Tehnologii transcriptomice

Tehnologiile transcriptomice sunt metode dezvoltate pentru a studia transcriptomul (adică totalitatea tuturor transcriptelor de ARN ) al unui organism .  Transcriptomul include toate transcriptele care erau prezente în celulă în momentul izolării ARN . Prin examinarea transcriptomului, este posibil să se stabilească ce procese celulare au fost active la un anumit moment în timp.

Primele încercări de a studia transcriptomul au fost făcute la începutul anilor 1990. Odată cu dezvoltarea noilor tehnologii la sfârșitul anilor 1990, transcriptomica a devenit o știință biologică importantă. În prezent, există două metode fundamentale în transcriptomică: microarrays , care pot detecta prezența și numărul anumitor transcrieri și secvențierea ARN (ARN-Seq), care utilizează metode de secvențiere de generație următoare pentru a obține secvențele tuturor transcriptelor. Odată cu îmbunătățirea tehnicilor, cantitatea de date obținute în timpul unui experiment cu transcriptom a crescut. Ca rezultat, tehnicile de analiză a datelor au evoluat, de asemenea, pentru a permite o analiză precisă și eficientă a volumului în creștere de date. Bazele de date cu transcriptom cresc constant și devin din ce în ce mai utile cercetătorilor. Acest lucru se datorează faptului că interpretarea corectă a datelor obținute în timpul experimentului cu transcriptom este practic imposibilă fără a ne baza pe studiile anterioare.

Măsurarea nivelului de expresie a anumitor gene în celulele diferitelor țesuturi și în diferite condiții sau în diferite momente de timp oferă informații despre mecanismele de reglare asociate cu expresia genelor. Folosind aceste date, pot fi determinate funcțiile genelor neadnotate anterior. Analiza transcriptomului relevă diferențe în expresia anumitor gene în diferite organisme, care pot fi deosebit de utile pentru înțelegerea bazei moleculare a bolilor umane .

Istorie

Prima încercare de a obține o parte a transcriptomului uman a fost făcută în 1991; în timpul acestui studiu, din creierul uman au fost obținute 609 secvențe de ARNm [2] . În 2008, au fost publicate două transcriptoame umane, constând din milioane de secvențe derivate din transcriptele a 16.000 de gene [3] [4] . Până în 2015, au fost publicate sute de transcriptoame umane [5] [6] . Obținerea transcriptomilor de la indivizi cu o anumită boală, țesuturi diferite și chiar celule unice este în prezent o procedură de rutină [6] [7] . Dezvoltarea rapidă a transcriptomicii a fost posibilă datorită dezvoltării rapide a noilor tehnologii rentabile, cu sensibilitate crescută [8] [9] [10] [11] .

Înainte de transcriptomică

Studiile transcriptelor individuale au fost efectuate cu câteva decenii înainte ca metodele transcriptomice să devină disponibile public. La sfârșitul anilor 1970, bibliotecile de ARN au fost obținute și convertite în ADN complementar ( ADNc ) folosind transcriptază inversă pentru fluturele Antheraea polyphemus [12] . În anii 1980, secvențele de transcriere aleatorii au fost generate utilizând secvențierea Sanger cu debit scăzut; așa au apărut așa-numitele etichete de secvență exprimate ( English expressed sequence tags, EST ) [2] [13] [14] . Secvențierea Sanger a dominat până la apariția tehnologiilor de secvențiere cu randament ridicat, cum ar fi secvențierea prin sinteză ( Solexa/Illumina ). EST a început să fie utilizat în mod activ în anii 1990 ca metodă eficientă pentru determinarea compoziției genelor unui organism fără secvențierea întregului genom [14] . Numărul de transcrieri individuale a fost evaluat folosind Northern blot , revers northern blot și PCR cantitativ cu transcripție inversă (RT - qPCR) [15] [16] . Cu toate acestea, aceste metode necesită foarte mult timp și acoperă doar o mică parte din întregul transcriptom [11] .  

Primele încercări

Cuvântul transcriptom a  fost introdus în anii 1990 [17] [18] . În 1995, a apărut prima metodă transcriptomică bazată pe secvențiere - analiza în serie a expresiei genelor ( analiza în serie a expresiei genelor în engleză (SAGE) ), care a constat în secvențierea Sanger a fragmentelor conectate de transcrieri aleatorii. Numărul de transcrieri a fost estimat prin numărul de potriviri cu fragmente de gene cunoscute [19] . Curând, a apărut o variantă de SAGE, folosind în loc de Sanger tehnologii de secvențiere de nouă generație de secvențiere - analiza digitală a expresiei genelor ( eng. digital gene expression analysis ) [8] [20] . Cu toate acestea, aceste metode au fost aproape complet înlocuite de metodele de secvențiere a întregului transcriere cu randament ridicat, care au furnizat informații suplimentare despre transcriere, de exemplu, informații despre variantele de îmbinare [8] .   

Dezvoltarea metodelor moderne

Comparația metodelor moderne [21] [22] [9]
ARN-Seq Microcipuri
Performanță De la 1 zi la 1 săptămână per experiment [9] 1–2 zile per experiment [9]
Cantitatea necesară de ARN Scăzut ~ 1 ng ARN total [23] Ridicat ~ 1 μg ARN [24]
Intensitatea muncii Ridicat ( pregătirea probelor și analiza datelor) [9] [21] Scăzut [9] [21]
Informații anterioare Nu este necesar, deși a avea un genom de referință /transcriptome simplifică munca [21] Este necesar un genom/transcriptom de referință pentru a crea sonde [21]
Precizie cuantificare ~ 90% (limitat de acoperirea secvențelor ) [25] > 90% (limitat de precizia detectării fluorescenței ) [25]
Rezoluția secvenței Poate detecta polimorfisme cu un singur nucleotide și variante de splicing (limitate de precizia secvențierii (~ 99%)) [25] Micromatricele specializate pot detecta variante de splicing (limitările sunt sondarea și hibridizarea încrucișată) [25]
Sensibilitate 1 transcriere per milion (aproximativ, limita este acoperirea secvenței) [25] 1 transcriere la mie (aproximativ, limitată la detectarea fluorescenței) [25]
Interval dinamic 100000 : 1 (limitat de acoperirea secvenței) [26] 1000 : 1 (limitat de saturația fluorescenței) [26]
Reproductibilitatea tehnică > 99% [27] [28] > 99% [29] [30]

Metodele moderne predominante - microarrays și ARN-Seq - au apărut la mijlocul anilor 1990 și respectiv 2000 [8] [31] . Publicații despre microarray care au măsurat abundența relativă a anumitor transcrieri prin hibridizarea acestora cu sonde complementare marcate pe microarray au apărut în 1995 [32] [33] . Metoda microarray a făcut posibilă studierea simultană a mii de transcripte și, datorită acestui fapt, a făcut posibilă reducerea costului studierii transcriptomului pe genă și economisirea eforturilor [34] . Până la sfârșitul anilor 2000, rețelele de oligonucleotide spotate  și micromatricele Affymetrix de înaltă densitate [11] [31] au fost cele mai bune metode de profilare transcripțională . În această perioadă, au fost create multe cipuri care acoperă genele cunoscute ale modelului și ale organismelor importante din punct de vedere economic . Îmbunătățirile în tehnologia microarray au crescut specificitatea probelor și numărul de gene care pot fi analizate pe un singur cip. Datorită noilor metode de detectare a fluorescenței, a devenit posibilă determinarea cu precizie a prezenței și cantității de transcrieri chiar sintetizate la un nivel scăzut [33] [35] .

ARN-Seq implică secvențierea ADNc corespunzătoare transcriptelor, iar numărul de fragmente individuale de ADNc este determinat de numărul de transcripte corespunzătoare. ARN-Seq a fost foarte influențat de dezvoltarea metodelor de secvențiere de ultimă generație [8] [10] . Secvențierea semnăturii masive paralele (MPSS) fost prima metodă transcriptomică , care s-a bazat pe formarea de secvențe scurte de 16 până la 20 de perechi de baze (bp) în cursul unei secvențe complexe de hibridizări [36] . În 2004, expresia a 10.000 de gene din Arabidopsis thaliana a fost evaluată folosind această metodă [ 37 ] . Prima lucrare despre ARN-Seq a fost publicată în 2006. În timpul acestui studiu, folosind tehnologia 454 Life Sciences , a fost determinată secvența a o sută de mii de transcrieri [38] . Acoperirea rezultată a fost suficientă pentru a estima numărul relativ de transcrieri individuale. Popularitatea ARN-Seq a crescut semnificativ din 2008, când tehnologiile Illumina/Solexa au permis secvențierea a un miliard de transcrieri [4] [9] [39] [40] . Cu aceste date, este acum posibilă cuantificarea și compararea transcriptoamelor de la diferiți indivizi [4] .  

Obținerea datelor

Datele despre transcrieri pot fi obținute în două moduri fundamental diferite: prin secvențierea transcriptelor individuale (EST sau ARN-Seq) sau prin hibridizarea transcriptelor pe un cip ordonat de secvențe de nucleotide (microcip) [21] .

Izolarea ARN-ului

Pentru toate metodele transcriptomice, este necesară izolarea ARN-ului din organismul studiat. În ciuda varietății uriașe de sisteme biologice, procedura de izolare a ARN în toate cazurile este aproximativ aceeași. Include distrugerea celulelor și țesuturilor, distrugerea RNazelor cu săruri haotrope [41] , distrugerea macromoleculelor și a complexelor care conțin nucleotide , separarea ARN de biomolecule inutile , inclusiv ADN, concentrația ARN prin precipitarea etanolului din soluție și purificare folosind coloane speciale [41] [42] . ARN-ul izolat poate fi tratat suplimentar cu DNază pentru a distruge reziduurile de ADN [43] . De obicei, concentrația ARNm este necesară, deoarece 98% din ARN izolat este ARNr [44] . Concentrarea se poate face folosind metode care folosesc prezența unei cozi poli(A) pe ARNm sau prin îndepărtarea ARNr folosind sonde specifice [45] . Rezultatele experimentului pot fi afectate de ARN-ul perturbat. De exemplu, dacă ARNm este selectat din ARN deteriorat, atunci moleculele selectate pot fi lipsite de capete 5' și pot duce la denaturarea datelor. Pentru a evita degradarea ARN-ului, proba este de obicei congelată rapid înainte de izolare [42] .

Semnele de succesiune exprimate

Etichetele de secvență exprimată (EST) sunt secvențe scurte de nucleotide derivate din întregul transcript. Deoarece EST-urile pot fi obținute fără nicio specificitate cu privire la organismul din care este izolat ARN-ul, ele pot fi obținute dintr-un amestec de organisme sau probe de mediu [14] . Deși secvențierea cu randament ridicat este cel mai frecvent utilizată astăzi, bibliotecile au fost intens utilizate în dezvoltarea de microarrays timpurii. De exemplu, o microarray de orz a fost obținută din 350.000 de EST-uri pre-secvențiate [46] .

Analiza în serie și capac a expresiei genelor (SAGE/CAGE)

Analiza în serie a expresiei genelor este o dezvoltare ulterioară a tehnologiei EST cu o producție mai mare de etichete. De asemenea, permite o analiză cantitativă a numărului de transcrieri. ARN-ul este mai întâi tradus în cADN, apoi este tăiat în 11 etichete lungi de nucleotide folosind enzime de restricție, care introduc pauze în anumite secvențe de ADN. Etichetele rezultate sunt legate cap la coadă în fragmente lungi cu o lungime de peste 500 de nucleotide, care sunt secvențiate folosind metode de debit redus, dar de citire lungă , ar fi secvențierea Sanger. În continuare, secvențele sunt din nou împărțite în bucăți de 11 nucleotide folosind programe speciale de calculator (deconvoluție) [19] . Dacă genomul de referință nu este disponibil, atunci mărcile rezultate pot fi utilizate direct ca markeri de diagnostic, care sunt exprimați diferit în cazul unei boli decât într-un organism sănătos [19] .

Expresia genei de analiză Cap ( CAGE ) este o  variantă a SAGE, în care numai secvențele de ARNm 5’-terminal sunt luate ca marcaje. Prin urmare, atunci când mărcile sunt aliniate la genomul de referință, punctele de început ale transcripției genei pot fi identificate. Această metodă este utilizată în mod activ pentru analiza promotorilor și pentru donarea cADN-ului de lungime completă [48] .

SAGE și CAGE oferă informații despre un număr mai mare de gene decât secvențierea EST-urilor individuale, totuși, pregătirea probelor și analiza datelor în aceste metode sunt mult mai complicate [48] .

Microcipuri

Principii și beneficii

Microcipul constă din oligonucleotide scurte (sonde) care sunt atașate la celulele grilă pe un substrat de sticlă [49] . Abundența transcriptului este determinată pe baza hibridizării transcriptelor marcate fluorescent cu aceste sonde [50] . Intensitatea fluorescenței în fiecare celulă indică abundența transcriptului care hibridizează cu această sondă [50] .

Pentru a crea o microarray, este necesar să se cunoască, cel puțin parțial, genomul organismului studiat, de exemplu, sub forma unei secvențe adnotate sau a unei biblioteci EST; acest lucru este necesar pentru a crea mostre [34] .

Metode

Micromatricele utilizate în transcriptomică pot fi clasificate în două tipuri: cipuri spot cu densitate scăzută și cipuri cu sondă scurtă de densitate mare [34] . Cipsele spot cu densitate scăzută sunt de obicei o bază de sticlă pe care sunt depuse picături de pico- litri care conțin diferite fragmente de ADNc purificat [51] . Aceste sonde sunt mai lungi decât cipurile de sondă scurte și nu pot detecta evenimente alternative de îmbinare . Cipurile spot folosesc două tipuri de fluorofori , care sunt folosite pentru a marca probele experimentale și de control, iar abundența relativă este calculată din intensitatea fluorescenței [52] . Cipurile de înaltă densitate folosesc o singură etichetă fluorescentă, iar fiecare probă este hibridizată și detectată separat [53] . Cipurile de înaltă densitate au fost distribuite de Affymetrix GeneChip. În aceste cipuri, fiecare transcriere corespunde mai multor sonde cu 25 de nucleotide [54] . NimbleGen produce cipuri de înaltă densitate folosind litografie fără mască , ceea ce a făcut posibilă obținerea cipurilor de diferite structuri. Un cip conține sute de mii de sonde cu lungime de la 45 la 85 de nucleotide, care hibridizează cu o probă marcată cu un singur tip de etichetă fluorescentă [55] .

