Interferența ARN

Interferența ARN ( de exemplu , interferența ARN, ARNi ) este procesul de suprimare a expresiei genelor în stadiul de transcripție , traducere , deadenilare  sau degradare a ARNm folosind molecule mici de ARN.

Procesele de interferență ARN au fost găsite în celulele multor eucariote : la animale , plante și ciuperci . Sistemul de interferență ARN joacă un rol important în protejarea celulelor de viruși , gene parazitare  ( transpozoni ) și în reglarea dezvoltării , diferențierii și expresiei genelor unui organism .

Procesul de interferență ARN începe cu acțiunea enzimei Dicer , care taie moleculele lungi de ARN dublu catenar (dsRNA) în fragmente scurte de ordinul a 21-25 de nucleotide numite siARN . Una dintre cele două catene ale fiecărui fragment este numită „ghid”, acest ARN monocatenar este inclus în continuare în complexul ARN-proteină RISC . Ca rezultat al activității RISC, un fragment de ARN monocatenar se leagă la o secvență complementară a moleculei de ARNm și determină ca proteina Argonaute să taie ARNm sau să inhibe translația și/sau deadenilarea ARNm. Aceste evenimente duc la suprimarea exprimării (tăcere) genei corespunzătoare, a cărei eficacitate este limitată de concentrațiile de molecule mici de ARN - siARN și microARN .

Efectul selectiv al interferenței ARN asupra expresiei genelor face din ARNi un instrument util pentru studiile care utilizează culturi celulare și organisme vii, deoarece ARN-urile sintetice dublu catenar introduse în celule provoacă suprimarea unor gene specifice. RNAi este utilizat pentru cercetare la scară largă în biologie moleculară , biochimie , biotehnologie și medicină . De exemplu, interferența ARN este utilizată pentru a „dezactiva” în mod sistematic genele din celule și pentru a stabili funcțiile genelor în studiul diviziunii celulare .

Din punct de vedere istoric, interferența ARN a fost cunoscută sub denumirea de tăcere a genelor post-transcripționale . Abia după ce au fost investigate aceste procese presupuse fără legătură, a devenit clar că toate descriu manifestări ale ARNi. În 2006, oamenii de știință americani Andrew Fire și Craig Mello au primit Premiul Nobel pentru Fiziologie sau Medicină pentru munca lor privind studiul interferenței ARN la nematodul Caenorhabditis elegans [1] , publicat în 1998 [2] .

Istorie

Înainte de descoperirea interferenței ARN în plante, a fost descrisă inhibarea transcripției de către ARN antisens [4] . În 1990, pentru a schimba culoarea florilor de petunia ( Petunia hybrida ), au fost introduse în plante copii suplimentare ale genei pentru chalcon sintetaza, o enzimă necesară pentru sinteza pigmenților roz și violet. Cu toate acestea, expresia crescută a genei sintetazei nu a dus la o culoare mai închisă a periantului , dimpotrivă, florile au devenit mai deschise și chiar parțial albe. Rezultatele obţinute au indicat că activitatea enzimei nu a crescut, ci a scăzut. Genele chalcon sintază au fost exprimate la un nivel mai scăzut decât înainte de introducerea transgenei . [5] [6] Câtva timp mai târziu, „tăcere genetică” a fost descrisă în ciuperca Neurospora crassa , dar acest proces nu a fost corelat cu procesele descrise pentru plante [7] . Studii ulterioare au arătat că degradarea ARNm în plante duce la o scădere a activității genelor prin mecanismul inhibării post-transcripționale [8] . Acest fenomen a fost numit „cosuprimarea expresiei genelor”, cu toate acestea, mecanismul acestui proces nu era cunoscut [9] .

Un efect similar neașteptat a fost descris în încercarea de a crește rezistența plantelor la viruși . Se știa că plantele care exprimă proteine ​​virale au o rezistență crescută la infecția virală, dar studiile ulterioare au arătat că rezistența la infecția cu alte viruși este asigurată doar de scurte porțiuni de ARN viral necodant. Cercetătorii au mai crezut că ARN-urile virale transgenice ar putea, de asemenea, inhiba replicarea virală [10] . Un experiment invers, în care secvențe scurte de gene ale plantelor au fost introduse în genomul virusului , a arătat că genele țintă au fost suprimate în plantele infectate. Acest fenomen a fost numit „ tăcere genică indusă de virus, VIGS ”, iar combinația de astfel de fenomene a fost numită silenționare a genelor post-transcripționale ( ing  . tăcere a genelor post-transcripționale ) [11] .  

În urma observațiilor efectuate asupra plantelor, multe laboratoare din întreaga lume au încercat să detecteze un fenomen similar și la alte organisme [12] [13] . Craig Mello și Andrew Fire , într-o lucrare Nature din 1998 , au descris efectul reducerii la tăcere a genelor după ce ARN-ul dublu catenar a fost introdus în corpul viermilor rotunzi Caenorhabditis elegans [2] . În studiile privind reglarea sintezei proteinelor musculare, Mello și Fire au arătat că administrarea de ARNm sau ARN antisens nu a afectat sinteza proteinelor , în timp ce administrarea de ARN dublu catenar a redus cu succes expresia genei țintă. Rezultatul acestor lucrări a fost apariția termenului de interferență ARN . Studiile lui Fire și Mello sunt demne de remarcat prin faptul că, în cursul muncii lor, a fost dezvăluit principiul activ al sistemului de tăcere a genelor post-transcripționale. În 2006, Fire și Mello au primit Premiul Nobel pentru Fiziologie sau Medicină pentru cercetările lor în domeniul interferenței ARN [1] .

Componente

Componenta ribonucleică a sistemului de interferență ARN poate fi reprezentată de oligonucleotide dublu catenare scurte endogene și exogene de două tipuri - microARN și ARN interferent mic ( siRNA ) . 

ARN-uri mici interferente

ARN-urile interferente mici sunt ARN-uri dublu catenar cu lungimea de 21-25 de nucleotide cu două nucleotide nepereche în suprafață la capetele 3’. Fiecare lanț de nucleotide are o grupare fosfat la capătul 5’ și o grupare hidroxil la capătul 3’. Această structură a ARNsi este formată din activitatea enzimei Dicer , al cărei substrat este ARN-uri lungi dublu catenar sau ARN-uri scurte care conțin ac de păr . [14] Duplexurile micilor ARN interferenți intră apoi în complexul catalitic RISC , unde, cu participarea proteinei Argonaute, duplexul este nerăsucit și se formează un complex complementar de ARN antisens scurt cu o secvență specifică în regiunea de codificare a ARNm, ceea ce duce la degradarea în continuare a acestuia din urmă. Spre deosebire de miARN, ARN-urile interferente mici, de regulă, se împerechează cu precizie cu ținta și conduc la scindarea endonucleolitică a unui singur ARNm specific [15]

microARN

MicroARN -urile ( ing.  MicroARN, miARN ) sunt ARN-uri necodificatoare lungi de 21-22 de nucleotide, implicate în reglarea expresiei genelor . MicroARN-urile se leagă de secvențe specifice de ARNm în regiunea 3’-netradusă și provoacă fie inhibarea translației , fie ștergerea cozii poli(A) . Moleculele de microARN sunt exprimate ca transcrieri primare ale genelor lungi care codifică precursori de microARN ( pri  -miARN, miARN primordial ), iar după procesare în nucleul celulei , ele sunt structuri pre-miARN - stalk-loop lungi de aproximativ 70 de nucleotide . Complexul de procesare pri-miARN la pre-miARN conține o enzimă RNază III numită Drosha și o proteină dublu catenară care leagă ARN-ul Pasha . Partea dublu catenară a pre-miARN se leagă și este tăiată de proteina Dicer (în Drosophila melanogaster , miARN-urile și micile ARN interferențe sunt procesate de diferite izoforme ale enzimei Dicer [16] ); în acest caz, se formează o moleculă matură de microARN, care poate intra apoi în RISC [17] [18] [19] . Există, de asemenea, o cale pentru formarea miARN independentă de Dicer. Procesarea precursorului microARN în acest caz este efectuată de proteina Argonaute 2 [20] [21] .

La animale, miARN-urile de obicei ne se potrivesc cu ARNm-țintă și pot inhiba translația multor ARNm cu secvențe similare. La plante, împerecherea în multe cazuri poate fi completă.

RISC

Partea catalitică a RISC ( complexul de tăcere indus de ARN ) sunt proteine ​​endonucleaze din familia Argonaute , care taie ARNm complementar cu ARN-ul interferent mic asociat [1] . Deoarece fragmentele care se formează după tăierea cu proteina Dicer sunt dublu catenare, potențial fiecare dintre catene poate fi un mic ARN interferent ( ing. siARN ). Cu toate acestea, doar una dintre cele două catene, numită șiră de ghidare , se leagă de proteina Argonaute și reprimă expresia genei . O altă șuviță, numită șuviță pasageră , șuviță anti-ghid , suferă o degradare în timpul activării RISC [22] . Deși anterior se credea că lanțurile sunt separate de o helicază dependentă de ATP [23] , acum s-a demonstrat că acest proces este independent de ATP și este realizat direct de proteinele care alcătuiesc RISC [24] [25 ] ] . Alegerea catenei de ghidare este independentă de direcția în care Dicer taie ARN-ul dublu catenar înainte de a intra în RISC [26] [27] . Proteina R2D2 poate fi un factor care distinge capătul 5’ mai stabil al lanțului însoțitor în timpul legării [28] .     

Legarea moleculelor de ARN la domeniul de legare a ARN al unei proteine ​​din familia Argonaute a fost studiată folosind analiza de difracție cu raze X. În acest caz, capătul 5’ fosforilat al ARN-ului monocatenar intră în buzunarul conservator al proteinei, unde fosfatul 5’-terminal este reținut prin legături de coordonare cu participarea ionului Mg2 + și a reziduului de adenină. intră în interacțiuni de stivuire cu reziduul conservator de tirozină . Această regiune a proteinei, aparent, stimulează legarea micilor ARN interferenți de ARNm țintă [29] .

Până în prezent, mecanismul prin care RISC găsește ARNm complementar în interiorul celulei nu este bine înțeles. S-a demonstrat că translatarea nu este necesară pentru degradarea cu succes a ARNm de către complexul siRISC [30] . Mai mult, s-a demonstrat că calea de interferență ARN poate fi mai eficientă împotriva ARNm-urilor țintă care nu sunt traduse în prezent [31] . Proteinele din familia Argonaute sunt componenta catalitică a RISC și se găsesc în regiuni specifice ale citoplasmei cunoscute ca P -corpi [32 ] ; S-a demonstrat că activitatea ARN-urilor interferente mici și degradarea ARNm sunt maxime tocmai în corpurile P [33] . Corpurile P sunt o parte importantă a sistemului de interferență ARN. Distrugerea lor duce la o scădere a eficienței acestui proces. [34] .  

Mecanism

Interferența ARN este un proces de tăcere a genei dependent de ARN care este controlat de RISC. RISC este activat în citoplasma celulară , unde moleculele scurte de ARN dublu catenar interacționează cu componenta catalitică a RISC, proteina Argonaute [1] . În cazul în care ARN-ul dublu catenar este exogen (apare ca urmare a manipulărilor de laborator sau a infecției cu un virus care conține ARN), ARN-ul se află direct în citoplasmă, unde este tăiat în fragmente scurte (siARN) de către proteina Dicer . , iar complexul funcțional rezultat care conține siARN se numește siRISC. În cazul pre - miARN -urilor exprimate din gene ARN necodante , ARNi este declanșat de ARN-ul dublu catenar endogen. Transcrierile primare ale unor astfel de gene sunt mai întâi procesate în nucleu pentru a forma pre - miARN care conțin structuri specifice stem-loop. Pre - miARN -urile sunt apoi exportate în citoplasmă și scindate de proteina Dicer pentru a forma miARN-uri, care sunt încorporate într-un complex care conține microARN numit miRISC. Astfel, RISC este locul unde se încrucișează două căi de interferență ARN induse de ARN-urile dublu catenare exogene și endogene [36] .

