. - 2006. - Vol. 14 , nr. 9 . - P. 1459-1468 . - doi : 10.1016/j.str.2006.07.008 . PMID 16962976 .
  38. Lewin B. Genes . - BIOM, 2012. - S.  144 . — 896 p. — ISBN 978-5-94774-793-5 .
  39. N. V. Ravin, S. V. Shestakov. Genomul procariotelor  // Vavilov Journal of Genetics and Breeding. - 2013. - T. 17 , Nr. 4/2 . - S. 972-984 . Arhivat din original pe 31 mai 2014.
  40. 1 2 Brown, TA Genomes 3  . — New York, New York: Garland Science Publishing, 2007. — P.  397 . — ISBN 0 8153 4138 5 .
  41. John W. Pelley. Elsevier's Integrated Review Biochimie . - editia a 2-a. - 2012. - ISBN 978-0-32307-446-9 .
  42. O regiune netradusă de 5′ care direcționează translația precisă și robustă de către ribozomii procarioți și de mamifere .
  43. 1 2 Jian Zhang. Expresia genelor în Archaea: studii ale promotorilor transcripționali, procesarea ARN mesager și cinci regiuni principale netraduse în Methanocaldococcus jannashchii . - 2009. Arhivat 31 mai 2014.
  44. Magali Naville, Daniel Gautheret. Atenuarea transcripției în bacterii: temă și variații  // Brief Funct Genomic Proteomic. - 2009. - T. 8 . - S. 482-492 . Arhivat din original pe 4 iunie 2014.
  45. Riboswitches: A Common ARN Regulatory Element . Data accesului: 5 iunie 2014. Arhivat din original la 31 mai 2014.
  46. Nudler E., Mironov AS Controlul riboswitch al metabolismului bacterian  (engleză)  // Trends Biochem Sci : jurnal. - 2004. - Vol. 29 , nr. 1 . - P. 11-7 . - doi : 10.1016/j.tibs.2003.11.004 . — PMID 14729327 .
  47. R. Wilting, S. Schorling, B.C. Persson, A. Bock. Sinteza selenoproteinei în Archaea: Identificarea unui element ARNm al Methanococcus jannaschii care conduce probabil inserția selenocisteinei  // J. Mol. Biol.. - 1997. - T. 266 . - S. 637-641 . Arhivat din original pe 23 septembrie 2015.
  48. Brenneis M., Hering O., Lange C., Soppa J. Experimental characterization of Cis-acting elements important for translation and transcription in halophilic archaea // PLoS Genet .. - 2007. - V. 3 , No. 12 . - doi : 10.1371/journal.pgen.0030229 .
  49. Kosuke Fujishima, Akio Kanai. Diversitatea, funcția și procesarea ARN-urilor necodificatoare arheale  // Sakura Y. Kato Archaea: Structura, habitatele și semnificația ecologică. - Nova Science Publishers, Inc., 2011. - P. 69-94 . — ISBN 978-1-61761-932-8 . Arhivat din original pe 31 mai 2014.
  50. Thompson, Sunnie R. Tricks an IRES uses to enslave ribosomes  //  Trends in Microbiology : jurnal. - Cell Press , 2012. - Vol. 20 , nr. 11 . - P. 558-566 . - doi : 10.1016/j.tim.2012.08.002 . — PMID 22944245 .
  51. Jeffrey S. Kieft. Structuri virale IRES ARN și interacțiuni cu ribozomi  //  Trends in Biochemical Sciences. - Cell Press , 2008. - Vol. 33 , nr. 6 . - P. 274-283 . - doi : 10.1016/j.tibs.2008.04.007 . Arhivat din original pe 24 octombrie 2022.
  52. Barrett et. al., 2013 , p. 19.

Literatură