ARN-Seq

Principii și beneficii

ARN-Seq este o combinație de secvențiere de mare performanță cu metode de calcul pentru evaluarea abundenței transcriptelor individuale într-un extract de ARN [9] . De obicei, se obțin secvențe de aproximativ 100 de perechi de baze (bp), dar în funcție de metoda de secvențiere, lungimea lor poate fi de la 30 bp. până la 10 mii p. ARN-Seq oferă o acoperire profundă a transcriptomului cu multe fragmente scurte, datorită cărora este posibil să se reconstruiască transcriptele originale folosind metode de calcul, aliniind citirile cu genomul de referință sau între ele ( asamblare de novo ) [8] . Folosind ARN-Seq, este posibil să se calculeze atât cantitatea de ARN-uri numeroși, cât și de mici, deoarece intervalul dinamic al metodei este de 5 ordine de mărime. Acesta este principalul avantaj al ARN-Seq față de microarrays. În plus, ARN-Seq necesită foarte puțin ARN pentru a fi testat în comparație cu microarrays - nanograme versus micrograme. Datorită acestui fapt, ARN-Seq în combinație cu amplificarea ADNc liniară face posibilă studierea structurilor celulare foarte mici până la celule individuale [23] [56] . Teoretic, nu există o limită superioară de cuantificare în ARN-Seq și pentru citiri de 100 bp. zgomotul de fond în zonele care nu se repetă este foarte scăzut [9] .

Cu ARN-Seq, puteți identifica genele din genom sau puteți determina care gene sunt active la un moment dat. Pe baza numărului de citiri, nivelul relativ al expresiei genelor poate fi determinat cu precizie. Metodologia ARN-Seq este în mod constant îmbunătățită, în principal datorită îmbunătățirilor aduse tehnologiilor de secvențiere care măresc randamentul și acuratețea metodei, precum și producând citiri din ce în ce mai lungi [57] . De la primele publicații din 2006 și 2008 [38] [58] , ARN-Seq a fost introdus intens în cercetare și până în 2015 a ajuns din urmă cu microarrays, devenind a doua metodă transcriptomică dominantă [59] .

Încercările de a obține date transcriptomice pentru celule individuale au stimulat îmbunătățirea metodelor de pregătire a bibliotecilor pentru ARN-Seq, ceea ce a crescut semnificativ sensibilitatea tehnologiei. În prezent, s-au obținut o serie de transcriptoame unicelulare și au apărut chiar și metode ARN-Seq in situ în care transcriptoame unicelulare au fost obținute direct în țesuturi fixe [60] .

Metode

ARN-Seq a venit odată cu dezvoltarea rapidă a mai multor metode de secvențiere cu randament ridicat [61] . Cu toate acestea, etapa de secvențiere a ARN-urilor izolate este precedată de mai multe etape de pregătire a probei, care diferă în diferite metode. Metodele diferă în concentrația transcripției, fragmentare, amplificare, metoda de secvențiere (cu un singur capăt sau cu două capete) și dacă informațiile despre catena inițială sunt reținute [61] .

Sensibilitatea ARN-Seq într-un anumit experiment poate fi crescută prin concentrarea claselor de ARN de interes și eliminarea restului. ARNm-urile pot fi separate folosind sonde de oligonucleotide care se leagă de cozile lor poli(A). ARNr-urile neinformative și extrem de numeroase pot fi îndepărtate folosind sonde de hibridizare concepute special pentru ARNr-ul unui taxon dat (de exemplu, mamifere sau plante). Cu toate acestea, împreună cu ARNr, această abordare poate elimina și alte ARN, care pot distorsiona imaginea experimentului. ARN-urile mici , cum ar fi miARN -urile , pot fi izolate pe baza dimensiunii lor din gel de agaroză după electroforeză [62] .

Deoarece ARNm-urile tind să fie mai lungi decât citirile simple în majoritatea tehnicilor de secvențiere cu randament ridicat, transcrierile sunt de obicei fragmentate înainte de secvențiere [63] . Metoda fragmentării stă la baza creării unei biblioteci pentru secvențiere. Fragmentarea poate fi efectuată prin hidroliză chimică , pulverizare, sonicare ( sonication ) sau transcriere inversă folosind nucleotide de terminare [63] . În plus, fragmentarea și marcarea cADN-ului pot fi efectuate simultan folosind transpozaze [64] .

În timpul pregătirii probei pentru secvențiere, fragmentele de ADNc corespunzătoare transcriptelor pot fi extinse prin PCR pentru a crește numărul de molecule care conțin adaptoarele necesare la capătul 3’ și 5’ [65] . De asemenea, este necesară o etapă de amplificare înainte de secvențierea probelor de ARN foarte scăzut. Limita inferioară a cantității de ARN care este potrivită pentru secvențiere este de 50 de picograme [66] . Pentru a evalua calitatea bibliotecii și secvențierea ( compoziția GC , lungimea fragmentului, preferința pentru fragmente cu o anumită poziție în transcript), pot fi utilizate vârfurile de ARN de control în [67] . Identificatorii moleculari unici ( eng.  identificatori moleculari unici, UMI ) sunt secvențe aleatorii scurte care sunt utilizate pentru a marca individual fragmentele atunci când se prepară o bibliotecă în așa fel încât după adăugarea unui identificator, fiecare fragment este unic [68] . UMI poate fi utilizat pentru a măsura abundența transcripției pe o scară absolută pentru a corecta părtinirea de proiectare a bibliotecii înainte de amplificare și pentru a estima cu precizie cantitatea de ADN din proba originală. UMI-urile sunt deosebit de utile pentru celulele unice ARN-Seq, unde cantitatea inițială de ARN este foarte mică și necesită amplificare nespecifică [69] [70] [71] .

După pregătirea probei, moleculele de transcriere (mai precis, ADNc-ul corespunzător) pot fi secvențiate într-o direcție (lectura cu un singur capăt) sau în ambele direcții (lectura cu capete de pereche). Secvențierea cu un singur capăt este în general mai rapidă și mai ieftină și, în majoritatea cazurilor, suficientă pentru a cuantifica nivelurile de expresie a genelor. Secvențierea la capătul perechilor permite aliniamente și ansambluri mai precise , ceea ce este foarte important pentru adnotarea genelor și descrierea izoformei transcriptului [9] . Metodele ARN-Seq specifice catenei stochează informații despre catena de ADN din care a fost transcris fiecare transcript. Fără aceste informații, citirile pot fi aliniate pe locus , cu toate acestea, nu va fi clar în ce direcție este transcrisă gena. ARN-Seq monocatenar este convenabil pentru determinarea direcției de transcripție a genelor suprapuse situate pe diferite catene, ceea ce face posibilă ca predicția genelor în organismele non-model să fie mai precisă [72] .

Tehnologii de secvențiere utilizate în ARN-Seq [73] [74]
Platformă Lansare comercială Lungime tipică de citire Performanță maximă pe rulare Precizie de citire unică RNA-Seq rulează postat în baza de date NCBI SRA din octombrie 2016. Execuții ARN-Seq depuse în NCBI SRA (oct. 2016) [75]
454 Științele vieții 2005 700 bp 0,7 miliarde bp 99,9% 3548
Illumina 2006 50-300 bp 900 miliarde bp 99,9% 362903
Solid 2008 50 p. 320 miliarde p.o. 99,9% 7032
Ion Torrent 2010 400 bp 30 miliarde pb 98% 1953
PacBio 2011 10000 bp 2 miliarde bp 87% 160

NCBI SRA - Centrul Național pentru Secvență de Informații Biotehnologie Citiți Arhiva SUA )

Deoarece ARN-Seq implică în prezent traducerea ARN în cADN prin transcripție inversă, platformele pentru secvențierea ulterioară sunt aceleași atât pentru datele transcriptomice, cât și pentru cele genomice. Din acest motiv, dezvoltarea ARN-Seq este în mare măsură condusă de îmbunătățirea tehnicilor de secvențiere a ADN-ului [74] [76] [77] . Cu toate acestea, secvențierea directă a ARN folosind nanopori câștigă popularitate [78] [79] . Secvențierea nanoporilor poate detecta baze modificate în ARN care nu au putut fi detectate prin secvențierea ADNc, iar această metodă nu necesită amplificare, ceea ce introduce distorsiuni suplimentare [10] [80] .

Sensibilitatea și acuratețea ARN-Seq este determinată de numărul de citiri obținute din fiecare probă [81] [82] . Pentru o acoperire suficientă a transcriptomului, sunt necesare o mulțime de citiri, ceea ce face posibilă detectarea chiar și a unui număr mic de transcrieri. O complexitate suplimentară este creată de etapa de secvențiere, care oferă citiri de lungime limitată, precizie și calitate variabile. Mai mult, organismele fiecărei specii au un număr diferit de gene, astfel încât este necesar un număr diferit de citiri pentru asamblarea eficientă a transcriptomului pentru fiecare specie. În primele etape, această sumă a fost determinată empiric, dar odată cu dezvoltarea tehnologiei, a devenit posibilă prezicerea acoperirii necesare prin metode de calcul. Cea mai eficientă modalitate de a îmbunătăți acuratețea detectării expresiei diferențiale a genelor slab exprimate nu este creșterea numărului de citiri, ci creșterea numărului de copii [83] . În prezent, Enciclopedia Elementelor ADN recomandă acoperirea exomului de 70 de ori pentru ARN-Seq convențional și acoperire de până la 500 de ori pentru transcrierile și izoformele rare [84] [85] [86] .

Analiza datelor

Metodele transcriptomice permit experimente paralele cu multe probe, prin urmare, pentru a obține rezultate folosind atât ARN-Seq, cât și microarrays, este necesară o prelucrare serioasă a datelor prin metode computaționale [87] [88] [89] [90] . Datele microcipului sunt imagini de înaltă rezoluție , astfel încât procesarea datelor include detectarea caracteristicilor [ en și analiza spectrală [91] .  Imaginile micromatrice au o dimensiune de până la 750 Mb , în ​​timp ce datele procesate sunt de 60 Mb. Multe sonde scurte care corespund aceluiași transcript pot face posibilă determinarea structurii exon - intron a unei gene, astfel încât sunt necesare modele statistice pentru a determina fiabilitatea semnalului final . În timpul experimentelor ARN-Seq, sunt obținute miliarde de secvențe scurte de ADN, care trebuie aliniate la un genom de referință , inclusiv milioane sau miliarde de perechi de baze. Asamblarea transcriptomului de novo necesită construirea de grafice de secvențe foarte complexe [92] . Operațiile de prelucrare a datelor ARN-Seq necesită mai multe repetări, astfel încât calculul paralelizat poate fi convenabil pentru ei , cu toate acestea, folosind algoritmi moderni , procesarea datelor experimentelor transcriptomice simple care nu necesită asamblare de novo poate fi efectuată chiar și pe un computer personal convențional [93] . Transcriptomul uman poate fi asamblat destul de precis din 300 de milioane de citiri de 100 de nucleotide obținute folosind ARN-Seq [81] [82] . Stocarea acestei cantități de date în formatul comprimat FASTQ necesită 1,8 GB de spațiu pe disc per probă. Valorile numerice procesate pentru fiecare genă ocupă și mai puțină memorie, comparabilă cu datele procesate de la microcipuri. Datele secvenței pot fi stocate în date publice, cum ar fi SRA ( sequence read archive  ) [94] . Setul de date ARN-Seq poate fi încărcat în baza de date Gene Expression Omnibus [95] .  

Procesarea imaginii

Procesarea imaginii cu microarray trebuie să mențină o grilă regulată celule de imagine și să cuantifice independent intensitatea fluorescenței în fiecare celulă. De asemenea, este necesar să se identifice artefactele de imagine și să le excludă din analiza finală. Intensitatea fluorescenței indică prezența fiecărei secvențe, deoarece secvența probei din fiecare celulă este cunoscută [96] .

Primii pași ai ARN-Seq implică și procesarea imaginilor similare, dar conversia imaginilor în date secvențe se face automat prin programe speciale. Rezultatul secvențierii prin sinteză folosind tehnologia Illumina este un set de clustere situate pe suprafața celulei de flux [97] . În timpul fiecărei rulări de secvențiere, fiecare celulă de flux este imaginea de până la patru ori, cu o singură rulare care cuprinde zeci sau sute de cicluri. Grupurile de celule de flux sunt similare cu punctele de microarray și trebuie identificate corect la începutul secvențierii. În pirosecvențiere ( Roche ), intensitatea luminii emise corespunde numărului de nucleotide identice din regiunea homopolimerului . Există multe variații ale acestor metode și fiecare implică utilizarea de profile de eroare diferite pentru datele rezultate [98] .

Analiza datelor ARN-Seq

În timpul experimentelor ARN-Seq, se obține o cantitate imensă de citiri, care trebuie procesate pentru a obține informații utile. Analiza datelor implică de obicei utilizarea de combinații de diferite programe de bioinformatică , care trebuie selectate în funcție de experiment și obiective. Procesul de prelucrare a datelor poate fi împărțit în patru etape: controlul calității, aliniere, cuantificare și exprimare diferențială [99] . Cele mai populare programe pentru procesarea datelor ARN-Seq sunt rulate din linia de comandă într-un mediu Unix sau R / Bioconductor [89] .

Controlul calității

Citirile nu sunt impecabile, deci este necesar să se determine acuratețea citirii fiecărei baze în secvență. Citirile controlate de calitate sunt garantate a avea o acuratețe ridicată a fiecărei baze, compoziția lor GC corespunde distribuției așteptate, nu suprareprezintă motive scurte și rareori au dublări [82] . Există mai multe software de analiză a calității, cum ar fi FastQC și FaQC. Citirile de calitate scăzută sunt fie șterse, fie marcate într-un mod special, care este luat în considerare în analiza ulterioară [100] [101] .