Tăierea ARN-ului dublu catenar

ARN-ul dublu catenar exogen declanșează sistemul de interferență ARN prin activarea enzimei ribonucleaza Dicer [ 14] , care leagă și taie duplexurile de ARN, rezultând în formarea de fragmente de siARN dublu catenar cu lungimea de 21-25 bp, cu mai multe baze nepereche la fiecare capăt. [38] [39] [40] [41] . Analiza bioinformatică a genomilor multor organisme sugerează că o astfel de lungime a siRNA crește specificitatea lor pentru gena țintă și reduce probabilitatea legării nespecifice [42] . În plus, siRNA-urile sunt împărțite în lanțuri separate și implicate în RISC (siRISC). Odată integrate în RISC, siRNA-urile se leagă complementar de mARN-ul țintă și provoacă tăierea mARN -ului , prevenind astfel traducerea acestuia [43] .

ARN-ul dublu catenar exogen este recunoscut și legat de proteine ​​efectoare speciale (de exemplu, RDE-4 în Caenorhabditis elegans și R2D2 în Drosophila ) care sporesc activitatea proteinei Dicer [44] . Aceste proteine ​​efectoare se leagă numai de ARN-uri dublu catenar lungi, dar mecanismul de afinitate pentru astfel de substraturi este necunoscut [44] . Astfel de proteine ​​de legare a ARN facilitează transferul siRNA -urilor tăiate la complexul RISC [45] .

În Caenorhabditis elegans , calea de inițiere a interferenței ARN în celulă poate fi îmbunătățită ca urmare a sintezei siARN -urilor „secundare” pe șablonul ARN-urilor interferente mici „primare” [46] . SiRNA-urile „secundare” diferă ca structură de cele formate ca urmare a activității proteinei Dicer și, aparent, sunt sintetizate de ARN polimeraza dependentă de ARN ( ARN -  dependent ARN Polymerase, RdRP ) [47] [48] .

Tăcere transcripție

Multe eucariote folosesc sistemul de interferență ARN pentru a menține structura genomului . Modificarea chimică a histonelor și trecerea secțiunilor corespunzătoare ale cromozomilor la starea de heterocromatina duce la o scădere a transcripției genelor corespunzătoare [49] ; acest proces se referă la tăcere transcripțională indusă de ARN (RITS ) și este realizat de un set complex de proteine .  În drojdia de fisiune , acest complex conține Argonaute , o proteină cu cromodomeniul Chp1 și o proteină numită Tas3 cu o funcție necunoscută [50] . În consecință, inducția și extinderea regiunilor heterocromatine necesită prezența proteinelor Argonaute și a ARN polimerazei dependente de ARN [51] . De fapt, ștergerea acestor gene în drojdia de fisiune Schizosaccharomyces pombe afectează metilarea histonelor și formarea centromerului [52] și determină încetinirea sau oprirea anafazei în timpul diviziunii celulare [53] . În unele cazuri, astfel de procese sunt asociate cu modificarea histonelor și s-a dovedit că măresc transcripția genelor corespunzătoare [54] .

Mecanismul prin care complexul RITS induce formarea heterocromatinei nu este pe deplin înțeles. O parte semnificativă a cercetării vizează studierea regiunii genomului drojdiei care reglează regiunea de tip împerechere  , totuși, această regiune poate să nu fie reprezentativă în cazul genomului altor organisme. Pentru a păstra regiunile existente ale heterocromatinei, RITS formează complexe cu ARN interferențe mici complementare genelor corespunzătoare și se leagă puternic de histonele metilate. RITS acționează apoi în momentul transcripției pentru a degrada orice pre-ARNm sintetizat de ARN polimerază. Formarea unor astfel de regiuni heterocromatine necesită enzima Dicer, care sintetizează siARN-uri complementare primare implicate în degradarea transcriptului [55] . Menținerea regiunilor cromozomiale într-o stare de heterocromatină pare a fi un exemplu de feedback pozitiv , deoarece micile ARN interferențe care fac parte din RITS sunt formate din transcrieri aleatorii sintetizate de ARN polimeraza dependentă de ARN [56] . Datele obținute în studiul regiunilor centromerice ale cromozomilor de drojdie probabil nu pot fi extinse la mamifere , deoarece la acestea din urmă menținerea regiunilor heterocromatine nu depinde întotdeauna de sistemul de interferență ARN [57] .

Link către editarea ARN

Cea mai comună formă de editare a ARN la eucariotele superioare este conversia adenozinei în inozină în ARN dublu catenar , care este realizată de enzima adenozin deaminaza [58] . În 2000, s-a sugerat că calea de interferență a ARN și calea de editare a ARN-ului A→I ar putea concura pentru un substrat comun de ARN dublu catenar [59] . Într-adevăr, unii precursori de ARN interferenți mici pot fi supuși editării A→I [60] [61] , iar acest mecanism poate regla procesarea și exprimarea moleculelor de ARN interferente mici [ 61] [62] . Studiile liniilor de viermi rotunzi Caenorhabditis elegans lipsite de enzima de editare a ARN-ului A→I au arătat că editarea ARN-ului poate preveni tăcere a genelor endogene și a transgenelor prin intermediul căii de interferență a ARN [63] .

Diferențele dintre organisme

Organismele diferă prin capacitatea lor de a percepe ARN dublu catenar străin și de a le folosi în procesul de interferență a ARN. Efectele ARNi la plante și Caenorhabditis elegans (dar nu la Drosophila și mamifere ) pot fi moștenite sau pot fi sistemice. La plante, sistemul de interferență ARN poate propaga mici ARN interferențe de-a lungul plasmodesmatelor (canale din pereții celulari care realizează comunicarea și transportul) [23] . Moștenirea este asigurată prin metilarea promotorilor , modelul de metilare alterat este transmis ca urmare a diviziunii la celulele fiice [65] . Diferențele semnificative între țintele micilor ARN interferenți dintre plante și animale se datorează faptului că, la plante, microARN -urile sunt foarte complementare cu țintele ribonucleice și provoacă degradarea ARNm în RISC, în timp ce la animale micile ARN interferenți diferă puternic în secvența nucleotidelor și provoacă reprimarea traducere [64] . MicroARN-urile pot influența inițierea translației prin interacțiunea cu factorii de inițiere a translației și cu tractul ARNm poli(A) [66] .

Unele protozoare, cum ar fi Leishmania major și Trypanosoma cruzi , nu au nicio componentă a căii de interferență a ARN [67] [68] . Majoritatea componentelor sistemului de interferență ARN sunt absente și la unele ciuperci, de exemplu, în organismul model Saccharomyces cerevisiae [69] . A fost demonstrată prezența componentelor sistemului de interferență ARN în alte drojdii de fisiune, cum ar fi Saccharomyces castellii și Candida albicans . Inducerea a două proteine ​​din sistemul de interferență ARN din Saccharomyces castellii facilitează acest proces la Saccharomyces cerevisiae [70] . Faptul că unele ascomicete și bazidiomicete nu au o cale de interferență ARN indică faptul că genele care codifică proteinele necesare acestui proces s-au pierdut în mod independent în multe linii fungice, probabil din cauza evoluției unei noi căi cu funcții similare sau din cauza pierderea avantajului adaptiv în aceste nișe ecologice [71] .

Analogi ARNi la procariote

Expresia genelor la procariote este reglată de un sistem bazat pe ARN similar în anumite privințe cu sistemul de interferență ARN. La procariote, au fost descrise gene care codifică ARN-uri speciale care controlează răspândirea și translația ARNm prin împerechere cu secvențe complementare. Cu toate acestea, acești ARN-uri de reglare nu sunt analogi completi ai ARN-urilor interferente mici , deoarece enzima Dicer nu este implicată în acest proces [72] . S-a demonstrat că la procariote sistemul de repetări palindromice scurte aranjate în mod regulat în grupuri ( CRISPR ) este similar cu sistemul de interferență ARN la eucariote, deși proteinele eucariote omoloage nu sunt cunoscute pentru niciuna dintre componentele sistemului procariot [73] .

Funcții biologice

Imunitate

Sistemul de interferență ARN este o parte importantă a răspunsului imun la viruși și alt material genetic străin . La plante, sistemul de interferență ARN previne răspândirea transpozonilor [74] . Plantele au mai mulți omologi ai proteinei Dicer care sunt direcționați împotriva diferitelor tipuri de virusuri [75] . S-a demonstrat că tăcere indusă de gene la plante poate fi transmisă de la portaltoi la planta altoită [76] . Această caracteristică a sistemului imunitar adaptativ al plantelor permite, după pătrunderea locală inițială a virusului, să răspundă la pătrunderi repetate ale virusului în tot organismul [77] . Ca răspuns, mulți viruși au evoluat pentru a dobândi mecanisme care suprimă sistemul de interferență ARN din celulele vegetale [78] . Au fost descrise proteine ​​virale care leagă fragmente scurte de ARN dublu catenar cu proeminențe monocatenar rezultate din activitatea proteinei Dicer [79] . Unele plante exprimă mici ARN interferențe endogeni ca răspuns la infecția cu anumite bacterii [80] . Aceste efecte pot face parte dintr-un răspuns general la agenții patogeni , în care multe procese metabolice din gazdă sunt reduse ca răspuns la infecție [81] .

Deși celulele animale tind să exprime mai puține variante ale enzimei Dicer decât plantele, sistemul de interferență ARN la animale a fost implicat în răspunsul antiviral în unele cazuri. Interferența ARN în Drosophila juvenilă și adultă joacă un rol important în imunitatea antivirală înnăscută și este implicată în apărarea împotriva agenților patogeni precum virusul Drosophila X[82] [83] . Sistemul de interferență ARN la Caenorhabditis elegans joacă un rol similar în imunitateproteinelor Argonaute crește în timpul infecției virale, în timp ce viermii la care crește expresia genelor căii de interferență ARN devin rezistenți la infecția virală [84] [85] .

Rolul sistemului de interferență ARN în imunitatea înnăscută a mamiferelor nu este pe deplin înțeles. Cu toate acestea, faptul că unii virusuri conțin gene care reduc răspunsul sistemului ARNi în celulele mamiferelor indică prezența unui răspuns imun cauzat de sistemul ARNi [86] [87] . Cu toate acestea, ipoteza imunității mediate de sistemul de interferență ARN la mamifere este insuficient fundamentată [88] . Deși recent Maillard și colab. [89] și Lee și colab. [90] au prezentat noi dovezi pentru existența unei căi funcționale de interferență a ARN antiviral în celulele de mamifere. ARN-urile interferente mici exprimate de virusul herpes pot provoca formarea heterocromatinei și pot duce la tranziția virusului la o stare latentă [91] .