Aliniere

Pentru a asocia numerele citite cu o anumită genă, citirile trebuie să fie aliniate cu genomul de referință sau între ele dacă genomul de referință este necunoscut ( ansamblu transcriptom de novo ) [102] [103] . Principalele cerințe pe care trebuie să le îndeplinească programele de aliniere sunt viteza de a alinia miliarde de citiri scurte într-un timp rezonabil, o oarecare flexibilitate pentru a detecta splicing-ul ARNm eucariotic și selectarea corectă a locației citirilor corespunzătoare mai multor locuri din genom. Programele sunt îmbunătățite în mod constant în conformitate cu cerințele enumerate, iar creșterea lungimii citirilor reduce probabilitatea de aliniere ambiguă. Institutul European de Bioinformatică (EBI) menține o listă de instrumente disponibile în prezent pentru a alinia citirile de secvențiere cu randament ridicat [104] .

Alinierea transcriptelor eucariote primare la genomul de referință necesită o manipulare specială a intronilor care nu sunt prezenți în ARNm maturi [105] . Programele de aliniere cu citire scurtă pot crea aliniamente speciale concepute special pentru a identifica locurile de îmbinare pe baza secvențelor canonice ale site-urilor de îmbinare. Identificarea site-urilor de îmbinare previne alinierea sau respingerea lor greșită, permițând mai multor citiri să se alinieze la genomul de referință și crescând calitatea cuantificării expresiei genelor. Deoarece expresia genei poate fi reglată la nivelul izoformelor mARN, aliniamentele care iau în considerare splicing fac posibilă detectarea modificărilor abundenței anumitor izoforme, ceea ce ar fi imposibil folosind analiza convențională [106] .

Pentru a asambla transcriptomul de novo , citirile sunt aliniate una cu cealaltă, ceea ce face posibilă reconstruirea transcriptelor de lungime completă fără a utiliza un genom de referință [107] . Provocările asamblării de novo sunt nevoia de mai multă putere de calcul decât pentru asamblarea bazată pe genomul de referință, validarea suplimentară a variantelor și fragmentelor de genă și adnotarea suplimentară a transcrierilor asamblate. Primele metrici concepute pentru a evalua calitatea ansamblului transcriptomului, cum ar fi N50 , s-au dovedit a fi defecte [108] , iar metodele de evaluare îmbunătățite sunt acum disponibile. Metricile bazate pe adnotări sunt potrivite pentru evaluarea gradului de asamblare a genomului. Transcriptomul asamblat de novo poate fi utilizat ca referință pentru alinierea secvenței și analiza cantitativă a expresiei genelor [109] [110] .

Programe pentru asamblarea de novo a transcriptomului
Program data eliberarii Data ultimei actualizări Eficiență de calcul Avantaje și dezavantaje
Oaze de catifea [111] [112] 2008 2011 Scăzut, un singur fir de execuție , necesită multă memorie cu acces aleatoriu Primul colector de lecturi scurte. Momentan aproape niciodată folosit.
SOAPdenovo-trans [103] 2011 2014 Fire medie, multiple, nevoie moderată de memorie cu acces aleatoriu Unul dintre primii colecționari de lecturi scurte. Adaptat pentru asamblarea transcriptomului.
Trans-ABySS [113] 2010 2016 Fire medie, multiple, nevoie moderată de memorie cu acces aleatoriu Proiectat pentru citiri scurte, dar poate fi folosit și pentru transcriptoame complexe. O versiune MPI -paralelă este disponibilă pentru clustere de calcul .
Trinity [114] [92] 2011 2017 Fire medie, multiple, nevoie moderată de memorie cu acces aleatoriu Proiectat pentru citiri scurte. Poate fi folosit pentru transcriptoame complexe, dar necesită multă memorie.
miraest [115] 1999 2016 Fire medie, multiple, nevoie moderată de memorie cu acces aleatoriu Poate gestiona secvențe repetitive, combină mai multe formate de date de secvențiere și este compatibil cu un număr mare de platforme de secvențiere.
Newbler [116] 2004 2012 Scăzut, un fir de execuție, necesită multă memorie cu acces aleatoriu Specializat în depanarea erorilor de secvențiere Roche 454 legate de secvențele de homopolimer.
Banc de lucru pentru genomica CLC [117] 2008 2014 Mare, fire multiple, nevoie redusă de memorie cu acces aleatoriu Are o interfață grafică și poate combina diverse tehnologii de secvențiere. Nu este specializat pentru transcriptoame, este necesară licența înainte de utilizare.
SPAdes [118] 2012 2017 Mare, fire multiple, nevoie redusă de memorie cu acces aleatoriu Proiectat pentru experimente transcriptomice cu celule unice.
RSEM [119] 2011 2017 Mare, fire multiple, nevoie redusă de memorie cu acces aleatoriu Poate estima frecvența transcrierilor îmbinate alternativ. Convenabil de utilizat.
String Tie [93] 2015 2018 Mare, fire multiple, nevoie redusă de memorie cu acces aleatoriu Poate utiliza o combinație de metode de asamblare bazate pe genomul de referință și de novo pentru a identifica transcrierile.
Analiza cantitativă

Aliniamentele citite pot fi cuantificate la nivel de genă, exon și transcriere. Un rezultat tipic al analizei este numărul de citiri pentru fiecare element al analizei (genă, exon sau transcriere). De exemplu, pentru gene, este emis în formatul general de caracteristici (GFF) . Numărul de citiri pentru gene și exoni poate fi determinat folosind diferite programe, de exemplu, HTSeq [121] . Analiza la nivel de transcriere este mai complexă și necesită utilizarea unor metode probabilistice pentru a estima abundența transcrierilor pe baza citirilor scurte; de exemplu, butonii programului [106] pot face acest lucru . Citirile care se potrivesc la fel de bine în diferite locații din genom trebuie identificate și îndepărtate sau aliniate la una dintre locațiile posibile sau la cea mai probabilă dintre ele. Unele metode de notare nu aliniază deloc citirile cu genomul de referință. De exemplu, metoda folosită de programul kallisto combină pseudo-alinierea și cuantificarea într-un singur pas care este cu două ordine de mărime mai rapid decât metodele programelor tophat și cufflinks și necesită mai puțin efort de calcul [122] .

Expresie diferențială

Când se obțin date cantitative pentru fiecare transcriere, expresia genică diferențială este analizată utilizând analiza lor statistică , modelarea și normalizarea [102] . Majoritatea programelor care o analizează iau ca intrare un tabel cu nume de gene și numărul de transcrieri pentru fiecare dintre ele, dar unele programe, de exemplu, cuffdiff, primesc aliniere de citire în formatul BAM (din harta engleză  Binary Alignment Map ) ca intrare  — harta aliniamentelor pe perechi). La ieșirea programului, se emite o listă de gene cu rezultatele testelor statistice pereche care verifică semnificația diferențelor de expresie între datele experimentale și cele de control [123] .

Programe pentru analiza expresiei genice diferențiale în experimente ARN-Seq
Program miercuri Specializare
Cuffdiff2 [102] Bazat pe Unix Analiza transcripției are ca scop detectarea evenimentelor alternative de splicing ARNm
EdgeR [88] R/Bioconductor Orice date genomice cantitative
DEseq2 [124] R/Bioconductor Diferite tipuri de date
Limma/Voom [87] R/Bioconductor Date microarray sau ARN-Seq, design flexibil al experimentului
rochie de bal [125] R/Bioconductor Preluare eficientă și sensibilă a transcripției

Confirmare

Rezultatele analizei transcriptomului pot fi confirmate prin alte metode, cum ar fi PCR cantitativ (qPCR) [126] . Expresia genei este măsurată în raport cu expresia standard a genei studiate și a genelor de control. Principiul măsurării în qPCR este același ca și în ARN-Seq, și anume, valoarea pentru o anumită genă este calculată pe baza concentrației regiunii țintă din proba de testat. Cu toate acestea, qPCR este potrivită numai pentru ampliconi cu mai puțin de 300 bp. şi situat în apropierea capătului 3' al regiunii de codificare [127] . Dacă este necesar să se valideze datele izoformei transcriptului, analiza atentă a aliniamentelor citite ARN-Seq poate determina care regiuni ar trebui să fie potrivite de primeri qPCR pentru a face diferențele cele mai pronunțate [128] . Măsurarea expresiei genelor de control împreună cu cele studiate oferă date de referință stabile. Validarea datelor ARN-Seq prin PCR de control a arătat că diferite variante de ARN-Seq dau în general date similare [58] [129] [130] .

Pentru analiza datelor transcriptomice, informațiile despre funcțiile genelor studiate sunt foarte importante. Modelele de expresie genetică observate pot fi asociate cu un anumit fenotip folosind experimente de distrugere a genelor și de salvare sintetică [131] .

Aplicație

Diagnosticul și profilarea bolilor

Tehnologiile transcriptomului și-au găsit aplicații în diverse domenii ale biomedicinei , în special, în diagnosticarea și profilarea bolilor [9] . Cu ajutorul ARN-Seq, a devenit posibilă detectarea site-urilor de pornire a transcripției, utilizarea de promotori alternativi și noi variante de splicing alternativ. Deoarece elementele de reglare genomică joacă un rol important în patogeneza multor boli, identificarea variantelor acestora este extrem de importantă pentru interpretarea datelor de căutare a asocierii la nivelul genomului [132] . ARN-Seq poate detecta polimorfisme de un singur nucleotide asociate cu boli, cazuri de expresie specifică alelelor , fuziunea genelor , care pot face lumină asupra bazei genetice a dezvoltării bolii [133] .

ARN-Seq poate oferi informații despre transcripția retrotranspozonilor endogeni , care pot influența transcrierea genelor învecinate printr-o varietate de mecanisme epigenetice , care pot duce la dezvoltarea bolilor [134] . O aplicație potențială importantă a ARN-Seq este studiul bazei moleculare a tulburărilor sistemului imunitar , deoarece această metodă permite separarea populațiilor de celule imune de diferite tipuri și secvențierea repertoriilor receptorilor de celule T și B ale pacienților [135] [136] .

Transcriptomele oamenilor și agenții patogeni ai acestora

ARN-Seq poate detecta modificări în expresia genelor la agenții patogeni umani , ceea ce poate ajuta la identificarea de noi factori de virulență , la prezicerea rezistenței la antibiotice și la înțelegerea detaliilor interacțiunilor patogenului cu sistemul imunitar al gazdei [137] [138] . ARN-Seq poate fi utilizat pentru a dezvolta măsuri optimizate de control al infecțiilor , precum și strategii de tratament individuale țintite [136] .

Analiza transcriptomică poate fi efectuată atât pe gazdă, cât și pe agentul patogen. Cu ARN-Seq dublu, profilurile de expresie genică atât ale gazdei, cât și ale agentului patogen pot fi profilate simultan pe parcursul întregului proces de infecție . Această abordare face posibilă studierea răspunsului imunitar dinamic și a rețelelor de reglare a genelor interspecie atât pentru organisme care interacționează din momentul contactului inițial până la invazie și persistența finală a agentului patogen sau distrugerea acestuia de către sistemul imunitar al gazdei [139] [139] [ 139]. 140] .

Răspunsuri la condițiile de mediu

Transcriptomica face posibilă identificarea genelor și a căilor metabolice responsabile de răspunsul și rezistența la stres asociate cu factorii de mediu biotici și abiotici [ 141] [131] . Datorită metodelor nespecifice de transcriptomică, poate fi folosit pentru a găsi noi rețele de gene chiar și în sisteme complexe. De exemplu, o analiză comparativă a mai multor linii de năut în diferite stadii de dezvoltare a făcut posibilă identificarea profilurilor transcripționale asociate cu stresurile cauzate de secetă și salinitate ridicată; în special, a fost arătat rolul izoformelor de transcriere AP2 - EREBP [141] . Studiul expresiei genelor în timpul formării biofilmelor de către drojdia patogenă Candida albicans a relevat un set de gene co-reglate care sunt critice pentru formarea și menținerea unui biofilm [142] .

Profilarea transcriptomului oferă informații valoroase despre mecanismele rezistenței la medicamente . O analiză a peste o mie de izolate plasmodiului malaric Plasmodium falciparum [143] a arătat că rezistența la artemisinină a izolatelor din Asia de Sud-Est este asociată cu o activitate crescută a răspunsului la proteinele pliate greșit și cu o trecere mai lentă prin stadiul intraeritrocitar al ciclului de viață [144] .

Adnotarea funcțiilor genelor

Una dintre aplicațiile tehnologiilor transcriptomului este de a determina funcțiile genelor, precum și alelele responsabile pentru un anumit fenotip. Transcriptomica ecotipurilor Arabidopsis care hiperacumulează metale au arătat o asociere cu acest fenotip de gene responsabile de penetrarea metalelor, toleranța și homeostazia [145] . Combinarea datelor ARN-Seq din diferite țesuturi a îmbunătățit adnotarea funcțiilor genelor în organisme importante din punct de vedere comercial, cum ar fi castravetele [146] sau speciile pe cale de dispariție, cum ar fi koala [147] .

Ansamblul citirilor ARN-Seq este independent de genomul de referință [114] , deci această metodă este ideală pentru studierea expresiei genelor în organisme non-model pentru care nu există încă date genomice gata făcute. De exemplu, o bază de date de polimorfisme cu un singur nucleotide, care a fost utilizată în programele de reproducere pentru pseudo-cucuta lui Menzies , a fost creată prin analiză transcriptomică de novo în absența unui genom secvențial [148] . În mod similar, genele implicate în dezvoltarea inimii , mușchilor și țesutului nervos de homar au fost identificate prin compararea transcriptoamelor din diferite țesuturi fără a utiliza secvențierea genomului. ARN-Seq poate fi, de asemenea, utilizat pentru a detecta regiuni de codificare a proteinelor necunoscute anterior în genomii deja secvenționați [149] .

ARN-uri necodificatoare

De obicei, transcriptomica ia în considerare doar ARNm al unei celule. Cu toate acestea, aceleași metode pot fi aplicate ARN-urilor necodificatoare care sunt implicate în translație , replicarea ADN-ului genomic , splicing și reglarea transcripțională [150] [151] [152] [153] . Multe dintre aceste ARNt necodificatoare sunt asociate cu dezvoltarea bolilor, inclusiv cancerul , bolile cardiovasculare și bolile sistemului nervos [154] .

Baze de date transcriptome

Când se studiază transcriptomurile, sunt generate cantități uriașe de date care pot fi utilizate potențial în alte proiecte. Prin urmare, datele brute sau prelucrate sunt plasate în baze de date publice pentru a le pune la dispoziția întregii comunități științifice. De exemplu, din 2018, baza de date Gene Expression Omnibus conține date din milioane de experimente [155] .

Baze de date transcriptom
Nume Proprietar Date Descriere
Omnibus de expresie genetică [95] NCBI Micromatrice, ARN-Seq Prima bază de date de transcriptoame obținute din diverse surse. Primul a introdus standardele MIAME și MINSEQE, care reglementează metadatele necesare unui experiment, astfel încât să poată fi bine interpretat și reprodus [156] [157] .
ArrayExpress [158] ENA Microcipuri Importă seturi de date din Gene Expression Omnibus și le respectă. Datele procesate și metadatele experimentului sunt stocate în ArrayExpress, în timp ce citirile brute sunt stocate în ENA. Conform standardelor MIAME și MINSEQE [156] [157] .
Atlas de expresii [159] EBI Micromatrice, ARN-Seq Conține date despre expresia genelor specifice țesuturilor la animale și plante. Conține date de analiză secundară și vizualizarea acestora, utilizează termeni de Ontologie genetică , domenii InterPro și căi metabolice Oferă link-uri către date despre abundența proteinelor, dacă sunt disponibile.
Genevestigator [160] Curatorie privată Micromatrice, ARN-Seq Oferă explicații de referință pentru datele transcriptomice disponibile public, în principal legate de medicină și biologia plantelor. Datele din experimentele individuale sunt normalizate pentru a permite compararea expresiei genelor între experimente. Pentru acces complet, trebuie să achiziționați o licență, doar o parte din baza de date este disponibilă gratuit.
RefEx [161] DDBJ Toate Transcriptoame derivate din 40 de organe diferite umane, de șoarece și de șobolan . Datele despre expresia genelor sunt vizualizate ca o hartă termică suprapusă unui model 3D al structurii anatomice.
NONCODE [162] noncode.org ARN-Seq ARN-uri necodificatoare (cu excepția ARNt și ARNr)