S-a demonstrat că ștergerea unei copii a genei Dicer1 la șoareci a condus la apariția mai multor tumori decât în ​​grupul de control, precum și la scăderea nivelurilor de miARN și a supraviețuirii. Ștergerea completă a genei Dicer1 a blocat formarea tumorii, probabil și pentru că un anumit nivel de expresie a produsului genei Dicer1 este necesar pentru creșterea celulelor. [92]

Lucrările din 2013 au arătat că celulele de mamifere au un sistem de interferență ARN care prezintă activitate antivirală. [93] [94] Alte funcții ale sistemului ARNi al mamiferelor sunt microARN-urile virusului herpes simplex, care acționează ca organizatori ai heterocromatinei și conduc la latența virusului. [95]

Expresia genetică

Când translația este reprimată [64] , în unele etape ale dezvoltării organismelor vii, în special în stadiul de morfogeneză și menținere a celulelor într-o stare nediferențiată (de exemplu, în cazul celulelor stem ), miARN -urile exprimate endogen sunt produse ale regiunilor intron și intergene , sunt de mare importanță [96 ] . Rolul unor astfel de microARN-uri exprimate endogen în suprimarea expresiei genelor a fost descris pentru prima dată la nematodul Caenorhabditis elegans în 1993 [97] . La plante, o astfel de funcție miARN a fost descrisă pentru prima dată în planta model Arabidopsis thaliana , pentru care a fost demonstrată influența „JAW miARN” asupra reglarii mai multor gene care controlează aspectul [98] . La plante, genele reglate de microARN sunt de obicei factori de transcripție [99] , astfel încât microARN-urile reglează rețele întregi de gene prin modificarea expresiei genelor cheie (inclusiv factorii de transcripție și proteinele F-box ) în timpul dezvoltării embrionare [100] . În multe organisme, inclusiv oameni, microARN-urile sunt implicate în formarea tumorii și în dereglarea ciclului celular . În acest caz, miARN-urile pot fi atât oncogene , cât și supresoare de tumori [101] .

Secvențele micilor ARN interferenți și miARN sunt complementare cu secvențele de nucleotide ale regiunilor promotoare. Legarea siARN și miARN la aceste regiuni poate duce la o creștere a transcripției genelor și a activării ARN . O creștere a expresiei acestor gene are loc cu participarea proteinelor Dicer și Argonaute și are loc și demetilarea histonelor [102] [103] .

Evoluție

Metodele de analiză filogenetică computațională indică faptul că cel mai recent strămoș comun al tuturor eucariotelor a avut interferență ARN, în timp ce absența unui sistem de interferență ARN la unele eucariote este o trăsătură dobândită [104] . O cale de interferență ARN veche din punct de vedere evolutiv pare să fi conținut enzime similare cu Dicer , Argonaute , PIWI , precum și ARN polimeraza dependentă de ARN. Probabil, împreună cu interferența ARN, aceste enzime au jucat și alte roluri în celulă. Studiile la scară largă în domeniul genomicii comparative indică faptul că un grup mic care a devenit strămoșul tuturor eucariotelor avea și componente strâns legate de sistemele de degradare a ADN-ului, de exemplu, similare complexelor exosomale [105] . Familia de proteine ​​Argonaute, comună multor eucariote, precum și arheilor și unor bacterii (de exemplu , Aquifex aeolicus ), este derivată în mod omolog și evolutiv din componentele sistemului de inițiere a translației [ 105] .

Cea mai veche funcție a sistemului de interferență ARN, de regulă, se numește protecție împotriva elementelor genetice exogene - genomul virusurilor și transpozonilor [104] [106] . Unele funcții înrudite, cum ar fi modificarea histonelor , pot fi prezente la strămoșii eucariotelor moderne, în timp ce altele, cum ar fi reglarea dezvoltării de către miARN, par să fi apărut mai târziu [104] .

Genele sistemului de interferență ARN la multe eucariote sunt componente ale sistemului imunitar înnăscut care rezistă virușilor. Unii virusuri de plante au dobândit mecanisme pentru a suprima răspunsul sistemului de interferență ARN al celulei gazdă [78] . Rata de schimbare a genelor căii de interferență a ARN la Drosophila este direcționată de selecția pozitivă . Genele sistemului de interferență ARN evoluează cu o rată foarte mare în comparație cu alte gene ale genomului Drosophila [107] .

Aplicație

Oprirea genelor

Sistemul de interferență ARN este adesea folosit în biologia experimentală pentru a studia funcția genelor în culturile celulare și în organisme model in vivo [1] . ARN-ul sintetic dublu catenar complementar unei anumite gene este introdus într-o celulă sau organism, unde o moleculă străină de ARN declanșează un sistem de interferență ARN. Această metodă permite cercetătorilor să reducă semnificativ nivelul de expresie al genei corespunzătoare. Studierea consecințelor unei scăderi a exprimării unei gene de interes face posibilă elucidarea rolului fiziologic al produsului acestei gene țintă. Deoarece sistemul de interferență ARN nu poate opri complet expresia genei, această metodă se numește „ knockdown gene ” - spre deosebire de îndepărtarea completă a genei, „ gene knockout ” [108] .

Progrese semnificative în biologia computațională permit dezvoltarea ARN-urilor dublu catenare care asigură o reducere maximă a expresiei genei țintă și au efecte secundare minime. Efectele secundare pot apărea atunci când molecula de ARN injectată are o secvență care este complementară mai multor gene în același timp, ceea ce duce la o scădere insuficientă a expresiei mai multor gene. Dificultăți similare apar adesea atunci când ARN-ul dublu catenar conține secvențe repetitive. Studiile genomurilor Homo sapiens , Caenorhabditis elegans și Schizosaccharomyces pombe au arătat că aproximativ 10% din moleculele mici de ARN interferente vor duce la efecte secundare semnificative [ 42 ] , inclusiv cele specifice mamiferelor [111] și virusurilor [112] . Secvențele de siRNA sugerate sunt verificate automat pentru activitate încrucișată.

În funcție de organism și de sistemul experimental, ARN-urile exogene pot fi proiectate să fie lungi și să fie ținta proteinei Dicer, sau scurte și să fie substraturi ale ARN-urilor interferente mici. Pentru majoritatea celulelor de mamifere, ARN-urile mai scurte sunt preferate deoarece ARN-urile dublu catenare lungi la mamifere provoacă un răspuns la interferon , o formă de imunitate înnăscută , un răspuns nespecific la materialul genetic străin [113] . Pentru ovocitele de șoarece , precum și pentru celulele embrionilor de șoarece aflate în stadiile incipiente de dezvoltare, răspunsul interferonului la ARN-ul dublu catenar exogen nu este caracteristic, prin urmare, aceste celule sunt un sistem convenabil pentru studierea decăderii genelor la mamifere [114] . Pentru a utiliza sistemul de interferență ARN în laborator, s-au dezvoltat metode speciale care nu necesită introducerea directă a micilor ARN interferenți în celulă, de exemplu, sistemele de transfecție cu plasmide care codifică secvențe siARN transcrise [115] , vectori lentivirali care permit inducerea sau inactivarea transcriere, numită și engleză. ARNi condiționat [116] [117] .  

O strategie alternativă pentru reglarea artificială a genelor la interferența ARN este oferită de metoda CRISPRi , care operează la nivel de activare/dezactivare a transcripției [118]

Genomica funcțională

Metodele de genomică funcțională care utilizează sistemul ARNi sunt utilizate de obicei pe Caenorhabditis elegans [120] și Drosophila melanogaster [121] , deoarece aceste animale sunt modelele cele mai frecvent utilizate și sistemul ARNi funcționează cel mai eficient la aceste organisme. Caenorhabditis elegans este o țintă convenabilă pentru studiile de interferență ARN din două motive - în primul rând, efectele tăcere genei în nematod sunt moștenite și, în al doilea rând, pentru că livrarea ADN-ului dublu catenar către nematod este extrem de simplă. Nematozii pot fi hrăniți cu celule bacteriene, cum ar fi Escherichia coli , care conțin ARN-ul dublu catenar dorit, care sunt apoi absorbiți prin intestine. Această metodă de eliberare a ARN-ului cu alimente este eficientă în ceea ce privește eficiența silenciării genelor și, în același timp, este mult mai ieftină, mai simplă și mai rapidă decât scufundarea viermilor într-o soluție care conține ARN dublu catenar sau introducerea ARN dublu catenar în gonadele [ 122] . În majoritatea celorlalte organisme, livrarea de ARN dublu catenar pare a fi mult mai laborioasă, dar se încearcă studii la scară largă a genomului în culturi de celule de mamifere [123] .

Abordările pentru crearea de biblioteci de interferență ARN pentru genomi întregi sunt mult mai complicate decât în ​​cazul unui set specific de ARN interferențe mici pentru un experiment dat. Rețelele neuronale artificiale sunt adesea folosite pentru a crea biblioteci siRNA, precum și pentru a prezice eficacitatea lor pentru distrugerea genelor [124] [125] . Ecranele genomului de masă sunt tehnici promițătoare pentru adnotarea genomului, ceea ce a condus la dezvoltarea unor metode de screening cu randament ridicat bazate pe tehnologia microarrayului ADN [126] [127] . Posibilitatea utilizării acestor metode pentru a studia alte organisme, cum ar fi viermii rotunzi paraziți, rămâne discutabilă [128] [129] .

Cercetarea genomică funcțională folosind tehnici de interferență ARN este atractivă pentru cartografierea genomului și adnotarea genelor la plante, deoarece multe plante sunt poliploide , ceea ce face dificilă studiul folosind metode tradiționale de inginerie genetică . De exemplu, interferența ARN a fost folosită cu succes în genomica funcțională pentru a studia Triticum aestivum (hexaploid) [130] , precum și în cazul altor plante model, Arabidopsis thaliana și porumb [131] .

Medicina

Este posibil să se utilizeze metode de interferență cu ARN în terapie , în special în terapia cu ARN . Deși introducerea ARN-urilor dublu-catenar lungi în celulele de mamifere este dificilă din cauza răspunsului la interferon, molecule precum ARN-urile interferente mici au fost utilizate cu succes [132] . Au fost efectuate studii clinice de terapie de degradare a retinei și tratamentul virusului sincițial respirator folosind interferența ARN [133] și a fost, de asemenea, demonstrată eficacitatea sistemului ARNi pentru tratamentul leziunilor hepatice la șoarecii de laborator [134] .

O altă posibilă aplicație clinică a interferenței ARN este tratamentul virusului herpes simplex tip 2 (de exemplu, la Facultatea de Medicină a Universității Harvard ) și inhibarea expresiei genelor virale în celulele tumorale [135] , distrugerea receptorilor și coreceptorilor HIV gazdă [136] ] , tăcere a genelor hepatitei A [137] și hepatitei B [138] , tăcere a genei virusului gripal [139] , inhibarea replicării virusului rujeolic [140] . De asemenea, este posibil să se trateze boli neurodegenerative, cum ar fi boala Huntington [141] . Interferența ARN este adesea considerată o modalitate promițătoare de a trata tumorile prin închiderea genelor care sunt supraexprimate în celulele tumorale sau a genelor implicate în diviziunea celulară [142] [143] . Un domeniu important de cercetare în domeniul interferenței ARN pentru aplicații clinice este dezvoltarea de metode pentru livrarea în siguranță a ARN-urilor mici, de exemplu, selecția sistemelor vectoriale pentru terapia genică [144] [145] .

În ciuda faptului că există noi studii asupra culturilor celulare care confirmă posibilitatea potențială a terapiei medicamentoase bazate pe componentele sistemului de interferență ARN, rămân întrebări cu privire la siguranța unor astfel de tratamente, inclusiv la consecințele efectelor secundare ale represiunii genelor cu nucleotide similare. secvențe [ 146] . Metodele genomice computaționale arată că astfel de efecte secundare greșite sunt de până la 10% [42] . Unul dintre marile studii asupra bolilor hepatice la șoareci a arătat o rată mai mare a mortalității în rândul animalelor de experiment, ceea ce a fost explicat de cercetători ca „supraîncărcare” cu ARN dublu catenar ( miARN , shRNA ) [147] , deoarece ARN-urile mici care conțin un ac de păr sunt procesate în nucleu şi exportate în citoplasmă prin mecanismul de transport activ . Toate faptele de mai sus sunt încă investigate, ceea ce limitează aplicațiile potențiale ale metodelor de interferență ARN pentru terapie.