Note

  1. ↑ Tendința Medline: statistici anuale automatizate ale rezultatelor PubMed pentru orice interogare . www.dan.corlan.net . Preluat: 5 octombrie 2016.
  2. ↑ 1 2 Sutcliffe JG , Milner RJ , Bloom FE , Lerner RA Secvență comună de 82 de nucleotide unică pentru ARN-ul creierului.  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States Of America. - 1982. - August ( vol. 79 , nr. 16 ). - P. 4942-4946 . — PMID 6956902 .
  3. ↑ Pan Qun, Shai O., Lee L. J., Frey B. J., Blencowe B. J.  Deep Surveying of Alternative Splicing Complexity in the Human Transcriptome by High-Throughput Sequencing  // Nature Genetics. - 2008. - Vol. 40, nr. 12. - P. 1413-1415. - doi : 10.1038/ng.259 . — PMID 18978789 .
  4. ↑ 1 2 3 Sultan M. , Schulz MH , Richard H. , Magen A. , Klingenhoff A. , Scherf M. , Seifert M. , Borodina T. , Soldatov A. , Parkhomchuk D. , Schmidt D. , O'Keeffe S. , Haas S. , Vingron M. , Lehrach H. , Yaspo ML O vedere globală a activității genelor și a îmbinării alternative prin secvențierea profundă a transcriptomului uman.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2008. - 15 august ( vol. 321 , nr. 5891 ). - P. 956-960 . - doi : 10.1126/science.1160342 . — PMID 18599741 .
  5. ↑ Lappalainen T. , Sammeth M. , Friedländer MR , 't Hoen PA , Monlong J. , Rivas MA , Gonzàlez-Porta M. , Kurbatova N. , Griebel T. , Ferreira PG , Barann ​​​​M. , Wieland T. , Greger L. , van Iterson M. , Almlöf J. , Ribeca P. , Pulyakhina I. , Esser D. , Giger T. , Tikhonov A. , Sultan M. , Bertier G. , MacArthur DG , Lek M. , Lizano E. , Buermans HP , Padioleau I. , Schwarzmayr T. , Karlberg O. , Ongen H. , Kilpinen H. , Beltran S. , Gut M. , Kahlem K. , Amstislavskiy V. , Stegle O. , Pirinen M. , Montgomery SB , Donnelly P. , McCarthy MI , Flicek P. , Strom TM , Lehrach H. , Schreiber S. , Sudbrak R. , Carracedo A. , Antonarakis SE , Häsler R. , Syvänen AC , van Ommen GJ , Brazma A. , Meitinger T. , Rosenstiel P. , Guigó R. , Gut IG , Estivill X. , Dermitzakis ET Transcriptomul și secvențierea genomului descoperă variații funcționale la oameni.  (engleză)  // Natură. - 2013. - 26 septembrie ( vol. 501 , nr. 7468 ). - P. 506-511 . - doi : 10.1038/nature12531 . — PMID 24037378 .
  6. ↑ 1 2 Melé M. , Ferreira PG , Reverter F. , DeLuca DS , Monlong J. , Sammeth M. , Young TR , Goldmann JM , Pervouchine DD , Sullivan TJ , Johnson R. , Segrè AV , Djebali S. , Niarchou A . , Consorțiul GTEx. , Wright FA , Lappalainen T. , Calvo M. , Getz G. , Dermitzakis ET , Ardlie KG , Guigó R. Human genomics. Transcriptomul uman peste țesuturi și indivizi.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2015. - 8 mai ( vol. 348 , nr. 6235 ). - P. 660-665 . - doi : 10.1126/science.aaa0355 . — PMID 25954002 .
  7. ^ Kolodziejczyk AA , Kim JK , Svensson V. , Marioni JC , Teichmann SA Tehnologia și biologia secvențierii ARN cu o singură celulă. (Engleză)  // Molecular Cell. - 2015. - 21 mai ( vol. 58 , nr. 4 ). - P. 610-620 . - doi : 10.1016/j.molcel.2015.04.005 . — PMID 26000846 .  
  8. ↑ 1 2 3 4 5 6 McGettigan PA Transcriptomics in the ARN-seq era.  (Engleză)  // Opinia curentă în biologie chimică. - 2013. - Februarie ( vol. 17 , nr. 1 ). - P. 4-11 . - doi : 10.1016/j.cbpa.2012.12.008 . — PMID 23290152 .
  9. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Wang Z. , Gerstein M. , Snyder M. ARN-Seq: un instrument revoluționar pentru transcriptomică.  (engleză)  // Nature Reviews. genetica. - 2009. - ianuarie ( vol. 10 , nr. 1 ). - P. 57-63 . - doi : 10.1038/nrg2484 . — PMID 19015660 .
  10. ↑ 1 2 3 Ozsolak F. , Secvențierea ARN-ului Milos PM : progrese, provocări și oportunități.  (engleză)  // Nature Reviews. genetica. - 2011. - Februarie ( vol. 12 , nr. 2 ). - P. 87-98 . - doi : 10.1038/nrg2934 . — PMID 21191423 .
  11. ↑ 1 2 3 Morozova O. , Hirst M. , Marra MA Aplicații ale noilor tehnologii de secvențiere pentru analiza transcriptomului.  (Engleză)  // Revizuirea anuală a genomicii și a geneticii umane. - 2009. - Vol. 10 . - P. 135-151 . - doi : 10.1146/annurev-genom-082908-145957 . — PMID 19715439 .
  12. ^ Sim GK , Kafatos FC , Jones CW , Koehler MD , Efstratiadis A. , Maniatis T. Utilizarea unei biblioteci de ADNc pentru studiile privind evoluția și expresia dezvoltării familiilor multigene de corion.  (engleză)  // Cell. - 1979. - Decembrie ( vol. 18 , nr. 4 ). - P. 1303-1316 . — PMID 519770 .
  13. ↑ Putney SD , Herlihy WC , Schimmel P. A new troponin T and cDNA clones for 13 different muscle proteins, found by shotgun sequencing.  (engleză)  // Natură. - 1983. - 21 aprilie ( vol. 302 , nr. 5910 ). - P. 718-721 . — PMID 6687628 .
  14. ↑ 1 2 3 Marra MA , Hillier L. , Waterston RH .  (Engleză)  // Tendințe în genetică : TIG. - 1998. - ianuarie ( vol. 14 , nr. 1 ). - P. 4-7 . - doi : 10.1016/S0168-9525(97)01355-3 . — PMID 9448457 .
  15. ↑ Alwine JC , Kemp DJ , Stark GR Metoda de detectare a ARN-urilor specifice în geluri de agaroză prin transfer pe hârtie de diazobenziloximetil și hibridizare cu sonde ADN.  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States Of America. - 1977. - Decembrie ( vol. 74 , nr. 12 ). - P. 5350-5354 . — PMID 414220 .
  16. ↑ Becker-André M. , Hahlbrock K. Cuantificarea ARNm absolută folosind reacția în lanț a polimerazei (PCR). O abordare nouă printr-un test de titrare a transcripției asistate PCR (PATTY).  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 1989. - 25 noiembrie ( vol. 17 , nr. 22 ). - P. 9437-9446 . — PMID 2479917 .
  17. ↑ Piétu G. , Mariage-Samson R. , Fayein NA , Matingou C. , Eveno E. , Houlgatte R. , Decraene C. , Vandenbrouck Y. , Tahi F. , Devignes MD , Wirkner U. , Ansorge W. , Cox D. , Nagase T. , Nomura N. , Auffray C. Baza de cunoștințe Genexpress IMAGE a transcriptomului creierului uman: o resursă integrată prototip pentru computațională și genomică funcțională.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 1999. - Februarie ( vol. 9 , nr. 2 ). - P. 195-209 . — PMID 10022985 .
  18. ↑ Velculescu V.E. , Zhang L. , Zhou W. , Vogelstein J. , Basrai M.A. , Bassett Jr. DE , Hieter P. , Vogelstein B. , Kinzler KW Caracterizarea transcriptomului de drojdie.  (engleză)  // Cell. - 1997. - 24 ianuarie ( vol. 88 , nr. 2 ). - P. 243-251 . — PMID 9008165 .
  19. ↑ 1 2 3 Velculescu VE , Zhang L. , Vogelstein B. , Kinzler KW Serial analysis of gene expression.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 1995. - 20 octombrie ( vol. 270 , nr. 5235 ). - P. 484-487 . — PMID 7570003 .
  20. ↑ Audic S. , Claverie JM Semnificația profilurilor digitale de expresie a genelor.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 1997. - octombrie ( vol. 7 , nr. 10 ). - P. 986-995 . — PMID 9331369 .
  21. ↑ 1 2 3 4 5 6 Mantione KJ , Kream RM , Kuzelova H. , Ptacek R. , Raboch J. , Samuel JM , Stefano GB Comparing bioinformatic gene expression profile methods: microarray and ARN-Seq.  (Engleză)  // Medical Science Monitor Basic Research. - 2014. - 23 august ( vol. 20 ). - P. 138-142 . — PMID 25149683 .
  22. ^ Zhao S. , Fung-Leung WP , Bittner A. , ​​Ngo K. , Liu X. Comparison of ARN-Seq and microarray in transcriptom profile of activated T cells.  (Engleză)  // PloS One. - 2014. - Vol. 9 , nr. 1 . - P. e78644-78644 . - doi : 10.1371/journal.pone.0078644 . — PMID 24454679 .
  23. ↑ 1 2 Hashimshony T. , Wagner F. , Sher N. , Yanai I. CEL-Seq: ARN-Seq cu o singură celulă prin amplificare liniară multiplexată.  (Engleză)  // Rapoarte de celule. - 2012. - 27 septembrie ( vol. 2 , nr. 3 ). - P. 666-673 . - doi : 10.1016/j.celrep.2012.08.003 . — PMID 22939981 .
  24. ↑ Stears RL , Getts RC , Gullans SR Un nou sistem de detectare sensibil pentru microarrays de înaltă densitate folosind tehnologia dendrimer.  (engleză)  // Genomica fiziologică. - 2000. - 9 august ( vol. 3 , nr. 2 ). - P. 93-99 . - doi : 10.1152/physiolgenomics.2000.3.2.93 . — PMID 11015604 .
  25. ↑ 1 2 3 4 5 6 Compararea datelor Illumina ARN-Seq cu Microarrays de expresie genetică . European Pharmaceutical Review.
  26. ↑ 1 2 Black MB , Parks BB , Pluta L. , Chu TM , Allen BC , Wolfinger RD , Thomas RS .  (Engleză)  // Științe Toxicologice: Un Jurnal Oficial al Societății de Toxicologie. - 2014. - Februarie ( vol. 137 , nr. 2 ). - P. 385-403 . doi : 10.1093 / toxsci/kft249 . — PMID 24194394 .
  27. ↑ Marioni JC , Mason CE , Mane SM , Stephens M. , Gilad Y. ARN-seq: o evaluare a reproductibilității tehnice și comparație cu matricele de expresie genetică.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2008. - Septembrie ( vol. 18 , nr. 9 ). - P. 1509-1517 . - doi : 10.1101/gr.079558.108 . — PMID 18550803 .
  28. ↑ Consorțiul SEQC/MAQC-III. O evaluare cuprinzătoare a acurateței, reproductibilității și conținutului informațiilor ARN-seq de către Consorțiul pentru Controlul Calității Secvențierii.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2014. - Septembrie ( vol. 32 , nr. 9 ). - P. 903-914 . - doi : 10.1038/nbt.2957 . — PMID 25150838 .
  29. ^ Chen JJ , Hsueh HM , Delongchamp RR , Lin CJ , Tsai CA Reproductibilitatea datelor microarray: o analiză suplimentară a datelor de control al calității microarray (MAQC). (engleză)  // BMC Bioinformatics. - 2007. - 25 octombrie ( vol. 8 ). - P. 412-412 . - doi : 10.1186/1471-2105-8-412 . — PMID 17961233 .  
  30. ↑ Larkin JE , Frank BC , Gavras H. , Sultana R. , Quackenbush J. Independence and reproducibility across microarray platforms.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2005. - Mai ( vol. 2 , nr. 5 ). - P. 337-344 . - doi : 10.1038/nmeth757 . — PMID 15846360 .
  31. ↑ 1 2 Nelson NJ Microarrays au sosit: instrumentul de exprimare a genelor se maturizează.  (Engleză)  // Jurnalul Institutului Național al Cancerului. - 2001. - 4 aprilie ( vol. 93 , nr. 7 ). - P. 492-494 . — PMID 11287436 .
  32. ↑ Schena M. , Shalon D. , Davis RW , Brown P.O. Monitorizarea cantitativă a modelelor de expresie a genelor cu o micromatrice ADN complementară.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 1995. - Vol. 270, nr. 5235 . - P. 467-470. — PMID 7569999 .
  33. ↑ 1 2 Pozhitkov AE , Tautz D. , Noble PA Oligonucleotide microarrays: larg aplicat - prost inteles.  (Engleză)  // Briefings In Functional Genomics & Proteomics. - 2007. - iunie ( vol. 6 , nr. 2 ). - P. 141-148 . - doi : 10.1093/bfgp/elm014 . — PMID 17644526 .
  34. ↑ 1 2 3 Tehnologia microarrayului ADN Heller MJ : dispozitive, sisteme și aplicații.  (engleză)  // Revizuirea anuală a ingineriei biomedicale. - 2002. - Vol. 4 . - P. 129-153 . - doi : 10.1146/annurev.bioeng.4.020702.153438 . — PMID 12117754 .
  35. ↑ McLachlan, Geoffrey J.; Fă, Kim Anh; Ambroise, Christopher. Analizarea datelor despre expresia genelor microarray  . - Hoboken: John Wiley & Sons , 2005. - ISBN 978-0-471-72612-8 .
  36. ↑ Brenner S. , Johnson M. , Bridgham J. , Golda G. , Lloyd DH , Johnson D. , Luo S. , McCurdy S. , Foy M. , Ewan M. , Roth R. , George D. , Eletr S. . , Albrecht G. , Vermaas E. , Williams SR , Moon K. , Burcham T. , Pallas M. , DuBridge RB , Kirchner J. , Fearon K. , Mao J. , Corcoran K. Analiza expresiei genetice prin semnătură masiv paralelă secvențiere (MPSS) pe matrice de microbile.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2000. - iunie ( vol. 18 , nr. 6 ). - P. 630-634 . - doi : 10.1038/76469 . — PMID 10835600 .
  37. ↑ Meyers BC , Vu TH , Tej SS , Ghazal H. , Matvienko M. , Agrawal V. , Ning J. , Haudenschild CD Analiza complexității transcripționale a Arabidopsis thaliana prin secvențierea semnăturii masiv paralelă.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2004. - august ( vol. 22 , nr. 8 ). - P. 1006-1011 . - doi : 10.1038/nbt992 . — PMID 15247925 .
  38. ↑ 1 2 Bainbridge MN , Warren RL , Hirst M. , Romanuik T. , Zeng T. , Go A. , Delaney A. , Griffith M. , Hickenbotham M. , Magrini V. , Mardis ER , Sadar MD , Siddiqui AS , Marra MA , Jones SJ Analiza transcriptomului LNCaP liniei celulare de cancer de prostată folosind o abordare secvențială prin sinteză.  (engleză)  // BMC Genomics. - 2006. - 29 septembrie ( vol. 7 ). - P. 246-246 . - doi : 10.1186/1471-2164-7-246 . — PMID 17010196 .
  39. ↑ Mortazavi A. , Williams BA , McCue K. , Schaeffer L. , Wold B. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by ARN-Seq.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2008. - iulie ( vol. 5 , nr. 7 ). - P. 621-628 . - doi : 10.1038/nmeth.1226 . — PMID 18516045 .
  40. ^ Wilhelm BT , Marguerat S. , Watt S. , Schubert F. , Wood V. , Goodhead I. , Penkett CJ , Rogers J. , Bähler J. Dynamic repertoire of a eukaryotic transcriptome surveyed at single-nucleotide resolution. (engleză)  // Natură. - 2008. - 26 iunie ( vol. 453 , nr. 7199 ). - P. 1239-1243 . - doi : 10.1038/nature07002 . — PMID 18488015 .  
  41. ↑ 1 2 Chomczynski P. , Sacchi N. Metodă într-o singură etapă de izolare a ARN prin extracție cu tiocianat de guanidiniu acid-fenol-cloroform.  (engleză)  // Biochimie analitică. - 1987. - Aprilie ( vol. 162 , nr. 1 ). - P. 156-159 . - doi : 10.1006/abio.1987.9999 . — PMID 2440339 .
  42. ↑ 1 2 Chomczynski P. , Sacchi N. Metoda cu o singură etapă de izolare a ARN prin extracție cu tiocianat de guanidiniu acid-fenol-cloroform: la douăzeci și ceva de ani.  (Engleză)  // Nature Protocols. - 2006. - Vol. 1 , nr. 2 . - P. 581-585 . - doi : 10.1038/nprot.2006.83 . — PMID 17406285 .
  43. ↑ Grillo M. , Margolis FL Utilizarea reacției în lanț a polimerazei cu transcriptază inversă pentru a monitoriza expresia genelor fără intron.  (engleză)  // BioTehnici. - 1990. - Septembrie ( vol. 9 , nr. 3 ). - P. 262-264 . — PMID 1699561 .
  44. ↑ Bryant S. , Manning D. L. Izolarea ARN-ului mesager.  (Engleză)  // Methods In Molecular Biology (Clifton, NJ). - 1998. - Vol. 86 . - P. 61-64 . - doi : 10.1385/0-89603-494-1:61 . — PMID 9664454 .
  45. ^ Zhao W. , He X. , Hoadley KA , Parker JS , Hayes DN , Perou CM Comparația ARN-Seq prin captură poli(A), epuizarea ARN ribozomal și microarray ADN pentru profilarea expresiei.  (engleză)  // BMC Genomics. - 2014. - 2 iunie ( vol. 15 ). - P. 419-419 . - doi : 10.1186/1471-2164-15-419 . — PMID 24888378 .
  46. ↑ Close TJ , Wanamaker SI , Caldo RA , Turner SM , Ashlock DA , Dickerson JA , Wing RA , Muehlbauer GJ , Kleinhofs A. , Wise RP O nouă resursă pentru genomica cerealelor: 22K barley GeneChip ajunge la majoritate.  (Engleză)  // Fiziologia plantelor. - 2004. - Martie ( vol. 134 , nr. 3 ). - P. 960-968 . - doi : 10.1104/pp.103.034462 . — PMID 15020760 .
  47. ↑ 1 2 3 4 5 Lowe R. , Shirley N. , Bleackley M. , Dolan S. , Shafee T. Transcriptomics technologies.  (Engleză)  // PLoS Computational Biology. - 2017. - Mai ( vol. 13 , nr. 5 ). - P. e1005457-1005457 . - doi : 10.1371/journal.pcbi.1005457 . — PMID 28545146 .
  48. ↑ 1 2 Shiraki T. , Kondo S. , Katayama S. , Waki ​​​​K. , Kasukawa T. , Kawaji H. , Kodzius R. , Watahiki A. , Nakamura M. , Arakawa T. , Fukuda S. , Sasaki D. , Podhajska A. , Harbers M. , Kawai J. , Carninci P. , Hayashizaki Y. Expresia genei de analiză Cap pentru analiza cu randament ridicat a punctului de plecare transcripțional și identificarea utilizării promotorului.  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States Of America. - 2003. - 23 decembrie ( vol. 100 , nr. 26 ). - P. 15776-15781 . - doi : 10.1073/pnas.2136655100 . — PMID 14663149 .
  49. ↑ Romanov V. , Davidoff SN , Miles AR , Grainger DW , Gale BK , Brooks BD O comparație critică a tehnologiilor de fabricare a micromatricelor de proteine.  (Engleză)  // The Analyst. - 2014. - 21 martie ( vol. 139 , nr. 6 ). - P. 1303-1326 . - doi : 10.1039/c3an01577g . — PMID 24479125 .
  50. ↑ 1 2 Barbulovic-Nad I. , Lucente M. , Sun Y. , Zhang M. , Wheeler AR , Bussmann M. Bio-microarray fabrication techniques--a review.  (Engleză)  // Critical Reviews In Biotechnology. - 2006. - octombrie ( vol. 26 , nr. 4 ). - P. 237-259 . - doi : 10.1080/07388550600978358 . — PMID 17095434 .
  51. ↑ Auburn RP , Kreil DP , Meadows LA , Fischer B. , Matilla SS , Russell S. Robotic spotting of cDNA and oligonucleotide microarrays.  (Engleză)  // Tendințe în biotehnologie. - 2005. - iulie ( vol. 23 , nr. 7 ). - P. 374-379 . - doi : 10.1016/j.tibtech.2005.04.002 . — PMID 15978318 .
  52. ↑ Shalon D. , Smith SJ , Brown PO Un sistem de micromatrice ADN pentru analiza probelor complexe de ADN folosind hibridizarea cu sonde fluorescente în două culori.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 1996. - iulie ( vol. 6 , nr. 7 ). - P. 639-645 . — PMID 8796352 .
  53. ↑ Lockhart DJ , Dong H. , Byrne MC , Follettie MT , Gallo MV , Chee MS , Mittmann M. , Wang C. , Kobayashi M. , Horton H. , Brown EL Monitorizarea expresiei prin hibridizare la matrice de oligonucleotide de înaltă densitate.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 1996. - Decembrie ( vol. 14 , nr. 13 ). - P. 1675-1680 . - doi : 10.1038/nbt1296-1675 . — PMID 9634850 .
  54. ↑ Irizarry RA , Bolstad BM , Collin F. , Cope LM , Hobbs B. , Speed ​​​​TP Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2003. - 15 februarie ( vol. 31 , nr. 4 ). - P. e15-15 . — PMID 12582260 .
  55. ^ Selzer RR , Richmond TA , Pofahl NJ , Green RD , Eis PS , Nair P. , Brothman AR , Stallings RL Analiza punctelor de întrerupere a cromozomilor în neuroblastom la rezoluție sub-kilobază utilizând o matrice de oligonucleotide CGH fină. (Engleză)  // Gene, Cromozomi și Cancer. - 2005. - noiembrie ( vol. 44 , nr. 3 ). - P. 305-319 . - doi : 10.1002/gcc.20243 . — PMID 16075461 .  
  56. ↑ Svensson V. , Vento-Tormo R. , Teichmann SA Scalarea exponențială a ARN-seq-ului cu o singură celulă în ultimul deceniu.  (Engleză)  // Nature Protocols. - 2018. - Aprilie ( vol. 13 , nr. 4 ). - P. 599-604 . - doi : 10.1038/nprot.2017.149 . — PMID 29494575 .
  57. ↑ Tachibana Chris. Transcriptomica astăzi: Microarrays, ARN-seq și multe altele   // Știință . - 2015. - 31 iulie. — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.opms.p1500095 .
  58. ↑ 1 2 Nagalakshmi U. , Wang Z. , Waern K. , Shou C. , Raha D. , Gerstein M. , Snyder M. Peisajul transcripțional al genomului de drojdie definit prin secvențierea ARN.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2008. - 6 iunie ( vol. 320 , nr. 5881 ). - P. 1344-1349 . - doi : 10.1126/science.1158441 . — PMID 18451266 .
  59. ↑ Su Z. , Fang H. , Hong H. , Shi L. , Zhang W. , Zhang W. , Zhang Y. , Dong Z. , Lancashire LJ , Bessarabova M. , Yang X. , Ning B. , Gong B . , Meehan J. , Xu J. , Ge W. , Perkins R. , Fischer M. , Tong W. O investigație a biomarkerilor derivați din datele moștenite de microarray pentru utilitatea lor în era ARN-seq.  (engleză)  // Biologia genomului. - 2014. - 3 decembrie ( vol. 15 , nr. 12 ). - P. 523-523 . - doi : 10.1186/s13059-014-0523-y . — PMID 25633159 .
  60. ^ Lee JH , Daugharthy ER , Scheiman J. , Kalhor R. , Yang JL , Ferrante TC , Terry R. , Jeanty SS , Li C. , Amamoto R. , Peters DT , Turczyk BM , Marblestone AH , Inverso SA , Bernard A . , Mali P. , Rios X. , Aach J. , Church GM Secvențierea ARN subcelular înalt multiplexat in situ. (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2014. - 21 martie ( vol. 343 , nr. 6177 ). - P. 1360-1363 . - doi : 10.1126/science.1250212 . — PMID 24578530 .  
  61. ↑ 1 2 Shendure J. , Ji H. Next-generation DNA sequencing.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2008. - octombrie ( vol. 26 , nr. 10 ). - P. 1135-1145 . - doi : 10.1038/nbt1486 . — PMID 18846087 .
  62. ↑ Lahens NF , Kavakli IH , Zhang R. , Hayer K. , Black MB , Dueck H. , Pizarro A. , Kim J. , Irizarry R. , Thomas RS , Grant GR , Hogenesch JB IVT-seq dezvăluie părtinire extremă în ARN secvențiere.  (engleză)  // Biologia genomului. - 2014. - 30 iunie ( vol. 15 , nr. 6 ). - P. 86-86 . - doi : 10.1186/gb-2014-15-6-r86 . — PMID 24981968 .
  63. ↑ 1 2 Knierim E. , Lucke B. , Schwarz JM , Schuelke M. , Seelow D. Comparația sistematică a trei metode de fragmentare a produselor PCR pe distanță lungă pentru secvențierea următoarei generații.  (Engleză)  // PloS One. - 2011. - Vol. 6 , nr. 11 . - P. e28240-28240 . - doi : 10.1371/journal.pone.0028240 . — PMID 22140562 .
  64. ↑ Routh A. , Head SR , Ordoukhanian P. , Johnson JE ClickSeq: Fragmentation-Free Next-Generation Sequencing via Click Ligation of Adapters to Stochastically Terminated 3'-Azido cDNAs.  (Engleză)  // Journal Of Molecular Biology. - 2015. - 14 august ( vol. 427 , nr. 16 ). - P. 2610-2616 . - doi : 10.1016/j.jmb.2015.06.011 . — PMID 26116762 .
  65. ^ Parekh S. , Ziegenhain C. , Vieth B. , Enard W. , Hellmann I. Impactul amplificării asupra analizelor de expresie diferențială prin ARN-seq.  (engleză)  // Rapoarte științifice. - 2016. - 9 mai ( vol. 6 ). - P. 25533-25533 . - doi : 10.1038/srep25533 . — PMID 27156886 .
  66. ↑ Shanker S. , Paulson A. , Edenberg HJ , Peak A. , Perera A. , Alekseyev YO , Beckloff N. , Bivens NJ , Donnelly R. , Gillaspy AF , Grove D. , Gu W. , Jafari N. , Kerley -Hamilton JS , Lyons RH , Tepper C. , Nicolet CM Evaluarea truselor de amplificare ARN disponibile comercial pentru secvențierea ARN folosind cantități foarte mici de intrare de ARN total.  (Engleză)  // Journal Of Biomolecular Techniques : JBT. - 2015. - Aprilie ( vol. 26 , nr. 1 ). - P. 4-18 . - doi : 10.7171/jbt.15-2601-001 . — PMID 25649271 .
  67. ↑ Jiang L. , Schlesinger F. , Davis CA , Zhang Y. , Li R. , Salit M. , Gingeras TR , Oliver B. Standarde sintetice de vârf pentru experimentele ARN-seq.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2011. - Septembrie ( vol. 21 , nr. 9 ). - P. 1543-1551 . - doi : 10.1101/gr.121095.111 . — PMID 21816910 .
  68. ↑ Kivioja T. , Vähärautio A. , Karlsson K. , Bonke M. , Enge M. , Linnarsson S. , Taipale J. Numărarea numerelor absolute de molecule folosind identificatori moleculari unici.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2011. - 20 noiembrie ( vol. 9 , nr. 1 ). - P. 72-74 . - doi : 10.1038/nmeth.1778 . — PMID 22101854 .
  69. ↑ Tang F. , Barbacioru C. , Wang Y. , Nordman E. , Lee C. , Xu N. , Wang X. , Bodeau J. , Tuch BB , Siddiqui A. , Lao K. , Surani MA mRNA-Seq whole analiza transcriptomului unei singure celule.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2009. - Mai ( vol. 6 , nr. 5 ). - P. 377-382 . - doi : 10.1038/nmeth.1315 . — PMID 19349980 .
  70. ^ Islam S. , Zeisel A. , Joost S. , La Manno G. , Zajac P. , Kasper M. , Lönnerberg P. , Linnarsson S. Cantitative single-cell ARN-seq with unici identificatori moleculari.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2014. - Februarie ( vol. 11 , nr. 2 ). - P. 163-166 . - doi : 10.1038/nmeth.2772 . — PMID 24363023 .
  71. ↑ Jaitin DA , Kenigsberg E. , Keren-Shaul H. , Elefant N. , Paul F. , Zaretsky I. , Mildner A. , ​​Cohen N. , Jung S. , Tanay A. , Amit I. Massively parallel single-cell ARN-seq pentru descompunerea fără markeri a țesuturilor în tipuri de celule.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2014. - 14 februarie ( vol. 343 , nr. 6172 ). - P. 776-779 . - doi : 10.1126/science.1247651 . — PMID 24531970 .
  72. ^ Levin JZ , Yassour M. , Adiconis X. , Nusbaum C. , Thompson DA , Friedman N. , Gnirke A. , Regev A. Comprehensive comparative analysis of strand-specific ARN sequencing methods. (Engleză)  // Metode de natură. - 2010. - Septembrie ( vol. 7 , nr. 9 ). - P. 709-715 . - doi : 10.1038/nmeth.1491 . — PMID 20711195 .  
  73. ↑ Quail MA , Smith M. , Coupland P. , Otto TD , Harris SR , Connor TR , Bertoni A. , Swerdlow HP , Gu Y. A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq secvențiere.  (engleză)  // BMC genomics. - 2012. - Vol. 13. - P. 341. - doi : 10.1186/1471-2164-13-341 . — PMID 22827831 .
  74. ↑ 1 2 Liu L. , Li Y. , Li S. , Hu N. , He Y. , Pong R. , Lin D. , Lu L. , Law M. Comparația sistemelor de secvențiere de generație următoare.  (Engleză)  // Journal Of Biomedicine & Biotechnology. - 2012. - Vol. 2012 . - Str. 251364-251364 . - doi : 10.1155/2012/251364 . — PMID 22829749 .
  75. ↑ SRA . Preluat: 6 octombrie 2016.
  76. ↑ Loman NJ , Misra RV , Dallman TJ , Constantinidou C. , Gharbia SE , Wain J. , Pallen MJ Comparația performanței platformelor de secvențiere de mare debit.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2012. - Mai ( vol. 30 , nr. 5 ). - P. 434-439 . - doi : 10.1038/nbt.2198 . — PMID 22522955 .
  77. ↑ Goodwin S. , McPherson JD , McCombie WR Majoritatea : zece ani de tehnologii de secvențiere de ultimă generație.  (engleză)  // Nature Reviews. genetica. - 2016. - 17 mai ( vol. 17 , nr. 6 ). - P. 333-351 . - doi : 10.1038/nrg.2016.49 . — PMID 27184599 .
  78. ↑ Garalde DR , Snell EA , Jachimowicz D. , Sipos B. , Lloyd JH , Bruce M. , Pantic N. , Admassu T. , James P. , Warland A. , Jordan M. , Ciccone J. , Serra S. , Keenan J. , Martin S. , McNeill L. , Wallace EJ , Jayasinghe L. , Wright C. , Blasco J. , Young S. , Brocklebank D. , Juul S. , Clarke J. , Heron AJ , Turner DJ Highly parallel secvențierea directă a ARN pe o serie de nanopori.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2018. - Martie ( vol. 15 , nr. 3 ). - P. 201-206 . - doi : 10.1038/nmeth.4577 . — PMID 29334379 .
  79. ↑ Loman NJ , Quick J. , Simpson JT Un genom bacterian complet asamblat de novo folosind numai date de secvențiere a nanoporilor.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2015. - august ( vol. 12 , nr. 8 ). - P. 733-735 . - doi : 10.1038/nmeth.3444 . — PMID 26076426 .
  80. ^ Ozsolak F. , Platt AR , Jones DR , Reifenberger JG , Sass LE , McInerney P. , Thompson JF , Bowers J. , Jarosz M. , Milos PM Direct ARN sequencing.  (engleză)  // Natură. - 2009. - 8 octombrie ( vol. 461 , nr. 7265 ). - P. 814-818 . - doi : 10.1038/nature08390 . — PMID 19776739 .
  81. ↑ 1 2 Hart SN , Therneau TM , Zhang Y. , Poland GA , Kocher JP Calcularea estimărilor dimensiunii eșantionului pentru datele de secvențiere a ARN.  (Engleză)  // Jurnal de biologie computațională: un jurnal de biologie celulară moleculară computațională. - 2013. - Decembrie ( vol. 20 , nr. 12 ). - P. 970-978 . - doi : 10.1089/cmb.2012.0283 . — PMID 23961961 .