În plus, un obstacol semnificativ în dezvoltarea terapiilor de interferență cu ARN este acela că livrarea de ARN-uri interferente mici (siRNA-uri) este încă extrem de ineficientă și sunt necesare doze extrem de mari de medicament pentru a obține chiar și reducerea semnificativă minimă a genei țintă. Cu toate acestea, tehnologiile dezvoltate recent ne permit să sperăm că această metodă de terapie va intra în curând în practica clinică. De exemplu, s-a constatat că injectarea simultană de siARN asociat colesterolului (chol-siRNA) și polimer endosomolitic ARC-520 a făcut posibilă obținerea unei creșteri de peste 500 de ori a eficienței și obținerea unei scăderi de 90% a expresiei genei țintă. la șoareci in vivo. [148] .

Sunt dezvoltate metode pentru a utiliza interferența ARN pentru a trata infecția persistentă cu HIV de tip 1. Virușii precum HIV-1 prezintă o țintă dificilă pentru sistemul ARNi, deoarece necesită o combinație de mai multe căi ARNi. Posibilele modalități de terapie antivirală folosind sistemul ARNi par promițătoare, dar este, de asemenea, extrem de important să se înființeze multe experimente de control în studiile preclinice pentru a arăta fără ambiguitate acțiunea specifică secvenței a sistemului ARNi [149] .

Biotehnologie

Interferența ARN este utilizată în biotehnologie , în special pentru a crea plante care sintetizează substanțe toxice naturale în cantități mai mici. Au fost dezvoltate metode pentru a crea plante care exprimă stabil componentele sistemului de interferență ARN, de exemplu, semințele de bumbac sunt în mod normal bogate în proteine ​​adecvate consumului uman, dar conțin terpenoidul toxic gosipol .  Metodele care utilizează fenomenul interferenței ARN fac posibilă crearea liniilor de bumbac cu un nivel redus al enzimei cheie pentru sinteza gosipolului, (+)-δ-cadinen sintaza. În același timp, alte părți ale plantei exprimă această enzimă la nivelul obișnuit, deoarece gosipolul este un compus important care protejează plantele de dăunători [150] . Se fac încercări similare de reducere a nivelului de cianuri din produsul natural linamarine , derivat din manioc ( Manihot esculenta ) [151] .

Au fost dezvoltate metode pentru a reduce nivelurile de alergen la plantele de tomate [152] și metode pentru a reduce precursorii cancerigeni din plantele de tutun [153] . Alte exemple de modificări modificate genetic în plante sunt crearea de mac de opiu cu niveluri reduse de substanțe narcotice [154] , creșterea rezistenței plantelor la viruși [155] și adăugarea de antioxidanți la fructele de roșii [156] . Plantele comerciale modificate genetic anterior, roșii și papaya , au fost dezvoltate folosind ARN-uri antisens, care aparent funcționează prin interferență ARN [157] [158] . Folosind interferența ARN, oamenii de știință din Uzbekistan au suprimat funcția genei fitocromului A din bumbac. Ca urmare, s-au obținut linii de bumbac în care au fost îmbunătățite simultan mai multe trăsături importante: lungimea și calitatea fibrelor, randamentul, timpul de coacere, rezistența la deficitul de apă și stresul sărat. Pe baza liniilor de bumbac obținute, au fost create noi soiuri de bumbac de înaltă calitate din seria Porlock, care în prezent sunt semănate în câmpurile din Uzbekistan. Fibra acestor soiuri se vinde la un preț mai mare decât cel al bumbacului obișnuit, întrucât din punct de vedere al caracteristicilor calitative sunt superioare fibrelor bumbacului obișnuit [159] .

Note

  1. ↑ 1 2 3 4 5 Daneholt, Bertil Informații avansate: interferență ARN . Premiul Nobel pentru Fiziologie sau Medicină 2006 . Preluat la 25 ianuarie 2007. Arhivat din original la 25 august 2011.
  2. ↑ 1 2 Fire A., Xu S., Montgomery M., Kostas S., Driver S., Mello C. Potent and specific genetic interference by double-stranded ARN in Caenorhabditis elegans  (engleză)  // Nature : journal. - 1998. - Vol. 391 , nr. 6669 . - P. 806-811 . - doi : 10.1038/35888 . — PMID 9486653 .
  3. ↑ Matzke MA, Matzke AJM. Plantarea semințelor unei noi paradigme  (engleză)  // PLoS Biol  : jurnal. - 2004. - Vol. 2 , nr. 5 . —P.e133 . _ - doi : 10.1371/journal.pbio.0020133 . — PMID 15138502 .
  4. ^ Ecker JR, Davis RW Inhibarea expresiei genelor în celulele vegetale prin expresia ARN antisens  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1986. - Vol. 83 , nr. 15 . - P. 5372-5376 . - doi : 10.1073/pnas.83.15.5372 . — PMID 16593734 .
  5. ↑ Napoli C., Lemieux C., Jorgensen R. Introduction of a Chimeric Chalcone Synthase Gene into Petunia Results in Reversible Co-Suppression of Homologous Genes in trans  // Plant Cell  : journal  . - 1990. - Vol. 2 , nr. 4 . - P. 279-289 . - doi : 10.1105/tpc.2.4.279 . — PMID 12354959 .
  6. ↑ {{{titlu}}} .
  7. ↑ Romano N., Macino G. Quelling  : inactivarea tranzitorie a expresiei genelor în Neurospora crassa prin transformare cu secvențe omoloage  // Microbiologie : jurnal. — Societatea de microbiologie, 1992. - Vol. 6 , nr. 22 . - P. 3343-3353 . - doi : 10.1111/j.1365-2958.1992.tb02202.x . — PMID 1484489 .
  8. ↑ Van Blokland R., Van der Geest N., Mol JNM, Kooter JM expresia sintetazei în Petunia hybrida rezultă dintr-o creștere a turnover-ului ARN]  //  Plant J : jurnal. - 1994. - Vol. 6 . - P. 861-877 . - doi : 10.1046/j.1365-313X.1994.6060861.x/abs/ .  (link indisponibil)
  9. ↑ Mol JNM, van der Krol AR Acizi nucleici și proteine ​​antisens: fundamente și aplicații  (neopr.) . — M. Dekker, 1991. - S.  4 , 136. - ISBN 0824785169 .
  10. ↑ Covey S., Al-Kaff N., Lángara A., Turner D. Plants combat infection by gene silenting   // Nature . - 1997. - Vol. 385 . - P. 781-782 . - doi : 10.1038/385781a0 .
  11. ↑ Ratcliff F., Harrison B., Baulcombe D. A Similarity Between Viral Defense and Gene Silencing in Plants  //  Science : journal. - 1997. - Vol. 276 . - P. 1558-1560 . - doi : 10.1126/science.276.5318.1558 .
  12. ↑ Guo S., Kemphues K. par-1, o genă necesară pentru stabilirea polarității în embrionii de C. elegans, codifică o presupusă kinază Ser/Thr care este distribuită asimetric  (engleză)  // Cell  : journal. - Cell Press , 1995. - Vol. 81 , nr. 4 . - P. 611-620 . - doi : 10.1016/0092-8674(95)90082-9 . — PMID 7758115 .
  13. ↑ Pal-Bhadra M., Bhadra U., Birchler J. Cosuppression in Drosophila: gene silenting of Alcohol dehydrogenase by white-Adh transgenes is Polycomb dependent  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1997. - Vol. 90 , nr. 3 . - P. 479-490 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)80508-5 . — PMID 9267028 .
  14. ↑ 1 2 Bernstein E., Caudy A., Hammond S., Hannon G. Rol for a bidentate ribonuclease in the initiation step of ARN interference  //  Nature : journal. - 2001. - Vol. 409 , nr. 6818 . - P. 363-366 . - doi : 10.1038/35053110 . — PMID 11201747 .
  15. ↑ Pillai RS, Bhattacharyya SN, Filipowicz W. Reprimarea sintezei proteinelor de către miARN: câte mecanisme? (ing.)  // Trends Cell Biol : jurnal. — PMID 17197185 .
  16. ↑ Lee Y., Nakahara K., Pham J., Kim K., He Z., Sontheimer E., Carthew R. Distinct roles for Drosophila Dicer-1 and Dicer-2 in the siRNA / miRNA silenting pathways   // Cell  : jurnal. - Cell Press , 2004. - Vol. 117 , nr. 1 . - P. 69-81 . - doi : 10.1016/S0092-8674(04)00261-2 . — PMID 15066283 .
  17. ↑ Gregory R., Chendrimada T., Shiekhattar R.  Biogeneza microARN : izolarea și caracterizarea complexului de microprocesor  // Metode Mol Biol : jurnal. - 2006. - Vol. 342 . - P. 33-47 . — PMID 16957365 .
  18. ↑ Wang QL, Li ZH  Funcțiile microARN-urilor în plante  // Frontiers in Bioscience : jurnal. — Frontiere în bioștiință, 2007. - Vol. 12 . - P. 3975-3982 . — PMID 17485351 .
  19. ↑ Zhao Y., Srivastava D. O vedere de dezvoltare a funcției microARN  // Trends Biochem  . sci. : jurnal. - 2007. - Vol. 32 , nr. 4 . - P. 189-197 . - doi : 10.1016/j.tibs.2007.02.006 . — PMID 17350266 .
  20. ↑ Cifuentes D, Xue H, Taylor DW, Patnode H, Mishima Y, Cheloufi S, Ma E, Mane S, Hannon GJ, Lawson N, Wolfe S, Giraldez AJ. (2010) „O nouă cale de procesare a miRNA independentă de Dicer necesită activitate catalitică a Argonaute2”. Science (Publicat online la 6 mai 2010) doi:10.1126/science.1190809
  21. ↑ Cheloufi S, Dos Santos CO, Chong MM, Hannon GJ. O cale de biogeneză a miARN independentă de dicer care necesită cataliză Ago   // Nature . - 2010. - Nr. doi:10.1038/nature09092 . — P. Publicat online 27 aprilie 2010 .
  22. ↑ Gregory R., Chendrimada T., Cooch N., Shiekhattar R. Human RISC couples microRNA biogenesis and posttranscriptional gene silentling  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , nr. 4 . - P. 631-640 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.10.022 . — PMID 16271387 .
  23. ↑ 1 2 Lodish H., Berk A., Matsudaira P., Kaiser CA, Krieger M., Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J. Molecular Cell Biology  (nespecificat) . — al 5-lea. — W. H. Freeman: New York, NY, 2004. — ISBN 978-0716743668 .
  24. ↑ Matranga C., Tomari Y., Shin C., Bartel D., Zamore P. Passenger-strand clivage facilites assembly of siRNA into Ago2-containing ARNi enzyme complexes  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , nr. 4 . - P. 607-620 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.08.044 . — PMID 16271386 .
  25. ↑ Leuschner P., Ameres S., Kueng S., Martinez J. Cleavage of the siRNA pasager catena în timpul asamblarii RISC în celulele umane  //  EMBO Rep : jurnal. - 2006. - Vol. 7 , nr. 3 . - P. 314-320 . - doi : 10.1038/sj.embor.7400637 . — PMID 16439995 .
  26. ↑ Schwarz DS, Hutvágner G., Du T., Xu Z., Aronin N., Zamore PD Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2003. - Vol. 115 , nr. 2 . - P. 199-208 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00759-1 . — PMID 14567917 .
  27. ↑ Preall J., He Z., Gorra J., Sontheimer E. Selecția scurtă a catenei de ARN de interferență este independentă de polaritatea de procesare a ARNds în timpul ARNi în Drosophila  // Curr Biol  : jurnal  . - 2006. - Vol. 16 , nr. 5 . - P. 530-535 . - doi : 10.1016/j.cub.2006.01.061 . — PMID 16527750 .
  28. ↑ Tomari Y., Matranga C., Haley B., Martinez N., Zamore P. A protein sensor for siRNA asymmetry   // Science . - 2004. - Vol. 306 , nr. 5700 . - P. 1377-1380 . - doi : 10.1126/science.1102755 . — PMID 15550672 .
  29. ↑ Ma J., Yuan Y., Meister G., Pei Y., Tuschl T., Patel D. Baza structurală pentru recunoașterea 5’-specifică a ARN-ului ghid de către proteina  A. fulgidus Piwi // - 2005. - Vol. 434 , nr. 7033 . - P. 666-670 . - doi : 10.1038/nature03514 . — PMID 15800629 .
  30. ↑ Sen G., Wehrman T., Blau H. traducerea ARNm nu este o condiție prealabilă pentru clivajul mic ARNm mediat de ARN de interferență  //  Diferențiere : jurnal. - 2005. - Vol. 73 , nr. 6 . - P. 287-293 . - doi : 10.1111/j.1432-0436.2005.00029.x . — PMID 16138829 .
  31. ↑ Gu S., Rossi J. Uncoupling of ARNi from active translation in mammalian cells  //  ARN: journal. - 2005. - Vol. 11 , nr. 1 . - P. 38-44 . - doi : 10.1261/rna.7158605 . — PMID 15574516 .
  32. ↑ Sen G., Blau H. Argonaute 2/RISC rezidă în locuri de descompunere a ARNm de mamifere cunoscute sub denumirea de corpuri citoplasmatice  // Nature Cell Biology  : journal  . - 2005. - Vol. 7 , nr. 6 . - P. 633-636 . - doi : 10.1038/ncb1265 . — PMID 15908945 .
  33. ↑ Lian S., Jakymiw A., Eystathioy T., Hamel J., Fritzler M., Chan E. Corpurile GW, microARN-urile și ciclul celular  // Ciclul  celular : jurnal. - 2006. - Vol. 5 , nr. 3 . - P. 242-245 . — PMID 16418578 .
  34. ↑ Jakymiw A., Lian S., Eystathioy T., Li S., Satoh M., Hamel J., Fritzler M., Chan E. Disruption  of  :Nature Cell Biology//P bodies impairs mammalian ARN interference - 2005. - Vol. 7 , nr. 12 . - P. 1267-1274 . - doi : 10.1038/ncb1334 . — PMID 16284622 .
  35. ↑ Hammond S., Bernstein E., Beach D., Hannon G. O nuclează ARN-directed mediates post-transcriptional gene silenting in Drosophila cells  // Nature  :  journal. - 2000. - Vol. 404 , nr. 6775 . - P. 293-296 . - doi : 10.1038/35005107 . — PMID 10749213 .
  36. ↑ Bagasra O., Prilliman KR ARN interference: the molecular immune system  (neopr.)  // J. Mol. Histol.. - 2004. - T. 35 , nr 6 . - S. 545-553 . - doi : 10.1007/s10735-004-2192-8 . — PMID 15614608 .
  37. ↑ Macrae I., Zhou K., Li F., Repic A., Brooks A., Cande W., Adams P., Doudna J. Structural basis for double-stranded ARN processing by dicer   // Science : journal. - 2006. - Vol. 311 , nr. 5758 . - P. 195-198 . - doi : 10.1126/science.1121638 . — PMID 16410517 .
  38. ↑ Siomi, Haruhiko; Siomi, Mikiko C. Pe drumul spre citirea codului de interferență ARN  (engleză)  // Nature  : journal. - 2009. - 22 ianuarie ( vol. 457 , nr. 7228 ). - P. 396-404 . - doi : 10.1038/nature07754 . — PMID 19158785 .
  39. ↑ Zamore P., Tuschl T., Sharp P., Bartel D. ARNi: ARN-ul dublu catenar direcționează clivajul dependent de ATP a ARNm la intervale de 21 până la 23 de nucleotide  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2000. - Vol. 101 , nr. 1 . - P. 25-33 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)80620-0 . — PMID 10778853 .
  40. ↑ Vermeulen A., Behlen L., Reynolds A., Wolfson A., Marshall W., Karpilow J., Khvorova A. Contribuțiile structurii dsRNA la specificitatea și eficiența  dicerului //  ARN: journal. - 2005. - Vol. 11 , nr. 5 . - P. 674-682 . - doi : 10.1261/rna.7272305 . — PMID 15811921 .
  41. ↑ Castanotto, Daniela; Rossi, John J. Promisiunile și capcanele terapiei bazate pe interferențe ARN  // Nature  :  journal. - 2009. - 22 ianuarie ( vol. 457 , nr. 7228 ). - P. 426-433 . - doi : 10.1038/nature07758 . — PMID 19158789 .
  42. ↑ 1 2 3 Qiu S., Adema C., Lane T. A computational study of off-target effects of ARN interference  //  Nucleic Acids Res : jurnal. - 2005. - Vol. 33 , nr. 6 . - P. 1834-1847 . doi : 10.1093 / nar/gki324 . — PMID 15800213 .
  43. ↑ Ahlquist P. ARN polimeraze dependente de ARN, virusuri și tăcere ARN   // Știință . - 2002. - Vol. 296 , nr. 5571 . - P. 1270-1273 . - doi : 10.1126/science.1069132 . — PMID 12016304 .