  82. ↑ 1 2 3 Conesa A. , Madrigal P. , Tarazona S. , Gomez-Cabrero D. , Cervera A. , McPherson A. , Szcześniak MW , Gaffney DJ , Elo LL , Zhang X. , Mortazavi A. A survey of best practici pentru analiza datelor ARN-seq.  (engleză)  // Biologia genomului. - 2016. - 26 ianuarie ( vol. 17 ). - P. 13-13 . - doi : 10.1186/s13059-016-0881-8 . — PMID 26813401 .
  83. ^ Rapaport F. , Khanin R. , Liang Y. , Pirun M. , Krek A. , Zumbo P. , Mason CE , Socci ND , Betel D. Comprehensive evaluation of differental gene expression analysis methods for ARN-seq data. (engleză)  // Biologia genomului. - 2013. - Vol. 14 , nr. 9 . - P. 95-95 . - doi : 10.1186/gb-2013-14-9-r95 . — PMID 24020486 .  
  84. ↑ O enciclopedie integrată a elementelor ADN din genomul uman.  (engleză)  // Natură. - 2012. - Vol. 489, nr. 7414 . - P. 57-74. - doi : 10.1038/nature11247 . — PMID 22955616 .
  85. ↑ Sloan CA , Chan ET , Davidson JM , Malladi VS , Strattan JS , Hitz BC , Gabdank I. , Narayanan AK , Ho M. , Lee BT , Rowe LD , Dreszer TR , Roe G. , Podduturi NR , Tanaka F. , Hong EL , Cherry JM ENCODE date la portalul ENCODE.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2016. - 4 ianuarie ( vol. 44 , nr. D1 ). - P.D726-732 . - doi : 10.1093/nar/gkv1160 . — PMID 26527727 .
  86. ↑ ENCODE: Enciclopedia Elementelor ADN . encodeproject.org .
  87. ↑ 1 2 Ritchie ME , Phipson B. , Wu D. , Hu Y. , Law CW , Shi W. , Smyth GK limma realizează analize de expresie diferențială pentru studii de secvențiere ARN și microarray.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2015. - 20 aprilie ( vol. 43 , nr. 7 ). - P. e47-47 . - doi : 10.1093/nar/gkv007 . — PMID 25605792 .
  88. ↑ 1 2 Robinson MD , McCarthy DJ , Smyth GK edgeR: un pachet Bioconductor pentru analiza expresiei diferențiale a datelor digitale de expresie a genelor.  (engleză)  // Bioinformatică. - 2010. - 1 ianuarie ( vol. 26 , nr. 1 ). - P. 139-140 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btp616 . — PMID 19910308 .
  89. ↑ 1 2 Huber W. , Carey VJ , Gentleman R. , Anders S. , Carlson M. , Carvalho BS , Bravo HC , Davis S. , Gatto L. , Girke T. , Gottardo R. , Hahne F. , Hansen KD , Irizarry RA , Lawrence M. , Love MI , MacDonald J. , Obenchain V. , Oleś AK , Pagès H. , Reyes A. , Shannon P. , Smyth GK , Tenenbaum D. , Waldron L. , Morgan M. Orchestrating high -analiza genomică de debit cu Bioconductor.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2015. - Februarie ( vol. 12 , nr. 2 ). - P. 115-121 . - doi : 10.1038/nmeth.3252 . — PMID 25633503 .
  90. ↑ Smyth, GK Soluții de bioinformatică și biologie computațională folosind R și  bioconductor . - Springer, New York, NY, 2005. - P. 397-420. — (Statistică pentru biologie și sănătate). — ISBN 9780387251462 . - doi : 10.1007/0-387-29362-0_23 .
  91. ↑ Steve., Russell. Tehnologia Microarray în practică  (neopr.) . - Burlington: Elsevier , 2008. - ISBN 9780080919768 .
  92. ↑ 1 2 Haas BJ , Papanicolaou A. , Yassour M. , Grabherr M. , Blood PD , Bowden J. , Couger MB , Eccles D. , Li B. , Lieber M. , MacManes MD , Ott M. , Orvis J. , Pochet N. , Strozzi F. , Weeks N. , Westerman R. , William T. , Dewey CN , Henschel R. , LeDuc RD , Friedman N. , Regev A. Reconstrucție de novo a secvenței de transcriere din ARN-seq folosind Trinity platformă pentru generarea și analiza de referință.  (Engleză)  // Nature Protocols. - 2013. - august ( vol. 8 , nr. 8 ). - P. 1494-1512 . - doi : 10.1038/nprot.2013.084 . — PMID 23845962 .
  93. ↑ 1 2 Pertea M. , Pertea GM , Antonescu CM , Chang TC , Mendell JT , Salzberg SL StringTie permite reconstrucția îmbunătățită a unui transcriptom din citirile ARN-seq.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2015. - martie ( vol. 33 , nr. 3 ). - P. 290-295 . - doi : 10.1038/nbt.3122 . — PMID 25690850 .
  94. ↑ Kodama Y. , Shumway M. , Leinonen R. , International Nucleotide Sequence Database Collaboration. Arhiva Sequence Read: creștere explozivă a datelor de secvențiere.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2012. - ianuarie ( vol. 40 ). - P.D54-56 . doi : 10.1093 / nar/gkr854 . — PMID 22009675 .
  95. ↑ 1 2 Edgar R. , Domrachev M. , Lash AE Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2002. - 1 ianuarie ( vol. 30 , nr. 1 ). - P. 207-210 . — PMID 11752295 .
  96. ↑ 1 2 Petrov Anton , Shams Soheil. Procesarea imaginilor cu microarray și controlul calității  //  The Journal of VLSI Signal Processing-Systems for Signal, Image, and Video Technology. - 2004. - noiembrie ( vol. 38 , nr. 3 ). - P. 211-226 . — ISSN 0922-5773 . - doi : 10.1023/B:VLSI.0000042488.08307.ad .
  97. ↑ Kwon, Young Min; Ricke, Steven. Secvențiere de generație următoare cu randament ridicat  . — SpringerLink . - doi : 10.1007/978-1-61779-089-8 .
  98. ↑ Nakamura K. , Oshima T. , Morimoto T. , Ikeda S. , Yoshikawa H. , Shiwa Y. , Ishikawa S. , Linak MC , Hirai A. , Takahashi H. , Altaf-Ul-Amin M. , Ogasawara N. . , Kanaya S. Profilul de eroare specific secvenței al secvențelor Illumina.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2011. - iulie ( vol. 39 , nr. 13 ). -P.e90-90 . _ - doi : 10.1093/nar/gkr344 . — PMID 21576222 .
  99. ↑ Van Verk MC , Hickman R. , Pieterse CM , Van Wees SC RNA-Seq: revelation of the messengers.  (Engleză)  // Tendințe în știința plantelor. - 2013. - Aprilie ( vol. 18 , nr. 4 ). - P. 175-179 . - doi : 10.1016/j.tplants.2013.02.001 . — PMID 23481128 .
  100. ↑ FastQC: Un instrument de control al calității pentru date de secvență de mare capacitate . Babraham Bioinformatica. Preluat: 23 mai 2017.
  101. ↑ Lo CC , Chain PS Evaluarea rapidă și controlul calității datelor de secvențiere de generație următoare cu FaQC.  (engleză)  // BMC Bioinformatics. - 2014. - 19 noiembrie ( vol. 15 ). - P. 366-366 . - doi : 10.1186/s12859-014-0366-2 . — PMID 25408143 .
  102. ↑ 1 2 3 Trapnell C. , Hendrickson DG , Sauvageau M. , Goff L. , Rinn JL , Pachter L. Analiza diferențială a reglării genelor la rezoluția transcripției cu ARN-seq.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2013. - ianuarie ( vol. 31 , nr. 1 ). - P. 46-53 . - doi : 10.1038/nbt.2450 . — PMID 23222703 .
  103. ↑ 1 2 Xie Y. , Wu G. , Tang J. , Luo R. , Patterson J. , Liu S. , Huang W. , He G. , Gu S. , Li S. , Zhou X. , Lam TW , Li Y. , Xu X. , Wong GK , Wang J. SOAPdenovo-Trans: ansamblu transcriptom de novo cu citiri scurte de ARN-Seq.  (engleză)  // Bioinformatică. - 2014. - 15 iunie ( vol. 30 , nr. 12 ). - P. 1660-1666 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btu077 . — PMID 24532719 .
  104. ↑ Fonseca NA , Rung J. , Brazma A. , Marioni JC Tools for mapping high-throughput sequencing data.  (engleză)  // Bioinformatică. - 2012. - 15 decembrie ( vol. 28 , nr. 24 ). - P. 3169-3177 . - doi : 10.1093/bioinformatics/bts605 . — PMID 23060614 .
  105. ↑ Trapnell C. , Pachter L. , Salzberg S.L. TopHat: descoperirea joncțiunilor splice cu ARN-Seq.  (engleză)  // Bioinformatică. - 2009. - Vol. 25, nr. 9 . - P. 1105-1111. - doi : 10.1093/bioinformatics/btp120 . — PMID 19289445 .
  106. ↑ 1 2 Trapnell C. , Williams BA , Pertea G. , Mortazavi A. , Kwan G. , van Baren MJ , Salzberg SL , Wold BJ , Pachter L. Asamblarea și cuantificarea transcripției prin ARN-Seq dezvăluie transcrieri neadnotate și comutarea izoformelor în timpul diferențierea celulară.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2010. - Mai ( vol. 28 , nr. 5 ). - P. 511-515 . - doi : 10.1038/nbt.1621 . — PMID 20436464 .
  107. ^ Miller JR , Koren S. , Sutton G. Assembly algorithms for next-generation sequencing data.  (engleză)  // Genomica. - 2010. - iunie ( vol. 95 , nr. 6 ). - P. 315-327 . - doi : 10.1016/j.ygeno.2010.03.001 . — PMID 20211242 .
  108. ^ O'Neil ST , Emrich SJ Assessing De Novo transcriptome assembly metrics for consistent and utility.  (engleză)  // BMC Genomics. - 2013. - 9 iulie ( vol. 14 ). - P. 465-465 . - doi : 10.1186/1471-2164-14-465 . — PMID 23837739 .
  109. ^ Smith-Unna R. , Boursnell C. , Patro R. , Hibberd JM , Kelly S. TransRate: evaluarea calității fără referință a ansamblurilor de transcriptom de novo.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2016. - august ( vol. 26 , nr. 8 ). - P. 1134-1144 . - doi : 10.1101/gr.196469.115 . — PMID 27252236 .
  110. ↑ Li B. , Fillmore N. , Bai Y. , Collins M. , Thomson JA , Stewart R. , Dewey CN Evaluarea ansamblurilor de transcriptom de novo din datele ARN-Seq.  (engleză)  // Biologia genomului. - 2014. - 21 decembrie ( vol. 15 , nr. 12 ). - P. 553-553 . - doi : 10.1186/s13059-014-0553-5 . — PMID 25608678 .
  111. ↑ Zerbino DR , Birney E. Velvet: algoritmi pentru asamblarea scurtă de citire de novo folosind grafice de Bruijn.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2008. - Mai ( vol. 18 , nr. 5 ). - P. 821-829 . - doi : 10.1101/gr.074492.107 . — PMID 18349386 .
  112. ↑ Schulz MH , Zerbino DR , Vingron M. , Birney E. Oases: robust de novo ARN-seq assembly across the dynamic range of expression levels.  (engleză)  // Bioinformatică. - 2012. - 15 aprilie ( vol. 28 , nr. 8 ). - P. 1086-1092 . - doi : 10.1093/bioinformatics/bts094 . — PMID 22368243 .
  113. ↑ Robertson G. , Schein J. , Chiu R. , Corbett R. , Field M. , Jackman SD , ​​Mungall K. , Lee S. , Okada HM , Qian JQ , Griffith M. , Raymond A. , Thiessen N. ... Cezard T. , Butterfield YS , Newsome R. , Chan SK , She R. , Varhol R. , Kamoh B. , Prabhu AL , Tam A. , Zhao Y. , Moore RA , Hirst M. , Marra MA , Jones SJ , Hoodless PA , Birol I. Asamblarea și analiza de novo a datelor ARN-seq.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2010. - noiembrie ( vol. 7 , nr. 11 ). - P. 909-912 . - doi : 10.1038/nmeth.1517 . — PMID 20935650 .
  114. ↑ 1 2 Grabherr MG , Haas BJ , Yassour M. , Levin JZ , Thompson DA , Amit I. , Adiconis X. , Fan L. , Raychowdhury R. , Zeng Q. , Chen Z. , Mauceli E. , Hacohen N. , Gnirke A. , Rhind N. , di Palma F. , Birren BW , Nusbaum C. , Lindblad-Toh K. , Friedman N. , Regev A. Asamblare transcriptom de lungime completă din datele ARN-Seq fără un genom de referință.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2011. - 15 mai ( vol. 29 , nr. 7 ). - P. 644-652 . - doi : 10.1038/nbt.1883 . — PMID 21572440 .
  115. ↑ Chevreux B. , Pfisterer T. , Drescher B. , Driesel AJ , Müller WE , Wetter T. , Suhai S. Utilizarea asamblatorului miraEST pentru asamblarea fiabilă și automată a transcripției mRNA și detectarea SNP în EST-uri secvențiate.  (engleză)  // Cercetarea genomului. - 2004. - iunie ( vol. 14 , nr. 6 ). - P. 1147-1159 . - doi : 10.1101/gr.1917404 . — PMID 15140833 .
  116. ^ Margulies M. , Egholm M. , Altman WE , Attiya S. , Bader JS , Bemben LA , Berka J. , Braverman MS , Chen YJ , Chen Z. , Dewell SB , Du L. , Fierro JM , Gomes XV , Godwin BC , He W. , Helgesen S. , Ho CH , Irzyk GP , Jando SC , Alenquer ML , Jarvie TP , Jirage KB , Kim JB , Knight JR , Lanza JR , Leamon JH , Lefkowitz SM , Lei M. , Li J. , Lohman KL , Lu H. , Makhijani VB , McDade KE , McKenna MP , Myers EW , Nickerson E. , Nobile JR , Plant R. , Puc BP , Ronan MT , Roth GT , Sarkis GJ , Simons JF , Simpson JW , Srinivas JW , Srinivas M. , Tartaro KR , Tomasz A. , Vogt KA , Volkmer GA , Wang SH , Wang Y. , Weiner MP , Yu P. , Begley RF , Rothberg JM Secvențierea genomului în reactoare de picolitru de înaltă densitate microfabricate.  (engleză)  // Natură. - 2005. - 15 septembrie ( vol. 437 , nr. 7057 ). - P. 376-380 . - doi : 10.1038/nature03959 . — PMID 16056220 .
  117. ↑ Kumar S. , Blaxter ML Comparing de novo assemblers for 454 transcriptom data.  (engleză)  // BMC Genomics. - 2010. - 16 octombrie ( vol. 11 ). - P. 571-571 . - doi : 10.1186/1471-2164-11-571 . — PMID 20950480 .
  118. ^ Bankevich A. , Nurk S. , Antipov D. , Gurevich AA , Dvorkin M. , Kulikov AS , Lesin VM , Nikolenko SI , Pham S. , Prjibelski AD , Pyshkin AV , Sirotkin AV , Vyahhi N. , Tesler G. Alekseyev MA , Pevzner PA SPAdes: un nou algoritm de asamblare a genomului și aplicațiile sale la secvențierea cu o singură celulă.  (Engleză)  // Jurnal de biologie computațională: un jurnal de biologie celulară moleculară computațională. - 2012. - Mai ( vol. 19 , nr. 5 ). - P. 455-477 . - doi : 10.1089/cmb.2012.0021 . — PMID 22506599 .
  119. ↑ Li B. , Dewey CN RSEM: cuantificare precisă a transcripției din datele ARN-Seq cu sau fără genom de referință.  (engleză)  // BMC Bioinformatics. - 2011. - 4 august ( vol. 12 ). - P. 323-323 . - doi : 10.1186/1471-2105-12-323 . — PMID 21816040 .
  120. ^ Gehlenborg N. , O'Donoghue SI , Baliga NS , Goesmann A. , Hibbs MA , Kitano H. , Kohlbacher O. , Neuweger H. , Schneider R. , Tenenbaum D. , Gavin AC Visualization of omics data for biology systems.  (Engleză)  // Metode de natură. - 2010. - Martie ( vol. 7 , nr. 3 Suppl ). - P. 56-68 . - doi : 10.1038/nmeth.1436 . — PMID 20195258 .
  121. ↑ Anders S. , Pyl PT , Huber W. HTSeq--un cadru Python pentru a lucra cu date de secvențiere cu randament ridicat.  (engleză)  // Bioinformatică. - 2015. - 15 ianuarie ( vol. 31 , nr. 2 ). - P. 166-169 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btu638 . — PMID 25260700 .