  44. ↑ 1 2 Parker G., Eckert D., Bass B. RDE-4 se leagă de preferință dsARN lung și dimerizarea sa este necesară pentru scindarea dsARN la siARN  //  ARN : jurnal. - 2006. - Vol. 12 , nr. 5 . - P. 807-818 . - doi : 10.1261/rna.2338706 . — PMID 16603715 .
  45. ↑ Liu Q., Rand T., Kalidas S., Du F., Kim H., Smith D., Wang X. R2D2, o punte între etapele de inițiere și efectoare ale căii Drosophila ARNi  //  Science: journal. - 2003. - Vol. 301 , nr. 5641 . - P. 1921-1925 . - doi : 10.1126/science.1088710 . — PMID 14512631 .
  46. ↑ Baulcombe D. Biologie moleculară. Silențiere amplificată  (engleză)  // Știință. - 2007. - Vol. 315 , nr. 5809 . - P. 199-200 . - doi : 10.1126/science.1138030 . — PMID 17218517 .
  47. ↑ Pak J., Fire A. Populații distincte de efectori primari și secundari în timpul ARNi în C. elegans  //  Science: journal. - 2007. - Vol. 315 , nr. 5809 . - P. 241-244 . - doi : 10.1126/science.1132839 . — PMID 17124291 .
  48. ↑ Sijen T., Steiner F., Thijssen K., Plasterk R. SiRNA- urile secundare rezultă din sinteza ARN neamorsată și formează o clasă distinctă  //  Science : journal. - 2007. - Vol. 315 , nr. 5809 . - P. 244-247 . - doi : 10.1126/science.1136699 . — PMID 17158288 .
  49. ↑ Holmquist G., Ashley T. Organizarea cromozomilor și modificarea cromatinei: influența asupra funcției și evoluției genomului  // Cercetare  citogenetică și genomică : jurnal. — Karger Publishers, 2006. - Vol. 114 , nr. 2 . - P. 96-125 . - doi : 10.1159/000093326 . — PMID 16825762 .
  50. ↑ Verdel A., Jia S., Gerber S., Sugiyama T., Gygi S., Grewal S., Moazed D. ARNi-mediated targeting of heterochromatin by the RITS complex  //  Science : journal. - 2004. - Vol. 303 , nr. 5658 . - P. 672-676 . - doi : 10.1126/science.1093686 . — PMID 14704433 .
  51. ↑ Irvine D., Zaratiegui M., Tolia N., Goto D., Chitwood D., Vaughn M., Joshua-Tor L., Martienssen R. Argonaute slicing is required for heterochromatic silenting and spreading  //  Science : journal. - 2006. - Vol. 313 , nr. 5790 . - P. 1134-1137 . - doi : 10.1126/science.1128813 . — PMID 16931764 .
  52. ↑ Volpe T., Kidner C., Hall I., Teng G., Grewal S., Martienssen R. Regulament of heterochromatic silenting and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi  //  Science : journal. - 2002. - Vol. 297 , nr. 5588 . - P. 1833-1837 . - doi : 10.1126/science.1074973 . — PMID 12193640 .
  53. ↑ Volpe T., Schramke V., Hamilton G., White S., Teng G., Martienssen R., Allshire R. Interferența ARN este necesară pentru funcția normală a centromerului în drojdia de fisiune  //  Chromosome Res: journal. - 2003. - Vol. 11 , nr. 2 . - P. 137-146 . - doi : 10.1023/A:1022815931524 . — PMID 12733640 .
  54. ↑ Li LC, Okino ST, Zhao H, Pookot D, Place RF, Urakami S, Enokida H, Dahiya R. (2006). ARNdb mici induc activarea transcripțională în celulele umane. Proc Natl Acad Sci USA 103(46):17337–42. PMID 17085592
  55. ↑ Noma K., Sugiyama T., Cam H., Verdel A., Zofall M., Jia S., Moazed D., Grewal S. RITS acționează în cis pentru a promova tăcere transcripțională și post-transcripțională mediată de interferența ARN  .)  // Nature Genetics  : jurnal. - 2004. - Vol. 36 , nr. 11 . - P. 1174-1180 . - doi : 10.1038/ng1452 . — PMID 15475954 .
  56. ↑ Sugiyama T., Cam H., Verdel A., Moazed D., Grewal S. ARN-polimeraza dependentă de ARN este o componentă esențială a unui ansamblu de heterocromatină de cuplare a buclei cu auto-execuție la producția de siRNA   // Proceedings of the National Academy of Sciences al Statelor Unite ale Americii  : jurnal. - 2005. - Vol. 102 , nr. 1 . - P. 152-157 . - doi : 10.1073/pnas.0407641102 . — PMID 15615848 .
  57. ↑ Wang F., Koyama N., Nishida H., Haraguchi T., Reith W., Tsukamoto T.  Asamblarea și menținerea heterocromatinei inițiate de repetările transgenelor sunt independente de calea de interferență a ARN în celulele de mamifere  // Mol Cell Biol : jurnal. - 2006. - Vol. 26 , nr. 11 . - P. 4028-4040 . - doi : 10.1128/MCB.02189-05 . — PMID 16705157 .
  58. ↑ Bass B. Editarea ARN de către adenozin deaminaze care acționează asupra ARN  //  Annu Rev Biochem : jurnal. - 2002. - Vol. 71 . - P. 817-846 . - doi : 10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501 . — PMID 12045112 .
  59. ↑ Bass B. ARN-ul dublu catenar ca șablon pentru silenciarea genelor  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2000. - Vol. 101 , nr. 3 . - P. 235-238 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)71133-1 . — PMID 10847677 .
  60. ↑ Luciano D., Mirsky H., Vendetti N., Maas S. Editarea ARN a unui precursor de miARN  (neopr.)  // ARN. - 2004. - T. 10 , nr 8 . - S. 1174-1177 . - doi : 10.1261/rna.7350304 . — PMID 15272117 .
  61. ↑ 1 2 Yang W., Chendrimada T., Wang Q., Higuchi M., Seeburg P., Shiekhattar R., Nishikura K. Modulation of microARN processing and expression through ARN editing by ADAR deaminases   // Nature Structural & Molecular Biology  : jurnal. - 2006. - Vol. 13 , nr. 1 . - P. 13-21 . doi : 10.1038 / nsmb1041 . — PMID 16369484 .
  62. ↑ Yang W., Wang Q., Howell K., Lee J., Cho D., Murray J., Nishikura K. ADAR1 ARN deaminase limits short interfering ARN efficacy in mamifer cells  // J Biol Chem  :  journal . - 2005. - Vol. 280 , nr. 5 . - P. 3946-3953 . - doi : 10.1074/jbc.M407876200 . — PMID 15556947 .
  63. ↑ Nishikura K. Editor meets silencer: crosstalk between ARN editing and ARN interference  // Nature Reviews Molecular Cell Biology  : journal  . - 2006. - Vol. 7 , nr. 12 . - P. 919-931 . - doi : 10.1038/nrm2061 . — PMID 17139332 .
  64. ↑ 1 2 3 Saumet A., Lecellier CH Silenciarea ARN antiviral: arătăm ca plantele? (engleză)  // BioMed Central. - 2006. - Vol. 3 , nr. 3 . — P. 3 . - doi : 10.1186/1742-4690-3-3 . — PMID 16409629 .
  65. ↑ Jones L., Ratcliff F., Baulcombe DC ARN-directed transcriptional gene silenting in plants poate fi moștenită independent de declanșatorul ARN și necesită Met1 pentru întreținere  // Current Biology  : journal  . - Cell Press , 2001. - Vol. 11 , nr. 10 . - P. 747-757 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00226-3 .
  66. ↑ Humphreys DT, Westman BJ, Martin DI, Preiss T. MicroARN- urile controlează inițierea translației prin inhibarea factorului de inițiere eucariotic 4E/cap și funcția de coadă poli(A)  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2005. - Vol. 102 . - P. 16961-16966 . - doi : 10.1073/pnas.0506482102 . — PMID 16287976 .
  67. ↑ DaRocha W., Otsu K., Teixeira S., Donelson J. Teste de interferență ARN citoplasmatic (ARNi) și construcția unui sistem promotor T7 inductibil de tetraciclină în Trypanosoma cruzi  //  Mol Biochem Parasitol : jurnal. - 2004. - Vol. 133 , nr. 2 . - P. 175-186 . - doi : 10.1016/j.molbiopara.2003.10.005 . — PMID 14698430 .
  68. ^ Robinson K., Beverley S. Îmbunătățiri în eficiența transfecției și testele abordărilor de interferență ARN (ARNi) în parazitul protozoar Leishmania  //  Mol Biochem Parasitol : jurnal. - 2003. - Vol. 128 , nr. 2 . - P. 217-228 . - doi : 10.1016/S0166-6851(03)00079-3 . — PMID 12742588 .
  69. ↑ L. Aravind, Hidemi Watanabe, David J. Lipman și Eugene V. Koonin. Pierderea și divergența specifică de linie a genelor legate funcțional la eucariote  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences  : journal. - 2000. - Vol. 97 , nr. 21 . - P. 11319-11324 . - doi : 10.1073/pnas.200346997 . — PMID 11016957 .
  70. ↑ Drinnenberg IA, Weinberg DE, Xie KT, Nower JP, Wolfe KH, Fink GR, Bartel DP RNAi în Budding Yeast   // Science . - 2009. - doi : 10.1126/science.1176945 . — PMID 19745116 .
  71. ↑  Nakayashiki H., Kadotani N., Mayama S. Evolution and diversification of ARN silencing proteins in fungi  // J Mol Evol : jurnal. - 2006. - Vol. 63 , nr. 1 . - P. 127-135 . - doi : 10.1007/s00239-005-0257-2 . — PMID 16786437 .
  72. ↑ Morita T., Mochizuki Y., Aiba H. Reprimarea translațională este suficientă pentru atenuarea genelor de către ARN-uri necodificatoare mici bacteriene în absența distrugerii ARNm  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of  America  : - 2006. - Vol. 103 , nr. 13 . - P. 4858-4863 . - doi : 10.1073/pnas.0509638103 . — PMID 16549791 .
  73. ↑ Makarova K., Grishin N., Shabalina S., Wolf Y., Koonin E. Un presupus sistem imunitar bazat pe interferență ARN la procariote: analiza computațională a mașinilor enzimatice prezise, ​​analogii funcționale cu ARNi eucariotic și mecanisme ipotetice ale acţiune  //  Biol Direct : jurnal. - 2006. - Vol. 1 . — P. 7 . - doi : 10.1186/1745-6150-1-7 . — PMID 16545108 .
  74. ↑ Stram Y., Kuzntzova L. Inhibirea virusurilor prin interferență ARN  (nedefinită)  // Virus Genes. - 2006. - T. 32 , nr 3 . - S. 299-306 . - doi : 10.1007/s11262-005-6914-0 . — PMID 16732482 .
  75. ↑ Blevins T., Rajeswaran R., Shivaprasad P., Beknazariants D., Si-Ammour A., ​​​​Park H., Vazquez F., Robertson D., Meins F., Hohn T., Pooggin M. Four plant Dicers mediază biogeneza virală a ARN mic și tăcere indusă de virusul ADN  //  Nucleic Acids Res : jurnal. - 2006. - Vol. 34 , nr. 21 . - P. 6233-6246 . - doi : 10.1093/nar/gkl886 . — PMID 17090584 .
  76. ↑ Palauqui J., Elmayan T., Pollien J., Vaucheret H. Sistemic tăcere dobândită: tăcere post-transcripțională specifică transgenelor este transmisă prin grefarea din stocurile tăcute la scions ne-amuțite   // EMBO J : jurnal. - 1997. - Vol. 16 , nr. 15 . - P. 4738-4745 . - doi : 10.1093/emboj/16.15.4738 . — PMID 9303318 .
  77. ↑ Voinnet O. Silenciarea ARN-ului ca sistem imunitar al plantelor împotriva virușilor  (fr.)  // Trends Genet :revistă. - 2001. - Vol. 17 , nr 8 . _ - P. 449-459 . - doi : 10.1016/S0168-9525(01)02367-8 . — PMID 11485817 .
  78. ↑ 1 2 Lucy A., Guo H., Li W., Ding S. Suppression of post-transcriptional gene silenting by a plant viral protein localized in the nucleus  //  EMBO J : jurnal. - 2000. - Vol. 19 , nr. 7 . - P. 1672-1680 . - doi : 10.1093/emboj/19.7.1672 . — PMID 10747034 .
  79. ↑ Mérai Z., Kerényi Z., Kertész S., Magna M., Lakatos L., Silhavy D. Legarea ARN-ului dublu catenar poate fi o strategie generală virală a ARN-ului vegetal pentru a suprima tăcere ARN  // J  Virol : jurnal. - 2006. - Vol. 80 , nr. 12 . - P. 5747-5756 . - doi : 10.1128/JVI.01963-05 . — PMID 16731914 .
  80. ↑ Katiyar-Agarwal S., Morgan R., Dahlbeck D., Borsani O., Villegas A., Zhu J., Staskawicz B., Jin H.  Un siRNA endogen indus de patogen în imunitatea plantelor  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : jurnal. - 2006. - Vol. 103 , nr. 47 . - P. 18002-18007 . - doi : 10.1073/pnas.0608258103 . — PMID 17071740 .
  81. ↑ Fritz J., Girardin S., Philpott D. Apărare imună înnăscută prin interferența ARN  // Sci  STKE : jurnal. - 2006. - Vol. 2006 , nr. 339 . — P. pe27 . - doi : 10.1126/stke.3392006pe27 . — PMID 16772641 .
  82. ↑ Zambon R., Vakharia V., Wu L. RNAi este un răspuns imun antiviral împotriva unui virus ARNdc în Drosophila melanogaster  (neopr.)  // Cell Microbiol. - 2006. - T. 8 , nr 5 . - S. 880-889 . - doi : 10.1111/j.1462-5822.2006.00688.x . — PMID 16611236 .
  83. ↑ Wang X., Aliyari R., Li W., Li H., Kim K., Carthew R., Atkinson P., Ding S. interferența ARN dirijează imunitatea înnăscută împotriva virusurilor la Drosophila adultă  //  Science : journal. - 2006. - Vol. 312 , nr. 5772 . - P. 452-454 . - doi : 10.1126/science.1125694 . — PMID 16556799 .
  84. ↑ Lu R., Maduro M., Li F., Li H., Broitman-Maduro G., Li W., Ding S. Animal virus replication and RNAi-mediated antiviral silentling in Caenorhabditis elegans  //  Nature : journal. - 2005. - Vol. 436 , nr. 7053 . - P. 1040-1043 . - doi : 10.1038/nature03870 . — PMID 16107851 .
  85. ↑ Wilkins C., Dishongh R., Moore S., Whitt M., Chow M., Machaca K. Interferența ARN este un mecanism de apărare antiviral în Caenorhabditis elegans  //  Nature: journal. - 2005. - Vol. 436 , nr. 7053 . - P. 1044-1047 . - doi : 10.1038/nature03957 . — PMID 16107852 .
  86. ↑ Berkhout B., Haasnoot J. Interacțiunea dintre infecția cu virus și mașina de interferență cu ARN celular  //  FEBS Lett : jurnal. - 2006. - Vol. 580 , nr. 12 . - P. 2896-2902 . - doi : 10.1016/j.febslet.2006.02.070 . — PMID 16563388 .
  87. ↑ Schütz S., Sarnow P. Interacțiunea virusurilor cu calea de interferență a ARN de mamifer  (engleză)  // Virology : journal. - 2006. - Vol. 344 , nr. 1 . - P. 151-157 . - doi : 10.1016/j.virol.2005.09.034 . — PMID 16364746 .
  88. ↑ Cullen B. Este interferența ARN implicată în imunitatea antivirală intrinsecă la mamifere? (Engleză)  // Nature Immunology  : jurnal. - 2006. - Vol. 7 , nr. 6 . - P. 563-567 . - doi : 10.1038/ni1352 . — PMID 16715068 .
  89. ↑ PV Maillard, C. Ciaudo, A. Marchais, Y. Li, F. Jay, SW Ding și Olivier Voinnet (2013) Interferența ARN antiviral în celulele de mamifer. Science,342(6155), 235-238 DOI: 10.1126/science.1241930
  90. ↑ Yang Li, Jinfeng Lu, Yanhong Han, Xiaoxu Fan și Shou-Wei Ding (2013) ARN Interference Functions as an Antiviral Immunity Mechanism in Mammals. Science, 342(6155), 231-234 DOI: 10.1126/science.1241911
  91. ↑ Li H., Ding S. Antiviral silenting in animals  //  FEBS Lett : jurnal. - 2005. - Vol. 579 , nr. 26 . - P. 5965-5973 . - doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034 . — PMID 16154568 .
  92. ↑ Madhu S. Kumar, Ryan E. Pester, Cindy Y. Chen, Keara Lane, Christine Chin, Jun Lu, David G. Kirsch, Todd R. Golub, Tyler Jacks. Dicer1 funcționează ca un supresor tumoral haploinsuficient  // Genes & Dev. - 2009. - T. 23 . - S. 2700-2704 .
  93. ↑ PV Maillard, C. Ciaudo, A. Marchais, Y. Li, F. Jay, SW Ding și Olivier Voinnet (2013) Interferența ARN antiviral în celulele de mamifer. Science , 342(6155), 235-238 doi : 10.1126/science.1241930
  94. ^ Yang Li, Jinfeng Lu, Yanhong Han, Xiaoxu Fan și Shou-Wei Ding (2013) ARN Interference Functions as an Antiviral Immunity Mechanism in Mammals" Science 342(6155), 231-234 doi : 10.1126/science.1241911
  95. ↑ Li H., Ding S. Antiviral silenting in animals  //  FEBS Lett : jurnal. - 2005. - Vol. 579 , nr. 26 . - P. 5965-5973 . - doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034 . — PMID 16154568 .
  96. ^ Carrington J., Ambros V. Rolul microARN-urilor în dezvoltarea plantelor și animalelor   // Știință . - 2003. - Vol. 301 , nr. 5631 . - P. 336-338 . - doi : 10.1126/science.1085242 . — PMID 12869753 .
  97. ↑ Lee R., Feinbaum R., Ambros V. Gena heterochronică lin-4 de C. elegans codifică ARN-uri mici cu complementaritate antisens cu lin-14  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1993. - Vol. 75 , nr. 5 . - P. 843-854 . - doi : 10.1016/0092-8674(93)90529-Y . — PMID 8252621 .
  98. ↑ Palatnik J., Allen E., Wu X., Schommer C., Schwab R., Carrington J., Weigel D. Control of leaf morphogenesis by microRNAs   // Nature . - 2003. - Vol. 425 , nr. 6955 . - P. 257-263 . - doi : 10.1038/nature01958 . — PMID 12931144 .
  99. ↑ Zhang B., Pan X., Cobb G., Anderson T. Plant microRNA: a small regulatory molecule with big impact  //  Dev Biol : jurnal. - 2006. - Vol. 289 , nr. 1 . - P. 3-16 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.10.036 . — PMID 16325172 .
  100. ↑ Jones-Rhoades M., Bartel D., Bartel B. MicroRNAS și rolurile lor de reglementare în plante  // Annu Rev Plant Biol  : journal  . - 2006. - Vol. 57 . - P. 19-53 . - doi : 10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218 . — PMID 16669754 .
  101. ↑ Zhang B., Pan X., Cobb G., Anderson T. microARN ca oncogene și supresori de tumori  //  Dev Biol : jurnal. - 2007. - Vol. 302 , nr. 1 . - P. 1-12 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2006.08.028 . — PMID 16989803 .
  102. ↑ Verificați E. Interferența ARN: apăsarea comutatorului de pornire   // Natura . - 2007. - Vol. 448 , nr. 7156 . - P. 855-858 . - doi : 10.1038/448855a . — PMID 17713502 .
  103. ↑ Li LC, Okino ST, Zhao H., et al. ARNd-urile mici induc activarea transcripțională în celulele umane  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Vol. 103 , nr. 46 . - P. 17337-17342 . - doi : 10.1073/pnas.0607015103 . — PMID 17085592 .
  104. ↑ 1 2 3 Cerutti H., Casas-Mollano J. On the origine and functions of ARN-mediated silenting: from protists to man  //  Curr Genet : journal. - 2006. - Vol. 50 , nr. 2 . - P. 81-99 . - doi : 10.1007/s00294-006-0078-x . — PMID 16691418 .
  105. ↑ 1 2 Anantharaman V., Koonin E., Aravind L. Genomica comparativă și evoluția proteinelor implicate în metabolismul ARN  //  Nucleic Acids Res : jurnal. - 2002. - Vol. 30 , nr. 7 . - P. 1427-1464 . doi : 10.1093 / nar/30.7.1427 . — PMID 11917006 .
  106. ↑ Buchon N., Vaury C. RNAi: a defensive ARN-silencing against viruses and transposable elements  (fr.)  // Heredity : magazine. - 2006. - Vol. 96 , nr 2 . _ - P. 195-202 . - doi : 10.1038/sj.hdy.6800789 . — PMID 16369574 .
  107. ↑ Obbard D., Jiggins F., Halligan D., Little T. Selecția naturală conduce la o evoluție extrem de rapidă în genele ARNi antivirale  // Curr Biol  : jurnal  . - 2006. - Vol. 16 , nr. 6 . - P. 580-585 . - doi : 10.1016/j.cub.2006.01.065 . — PMID 16546082 .
  108. ↑ Voorhoeve PM, Agami R. Knockdown stands up  // Trends Biotechnol  . : jurnal. - 2003. - Vol. 21 , nr. 1 . - P. 2-4 . - doi : 10.1016/S0167-7799(02)00002-1 . — PMID 12480342 .
  109. ↑ Naito Y., Yamada T., Matsumiya T., Ui-Tei K., Saigo K., Morishita S.  dsCheck : software de căutare în afara țintei extrem de sensibil pentru interferența ARN mediată de ARN dublu catenar  // Nucleic Acids Res : jurnal. - 2005. - Vol. 33 , nr. Problemă cu serverul web . —P.W589-91 . _ doi : 10.1093 / nar/gki419 . — PMID 15980542 .
  110. ↑ Henschel A., Buchholz F., Habermann B. DEQOR: un instrument bazat pe web pentru proiectarea și controlul calității siRNA-urilor   // Nucleic Acids Res : jurnal. - 2004. - Vol. 32 , nr. Problemă cu serverul web . —P.W113—20 . _ doi : 10.1093 / nar/gkh408 . — PMID 15215362 .
  111. ↑ Naito Y., Yamada T., Ui-Tei K., Morishita S., Saigo K. siDirect: software de proiectare siRNA de mare eficacitate, specific țintei pentru interferența ARN la mamifer  //  Nucleic Acids Res : jurnal. - 2004. - Vol. 32 , nr. Problemă cu serverul web . —P.W124—9 . _ doi : 10.1093 / nar/gkh442 . — PMID 15215364 .
  112. ↑ Naito Y., Ui-Tei K., Nishikawa T., Takebe Y., Saigo K. siVirus: software de proiectare siRNA antiviral bazat pe web pentru secvențe virale extrem de divergente  //  Nucleic Acids Res : jurnal. - 2006. - Vol. 34 , nr. Problemă cu serverul web . —P.W448-50 . _ doi : 10.1093 / nar/gkl214 . — PMID 16845046 .
  113. ↑ Reynolds A., Anderson E., Vermeulen A., Fedorov Y., Robinson K., Leake D., Karpilow J., Marshall W., Khvorova A. Inducerea răspunsului la interferon de către ARNsi este tipul de celule și lungimea duplexului -dependent  (engleză)  // ARN : jurnal. - 2006. - Vol. 12 , nr. 6 . - P. 988-993 . - doi : 10.1261/rna.2340906 . — PMID 16611941 .
  114. ↑ Stein P., Zeng F., Pan H., Schultz R. Absența efectelor nespecifice ale interferenței ARN declanșate de ARN dublu catenar lung în ovocite de șoarece  //  Dev Biol : jurnal. - 2005. - Vol. 286 , nr. 2 . - P. 464-471 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.08.015 . — PMID 16154556 .
  115. ↑ Brummelkamp T., Bernards R., Agami R. A system for stabil expression of short interfering ARNs in mammalian cells  //  Science : journal. - 2002. - Vol. 296 , nr. 5567 . - P. 550-553 . - doi : 10.1126/science.1068999 . — PMID 11910072 .
  116. ↑ Tiscornia G., Tergaonkar V., Galimi F., Verma I. CRE interferență ARN inducibilă prin recombinază mediată de vectori   lentivirali // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2004. - Vol. 101 , nr. 19 . - P. 7347-7351 . - doi : 10.1073/pnas.0402107101 . — PMID 15123829 .
  117. ↑ Ventura A., Meissner A., ​​​​Dillon C., McManus M., Sharp P., Van Parijs L., Jaenisch R , Jacks T. Cre-lox-regulated conditional ARN interfere from transgenes  //  Proceedings of the National Academia de Științe a Statelor Unite ale Americii  : jurnal. - 2004. - Vol. 101 , nr. 28 . - P. 10380-10385 . - doi : 10.1073/pnas.0403954101 . — PMID 15240889 .
  118. ↑ Gilbert, LA, Larson, MH, Morsut, L., et al. & Qi, LS (2013) Reglementarea transcripției în eucariote, ghidată de ARN modular, mediată de CRISPR . Cell, 154(2), 442-451 doi: 10.1016/j.cell.2013.06.044
  119. ↑ Brock T., Browse J., Watts J. Genetic regulation of unsaturated fatty acid composition in C. elegans  //  PLoS Genet : jurnal. - 2006. - Vol. 2 , nr. 7 . — P.e108 . - doi : 10.1371/journal.pgen.0020108 . — PMID 16839188 . Arhivat din original pe 22 februarie 2008.
  120. ↑ Kamath R., Ahringer J. Genome-wide ARNi screening in Caenorhabditis elegans  (neopr.)  // Methods. - 2003. - T. 30 , nr 4 . - S. 313-321 . - doi : 10.1016/S1046-2023(03)00050-1 . — PMID 12828945 .
  121. ↑ Boutros M., Kiger A., ​​​​Armknecht S., Kerr K., Hild M., Koch B., Haas S., Paro R., Perrimon N. Analiza ARNi la nivel de genom a creșterii și viabilității în celulele Drosophila  .)  // Știință: jurnal. - 2004. - Vol. 303 , nr. 5659 . - P. 832-835 . - doi : 10.1126/science.1091266 . — PMID 14764878 .