  122. ↑ Bray NL , Pimentel H. , Melsted P. , Pachter L. Near-optimal probabilistic ARN-seq quantification.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2016. - Mai ( vol. 34 , nr. 5 ). - P. 525-527 . - doi : 10.1038/nbt.3519 . — PMID 27043002 .
  123. ↑ Li H. , Handsaker B. , Wysoker A. , ​​Fennell T. , Ruan J. , Homer N. , Marth G. , Abecasis G. , Durbin R. , 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. Formatul Sequence Alignment/Map și SAMtools.  (engleză)  // Bioinformatică. - 2009. - 15 august ( vol. 25 , nr. 16 ). - P. 2078-2079 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btp352 . — PMID 19505943 .
  124. ↑ Love MI , Huber W. , Anders S. Estimarea moderată a schimbării orificiului și a dispersiei pentru datele ARN-seq cu DESeq2.  (engleză)  // Biologia genomului. - 2014. - Vol. 15 , nr. 12 . - P. 550-550 . - doi : 10.1186/s13059-014-0550-8 . — PMID 25516281 .
  125. ^ Frazee AC , Pertea G. , Jaffe AE , Langmead B. , Salzberg SL , Leek JT Ballgown creează o punte între asamblarea transcriptomului și analiza expresiei.  (Engleză)  // Nature Biotechnology. - 2015. - martie ( vol. 33 , nr. 3 ). - P. 243-246 . - doi : 10.1038/nbt.3172 . — PMID 25748911 .
  126. ↑ Fang Z. , Cui X. Design and validation issues in ARN-seq experiments.  (Engleză)  // Briefings In Bioinformatics. - 2011. - Mai ( vol. 12 , nr. 3 ). - P. 280-287 . - doi : 10.1093/bib/bbr004 . — PMID 21498551 .
  127. ↑ Ramsköld D. , Wang ET , Burge CB , Sandberg R. O abundență de gene exprimate în mod ubicuu dezvăluite prin datele secvenței de transcriptom tisular.  (Engleză)  // PLoS Computational Biology. - 2009. - Decembrie ( vol. 5 , nr. 12 ). - P. e1000598-1000598 . - doi : 10.1371/journal.pcbi.1000598 . — PMID 20011106 .
  128. ↑ Vandesompele J. , De Preter K. , Pattyn F. , Poppe B. , Van Roy N. , De Paepe A. , Speleman F. Normalizarea exactă a datelor RT-PCR cantitative în timp real prin medierea geometrică a genelor de control intern multiple .  (engleză)  // Biologia genomului. - 2002. - 18 iunie ( vol. 3 , nr. 7 ). - P. 0034-0034 . — PMID 12184808 .
  129. ↑ Core LJ , Waterfall JJ , Lis JT Secvențierea ARN-ului nascent dezvăluie pauze pe scară largă și inițiere divergentă la promotorii umani.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2008. - 19 decembrie ( vol. 322 , nr. 5909 ). - P. 1845-1848 . - doi : 10.1126/science.1162228 . — PMID 19056941 .
  130. ↑ Camarena L. , Bruno V. , Euskirchen G. , Poggio S. , Snyder M. Mecanismele moleculare ale patogenezei induse de etanol dezvăluite prin secvențierea ARN.  (Engleză)  // PLoS Patogeni. - 2010. - 1 aprilie ( vol. 6 , nr. 4 ). - P. e1000834-1000834 . - doi : 10.1371/journal.ppat.1000834 . — PMID 20368969 .
  131. ↑ 1 2 Govind G. , Harshavardhan VT , Patricia JK , Dhanalakshmi R. , Senthil Kumar M. , Sreenivasulu N. , Udayakumar M. Identificarea și validarea funcțională a unui set unic de gene induse de secetă exprimate preferabil ca răspuns la stresul hidric treptat în arahide.  (Engleză)  // Genetică moleculară și genomică : MGG. - 2009. - iunie ( vol. 281 , nr. 6 ). - P. 591-605 . - doi : 10.1007/s00438-009-0432-z . — PMID 19224247 .
  132. ↑ Costa V. , Aprile M. , Esposito R. , Ciccodicola A. ARN-Seq and human complex diseases: recent accomplishments and future perspectives.  (Engleză)  // Jurnalul European de Genetică Umană : EJHG. - 2013. - Februarie ( vol. 21 , nr. 2 ). - P. 134-142 . - doi : 10.1038/ejhg.2012.129 . — PMID 22739340 .
  133. ↑ Khurana E. , Fu Y. , Chakravarty D. , Demichelis F. , Rubin MA , Gerstein M. Role of non-coding sequence variants in cancer.  (engleză)  // Nature Reviews. genetica. - 2016. - Februarie ( vol. 17 , nr. 2 ). - P. 93-108 . - doi : 10.1038/nrg.2015.17 . — PMID 26781813 .
  134. ↑ Slotkin RK , Martienssen R. Elemente transposabile și reglarea epigenetică a genomului.  (engleză)  // Nature Reviews. genetica. - 2007. - Aprilie ( vol. 8 , nr. 4 ). - P. 272-285 . doi : 10.1038 / nrg2072 . — PMID 17363976 .
  135. ↑ Proserpio V. , Mahata B. Tehnologii unicelulare pentru studiul sistemului imunitar.  (engleză)  // Imunologie. - 2016. - Februarie ( vol. 147 , nr. 2 ). - P. 133-140 . - doi : 10.1111/imm.12553 . — PMID 26551575 .
  136. ↑ 1 2 Byron SA , Van Keuren-Jensen KR , Engelthaler DM , Carpten JD , Craig DW Traducerea secvențelor ARN în diagnosticare clinică: oportunități și provocări.  (engleză)  // Nature Reviews. genetica. - 2016. - Mai ( vol. 17 , nr. 5 ). - P. 257-271 . - doi : 10.1038/nrg.2016.10 . — PMID 26996076 .
  137. ^ Wu HJ , Wang AH , Jennings MP Descoperirea factorilor de virulență ai bacteriilor patogene.  (Engleză)  // Opinia curentă în biologie chimică. - 2008. - Februarie ( vol. 12 , nr. 1 ). - P. 93-101 . - doi : 10.1016/j.cbpa.2008.01.023 . — PMID 18284925 .
  138. ↑ Suzuki S. , Horinouchi T. , Furusawa C. Prediction of antibiotic resistance by gene expression profiles.  (engleză)  // Nature Communications. - 2014. - 17 decembrie ( vol. 5 ). - P. 5792-5792 . - doi : 10.1038/ncomms6792 . — PMID 25517437 .
  139. ^ Westermann AJ , Gorski SA , Vogel J. Dual ARN-seq of pathogen and host.  (engleză)  // Nature Reviews. microbiologie. - 2012. - Septembrie ( vol. 10 , nr. 9 ). - P. 618-630 . - doi : 10.1038/nrmicro2852 . — PMID 22890146 .
  140. ↑ Durmuş S. , Çakır T. , Özgür A. , ​​Guthke R. O revizuire a biologiei sistemelor de calcul a interacțiunilor patogen-gazdă.  (engleză)  // Frontiere în microbiologie. - 2015. - Vol. 6 . - P. 235-235 . - doi : 10.3389/fmicb.2015.00235 . — PMID 25914674 .
  141. ↑ 1 2 Garg R. , Shankar R. , Thakkar B. , Kudapa H. , Krishnamurthy L. , Mantri N. , Varshney RK , Bhatia S. , Jain M. Analizele transcriptomului dezvăluie răspunsuri moleculare specifice genotipului și stadiului de dezvoltare la stresurile de secetă și salinitate la năut.  (engleză)  // Rapoarte științifice. - 2016. - 13 ianuarie ( vol. 6 ). - P. 19228-19228 . - doi : 10.1038/srep19228 . — PMID 26759178 .
  142. ↑ García-Sánchez S. , Aubert S. , Iraqui I. , Janbon G. , Ghigo JM , d'Enfert C. Candida albicans biofilms: a developmental state associated with specific and stable gene expression patterns.  (Engleză)  // Celulă eucariotă. - 2004. - Aprilie ( vol. 3 , nr. 2 ). - P. 536-545 . — PMID 15075282 .
  143. ^ Rich SM , Leendertz FH , Xu G. , LeBreton M. , Djoko CF , Aminake MN , Takang EE , Diffo JL , Pike BL , Rosenthal BM , Formenty P. , Boesch C. , Ayala FJ , Wolfe ND Originea malignului malarie. (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States Of America. - 2009. - 1 septembrie ( vol. 106 , nr. 35 ). - P. 14902-14907 . - doi : 10.1073/pnas.0907740106 . — PMID 19666593 .  
  144. ↑ Mok S. , Ashley EA , Ferreira PE , Zhu L. , Lin Z. , Yeo T. , Chotivanich K. , Imwong M. , Pukrittayakamee S. , Dhorda M. , Nguon C. , Lim P. , Amaratunga C. , Suon S. , Hien TT , Htut Y. , Faiz MA , Onyamboko MA , Mayxay M. , Newton PN , Tripura R. , Woodrow CJ , Miotto O. , Kwiatkowski DP , Nosten F. , Day NP , Preiser PR , White NJ , Dondorp AM , Fairhurst RM , Bozdech Z. Drug resistance. Transcriptomica populației de paraziți ai malariei umane dezvăluie mecanismul rezistenței la artemisinine.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2015. - 23 ianuarie ( vol. 347 , nr. 6220 ). - P. 431-435 . - doi : 10.1126/science.1260403 . — PMID 25502316 .
  145. ↑ Verbruggen N. , Hermans C. , Schat H. Molecular mechanisms of metal hyperaccumulation in plants.  (engleză)  // Noul fitolog. - 2009. - Martie ( vol. 181 , nr. 4 ). - P. 759-776 . - doi : 10.1111/j.1469-8137.2008.02748.x . — PMID 19192189 .
  146. ↑ Li Z. , Zhang Z. , Yan P. , Huang S. , Fei Z. , Lin K. ARN-Seq îmbunătățește adnotarea genelor care codifică proteinele din genomul castraveților.  (engleză)  // BMC Genomics. - 2011. - 2 noiembrie ( vol. 12 ). - P. 540-540 . - doi : 10.1186/1471-2164-12-540 . — PMID 22047402 .
  147. ↑ Hobbs M. , Pavasovic A. , King AG , Prentis PJ , Eldridge MD , Chen Z. , Colgan DJ , Polkinghorne A. , Wilkins MR , Flanagan C. , Gillett A. , Hanger J. , Johnson RN , Timms P. O resursă de transcriptom pentru koala (Phascolarctos cinereus): informații despre transcripția retrovirusului koala și diversitatea secvenței.  (engleză)  // BMC Genomics. - 2014. - 11 septembrie ( vol. 15 ). - P. 786-786 . - doi : 10.1186/1471-2164-15-786 . — PMID 25214207 .
  148. ↑ Howe GT , Yu J. , Knaus B. , Cronn R. , Kolpak S. , Dolan P. , Lorenz WW , ​​Dean JF O resursă SNP pentru Douglas-fir: asamblarea transcriptomului de novo și detectarea și validarea SNP.  (engleză)  // BMC Genomics. - 2013. - 28 februarie ( vol. 14 ). - P. 137-137 . - doi : 10.1186/1471-2164-14-137 . — PMID 23445355 .
  149. ↑ McGrath LL , Vollmer SV , Kaluziak ST , Ayers J. Asamblarea transcriptomului de novo pentru homarul Homarus americanus și caracterizarea expresiei diferențiale a genelor în țesuturile sistemului nervos.  (engleză)  // BMC Genomics. - 2016. - 16 ianuarie ( vol. 17 ). - P. 63-63 . - doi : 10.1186/s12864-016-2373-3 . — PMID 26772543 .
  150. ↑ ARN ribozomal Noller HF și traducere. (Engleză)  // Revizuirea anuală a biochimiei. - 1991. - Vol. 60 . - P. 191-227 . - doi : 10.1146/annurev.bi.60.070191.001203 . — PMID 1883196 .  
  151. ^ Christov CP , Gardiner TJ , Szüts D. , Krude T. Cerința funcțională a ARN-urilor Y noncoding pentru replicarea ADN-ului cromozomial uman. (Engleză)  // Biologie moleculară și celulară. - 2006. - Vol. 26, nr. 18 . - p. 6993-7004. - doi : 10.1128/MCB.01060-06 . — PMID 16943439 .  
  152. ↑ Kishore S. , Stamm S. snoRNA HBII-52 reglează splicing-ul alternativ al receptorului de serotonină 2C.  (engleză)  // Știință (New York, NY). - 2006. - 13 ianuarie ( vol. 311 , nr. 5758 ). - P. 230-232 . - doi : 10.1126/science.1118265 . — PMID 16357227 .
  153. ↑ Hüttenhofer A. , ​​Schattner P. , Polacek N. Non-coding ARNs: hope or hype?  (Engleză)  // Tendințe în genetică : TIG. - 2005. - Mai ( vol. 21 , nr. 5 ). - P. 289-297 . - doi : 10.1016/j.tig.2005.03.007 . — PMID 15851066 .
  154. ↑ Esteller M. ARN non-coding în boala umană.  (engleză)  // Nature Reviews. genetica. - 2011. - 18 noiembrie ( vol. 12 , nr. 12 ). - P. 861-874 . doi : 10.1038 / nrg3074 . — PMID 22094949 .
  155. ↑ Gene Expression Omnibus . www.ncbi.nlm.nih.gov . Data accesului: 26 martie 2018.
  156. ↑ 1 2 Brazma A. , Hingamp P. , Quackenbush J. , Sherlock G. , Spellman P. , Stoeckert C. , Aach J. , Ansorge W. , Ball CA , Causton HC , Gaasterland T. , Glenisson P. , Holstege FC , Kim IF , Markowitz V. , Matese JC , Parkinson H. , Robinson A. , Sarkans U. , Schulze-Kremer S. , Stewart J. , Taylor R. , Vilo J. , Vingron M. Informații minime despre un microarray experiment (MIAME) - spre standarde pentru datele microarray.  (engleză)  // Genetica naturii. - 2001. - Decembrie ( vol. 29 , nr. 4 ). - P. 365-371 . - doi : 10.1038/ng1201-365 . — PMID 11726920 .
  157. ↑ 1 2 Brazma A. Informații minime despre un experiment cu microarray (MIAME)--succesuri, eșecuri, provocări.  (engleză)  // TheScientificWorldJournal. - 2009. - 29 mai ( vol. 9 ). - P. 420-423 . - doi : 10.1100/tsw.2009.57 . — PMID 19484163 .
  158. ↑ Kolesnikov N. , Hastings E. , Keays M. , Melnichuk O. , Tang YA , Williams E. , Dylag M. , Kurbatova N. , Brandizi M. , Burdett T. , Megy K. , Pilicheva E. , Rustici G. , Tikhonov A. , Parkinson H. , Petryszak R. , Sarkans U. , Brazma A. ArrayExpress update--simplificarea trimiterilor de date.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2015. - ianuarie ( vol. 43 ). - P. D1113-1116 . doi : 10.1093 / nar/gku1057 . — PMID 25361974 .
  159. ↑ Petryszak R. , Keays M. , Tang YA , Fonseca NA , Barrera E. , Burdett T. , Füllgrabe A. , Fuentes AM , Jupp S. , Koskinen S. , Mannion O. , Huerta L. , Megy K. , Snow C. , Williams E. , Barzine M. , Hastings E. , Weisser H. , Wright J. , Jaiswal P. , Huber W. , Choudhary J. , Parkinson HE , Brazma A. Expression Atlas update--o bază de date integrată a expresiei genelor și proteinelor la oameni, animale și plante.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2016. - 4 ianuarie ( vol. 44 , nr. D1 ). - P. D746-752 . - doi : 10.1093/nar/gkv1045 . — PMID 26481351 .
  160. ↑ Hruz T. , Laule O. , Szabo G. , Wessendorp F. , Bleuler S. , Oertle L. , Widmayer P. , Gruissem W. , Zimmermann P. Genevestigator v3: a reference expression database for the meta-analysis of transcriptoms .  (Engleză)  // Progrese în bioinformatică. - 2008. - Vol. 2008 . - P. 420747-420747 . - doi : 10.1155/2008/420747 . — PMID 19956698 .
  161. ↑ Mitsuhashi N. , Fujieda K. , Tamura T. , Kawamoto S. , Takagi T. , Okubo K. BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2009. - ianuarie ( vol. 37 ). - P.D782-785 . - doi : 10.1093/nar/gkn613 . — PMID 18835852 .
  162. ↑ Zhao Y. , Li H. , Fang S. , Kang Y. , Wu W. , Hao Y. , Li Z. , Bu D. , Sun N. , Zhang MQ , Chen R. NONCODE 2016: un informativ și informativ sursa de date a ARN-urilor lungi necodante.  (Engleză)  // Cercetarea acizilor nucleici. - 2016. - 4 ianuarie ( vol. 44 , nr. D1 ). - P.D203-208 . - doi : 10.1093/nar/gkv1252 . — PMID 26586799 .
  Accesați articolul Wikidata  Dicționare și enciclopedii