  122. ↑ Fortunato A., Fraser A. Descoperiți interacțiuni genetice în Caenorhabditis elegans prin interferență ARN  //  Biosci Rep: journal. - 2005. - Vol. 25 , nr. 5-6 . - P. 299-307 . - doi : 10.1007/s10540-005-2892-7 . — PMID 16307378 .
  123. ↑ Cullen L., Arndt G. Screening la nivel de genom pentru funcția genelor folosind ARNi în celulele de mamifere  //  Immunol Cell Biol : jurnal. - 2005. - Vol. 83 , nr. 3 . - P. 217-223 . - doi : 10.1111/j.1440-1711.2005.01332.x . — PMID 15877598 .
  124. ↑ Huesken D., Lange J., Mickanin C., Weiler J., Asselbergs F., Warner J., Meloon B., Engel S., Rosenberg A., Cohen D., Labow M., Reinhardt M., Natt F., Hall J. Design of a genom-wide siRNA library using a artificial neuronal network  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2005. - Vol. 23 , nr. 8 . - P. 995-1001 . - doi : 10.1038/nbt1118 . — PMID 16025102 .
  125. ↑ Ge G., Wong G., Luo B. Predicția eficienței siRNA knockdown folosind modele de rețele neuronale artificiale  // Biochem  Biophys Res Commun : jurnal. - 2005. - Vol. 336 , nr. 2 . - P. 723-728 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2005.08.147 . — PMID 16153609 .
  126. ↑ Janitz M., Vanhecke D., Lehrach H. High-throughput ARN interference in functional  genomics //  Handb Exp Pharmacol: journal. - 2006. - Vol. 173 . - P. 97-104 . - doi : 10.1007/3-540-27262-3_5 . — PMID 16594612 .
  127. ↑ Vanhecke D., Janitz M. Genomica funcțională folosind interferența ARN de mare capacitate  // Drug Discov  Today : jurnal. - 2005. - Vol. 10 , nr. 3 . - P. 205-212 . - doi : 10.1016/S1359-6446(04)03352-5 . — PMID 15708535 .
  128. ↑ Geldhof P., Murray L., Couthier A., ​​​​Gilleard J., McLauchlan G., Knox D., Britton C. Testarea eficacității interferenței ARN în Haemonchus contortus  //  Jurnalul Internațional de Parazitologie : jurnal. - Elsevier , 2006. - Vol. 36 , nr. 7 . - P. 801-810 . - doi : 10.1016/j.ijpara.2005.12.004 . — PMID 16469321 .
  129. ↑ Geldhof P., Visser A., ​​​​Clark D., Saunders G., Britton C., Gilleard J., Berriman M., Knox D. Interferența ARN în helminții paraziți: situația actuală , capcanele potențiale și perspectivele viitoare   // Parazitologie: jurnal. - 2007. - Vol. 134 . - P. 1-11 . - doi : 10.1017/S0031182006002071 . — PMID 17201997 .
  130. ↑ Travella S., Klimm T., Keller B. Silenciarea genelor bazată pe interferență ARN ca instrument eficient pentru genomica funcțională în grâul de pâine hexaploid  // Plant Physiology  : journal  . - Societatea Americană a Biologilor Plantelor , 2006. - Vol. 142 , nr. 1 . - P. 6-20 . - doi : 10.1104/pp.106.084517 . — PMID 16861570 .
  131. ↑ McGinnis K., Chandler V., Cone K., Kaeppler H., Kaeppler S., Kerschen A., Pikaard C., Richards E., Sidorenko L., Smith T., Springer N., Wulan T. Transgene- interferența ARN indusă ca instrument pentru genomica funcțională a plantelor  // Metode Enzymol  :  jurnal. - 2005. - Vol. 392 . - P. 1-24 . - doi : 10.1016/S0076-6879(04)92001-0 . — PMID 15644172 .
  132. ^ Paddison P., Caudy A., Hannon G. Stable suppression of gene expression by RNAi in mammalian cells  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2002. - Vol. 99 , nr. 3 . - P. 1443-1448 . - doi : 10.1073/pnas.032652399 . — PMID 11818553 .
  133. ↑ Sah D. Potențialul terapeutic al interferenței ARN pentru tulburări neurologice  // Life  Sci : jurnal. - 2006. - Vol. 79 , nr. 19 . - P. 1773-1780 . - doi : 10.1016/j.lfs.2006.06.011 . — PMID 16815477 .
  134. ↑ Zender L., Hutker S., Liedtke C., Tillmann H., Zender S., Mundt B., Waltemathe M., Gosling T., Flemming P., Malek N., Trautwein C., Manns M., Kuhnel F., Kubicka S. Caspase 8 mic de interferență ARN previne insuficiența hepatică acută la șoareci  (engleză)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2003. - Vol. 100 , nr. 13 . - P. 7797-7802 . - doi : 10.1073/pnas.1330920100 . — PMID 12810955 .
  135. ↑ Jiang M., Milner J. Silenciarea selectivă a expresiei genelor virale în celulele de carcinom cervical uman HPV-pozitive tratate cu siARN, un primer al  interferenței ARN //  Oncogene : jurnal. - 2002. - Vol. 21 , nr. 39 . - P. 6041-6048 . - doi : 10.1038/sj.onc.1205878 . — PMID 12203116 .
  136. ↑ Crowe S. Suprimarea expresiei receptorului de chemokine prin interferența ARN permite inhibarea replicării HIV-1, de Martínez și colab .  //  AIDS : jurnal. - 2003. - Vol. 17 suple 4 . - P.S103-5 . — PMID 15080188 .
  137. ↑ Kusov Y., Kanda T., Palmenberg A., Sgro J., Gauss-Müller V. Silencing of hepatitis A virus infecti by small interfering ARNs  // J  Virol : jurnal. - 2006. - Vol. 80 , nr. 11 . - P. 5599-5610 . - doi : 10.1128/JVI.01773-05 . — PMID 16699041 .
  138. ↑ Jia F., Zhang Y., Liu C. Un sistem bazat pe retrovirus pentru a reduce stabil genele virusului hepatitei B prin interferența ARN  // Biotechnol  Lett : jurnal. - 2006. - Vol. 28 , nr. 20 . - P. 1679-1685 . - doi : 10.1007/s10529-006-9138-z . — PMID 16900331 .
  139. ↑ Li Y., Kong L., Cheng B., Li K. Construcția vectorilor de expresie siRNA virusului gripal și efectele lor inhibitoare asupra multiplicării virusului gripal  // Dis  aviar : jurnal. - 2005. - Vol. 49 , nr. 4 . - P. 562-573 . - doi : 10.1637/7365-041205R2.1 . — PMID 16405000 .
  140. ↑ Hu L., Wang Z., Hu C., Liu X., Yao L., Li W., Qi Y. Inhibirea multiplicării virusului rujeolic în cultura celulară prin interferență ARN  //  Acta Virol : jurnal. - 2005. - Vol. 49 , nr. 4 . - P. 227-234 . — PMID 16402679 .
  141. ↑ Raoul C., Barker S., Aebischer P. Viral-based modeling and correction of neurodegenerative diseases by ARN interference  //  Gene Ther : journal. - 2006. - Vol. 13 , nr. 6 . - P. 487-495 . - doi : 10.1038/sj.gt.3302690 . — PMID 16319945 .
  142. ↑ Putral L., Gu W., McMillan N. Interferența ARN pentru tratamentul cancerului  (neopr.)  // Drug News Perspect. - 2006. - T. 19 , nr 6 . - S. 317-324 . - doi : 10.1358/dnp.2006.19.6.985937 . — PMID 16971967 .
  143. ↑ Izquierdo M. Short interfering ARNs as a tool for cancer gene therapy  //  Cancer Gene Ther : journal. - 2005. - Vol. 12 , nr. 3 . - P. 217-227 . - doi : 10.1038/sj.cgt.7700791 . — PMID 15550938 .
  144. ↑ Li C., Parker A., ​​​​Menocal E., Xiang S., Borodyansky L., Fruehauf J.  Delivery of ARN interference  // Cell Cycle : jurnal. - 2006. - Vol. 5 , nr. 18 . - P. 2103-2109 . — PMID 16940756 .
  145. ↑ Takeshita F., Ochiya T. Potențialul terapeutic al interferenței ARN împotriva cancerului  //  Cancer Sci : jurnal. - 2006. - Vol. 97 , nr. 8 . - P. 689-696 . - doi : 10.1111/j.1349-7006.2006.00234.x . — PMID 16863503 .
  146. ↑ Tong A., Zhang Y., Nemunaitis J. Small interfering ARN for experimental cancer therapy  (engleză)  // Current Opinion in Molecular Therapeutics  : journal. - 2005. - Vol. 7 , nr. 2 . - P. 114-124 . — PMID 15844618 .
  147. ↑ Grimm D., Streetz K., Jopling C., Storm T., Pandey K., Davis C., Marion P., Salazar F., Kay M. Fatality in mice due to oversaturation of cellular microARN/short hairpin ARN pathways  (engleză)  // Natura  : jurnal. - 2006. - Vol. 441 , nr. 7092 . - P. 537-541 . - doi : 10.1038/nature04791 . — PMID 16724069 .
  148. ↑ So C. Wong, Jason J. Klein, Holly L. Hamilton și colab. și David L. Lewis (2012) Co-injectarea unui polimer endosomolitic țintit, mascat reversibil îmbunătățește dramatic eficacitatea ARN-urilor mici interferențe conjugate cu colesterol in vivo. Nucleic Acid Therapeutics., 22(6): 380-390. doi:10.1089/nat.2012.0389
  149. ↑ Berkhout, B; ter Brake, O. Terapia genică ARNi pentru controlul infecției cu HIV-1 // Interferența ARN și virusurile : inovații actuale și tendințe viitoare  . – Caister Academic Press, 2010. - ISBN 978-1-904455-56-1 .
  150. ↑ Sunilkumar G., Campbell L., Puckhaber L., Stipanovic R., Rathore K. Engineering cottoseed for use in human nutrition by tissue-specific reduction of toxic gossypol   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : jurnal. - 2006. - Vol. 103 , nr. 48 . - P. 18054-18059 . - doi : 10.1073/pnas.0605389103 . — PMID 17110445 .
  151. ↑ Siritunga D., Sayre R. Generation of cyanogen-free transgenic cassava  (neopr.)  // Planta. - 2003. - T. 217 , nr 3 . - S. 367-373 . - doi : 10.1007/s00425-003-1005-8 . — PMID 14520563 .
  152. ↑ Le L., Lorenz Y., Scheurer S., Fötisch K., Enrique E., Bartra J., Biemelt S., Vieths S., Sonnewald U. Design of tomato fruits with reduced allergenicity by dsRNAi-mediated inhibition of ns -Expresie LTP (Lyc e 3)  (engleză)  // Plant Biotechnol J : jurnal. - 2006. - Vol. 4 , nr. 2 . - P. 231-242 . - doi : 10.1111/j.1467-7652.2005.00175.x . — PMID 17177799 .
  153. ↑ Gavilano L., Coleman N., Burnley L., Bowman M., Kalengamaliro N., Hayes A., Bush L., Siminszky B. Genetic engineering of Nicotiana tabacum for reduced nornicotine content  // J Agric  Food : jurnal. - 2006. - Vol. 54 , nr. 24 . - P. 9071-9078 . - doi : 10.1021/jf0610458 . — PMID 17117792 .
  154. ↑ Allen R., Millgate A., Chitty J., Thisleton J., Miller J., Fist A., Gerlach W., Larkin P. Înlocuirea morfinei mediată de ARNi cu reticulina alcaloidului nenarcotic în macul de opiu   // Nature Biotechnology  : jurnal. - Nature Publishing Group , 2004. - Vol. 22 , nr. 12 . - P. 1559-1566 . - doi : 10.1038/nbt1033 . — PMID 15543134 .
  155. ↑ Zadeh A., Foster G. Transgenic resistance to tobacco ringspot virus  (neopr.)  // Acta Virol. - 2004. - T. 48 , nr 3 . - S. 145-152 . — PMID 15595207 .
  156. ↑ Niggeweg R., Michael A., Martin C. Engineering plants with increase levels of the antioxidant chlorogenic acids  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2004. - Vol. 22 , nr. 6 . - P. 746-754 . - doi : 10.1038/nbt966 . — PMID 15107863 .
  157. ^ Sanders R., Hiatt W. Tomato transgene structure and silenting  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2005. - Vol. 23 , nr. 3 . - P. 287-289 . - doi : 10.1038/nbt0305-287b . — PMID 15765076 .
  158. ↑ Chiang C., Wang J., Jan F., Yeh S., Gonsalves D. Comparative reactions of recombinant papaya ringspot viruses with himeric coat protein (CP) genes and wild-type viruses on CP-transgenic   papaya / Journal of General Virologie : jurnal. — Societatea de microbiologie, 2001. - Vol. 82 , nr. Pt 11 . - P. 2827-2836 . — PMID 11602796 .
  159. ↑ Abdurakhmonov IY, Buriev ZT, Saha S, Jenkins JN, Abdukarimov A, Pepper AE. 2014. Cotton PHYA1 RNAi îmbunătățește calitatea fibrelor majore și trăsăturile agronomice ale bumbacului (Gossypium hirsutum L). Nature Communications 4:3062; DOI:10. 1038/ncomms4062

Literatură

Link -uri

  Accesați articolul Wikidata  Dicționare și enciclopedii
În cataloagele bibliografice